Rare predicted loss-of-function variants of type I IFN immunity genes are associated with life-threatening COVID-19

Background: We previously reported that impaired type I IFN activity, due to inborn errors of TLR3- and TLR7-dependent type I interferon (IFN) immunity or to autoantibodies against type I IFN, account for 15–20% of cases of life-threatening COVID-19 in unvaccinated patients. Therefore, the determinants of life-threatening COVID-19 remain to be identified in ~ 80% of cases. Methods: We report here a genome-wide rare variant burden association analysis in 3269 unvaccinated patients with life-threatening COVID-19, and 1373 unvaccinated SARS-CoV-2-infected individuals without pneumonia. Among the 928 patients tested for autoantibodies against type I IFN, a quarter (234) were positive and were excluded. Results: No gene reached genome-wide significance. Under a recessive model, the most significant gene with at-risk variants was TLR7, with an OR of 27.68 (95%CI 1.5–528.7, P = 1.1 × 10−4) for biochemically loss-of-function (bLOF) variants. We replicated the enrichment in rare predicted LOF (pLOF) variants at 13 influenza susceptibility loci involved in TLR3-dependent type I IFN immunity (OR = 3.70[95%CI 1.3–8.2], P = 2.1 × 10−4). This enrichment was further strengthened by (1) adding the recently reported TYK2 and TLR7 COVID-19 loci, particularly under a recessive model (OR = 19.65[95%CI 2.1–2635.4], P = 3.4 × 10−3), and (2) considering as pLOF branchpoint variants with potentially strong impacts on splicing among the 15 loci (OR = 4.40[9%CI 2.3–8.4], P = 7.7 × 10−8). Finally, the patients with pLOF/bLOF variants at these 15 loci were significantly younger (mean age [SD] = 43.3 [20.3] years) than the other patients (56.0 [17.3] years; P = 1.68 × 10−5). Conclusions: Rare variants of TLR3- and TLR7-dependent type I IFN immunity genes can underlie life-threatening COVID-19, particularly with recessive inheritance, in patients under 60 years old

COMPARAISON DE LA PRODUCTION DE POMME DE TERRE (Solanum tuberosum) SELON L'ORIGINE DES TUBERCULES (GUADELOUPE OU FRANCE) LEUR MODE ET DUREE DE CONSERVATION

La production de pomme de terre issues de tubercules semences conservés 6,7,8 et 9 mois en chambre froide (7°), puis mis au terrain en basse altitude dans les conditions de la Guadeloupe, a été comparée à celle des tubercules importés nouvellement récoltés et conservés à température ambiante. Les meilleures productions sont enregistrées avec les plants de tubercules conservés. Un léger effet dépressif de la conservation n'apparait qu'à partir de 9 mois Dans la perspective d'une plantation, il ressort que les tubercules sains récoltés en Février dans nos conditions peuvent être plantés la saison de culture suivante avec une sécurité de production satisfaisante. ----- Yiel of Irish Potatofrom planting sets kept 6,7,8 and 9 months in cold storage (7° C) compared with that of imported sets freshly harvested and kept at room temperature. Best yields are obtained with stored sets. Slight depressive effect of storage is noticeable only after 9 months... Regarding production it results that healthy tubers harvested in February in Guadeloupe can be stored for planting at the following season with a good prospec

COMPORTEMENT DE QUELQUES VARIETES DE POMME DE TERRE (Solanum tuberosum) INTRODUITES ET CULTIVEES EN BASSE ALTITUDE DANS LES CONDITIONS ECOLOGIQUES DE LA GUADELOUPE

En 1987, à partir de tubercules de 15 variétés de pomme de terre et de 13 en 1988, nous avons réalisé des essais multilocaux en 2 localités : - Basse-Terre où le sol est ferralitique argileux avec présence de Pseudomonas solanacearum - Grande-Terre où le sol est un vertisol calcaire avec absence de Pseudomonas solanacearum Dès 1987-88, nous avons retenu 8 variétés présentant des traits intéressants du point de vue de la qualité, de la production de tubercules et des tendances significativement bonnes contre les agressions parasitaires. Dans nos essais de confirmation en 1988-89, ces variétés se sont avérées acceptables avec une dominance pour Korrigane - Spunta - Désirée et Kennebec qui sont les variétés retenues pour leurs capacités d'adaptation aux différents terrains et à nos conditions climatiques de plaine. ----- In 1987 with 15 varieties, and 1988 with 13 varieties we have realized trials in two localities : - Basse-Terre : on ferralitic clay-soils with presence of Pseudomonas solanacearum - Grande-Terre : on calcareous vertisols in absence of Pseudomonas solanacearum From 1987-1988 we have noticed 8 varieties with interesting characteristics for quality, yield and reactions to parasitism. This was confirmed in 1988- 1989 with outstanding traits for Korrigane, Spunta, Désirée and Kennebec which are the varieties retained for their adaptation to different soils in our low altitude growing conditions

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