BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming

Document Type : Proceedings Paper Conference Date : JUN 23-24, 2011 Conference Location : Portland, ORInternational audienceWe present two related tasks of the BioNLP Shared Tasks 2011: Bacteria Gene Renaming (Rename) and Bacteria Gene Interactions (GI). We detail the objectives, the corpus specification, the evaluation metrics, and we summarize the participants' results. Both issued from PubMed scientific literature abstracts, the Rename task aims at extracting gene name synonyms, and the GI task aims at extracting genic interaction events, mainly about gene transcriptional regulations in bacteria

BioNLP Shared Task - The Bacteria Track

Background: We present the BioNLP 2011 Shared Task Bacteria Track, the first Information Extraction challenge entirely dedicated to bacteria. It includes three tasks that cover different levels of biological knowledge. The Bacteria Gene Renaming supporting task is aimed at extracting gene renaming and gene name synonymy in PubMed abstracts. The Bacteria Gene Interaction is a gene/protein interaction extraction task from individual sentences. The interactions have been categorized into ten different sub-types, thus giving a detailed account of genetic regulations at the molecular level. Finally, the Bacteria Biotopes task focuses on the localization and environment of bacteria mentioned in textbook articles. We describe the process of creation for the three corpora, including document acquisition and manual annotation, as well as the metrics used to evaluate the participants' submissions. Results: Three teams submitted to the Bacteria Gene Renaming task; the best team achieved an F-score of 87%. For the Bacteria Gene Interaction task, the only participant's score had reached a global F-score of 77%, although the system efficiency varies significantly from one sub-type to another. Three teams submitted to the Bacteria Biotopes task with very different approaches; the best team achieved an F-score of 45%. However, the detailed study of the participating systems efficiency reveals the strengths and weaknesses of each participating system. Conclusions: The three tasks of the Bacteria Track offer participants a chance to address a wide range of issues in Information Extraction, including entity recognition, semantic typing and coreference resolution. We found commond trends in the most efficient systems: the systematic use of syntactic dependencies and machine learning. Nevertheless, the originality of the Bacteria Biotopes task encouraged the use of interesting novel methods and techniques, such as term compositionality, scopes wider than the sentence

Use by small and medium mammals of wildlife crossing structures on two motorways in south-western France. Results of the first two years of camera-trap surveys

