Genomic Imbalances Detected Through Array Cgh In Fetuses With Holoprosencephaly.

Holoprosencephaly (HPE) is heterogeneous in pathogenesis, integrating genetic susceptibility with the influence of environmental factors. Submicroscopic aberrations may contribute to the etiology of HPE. Our aim was to report the molecular analysis of 4 fetuses with HPE and normal metaphase karyotype. A whole genome BAC-array based Comparative Genomic Hybridization (array CGH) was carried out in fetal blood samples. All potential cytogenetic alterations detected on the arrays were matched against the known copy number variations databases. The array CGH analysis showed copy number gains and losses in all cases. We found a recurrent deletion in 15q14 (clone RP11-23J11) and in 15q22 (clone RP11-537k8) in 2 out 4 cases analyzed. We also observed submicroscopic gain in 6p21 in 3 out of 4 fetuses in nearby clones. All these regions were tested in known databases and no copy number variations have been described for them. This is the first report of molecular characterization through a whole genome microarray CGH of fetuses with HPE. Our results may contribute to verify the effectiveness and applicability of the molecular technique of array CGH for prenatal diagnosis purposes, and contributing to the knowledge of the submicroscopic genomic instability characterization of HPE fetuses.693-

Instabilidades genômicas detectadas através de array CGH em fetos com holoprosencefalia

OBJECTIVE: Holoprosencephaly (HPE) is heterogeneous in pathogenesis, integrating genetic susceptibility with the influence of environmental factors. Submicroscopic aberrations may contribute to the etiology of HPE. Our aim was to report the molecular analysis of 4 fetuses with HPE and normal metaphase karyotype. METHOD: A whole genome BAC-array based Comparative Genomic Hybridization (array CGH) was carried out in fetal blood samples. All potential cytogenetic alterations detected on the arrays were matched against the known copy number variations databases. RESULTS: The array CGH analysis showed copy number gains and losses in all cases. We found a recurrent deletion in 15q14 (clone RP11-23J11) and in 15q22 (clone RP11-537k8) in 2 out 4 cases analyzed. We also observed submicroscopic gain in 6p21 in 3 out of 4 fetuses in nearby clones. All these regions were tested in known databases and no copy number variations have been described for them. CONCLUSION: This is the first report of molecular characterization through a whole genome microarray CGH of fetuses with HPE. Our results may contribute to verify the effectiveness and applicability of the molecular technique of array CGH for prenatal diagnosis purposes, and contributing to the knowledge of the submicroscopic genomic instability characterization of HPE fetuses.OBJETIVO: Holoprosencefalia (HPE) é uma malformação heterogênea na patogênese, integrando a suscetibilidade genética com a influência de fatores ambientais. Aberrações submicroscópicas podem contribuir para a etiologia da HPE. Nosso objetivo foi relatar a análise molecular de 4 fetos com HPE e cariótipo normal. MÉTODO: Foi realizado um estudo descritivo prospectivo dos achados da técnica de hibridação genômica comparativa baseada em microarranjos utilizando BAC clones de ampla cobertura genômica (BAC-array CGH) em amostras sanguíneas de fetos portadores de holoprosencefalia e com cromossomos numericamente normais ao bandamento G. Todas as potenciais alterações citogenéticas detectadas foram comparadas com bancos de dados com variações do número de cópias conhecidas. RESULTADOS: A análise de array CGH evidenciou ganhos e perdas do número de cópias em todos os 4 casos. Foram encontradas deleções recorrentes em 15q14 (clone RP11-23J11) e em 15q22 (clone RP11-537k8) em 2 dos 4 casos analisados. Observou-se em 3 fetos ganho genômico na região 6p21 em clones próximos. Todas estas regiões não apresentaram variações do número de cópias descritas em bancos de dados conhecidos. CONCLUSÃO: Este é o primeiro relato de caracterização molecular através de um microarray CGH de fetos com HPE. Nossos resultados podem contribuir para verificar a eficácia e aplicabilidade da técnica molecular de array CGH para fins de diagnóstico pré-natal, contribuindo para o conhecimento da caracterização de instabilidades genômicas submicroscópicas de fetos com HPE.3

