BioWorkbench: A High-Performance Framework for Managing and Analyzing Bioinformatics Experiments

Advances in sequencing techniques have led to exponential growth in biological data, demanding the development of large-scale bioinformatics experiments. Because these experiments are computation- and data-intensive, they require high-performance computing (HPC) techniques and can benefit from specialized technologies such as Scientific Workflow Management Systems (SWfMS) and databases. In this work, we present BioWorkbench, a framework for managing and analyzing bioinformatics experiments. This framework automatically collects provenance data, including both performance data from workflow execution and data from the scientific domain of the workflow application. Provenance data can be analyzed through a web application that abstracts a set of queries to the provenance database, simplifying access to provenance information. We evaluate BioWorkbench using three case studies: SwiftPhylo, a phylogenetic tree assembly workflow; SwiftGECKO, a comparative genomics workflow; and RASflow, a RASopathy analysis workflow. We analyze each workflow from both computational and scientific domain perspectives, by using queries to a provenance and annotation database. Some of these queries are available as a pre-built feature of the BioWorkbench web application. Through the provenance data, we show that the framework is scalable and achieves high-performance, reducing up to 98% of the case studies execution time. We also show how the application of machine learning techniques can enrich the analysis process

De Roma a Sodoma: Uma análise estruturalista de Orphéus, Eurydíkē e Lot

Este breve ensaio busca, por meio da análise estruturalista e distanciada indicada por Lévi-Strauss, aproximar o conjunto de funções literárias das relações presentes entre os personagens principais do mito de Orphéus e Eurydíkē, fundadores dos mistérios órficos da Antiguidade Clássica, e de Lot e sua esposa, apresentados no Livro de Gênesis. Os pontos correlacionados são: o ponto de partida da jornada de ambos os casais, a figura mítico-mágica que anuncia a saída, o olhar para trás da figura feminina e a punição sobre elas exercida

O Que os Países Escutam: Analisando a Rede de Gêneros Musicais ao Redor do Mundo

Plataformas de streaming de música são cada vez mais populares, facilitando o acesso ao conteúdo musical. Esse efeito amplia o alcance de diferentes estilos musicais, incrementando a diversidade de gêneros musicais escutados nos diferentes países do mundo. A fim de melhor entender essa diversidade, neste artigo foi construída e analisada uma rede complexa de artistas, gêneros musicais e países utilizando dados do Spotify. Como resultado, além de identificar comunidades de países com gêneros musicais semelhantes, nós mostramos como a diversidade de gêneros influencia a estrutura da rede considerada. Nós também classificamos os gêneros musicais mais comumente escutados utilizando métricas de centralidade e analisamos como ocorre a difusão de gêneros ao longo do tempo, incluindo um estudo de caso sobre música viral

Traumatismo facial em pacientes geriátricos: Epidemiologia e complicações / Facial trauma in geriatric patients: Epidemiology and complications

Pacientes idosos exigem atendimento diferenciado em casos de trauma maxilofacial, devido a presença de alterações anatômicas e fisiológicas específicas. O objetivo deste trabalho foi realizar uma revisão bibliográfica referente aos fatores etiológicos dos traumas maxilofaciais na população geriátrica. Foi realizado um levantamento na base de dados online PubMED/Medline, de artigos publicados nos cinco anos, em julho do presente ano, utilizando os descritores: maxillofacial trauma AND "the elderly" AND treatment. selecionando os artigos que contemplaram os critérios estabelecidos. De um total de 11 artigos completos levantados, quatro (36,4%) foram excluídos por não condizerem com o assunto, restando sete (63,6%), que foram utilizados, sendo todos esses, estudos de coorte retrospectivos. A prevalência do trauma facial em pacientes idosos e a escassez de pesquisas relacionadas ao tema requerem maiores enfoque e atenção, tanto da comunidade científica, quanto dos gestores de sistemas de saúde. Isso não apenas pelas particularidades que essa população apresenta e que podem interferir grandemente no tratamento, mas também para enfatizar e reforçar os meios de prevenção de traumas, visto que os principais fatores etiológicos das fraturas faciais são situações evitáveis

Bosonic D-branes at finite temperature with an external field

Bosonic boundary states at finite temperature are constructed as solutions of boundary conditions at $T\neq 0$ for bosonic open strings with a constant gauge field $F_{ab}$ coupled to the boundary. The construction is done in the framework of thermo field dynamics where a thermal Bogoliubov transformation maps states and operators to finite temperature. Boundary states are given in terms of states from the direct product space between the Fock space of the closed string and another identical copy of it. By analogy with zero temperature, the boundary states heve the interpretation of $Dp$-brane at finite temperature. The boundary conditions admit two different solutions. The entropy of the closed string in a $Dp$-brane state is computed and analysed. It is interpreted as the entropy of the $Dp$-brane at finite temperature.Comment: 21 pages, Latex, revised version with minor corrections and references added, to be published in Phys. Rev.

Connectome hubs at resting state in children and adolescents:reproducibility and psychopathological correlation

AbstractFunctional brain hubs are key integrative regions in brain networks. Recently, brain hubs identified through resting-state fMRI have emerged as interesting targets to increase understanding of the relationships between large-scale functional networks and psychopathology. However, few studies have directly addressed the replicability and consistency of the hub regions identified and their association with symptoms. Here, we used the eigenvector centrality (EVC) measure obtained from graph analysis of two large, independent population-based samples of children and adolescents (7–15 years old; total N=652; 341 subjects for site 1 and 311 for site 2) to evaluate the replicability of hub identification. Subsequently, we tested the association between replicable hub regions and psychiatric symptoms. We identified a set of hubs consisting of the anterior medial prefrontal cortex and inferior parietal lobule/intraparietal sulcus (IPL/IPS). Moreover, lower EVC values in the right IPS were associated with psychiatric symptoms in both samples. Thus, low centrality of the IPS was a replicable sign of potential vulnerability to mental disorders in children. The identification of critical and replicable hubs in functional cortical networks in children and adolescents can foster understanding of the mechanisms underlying mental disorders