Depuis 2012, 9 passages à petite et moyenne faune (8 buses sèches au droit d’ouvrages hydrauliques et une buse sèche en milieu boisé) nouvellement installés sous deux autoroutes du centre-ouest de la France ont été suivis par pièges photographiques sur des périodes variant de 9 à 24 mois selon les sites. Au total 5338 passages concernant 16 espèces de petits, moyens et grands Mammifères (Micromammifères exclus), comptant parmi celles les plus soumises aux collisions routières, ont été détectés. Le nombre moyen de passages par jour et par ouvrage observé de 1,20 ± 0,70 ET est similaire à d’autres suivis menés en Europe de l’Ouest sur des ouvrages semblables. Près de 91 % de ces passages sont attribuables à 5 espèces : le Blaireau Meles meles (45 %), le Renard roux Vulpes vulpes (19 %), le Lapin de garenne Oryctolagus cuniculus (9 %), la Genette commune Genetta genetta (9 %) et la Fouine Martes foina (9 %). Le nombre de jours de suivi et la saison influencent tout deux significativement les nombres de passages journaliers détectés de ces cinq espèces. Une augmentation du nombre de leurs passages d’un facteur 8 est observée sur les deux premières années de l’étude. Les suivis ayant démarré juste après la mise en service des ouvrages, cette augmentation peut s’expliquer au regard du temps nécessaire aux animaux pour trouver les dispositifs de franchissement et les incorporer dans leurs patrons de déplacements via une période d’adaptation et de processus d’apprentissage. Les diminutions significatives des taux de refus observées chez les Blaireau et Renard au cours du suivi corroborent l’hypothèse d’une accoutumance de la faune aux ouvrages. Indépendamment de la durée du suivi, les nombres de passages détectés de Blaireau, Renard, Lapin et Fouine montrent des saisonnalités spécifiques marquées ; celles-ci pouvant coïncider avec le rythme d’activité des espèces au cours de l’année. Ces premiers résultats sont encourageants et incitent à poursuivre le suivi pour mesurer l’efficacité des ouvrages une fois la période d’adaptation de la faune passée. Pour ce faire, le suivi par pièges photographiques devra être couplé d’échantillonnages additionnels pour évaluer les bénéfices individuels et populationnels de ces ouvrages pour la faune sauvageSince 2012, camera-trap surveys have been carried out to study the use by wildlife of 9 newly-constructed underpasses on two motorways in south-western France (8 modified culverts and 1 underpass for small animals). A total of 5338 successful crossings of 16 small, medium and large mammal species were detected over a 9 to 24 month period (the duration varied with each site). The results comprise the majority of roadkill species, but micro-mammals were excluded from the survey. The mean observed daily crossing rate of 1.20 ± 0.70 SD per structure is comparable to other studies carried out in Western Europe at similar sites. Of the detected crossings, 91 % were made by 5 species: Eurasian badger Meles meles (45 %), Red fox Vulpes vulpes (19 %), Common rabbit Oryctolagus cuniculus (9 %), Common genet Genetta genetta (9 %) and Stone marten Martes fouina (9 %). For these abundant species both the duration of the survey (number of days) and the season were shown to have a significant influence on the number of crossing events. Monitoring began shortly after the installation of each crossing structure. Over a 2-year period, an almost eight-fold increase in use was observed as wild fauna found the crossing structures and incorporated them into their movement patterns through adaptation periods and learning processes. Throughout the survey a decrease in refusal rate by Red fox and Badger was observed, supporting the 'habituation' hypothesis. Usage was significantly different throughout the seasons for Badger, Red fox, Rabbit, and Stone marten. Each of these seasonal patterns could be correlated with species activity throughout the year. The initial survey results are encouraging and suggest that continued long-term monitoring is important to assess the effectiveness of crossing structures after the period of adaptation. To this end, our camera-trap surveys must be accompanied by appropriate additional sampling to measure the individual and population benefits for wildlife of these underpasse

Progéniteurs endothéliaux circulants, toxines urémiques et rigidité artérielle chez les patients en hémodialyse chronique