Subfertility phenotype, chromosome polymorphism and conception failures

PURPOSE: to evaluate the prevalence of cytogenetic alterations and chromosomic polymorphism in couples with a subfertility phenotype in a Brazilian population. METHODS: karyotype analysis through G and C banding of 1,236 individuals who presented the subfertility phenotype, from two different centers (public and private) were included in the study. These patients were classified in two sub-groups: one with two or more gestational consecutive losses or not and the o with, at least, one gestacional loss or absence of conception. Karyotype results were evaluated in different groups and frequencies were calculated. Statistical analyses were carried out through Fisher's exact test and Odds Ratio analysis. RESULTS: approximately 25% of the cases presented abnormal karyotype results, including numerical and structural alterations and also polymorphic variants. In both centers, the prevalence of polymorphic variants was 8.9 and 3.8%, respectively. CONCLUSIONS: there was no significant difference between the prevalence of polymorphic variants and other abnormalities in individuals with or without previous history of reproductive loss. The results of the present study reinforce the need of adequate disclosure of complete cytogenetic information in the karyotype results, with specific attention in relation to the polymorphic variants.OBJETIVO: avaliar a prevalência de alterações citogenéticas e polimorfismos cromossômicos em casais com fenótipo de subfertilidade em uma população brasileira. MÉTODOS: foram avaliados 1.236 cariótipos de casais com fenótipo de subfertilidade de dois diferentes centros (público e privado). Esses pacientes foram classificados em dois subgrupos: um com duas ou mais perdas gestacionais, consecutivas ou não, e outro com, ao menos, uma perda gestacional ou ausência de concepção. Os cariótipos foram obtidos com bandamento convencional G e C. As anomalias citogenéticas foram agrupadas e as frequências calculadas segundo a classificação dos pacientes. Quando aplicável, os testes estatísticos de Fisher e análise de Odds Ratio foram empregados. RESULTADOS: aproximadamente 25% de todos os casos apresentaram cariótipo anormal, incluindo alterações numéricas e estruturais e também variantes polimórficas. Nos dois diferentes centros, a prevalência de variantes polimórficas diferiu, sendo de 8,9 e 3,8%, respectivamente. CONCLUSÃO: não houve diferença significativa entre a predominância de variantes polimórficas e outras alterações nos indivíduos com ou sem história de perda reprodutiva. Os resultados do presente estudo reforçam a necessidade da adequada divulgação da informação citogenética completa nos resultados de cariótipo, com atenção específica em relação às variantes polimórficas.24625

ErbB-2 expression and hormone receptor status in areas of transition from in situ to invasive ductal breast carcinoma

OBJETIVOS: avaliar a expressão de erbB-2 e dos receptores hormonais para estrógeno e progesterona (RE/RP) nas regiões de transição entre as frações in situ e invasoras de neoplasias ductais da mama (CDIS e CDI, respectivamente). MÉTODOS: oitenta e cinco casos de neoplasias mamárias, contendo regiões contíguas de CDIS e CDI, foram selecionados. Espécimes histológicos das áreas de CDIS e de CDI foram obtidos através da técnica de tissue microarray (TMA). As expressões da erbB-2 e dos RE/RP foram avaliadas por meio de imunoistoquímica convencional. A comparação da expressão da erbB-2 e dos RE/RP nas frações in situ e invasoras da mama foi realizada com emprego do teste de McNemar. Os intervalos de confiança foram determinados em 5% (p=0,05). Foram calculados coeficientes de correlação intraclasse (ICC) para avaliar a concordância na tabulação cruzada da expressão de erbB-2 e RE/RP nas frações de CDIS e CDI. RESULTADOS: a expressão da erbB-2 não diferiu entre as áreas de CDIS e CDI (p=0,38). Comparando caso a caso suas áreas de CDIS e CDI, houve boa concordância na expressão da erbB-2 (coeficiente de correlação intraclasse, ICC=0,64), dos RP (ICC = 0,71) e dos RE (ICC = 0,64). Considerando apenas tumores cujo componente in situ apresentasse áreas de necrose (comedo), o ICC para erbB-2 foi de 0,4, comparado a 0,6 no conjunto completo de casos. Os ICC não diferiram substancialmente daqueles obtidos com o conjunto completo de espécimes em relação aos RE/RP: para RE, ICC=0,7 (versus 0,7 no conjunto completo), e para RP, ICC=0,7 (versus 0,6 no conjunto completo). CONCLUSÕES: nossos achados sugerem que as expressões de erbB-2 e RE/RP não diferem nos componentes contíguos in situ e invasivo em tumores ductais da mama.PURPOSE: to evaluate the expression of erbB-2 and of the estrogen and progesterone (ER/P) hormonal receptors in the transition regions between the in situ and the invasive fractions of ductal breast neoplasia (ISDC and IDC, respectively). METHODS: Eighty-five cases of breast neoplasia, containing contiguous ISDC and IDC areas, were selected. Histological specimens from the ISDC and the IDC areas were obtained through the tissue microarray (TMA) technique. The erbB-2 and the ER/PR expressions were evaluated through conventional immunohistochemistry. The McNemar's test was used for the comparative analysis of the expressions of erbB-2 protein and the ER/PR in the in situ and invasive regions of the tumors. The confidence intervals were set to 5% (p=0.05). Intraclass correlation coefficients (ICC) were calculated to assess the cross-tabulation agreement of the erbB-2 and the ER/PR expression in the ISDC and the IDC areas. RESULTS: the erbB-2 expression has not differed between the ISDC and the IDC areas (p=0.38). Comparing the two areas in each case, there was agreement in the expression of erbB-2 (ICC=0.64), PR (ICC=0.71) and ER (ICC=0.64). Restricting the analysis to tumors with the in situ component harboring necrosis (comedo), the ICC for erbB-2 was 0.4, compared to 0.6 for the whole sample. In this select group, the ICC for PR/ER did not differ substantially from those obtained with the complete dataset: as for the ER, ICC=0.7 (versus 0.7 for the entire sample) and for PR, ICC=0.7 (versus 0.6 for the entire sample). CONCLUSIONS: our findings suggest that the erbB-2 and the ER/PR expressions do not differ in the contiguous in situ and invasive components of breast ductal tumors.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

