Identifying Molecular Markers Suitable For Frl Selection in Tomato Breeding

Modern plant breeding heavily relies on the use of molecular markers. In recent years, next generation sequencing (NGS) emerged as a powerful technology to discover DNA sequence polymorphisms and generate molecular markers very rapidly and cost effectively, accelerating the plant breeding programmes. A single dominant locus, Frl, in tomato provides resistance to the fungal pathogen Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici (FORL), causative agent of Fusarium crown and root rot. In this study, we describe the generation of molecular markers associated with the Frl locus. An F2 mapping population between an FORL resistant and a susceptible cultivar was generated. NGS technology was then used to sequence the genomes of a susceptible and a resistant parent as well the genomes of bulked resistant and susceptible F2 lines. We zoomed into the Frl locus and mapped the locus to a 900 kb interval on chromosome 9. Polymorphic single-nucleotide polymorphisms (SNPs) within the interval were identified and markers co-segregating with the resistant phenotype were generated. Some of these markers were tested successfully with commercial tomato varieties indicating that they can be used for marker-assisted selection in large-scale breeding programmes

New Specimens of Nemegtomaia from the Baruungoyot and Nemegt Formations (Late Cretaceous) of Mongolia

Two new specimens of the oviraptorid theropod Nemegtomaia barsboldi from the Nemegt Basin of southern Mongolia are described. Specimen MPC-D 107/15 was collected from the upper beds of the Baruungoyot Formation (Campanian-Maastrichtian), and is a nest of eggs with the skeleton of the assumed parent of Nemegtomaia on top in brooding position. Much of the skeleton was damaged by colonies of dermestid coleopterans prior to its complete burial. However, diagnostic characters are recovered from the parts preserved, including the skull, partial forelimbs (including the left hand), legs, and distal portions of both feet. Nemegtomaia represents the fourth known genus of oviraptorid for which individuals have been found on nests of eggs. The second new specimen, MPC-D 107/16, was collected a few kilometers to the east in basal deposits of the Nemegt Formation, and includes both hands and femora of a smaller Nemegtomaia individual. The two formations and their diverse fossil assemblages have been considered to represent sequential time periods and different environments, but data presented here indicate partial overlap across the Baruungoyot-Nemegt transition. All other known oviraptorids from Mongolia and China are known exclusively from xeric or semi-arid environments. However, this study documents that Nemegtomaia is found in both arid/aeolian (Baruungoyot Formation) and more humid/fluvial (Nemegt Formation) facies

A segmented Paleocene cheilostomatous bryozoan and its possible relationships with pseudarcellids

Paired, cup-like calcitic structures from the Paleocene of Pomerania, Poland, are interpreted as complete zoaria or zoarial segments of an unknown group of cheilostomatous Bryozoa. Each of the cups in the twinned unit resembles the alleged Eocene tintinnid Pseudarcella. These fossil organisms may thus represent a connecting link between the more complex segmented bryozoan of bicorniferids and the extremely simplified pseudarcellids. Geminella polonica gen. et sp. n. is proposed.Z osadów paleocenu (montu) z Polski północnej, opisano Geminella polonica gen. et sp. n., stanowiącą nieznany dotąd typ kolonii, bądź segment kolonii mszywiołów Cheilostomata Anasca, o nieustalonej przynależnosci do rodziny. Segmenty G. polonica mają postać (kształt) odwróconej do góry gruszki i składają się z dwóch zooeciów, z których każde posiada terminalne ujście, natomiast tylko proksymalne zooecium jest wydłuożne u podstawy i zaopatrzone w kanalik. Wydaje się, że niektóre zooecia mają boczne, kieszeniowate, otwarte na zewnątrz wypukłości. Trudno ustalić, czy G. polonica tworzyła kolonie płożące czy drzewkowate. Pojedyncze zooecia pod wieloma względami, zwłaszcza kształtem ogólnym i wykształceniem części oralnej, przypominają wapienne mikroskamieniałości zaliczane do pseudarcellidów, znane od paleocenu do oligocenu, z Europy, zachodniej Azji i Ameryki Płn., które traktowano dotąd jako otwornice, mikroproblematyki, bądź tintinnidy. Opisane dotąd liczne rodzaje i gatunki tej grupy mikroskamieniałości, wydzielone w oparciu o pokrój ogólny skorupki, wykształcenie części oralnej i położenie (jeśli istnieje) "nóżki" są nieuzasadnione; ta przypuszczalna zmienność pseudarcellidów zdaje się wynikać z kształtu (zapewne płożących) kolonii i/albo położenia poszczególnych osobnikow w obrębie kolonii. Wymienione cechy pseudarcellidów, a także zmienność dotycząca stopnia zwapnienia (perforowanej!) płytki oralnej sugerują, że należą one do mszywiołów, stanowiąc skrajne ogniwo w linii ewolucyjnej obejmującej bicorniferidy i Geminella