L insuffisance rénale chronique (IRC) entraîne une athérosclérose accélérée. Un dysfonctionnement endothélial, première étape de l athérosclérose, est présent chez les patients IRC. Plusieurs toxines urémiques ont montré un effet délétère sur les cellules endothéliales in vitro. Il est nécessaire de rechercher des marqueurs de dysfonctionnement endothélial in vivo pour démontrer l effet des toxines urémiques. L un de ces marqueurs est le nombre de progéniteurs endothéliaux circulants (PEC), dont la diminution pourrait causer un défaut de réparation endothéliale. Ce travail a pour objectif principal de compter les PEC chez des patients hémodialysés chroniques (HDC) non diabétiques, et de rechercher des corrélations entre le nombre de PEC, les taux de certaines toxines et les marqueurs de lésions vasculaires. Trente-huit HDC sont étudiés. Les PEC sont comptés par 3 méthodes : cytométrie en flux (cellules CD34+, CD133+/CD34+ et KDR+/CD34+), test clonogénique (colony forming unit endothelial cells) et culture cellulaire (cellules angiogéniques circulantes). Les toxines dosées sont l homocystéine, la 2 microglobuline ( 2m), le p-crésol sulfate, l indoxyl sulfate et l indole-3 acétique acide (IAA). Les marqueurs vasculaires étudiés sont la pression pulsée, la vitesse de l onde de pouls aortique (VOP), et l index de pression systolique cheville/bras (IPS). Les résultats montrent une corrélation positive entre le nombre de PEC et la VOP, et une corrélation négative entre le nombre de PEC et les taux de 2m et d IAA. Cette étude établit pour la première fois une relation entre le nombre de PEC et la rigidité artérielle chez les patients HDC. Elle suggère également que certaines toxines urémiques pourraient avoir une influence sur la mobilisation des PEC.Patients with chronic renal failure (CRF) experience accelerated atherosclerosis, which could be partly due to some uremic toxins. Endothelial dysfunction, one of the first steps in atherogenesis, is encountered in CRF patients. Several uremic toxins have shown deleterious effects on endothelial cells in vitro. It is now necessary to search for endothelial dysfunction markers in vivo, and to demonstrate the role of uremic toxins on these markers. One of these markers is represented by endothelial progenitor cells (EPC), because decreased number of EPC can impair endothelial repair. This work aimed to count EPC in non diabetic patients on maintenance hemodialysis (HD), and to find correlations between EPC number and uremic toxins levels, as well as between EPC number and vascular lesions in this population. Thirty-eight patients were studied. EPC were counted by 3 methods: flow cytometry (CD34+, CD133+/CD34+ and KDR+/CD34+ cells), colony forming unit assay (CFU-EC) and in vitro culture (circulating angiogenic cells). The following uremic toxins were measured: homocysteine, 2 microglobulin ( 2m), p-cresol sulfate, indoxyl sulfate and indole-3 acetic acid (IAA). Vascular lesions were evaluated by pulse pressure, aortic pulse wave velocity (PWV) and ankle/arm blood pressure index (AAI). Results showed a strong correlation between EPC number and PWV. Morover, an inverse correlation was shown between EPC number and the levels of 2m and IAA. This study shows for the first time a link between EPC number and arterial stiffness in HD patients. It also suggests that some uremic toxins may influence EPC number.AIX-MARSEILLE2-BU Méd/Odontol. (130552103) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Fréquentation de buses dédiées aux passages de la petite et moyenne faune sous deux autoroutes de l’ouest de la France. Bilan des deux premières années de suivis par pièges photographiques