ErbB-2 expression and hormone receptor status in areas of transition from in situ to invasive ductal breast carcinoma

OBJETIVOS: avaliar a expressão de erbB-2 e dos receptores hormonais para estrógeno e progesterona (RE/RP) nas regiões de transição entre as frações in situ e invasoras de neoplasias ductais da mama (CDIS e CDI, respectivamente). oitenta e cinco casos de neoplasias mamárias, contendo regiões contíguas de CDIS e CDI, foram selecionados. Espécimes histológicos das áreas de CDIS e de CDI foram obtidos através da técnica de tissue microarray (TMA). As expressões da erbB-2 e dos RE/RP foram avaliadas por meio de imunoistoquímica convencional. A comparação da expressão da erbB-2 e dos RE/RP nas frações in situ e invasoras da mama foi realizada com emprego do teste de McNemar. Os intervalos de confiança foram determinados em 5% (p=0,05). Foram calculados coeficientes de correlação intraclasse (ICC) para avaliar a concordância na tabulação cruzada da expressão de erbB-2 e RE/RP nas frações de CDIS e CDI. a expressão da erbB-2 não diferiu entre as áreas de CDIS e CDI (p=0,38). Comparando caso a caso suas áreas de CDIS e CDI, houve boa concordância na expressão da erbB-2 (coeficiente de correlação intraclasse, ICC=0,64), dos RP (ICC = 0,71) e dos RE (ICC = 0,64). Considerando apenas tumores cujo componente in situ apresentasse áreas de necrose (comedo), o ICC para erbB-2 foi de 0,4, comparado a 0,6 no conjunto completo de casos. Os ICC não diferiram substancialmente daqueles obtidos com o conjunto completo de espécimes em relação aos RE/RP: para RE, ICC=0,7 (versus 0,7 no conjunto completo), e para RP, ICC=0,7 (versus 0,6 no conjunto completo). nossos achados sugerem que as expressões de erbB-2 e RE/RP não diferem nos componentes contíguos in situ e invasivo em tumores ductais da mama319CONSELHO NACIONAL DE DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO E TECNOLÓGICO - CNPQFUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA DO ESTADO DE SÃO PAULO - FAPESP307988/2008-22008/08536-9to evaluate the expression of erbB-2 and of the estrogen and progesterone (ER/P) hormonal receptors in the transition regions between the in situ and the invasive fractions of ductal breast neoplasia (ISDC and IDC, respectively). Eighty-five cases of breast neoplasia, containing contiguous ISDC and IDC areas, were selected. Histological specimens from the ISDC and the IDC areas were obtained through the tissue microarray (TMA) technique. The erbB-2 and the ER/PR expressions were evaluated through conventional immunohistochemistry. The McNemar's test was used for the comparative analysis of the expressions of erbB-2 protein and the ER/PR in the in situ and invasive regions of the tumors. The confidence intervals were set to 5% (p=0.05). Intraclass correlation coefficients (ICC) were calculated to assess the cross-tabulation agreement of the erbB-2 and the ER/PR expression in the ISDC and the IDC areas. the erbB-2 expression has not differed between the ISDC and the IDC areas (p=0.38). Comparing the two areas in each case, there was agreement in the expression of erbB-2 (ICC=0.64), PR (ICC=0.71) and ER (ICC=0.64). Restricting the analysis to tumors with the in situ component harboring necrosis (comedo), the ICC for erbB-2 was 0.4, compared to 0.6 for the whole sample. In this select group, the ICC for PR/ER did not differ substantially from those obtained with the complete dataset: as for the ER, ICC=0.7 (versus 0.7 for the entire sample) and for PR, ICC=0.7 (versus 0.6 for the entire sample). our findings suggest that the erbB-2 and the ER/PR expressions do not differ in the contiguous in situ and invasive components of breast ductal tumor

