Families with BAP1-tumor predisposition syndrome in The Netherlands: Path to identification and a proposal for genetic screening guidelines

Germline pathogenic variants in the BRCA1-associated protein-1 (BAP1) gene cause the BAP1-tumor predisposition syndrome (BAP1-TPDS, OMIM 614327). BAP1-TPDS is associated with an increased risk of developing uveal melanoma (UM), cutaneous melanoma (CM), malignant mesothelioma (MMe), renal cell carcinoma (RCC), meningioma, cholangiocarcinoma, multiple non-melanoma skin cancers, and BAP1-inactivated nevi. Because of this increased risk, it is important to identify patients with BAP1-TPDS. The associated tumors are treated by different medical disciplines, emphasizing the need for generally applicable guidelines for initiating genetic analysis. In this study, we describe the path to identification of BAP1-TPDS in 21 probands found in the Netherlands and the family history at the time of presentation. We report two cases of de novo BAP1 germline mutations (2/21, 9.5%). Findings of this study combined with previously published literature, led to a proposal of guidelines for genetic referral. We recommend genetic analysis in patients with ≥2 BAP1-TPDS-associated tumors in their medical history and/or family history. We also propose to test germline BAP1 in patients diagnosed with UM <40 years, CM <18 years, MMe <50 years, or RCC <46 years. Furthermore, other candidate susceptibility genes for tumor types associated with BAP1-TPDS are discussed, which can be included in gene panels when testing patients

Gluons and the quark sea at high energies: distributions, polarization, tomography

This report is based on a ten-week program on "Gluons and the quark sea at high-energies", which took place at the Institute for Nuclear Theory in Seattle in Fall 2010. The principal aim of the program was to develop and sharpen the science case for an Electron-Ion Collider (EIC), a facility that will be able to collide electrons and positrons with polarized protons and with light to heavy nuclei at high energies, offering unprecedented possibilities for in-depth studies of quantum chromodynamics. This report is organized around four major themes: i) the spin and flavor structure of the proton, ii) three-dimensional structure of nucleons and nuclei in momentum and configuration space, iii) QCD matter in nuclei, and iv) Electroweak physics and the search for physics beyond the Standard Model. Beginning with an executive summary, the report contains tables of key measurements, chapter overviews for each of the major scientific themes, and detailed individual contributions on various aspects of the scientific opportunities presented by an EIC.Comment: 547 pages, A report on the joint BNL/INT/Jlab program on the science case for an Electron-Ion Collider, September 13 to November 19, 2010, Institute for Nuclear Theory, Seattle; v2 with minor changes, matches printed versio

A rational superfusion medium for the bioassay of E-type prostaglandins on the rat stomach strip

The optimum composition of a mixture of antagonist to be used in the bioassay of E-type prostaglandins was determined for the rat stomach strip (RSS). In the presence of atropine (10t−7M), indomethacin (10t−6M), propranolol (10t−4M), and tolazoline (10t−4M) the sensitivity of the RSS to muscarinic, α and β adrenergic and serotonergic agonists was greatly reduced whereas its responsiveness to PGE1 and PGE2 was unaltered. Using the oil-immersion-superfusion technique with this drug mixture, the bioassay of prostaglandins from samples also containing other agonists gave accurate estimates of the PG concentration of the samples using small amounts of 10−6M PGE1 or PGE2

