Towards a scientific interpretation of the terroir concept: plasticity of the grape berry metabolome

BACKGROUND: The definition of the terroir concept is one of the most debated issues in oenology and viticulture. The dynamic interaction among diverse factors including the environment, the grapevine plant and the imposed viticultural techniques means that the wine produced in a given terroir is unique. However, there is an increasing interest to define and quantify the contribution of individual factors to a specific terroir objectively. Here, we characterized the metabolome and transcriptome of berries from a single clone of the Corvina variety cultivated in seven different vineyards, located in three macrozones, over a 3-year trial period. RESULTS: To overcome the anticipated strong vintage effect, we developed statistical tools that allowed us to identify distinct terroir signatures in the metabolic composition of berries from each macrozone, and from different vineyards within each macrozone. We also identified non-volatile and volatile components of the metabolome which are more plastic and therefore respond differently to terroir diversity. We observed some relationships between the plasticity of the metabolome and transcriptome, allowing a multifaceted scientific interpretation of the terroir concept. CONCLUSIONS: Our experiments with a single Corvina clone in different vineyards have revealed the existence of a clear terroir-specific effect on the transcriptome and metabolome which persists over several vintages and allows each vineyard to be characterized by the unique profile of specific metabolites.Andrea Anesi, Matteo Stocchero, Silvia Dal Santo, Mauro Commisso, Sara Zenoni, Stefania Ceoldo, Giovanni Battista Tornielli, Tracey E. Siebert, Markus Herderich, Mario Pezzotti and Flavia Guzz

Evidence Mapping zur Entscheidungsfindung: Machbarkeit versus Genauigkeit - wann lässt sich von hoch sensitiven elektronischen Recherchen absehen?

Background: Mapping the evidence is a relatively new methodological approach and may be helpful for the development of research questions and decisions about their relevance and priority. However, the amount of data available today leads to challenges for scientists sometimes being confronted with literature searches retrieving over 30,000 results for screening. Objectives: We conducted an evidence mapping of the topic "diabetes and driving" to investigate its suitability for an evidence-based national clinical guideline. In addition, we compared a highly sensitive search with a highly specific one.Methods: Based on a systematic review, our database searches were limited to publications from 2002 to present in English and German language. Results: Due to the strongly focused topic and the limits, our sensitive search identified a manageable number of references including sufficient evidence to answer our research question. Using the specific search strategy, we achieved a reduction of citations by 25%, concurrently identifying 88% of relevant references.Conclusions: Evidence mapping with the intention of gaining an overview of a research field does not require high level accuracy in contrary to systematic reviews. Keeping this distinction in mind, a mass of extraneous information will be avoided by using specific instead of highly sensitive search strategies.Hintergrund: Evidence Mapping ist eine vergleichsweise neue methodische Herangehensweise, die für die Entwicklung von Forschungsfragen und Entscheidungen über deren Relevanz oder Priorität hilfreich sein kann. Allerdings stellt die Menge der heutzutage zur Verfügung stehenden Daten eine Herausforderung für Wissenschaftler dar, die zum Teil mit Ergebnissen von Datenbankrecherchen konfrontiert sind, die über 30.000 identifizierte Literaturstellen für ein erstes Screening umfassen.Ziele: Zur Überprüfung der Eignung des Themas "Diabetes und Fahrerlaubnis" als Fragestellung für eine evidenzbasierte nationale klinische Leitlinie wurde ein Evidence Mapping durchgeführt. Darüber hinaus wurde eine hoch sensitive mit einer hoch spezifischen Suchstrategie verglichen.Methoden: Auf der Basis eines systematischen Reviews waren die Datenbankrecherchen auf den Zeitraum von 2002 bis heute begrenzt sowie auf deutsche und englische Publikationen.Ergebnisse: Aufgrund der stark fokussierten Fragestellung und der Begrenzungen ergab die hoch sensitive Recherche eine handhabbare Menge von Literaturstellen, die ausreichend Evidenz enthielten, um die Fragestellung nach der Eignung des Themas für eine evidenzbasierte Leitlinie positiv beantworten zu können. Unter Anwendung der hoch spezifischen Suchstrategie wurde eine Reduktion der Literaturstellen um 25% erreicht, mit der 88% der relevanten Literaturstellen identifiziert werden konnten.Schlussfolgerung: Um eine Übersicht über ein Forschungsgebiet zu erlangen, ist im Gegensatz zu systematischen Reviews, die zur Reduktion von Bias die Darstellung der vollständigen, identifizierbaren Evidenz enthalten müssen, keine Recherche von größter Genauigkeit erforderlich. Unter Berücksichtigung dieses methodischen Unterschieds kann unter Anwendung einer hoch spezifischen Recherche anstelle einer hoch sensitiven eine große Menge zu bearbeitender, aber überflüssiger Informationen vermieden werden