Padrões de perdas e ganhos genomicos associados ao fenotipo de resistencia a quimioterapia a base de platina em pacientes portadoras de carcinoma de ovario

Orientador: Fatima Aparecida Bottcher LuizTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias MedicasResumo: O objetivo deste estudo foi o de investigar a participação de regiões cromossômicas específicas para a aquisição do fenótipo de resistência aos quimioterápicos à base de platina, em pacientes com carcinoma de ovário. Amostras de tumor a fresco foram investigadas pela técnica de CGH (comparative genomic hybridization), para a determinação de perdas e ganhos genômicos em regiões cromossômicas. De um total de 24 pacientes, 16 mostraram-se refratárias ao tratamento quimioterápico e 8 mostraram-se sensíveis. Os dados clínicos e padrões cromossômicos foram comparados. As pacientes com maior número de alterações apresentaram o fenótipo de resistência e um prognóstico reservado. Padrões de amplificação foram observados em 1q, 3q, 8q e 17q. Anomalias recorrentes nas regiões de 1q21-q22 e 17q12-q22 foram observadas em 56% e 50% das pacientes resistentes, respectivamente. Além disso, 88% das pacientes que apresentaram anomalias em 1 q e 17 q possuíam o fenótipo de resistência. Sugere-se que essas regiões em 1q e 17q abrigam genes que são mais fortemente relacionados ao prognóstico do que à tumorigênese. Os genes amplificados nos mesmos amplicons tais como ARNT e MUCI em 1q e LASP1, ERBB-2, MLN64, BRCAI e TOP2A em 17q são propostos para investigação como potenciais biomarcadores de resposta à quimioterapia à base de platina em pacientes com carcinoma de ovárioAbstract: The aim of the study was to investigate the role of specific chromosomal regions to the acquisition of the platin-resistance phenotype in patients with ovarian carcinoma. Fresh tumor specimens from 24 patients were examined through CGH (comparative genomic hybridization) to determine chromosomal losses and gains. Sixteen patients were refractory to the platin based chemotherapy and 8 patients were sensitive. Clinico-pathological parameters and chromosomal patterns were compared. Patients with the highest number of chromosome alterations were found to present the resistant phenotype and a worsened prognosis. Gene amplification patterns were found at 1q, 3q, 8q and 17q. Recurrent abnormalities spanning the 1q21-q22 and 17q12-q22 regions were found in 56% and 50% of the resistant patients respectively. Moreover 88% ofthe patients that have shown lq or 17q alterations displayed the resistant phenotype. We suggest that those regions at 1q and 17 q harbor genes that are differentially more related to prognosis instead of tumorigenesis. Genes that are amplified in the same amplicon such as ARNT and MUCI at 1q and LASP1, ERBB-2, MLN64, BRCA1 and TOP2A at 17q should be investigated as potential markers for chemoresponse to platin based chemotherapy in patients with ovarian carcinomasDoutoradoGenetica MedicaDoutor em Ciências Médica