Absorption and elimination kinetics of free essential amino acids in pigs

Die Kinetik von Absorption und Elimination von 6 freien Aminosäuren (Lysin, Methionin, Threonin, Tryptophan, Isoleucin und Cystin) wurde an 4 kastrierten männlichen Schweinen untersucht. Am ersten Tag der dreitätige Versuchsperiode wurde das Basisniveau der jeweiligen Aminosäure bestimmt, am zweiten Tag wurde die jeweilige Aminosäure oral verabreicht und am dritten Versuchstag intravenös appliziert. Die 6 Aminosäuren wurden mit zweitätigen Intervallen getestet. Die Plasma Konzentrationen der Aminosäuren wurden bestimmt und hinsichtlich der Basiskonzentrationen korrigiert. Absorption, Elimination und Bioverfügbarkeit wurden an Hand pharmakokinetischer Modelle aus den Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven berechnet. Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven nach oraler Verabreichung von Tryptophan und Cystin wurden am besten bestimmt mit einem Ein-Kompartiment-Modell. Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven nach oraler Verabreichung von Lysin, Methionin, Threonin und Isoleucin wurden am besten bestimmt mit einem Zwei-Kompartiment-Modell mit einer Wartezeit für Lysin (0.46 Uhr) und Threonin (0.65 Uhr). Die Absorptionshalbwertszeit war nicht signifikant verschieden und am kürzesten für Lysin (1.14 Uhr) und längsten für Tryptophan (1.73 Uhr). Das Konzentrationsmaxium wurde zuerst von Cystin und Tryptophan und zuletzt von Lysin und Threonin erreicht. Die Eliminationshalbwertszeit war am kürzesten bei Tryptophan und Cystin (0.73–0.74 Uhr) und signifikant länger bei Methionin, Threonin, Isoleucin und Lysin. Die Bioverfügbarkeit von Methionin (76%), Tryptophan (76%) und Cystin (59%) war signifikant niedriger als die von Threonin (80%), Lysin (86%) und Isoleucin (beinahe 100%)

Biomonitoring with the buzzard Buteo buteo in the Netherlands: Heavy metals and sources of variation

The feasibility of using Buzzards found dead as indicators of environmental contamination was tested. Liver, kidney, and tibia specimens were examined for the presence of Cd, Cu, Pb, Mn, and Fe, which were used as markers. All buzzards submitted to the Veterinary Institute in 1992 were examined for cause of death and condition. Results showed that more than half had been poisoned or shot. As the condition of the birds worsened, fat reserves were depleted before protein reserves. Concentrations of the heavy metals rose in liver and kidney as nutrient reserves fell. Since the content of heavy metal per organ was not related to body condition, content was considered a better measure for biomonitoring. The concentrations of Cd, Cu, Pb, Mn, or Fe measured in buzzards were not toxic. In several places buzzards had recently ingested relatively large amounts Cd and/or Pb. Buzzards with high contents of Cd, Cu, Pb, and Mn were found in areas having more than average contamination. The North-South gradient in aerosol deposition and soil content of heavy metals (especially Cd & Pb) was reflected in the Buzzard. We concluded that the Buzzard is a suitable and cost-effective biomonitor, to investigate the bioavailability of ecocontaminants in large areas, to signal gross changes in food webs, and to monitor raptor persecution

Absorption and elimination kinetics of free essential amino acids in pigs

Die Kinetik von Absorption und Elimination von 6 freien Aminosäuren (Lysin, Methionin, Threonin, Tryptophan, Isoleucin und Cystin) wurde an 4 kastrierten männlichen Schweinen untersucht. Am ersten Tag der dreitätige Versuchsperiode wurde das Basisniveau der jeweiligen Aminosäure bestimmt, am zweiten Tag wurde die jeweilige Aminosäure oral verabreicht und am dritten Versuchstag intravenös appliziert. Die 6 Aminosäuren wurden mit zweitätigen Intervallen getestet. Die Plasma Konzentrationen der Aminosäuren wurden bestimmt und hinsichtlich der Basiskonzentrationen korrigiert. Absorption, Elimination und Bioverfügbarkeit wurden an Hand pharmakokinetischer Modelle aus den Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven berechnet. Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven nach oraler Verabreichung von Tryptophan und Cystin wurden am besten bestimmt mit einem Ein-Kompartiment-Modell. Plasmakonzentrations-Zeit-Kurven nach oraler Verabreichung von Lysin, Methionin, Threonin und Isoleucin wurden am besten bestimmt mit einem Zwei-Kompartiment-Modell mit einer Wartezeit für Lysin (0.46 Uhr) und Threonin (0.65 Uhr). Die Absorptionshalbwertszeit war nicht signifikant verschieden und am kürzesten für Lysin (1.14 Uhr) und längsten für Tryptophan (1.73 Uhr). Das Konzentrationsmaxium wurde zuerst von Cystin und Tryptophan und zuletzt von Lysin und Threonin erreicht. Die Eliminationshalbwertszeit war am kürzesten bei Tryptophan und Cystin (0.73–0.74 Uhr) und signifikant länger bei Methionin, Threonin, Isoleucin und Lysin. Die Bioverfügbarkeit von Methionin (76%), Tryptophan (76%) und Cystin (59%) war signifikant niedriger als die von Threonin (80%), Lysin (86%) und Isoleucin (beinahe 100%)