Use by small and medium mammals of wildlife crossing structures on two motorways in south-western France. Results of the first two years of camera-trap surveys. Since 2012, camera-trap surveys have been carried out to study the use by wildlife of 9 newly-constructed underpasses on two motorways in south-western France (8 modified culverts and 1 underpass for small animals). A total of 5338 successful crossings of 16 small, medium and large mammal species were detected over a 9 to 24 month period (the duration varied with each site). The results comprise the majority of roadkill species, but micro-mammals were excluded from the survey. The mean observed daily crossing rate of 1.20 ± 0.70 SD per structure is comparable to other studies carried out in Western Europe at similar sites. Of the detected crossings, 91 % were made by 5 species : Eurasian badger Meles meles (45 %), Red fox Vulpes vulpes (19 %), Common rabbit Oryctolagus cuniculus (9 %), Common genet Genetta genetta (9 %) and Stone marten Martes foina (9 %). For these abundant species both the duration of the survey (number of days) and the season were shown to have a significant influence on the number of crossing events. Monitoring began shortly after the installation of each crossing structure. Over a 2-year period, an almost eight-fold increase in use was observed as wild fauna found the crossing structures and incorporated them into their movement patterns through adaptation periods and learning processes. Throughout the survey a decrease in refusal rate by Red fox and Badger was observed, supporting the ''habituation'' hypothesis. Usage was significantly different throughout the seasons for Badger, Red fox, Rabbit, and Stone marten. Each of these seasonal patterns could be correlated with species activity throughout the year. The initial survey results are encouraging and suggest that continued long-term monitoring is important to assess the effectiveness of crossing structures after the period of adaptation. To this end, our camera-trap surveys must be accompanied by appropriate additional sampling to measure the individual and population benefits for wildlife of these underpasses.Depuis 2012, 9 passages à petite et moyenne faune (8 buses sèches au droit d’ouvrages hydrauliques et une buse sèche en milieu boisé) nouvellement installés sous deux autoroutes du centre-ouest de la France ont été suivis par pièges photographiques sur des périodes variant de 9 à 24 mois selon les sites. Au total 5338 passages concernant 16 espèces de petits, moyens et grands Mammifères (Micromammifères exclus), comptant parmi celles les plus soumises aux collisions routières, ont été détectés. Le nombre moyen de passages par jour et par ouvrage observé de 1,20 ± 0,70 ET est similaire à d’autres suivis menés en Europe de l’Ouest sur des ouvrages semblables. Près de 91 % de ces passages sont attribuables à 5 espèces : le Blaireau Meles meles (45 %), le Renard roux Vulpes vulpes (19 %), le Lapin de garenne Oryctolagus cuniculus (9 %), la Genette commune Genetta genetta (9 %) et la Fouine Martes foina (9 %). Le nombre de jours de suivi et la saison influencent tout deux significativement les nombres de passages journaliers détectés de ces cinq espèces. Une augmentation du nombre de leurs passages d’un facteur 8 est observée sur les deux premières années de l’étude. Les suivis ayant démarré juste après la mise en service des ouvrages, cette augmentation peut s’expliquer au regard du temps nécessaire aux animaux pour trouver les dispositifs de franchissement et les incorporer dans leurs patrons de déplacements via une période d’adaptation et de processus d’apprentissage. Les diminutions significatives des taux de refus observées chez les Blaireau et Renard au cours du suivi corroborent l’hypothèse d’une accoutumance de la faune aux ouvrages. Indépendamment de la durée du suivi, les nombres de passages détectés de Blaireau, Renard, Lapin et Fouine montrent des saisonnalités spécifiques marquées ; celles-ci pouvant coïncider avec le rythme d’activité des espèces au cours de l’année. Ces premiers résultats sont encourageants et incitent à poursuivre le suivi pour mesurer l’efficacité des ouvrages une fois la période d’adaptation de la faune passée. Pour ce faire, le suivi par pièges photographiques devra être couplé d’échantillonnages additionnels pour évaluer les bénéfices individuels et populationnels de ces ouvrages pour la faune sauvage.Fagart Sylvain, Heurtebise Cédric, Quaintenne Gwenaël, Jourde Philippe, Micol Thierry. Fréquentation de buses dédiées aux passages de la petite et moyenne faune sous deux autoroutes de l’ouest de la France. Bilan des deux premières années de suivis par pièges photographiques. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 71, n°1, 2016. pp. 82-98

DNA reveals the existence of Myotis alcathoe in France (Chiroptera: Vespertilionidae)

Volume: 109Start Page: 643End Page: 65

BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria

International audienc

Vascular Incompetence in Dialysis Patients-Protein-Bound Uremic Toxins and Endothelial Dysfunction

International audiencePatients with chronic kidney disease (CKD) have a much higher risk of cardiovascular diseases than the general population. Endothelial dysfunction, which participates in accelerated atherosclerosis, is a hallmark of CKD. Patients with CKD display impaired endothelium-dependent vasodilatation, elevated soluble biomarkers of endothelial dysfunction, and increased oxidative stress. They also present an imbalance between circulating endothelial populations reflecting endothelial injury (endothelial microparticles and circulating endothelial cells) and repair (endothelial progenitor cells). Endothelial damage induced by a uremic environment suggests an involvement of uremia-specific factors. Several uremic toxins, mostly protein-bound, have been shown to have specific endothelial toxicity: ADMA, homocysteine, AGEs, and more recently, p-cresyl sulfate and indoxyl sulfate. These toxins, all poorly removed by hemodialysis therapies, share mechanisms of endothelial toxicity: they promote pro-oxidant and pro-inflammatory response and inhibit endothelial repair. This article (i) reviews the evidence for endothelial dysfunction in CKD, (ii) specifies the involvement of protein-bound uremic toxins in this dysfunction, and (iii) discusses therapeutic strategies for lowering uremic toxin concentrations or for countering the effects of uremic toxins on the endothelium