Kritische Bewertung von RCTs nach einem EBM-Grundkurs im dritten Studienjahr im Vergleich zur Expertenbewertung

Introduction: An essential aim of courses in evidence-based medicine (EBM) is to improve the skills for reading and interpreting medical literature adequately. Regarding the conceptual framework, it is important to consider different educational levels.Aim: Our primary aim was to investigate the applicability of different instruments for the assessment of methodological study quality by 3rd grade students after short courses in EBM. Our secondary outcomes were agreement with expert assessments and student's knowledge and competences.Methods: We conducted four short courses in EBM of 90 minutes each for health care management and medical students focused on critical appraisal of the literature. At the end, the students assessed five publications about randomized controlled trials (RCTs) using five different instruments; the results were compared to expert assessments.Results: In total, 167 students participated in our EBM courses. Students' assessments showed a non-systematic over- and underestimation of risk of bias compared to expert assessments with no clear direction. Agreement with expert assessments ranged between 66% to over 80%. Across RCTs, evidence was found that the choice of instrument had an impact on agreement rates between expert and student assessments (p=0.0158). Three RCTs showed an influence of the instrument on the agreement rate (p<0.05 each). Discussion: Our results contrast sharply with those of many other comparable evaluations. Reasons may be a lack of students' motivation due to the compulsory courses, and the comparison to a reference standard in addition to self-ratings causing objectivity.Conclusion: Undergraduates should become familiar with the principles of EBM, including research methods, and the reading of scientific papers as soon as possible. For a deeper understanding, clinical experience seems to be an indispensable precondition. Based on our results, we would recommend an integration of lectures about EBM and critical appraisal at least twice during studies and with greater intensity shortly before graduation.Einleitung: Ein wesentliches Ziel von Kursen in evidenzbasierter Medizin (EBM) ist die Verbesserung von Fähigkeiten für adäquates Lesen und Interpretieren medizinischer Fachliteratur. Hinsichtlich der Konzeption ist es wichtig, unterschiedliche Ausbildungsgrade zu berücksichtigen.Ziel: Primäres Ziel war die Untersuchung der Anwendbarkeit verschiedener Instrumente zur Bewertung der methodischen Qualität von publizierten Studien durch Studenten im dritten Studienjahr nach einem Kurzlehrgang in EBM. Sekundäre Ziele waren Übereinstimmung mit Experten-Bewertungen sowie Kenntnisse und Kompetenzen der Studenten.Methoden: Vier Veranstaltungen zur EBM von jeweils 90 Minuten wurden für Medizinmanagement- und Medizinstudenten mit dem Fokus auf die kritische Bewertung von Literatur in Hinblick auf ein Bias-Risiko durchgeführt. Am Ende bewerteten die Studenten fünf Publikationen über randomisierte klinische Studien (RCTs) mit fünf verschiedenen Instrumenten; die Ergebnisse wurden mit Bewertungen von Experten verglichen.Ergebnisse: Insgesamt nahmen 167 Studenten an den EBM-Kursen teil. Im Vergleich zu den Experten-Bewertungen zeigten die Bewertungen der Studenten eine nicht systematische Über- und Unterschätzung des Bias-Risikos ohne erkennbare Richtung. Die Übereinstimmung mit den Experten-Bewertungen reichte von 66% bis über 80%. Für die RCTs zeigte sich, dass die Auswahl des Instruments einen Einfluss auf die Übereinstimmungsrate zwischen studentischen und Experten-Bewertungen hatte (p=0,0158). Bei drei RCTs konnte ein Einfluss des Instruments auf die Übereinstimmungsrate festgestellt werden (jeweils p<0,05).Diskussion: Die Ergebnisse stehen in starkem Widerspruch zu denen vieler anderer, vergleichbarer Erhebungen. Gründe können in der mangelnden Motivation der Studenten für die Pflichtveranstaltung liegen. Es ist aber auch möglich, dass der Vergleich mit einem Referenzstandard als Ergänzung zu Selbstauskünften zu Objektivität führte.Schlussfolgerung: Nicht graduierte Studenten sollten mit den Prinzipien der EBM so früh wie möglich vertraut gemacht werden, ebenso mit Forschungsmethoden und der Lektüre von wissenschaftlichen Publikationen. Für ein tieferes Verständnis scheint klinische Erfahrung eine unverzichtbare Voraussetzung zu sein. Auf der Basis unserer Ergebnisse empfehlen wir, Veranstaltungen zur EBM und kritischen Bewertung mindestens zweimal im Studienverlauf und mit größerer Intensität kurz vor dem Abschluss durchzuführen