Palaeoenvironments of the Middle Miocene evaporite-bearing deposits from the Działoszyce Trough, Carpathian Foredeep, Poland, based on microfaunal studies

Analysis of microfossil distribution (foraminifera, ostracodes and bolboforms) in evaporite-bearing deposits from the Działoszyce Trough (northern Carpathian Foredeep) has allowed the distinction of three ecozones: the Globigerinoides ecozone (Lower Badenian), the Globigerina ecozone (Middle and Upper Badenian) including an evaporitic horizon, and the Anomalinoides dividens ecozone (Sarmatian). These ecozones are of ecostratigraphical significance and reflect major sea-level changes. The highest stands of sea-level correspond with the Globigerinoides ecozone and the upper part of the Globigerina ecozone, above the evaporites, and they are considered to relate to an influx of oceanic waters. Drastic climatic changes (cooling) and a sea-level fall that weakened bottom water circulation at the boundary between the Globigerinoides and Globigerina ecozones are considered the major factors which accounted for hypoxia (an oxygen-poor environment) that accompanied evaporitic deposition. The appearance of a specific ostracod assemblage (Xylocythere carpathica Szczechura and ?Microxestoleberis sp.) in Upper Badenian deposits is linked with the occurrence of active submarine hydrocarbon seepages

"Paijenborchellina" libyca sp. n. z górnego miocenu Libii

"Paijenborchellina libyca" sp.n., the first representative of this genus from the central part of northern Africa is described. The paleoecological and paleogeographical meaning of the group of ostracodes referred to by the author as "Paijenborchellina" and Paijenborchellina s.s. is considered."Paijenborchellina" libyca należy do grupy gatunków nazwanej tutaj “Paijen-borchellina”. Znane są one od dolnego eocenu (ewentualnie już od kredy) do dziś, w Afryce zachodniej i w Azji. Analiza rozprzestrzenienia stratygraficznego i geograficznego tych gatunków pozwala wnioskować o ich preferencjach paleoekologicznych i kierunku migracji "Paijenborchellina". Aczkolwiek kształtem skorupki gatunki te są zbliżone do typowej Paijenborchellina (z dolnej kredy ZSRR), to różnią się one od niej morfologią zewnętrzną. Jednocześnie w obrębie gatunków zaliczonych tutaj do "Paijenborchellina" — i jej podobnych, morfologia skorupki jest na tyle zmienna iż na razie trudno stwierdzić czy reprezentują one jeden rodzaj czy więcej

Biochronologia i ekologia otwornic środkowego miocenu południowo-wschodniej Polski

Middle and Late Miocene (Late Badenian and Sarmatian) foraminifera of the epicontinental deposits of SE Poland (Roztocze area) have been examined. These deposits, referred to the Late Badenian are correlated with N13—N14 standard biostratigraphic zones, based on planktonic foraminifera. Sarmatian, therefore, especially its deeper water deposits, appears to represent younger zones. Changes in water depth appeared to control distribution of benthonic forms, whereas climatic changes and water depth controlled distribution of planktonic forms. The Middle/Late Badenian boundary probably represents an ecostratigraphic event. A correlation is suggested relating the Middle Miocene deposits of the Roztocze area with those of the Polish Fore-Carpathian Depression. Bolboforma badenensis sp. n., a planktonic form of uncertain taxonomic affinity is described.Otwornice z odsłonięć miocenu z płd.-wsch. Polski (Roztocze) wykorzystano dla celów stratygraficznych i interpretacji ich warunków środowiskowych. Stwierdzono, iż spośród dających się zauważyć zmian parametrów środowiska, zmiany klimatyczne i batymetryczne kontrolowały rozprzestrzenienie otwornic planktonicznych, natomiast głównie zmiany batymetryczne wpływały na rozprzestrzenienie otwornic bentonicznych. Na podstawie otwornic planktonicznych zaliczono badane osady do środkowego i górnego badenu (sensu Papp, Cicha and Čtyroka 1978), wykluczając stwierdzony tam wcześniej dolny baden, a jednocześnie przypisano ekostratygraficzny charakter granicy pomiędzy środkowym i górnym badenem. Zmiany klimatyczne na granicy środkowego i górnego badenu, tj. ochłodzenie mogło spowodować powstanie osadów chemicznych, które zaliczane są tutaj do górnego badenu. Osady górnego badenu Roztocza zaliczone są do standardowej biostratygraficznej zony planktonowej N13— N14 tj. do górnej części miocenu środkowego. Otwornice bentoniczne umożliwiły stwierdzenie obecności na Roztoczu osadów sarmackich przy czym powstał problem wieku biofacji sarmackich. Pojawienie się elementów tych biofacji w osadach pełnomorskich (o normalnym zasoleniu), niewątpliwie badeńskich, pozwala przypuszczać, że w tym samym czasie mogły istnieć płytkowodne i wysłodzone zbiorniki, zawierające biofacje otwornicowe zdecydowanie sarmackie. “Anomalinoides dividens” Łuczkowska, uznawany dotąd jako forma charakteryzująca warstwy przejściowe pomiędzy badenem i sarmatem, potraktowany jest tutaj jako odmiana Cibicides lobatulus (Walker et Jacob), występująca już w niewątpliwym badenie. Wnioski stratygraficzne i ekologiczne, wynikające z badania mioceńskiej mikrofauny Roztocza wydają się aktualne dla synchronicznych osadów całej Paratetydy Centralnej. W pracy zawarto uwagi na temat taksonomii opracowanej mikrofauny, a nadto opisano Bolboforma badenensis sp.n., planktoniczną mikroskamieniałość o nieznanej przynależności systematycznej

Bifissurinella (Bryozoa) ze środkowego miocenu peratetydy centralnej

Bifissurinella cornifera sp.n. and Bifissurinella cf. triangularis Poignant et Ubaldo, 1973, are described from the Middle Miocene of the Central Paratethys. New morphological features are reported in the two species which may support the assignment of Bifissurinella to the Bryoza. The generic assignment of the described species is discussed.W pracy opisano Bifissurinella cornifera sp.n. i Bifissurinella cf. triangularis Poignant et Ubaldo, 1973, ze środkowego miocenu (badenu) Polski, z zapadliska przedkarpackiego. B. cornifera sp.n. znaleziono także w materiałach porównawczych z badenu Basenu Wiedeńskiego. Nieznane dotąd u tej grupy mikroskamieniałości szczegóły budowy stwierdzone w opisanym w pracy materiale, pozwoliły potwierdzić stanowisko Keija (1977), że reprezentują one mszywioły (Cheilostomata); inni badacze tej grupy mikroskamieniałości uznają je za problematyki. W pracy przedyskutowano przynależność rodzajową opisanych gatunków

Age and evolution of depositional environments of the supra-evaporitic deposits in the northern, marginal part of the Carpathian Foredeep: micropalaeontological evidence

A rich assemblage of microfossils, including foraminifera, ostracodes and bolboforms (calcareous phytoplankton) have been found in the supra-evaporitic deposits of the Pecten Beds (Upper Badenian) and Krakowiec Clays (Sarmatian) of Middle-Miocene age, which occur in the Jamnica S-119 borehole near Tarnobrzeg, in the central part of the Carpathian Foredeep. Environmental conditions have been deduced from these microfossils. Comparison with other parts of the Carpathian Foredeep shows that microfauna distribution depended on location within the sedimentary basin and on hydrological conditions. Poorly-diversified and specific microfossils were associated with evaporites and overlying sediments (particularly within the lower Pecten Beds and Krakowiec Clays), indicating poorly-oxygenated near-bottom waters. Possibly, "Upper-Badenian" and "Sarmatian" biofacies had already differentiated by the end of the Badenian. Distribution of the Upper Badenian microfauna and bolboforms in the Polish part of the Carpathian Foredeep and beyond shows that there was faunal exchange between the eastern and western parts of the Polish section of the Carpathian Foredeep, and indicates connection between the Central Paratethys and Mediterranean basin areas

Zmienność morfologiczna w grupie Globigerinoides-Orbulina ze środkowego miocenu Paratetydy Centralnej

Observations are made on the distribution and variability in the Globigerinoldes-Orbulina group in the Middle Miocene (Badenian) of Central Paratethys. The analysis of distribution and morphological diversity of planktic foraminifera versus environmental conditions prevailing in the Badenian of the studied area suggests that regional differentiation of the microfauna was controlled by bathymetric (or bathymetry-related) conditions and the stratigraphic — by climatic and, on a smaller scale, bathymetry-related ones. The differentiation is found within systematic groups (genera and species) of the analysed microfauna. In the case of foraminifera most sensitive to the above changes (representatives of Globigerinoides), it is also traceable in their final, adult morphology. The phenotypic nature is ascribed to the bioseries Globigerinoides-Praeorbulina and Orbulina or Velapertina, i.e. Globigerinoides-Orbulina group.W pracy zbadałam rozprzestrzenienie i zróżnicowanie morfologiczne otwornic planktonicznych ze środkowego miocenu (badenu) Paratetydy Centralnej (Polska, Bułgaria, Rumunia). W oparciu o analizę otwornic bentonicznych stwierdziłam, że głębokość na której żyły miała wpływ nie tylko na rozprzestrzenienie regionalne otwornic lecz także na morfologię ich niektórych przedstawicieli. Rozprzestrzenienie stratygraficzne otwornic planktonicznych zależało, poza batymetrią, także od innych czynników środowiska (temperatury?), niewątpliwie zmiennych w badenie Paratetydy Centralnej, które spowodowały zanik bądź modyfikację ich niektórych grup w młodszym badenie. W pracy podważyłam dotychczasowe znaczenie biostratygraficzne i podstawy taksonomii grupy otwornic Globigerinoides-Orbulina i/albo Velapertina, przypisując im charakter ekofenotypowy