Genome-wide analysis of the transcriptional response to drought stress in root and leaf of common bean

Genes related to the response to drought stress in leaf and root tissue of drought-susceptible (DS) and tolerant (DT) genotypes were characterized by RNA-Seq. In total, 54,750 transcripts, representative of 28,590 genes, were identified; of these, 1,648 were of high-fidelity (merge of 12 libraries) and described for the first time in the Andean germplasm. From the 1,239 differentially expressed genes (DEGs), 458 were identified in DT, with a predominance of genes in categories of oxidative stress, response to stimulus and kinase activity. Most genes related to oxidation-reduction terms in roots were early triggered in DT (T75) compared to DS (T150) suggestive of a mechanism of tolerance by reducing the damage from ROS. Among the KEGG enriched by DEGs up-regulated in DT leaves, two related to the formation of Sulfur-containing compounds, which are known for their involvement in tolerance to abiotic stresses, were common to all treatments. Through qPCR, 88.64% of the DEGs were validated. A total of 151,283 variants were identified and functional effects estimated for 85,780. The raw data files were submitted to the NCBI database. A transcriptome map revealed new genes and isoforms under drought. These results supports a better understanding of the drought tolerance mechanisms in beans

Aspectos agronômicos e qualidade de frutos de tangerineiras e pomeleiros no agreste meridional de Pernambuco

O estudo de genótipos promissores de copa e porta-enxerto em regiões potenciais para a produção de citros de mesa é fundamental para a continuidade do desenvolvimento do setor citrícola nacional. A microrregião de Garanhuns no Agreste Meridional Pernambucano e outras áreas potenciais do Nordeste brasileiro, devido às condições edafoclimáticas favoráveis ao cultivo de citros, podem gerar produção que poderá atender tanto o mercado regional quanto internacional. Assim, objetivou-se avaliar genótipos de tangerineiras e pomeleiros nas condições edafoclimáticas da região do Agreste Meridional de Pernambuco, mediante avaliação dos parâmetros agronômicos e características físicas, físico-químicas e químicas dos frutos, visando à diversificação da fruticultura. O experimento foi realizado na Estação Experimental de Brejão (IPA), onde foram avaliadas treze variedades de tangerineiras e híbridos e três pomeleiros. A avaliação do período de maturação foi identificada com acompanhamento do desenvolvimento do ramo floral até a maturação dos frutos. Para a análise do desenvolvimento das plantas utilizou-se o delineamento em blocos casualisados, com cinco repetições e uma planta por parcela, sendo avaliado o diâmetro do caule acima e abaixo do ponto de enxertia, o diâmetro de copa, altura da planta e volume de copa. Para a análise dos frutos utilizou-se o delineamento em blocos casualisados, com quatro repetições e quatro frutos por parcela, sendo utilizados doze descritores. Quanto ao período de maturação, as tangerineiras Murcott, Kinnow e Fortune Iniasel se enquadraram como de meia-estação, assim como, os pomeleiros Flame, Star Ruby e Henderson. A tangerineira Nova e o pomeleiro Flame apresentaram o menor volume de copa com 9,71 e 8,70 m³ respectivamente na última medição, característica positiva em programas de melhoramento genético de citros para obtenção de novas variedades de copa. Em relação aos frutos, a tangerina Robinson e o pomelo Henderson apresentaram as maiores médias de ratio com 20,83 e 5,93 respectivamente. Todas as tangerinas apresentaram calibre dentro do estabelecido pela Norma de Classificação dos Citros de Mesa, porém, as variedades Mexerica, Dancy e Swatow apresentaram média da massa dos frutos inferior as principais variedades de tangerinas comercializadas, assim como, as três variedades de pomeleiros estudadas.The study of promising genotypes of crown and rootstock in potential regions for the production of fresh citrus fruits is fundamental to the continued development of national citrus sector. The microregion of Garanhuns in Southern Agreste of Pernambuco and other potential areas of northeast of Brazil, due to favorable edafoclimatic conditions for growing citrus, can generate production that could serve both regional and international markets. Thus, the objective was to evaluate genotypes of tangerines and grapefruits at Southern Agreste of Pernambuco conditions, through evaluation of agronomic parameters and physical, chemical and physical-chemical characteristics of fruits, aiming at the diversification of fruticulture. The experiment was conducted at Experimental Station of Brejão (IPA), evaluating thirteen varieties of tangerines and hybrids and three grapefruits. The evaluation of the maturation period was identified with the accompanying from development floral branch to maturation of fruits. For the analysis of plant development, was used the randomized block design with five replications and one plant per plot, being evaluated the diameter of stem above and below of grafting point, the crown diameter, plant height and volume crown. For the analysis of the fruits was used the randomized block design with four replications and four fruits per plot, being used twelve descriptors. In relation to maturation period, the Murcott, Kinnow and Fortune Iniasel tangerines were classified as mid-season, even as the Flame, Star Ruby and Henderson grapefruits. The Nova tangerine and the Flame grapefruit presented the smallest crown volume with 9.71 and 8.70 cubic meters respectively in the last measurement, positive feature in citrus breeding programs to obtain new crown varieties. Regarding fruit, the Robinson tangerine and the Henderson grapefruit presented the highest ratio mean with 20.83 and 5.93 respectively. All tangerines showed diameter within the established by standard classification of fresh citrus fruits, however, the Mexerica, Dancy and Swatow varieties had average fruit weight less than the main commercialized tangerines, even as the three grapefruits varieties studied.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPE

Relação entre caracteres agronômicos e anatômicos em milho

Agronomic aspects such as productivity, plant height, the ear height, susceptibility to lodging and stem breakage have quantitative inheritance, being highly influenced by the environment, making it difficult to obtain superior genotypes through direct selection of these characters. The anatomical structures are more stable and their assessment, beyond simple and low cost, can be held in the early stages of the plant, different from the agronomic aspects that need to wait for it to be expressed and evaluated. Therefore, the objective of this work was to identify the associations between the anatomical characteristics of root, stem and leaf, and agronomic in maize varieties. Studies of genetic parameters, genotypic correlation, canonical correlation, factors analysis and path analysis across the agronomic characters (plant height, ear height, ear placement, lodging, plant breakage and grain yield), anatomic root (total área of root, central cylinder area, epidermal thickness, exodermis thickness, cortical parenchyma thickness, endoderm thickness, number of metaxylem vessels, phloem area, cortex thickness and metaxylem area), the stem (average area of xylem, average area of phloem, average area of vascular bundles and number of vascular bundles) and the leaf (bulliform cells thickness, adaxial epidermis thickness, abaxial epidermis thickness, mesophyll thickness, xylem area, phloem area, sclerenchyma area, average area of vascular bundles) were performed. In the study of associations between the anatomical characters of root and agronomic observed through the canonical correlation analysis the existence of relationship between plant height and anatomical characters total area of root, central cylinder area, cortex thickness and cortical parenchyma thickness. In the study of associations between the anatomical characters of stem and agronomic, based on factors analysis, strong association between number of vascular bundles, plant height ...Aspectos agronômicos como produtividade, estatura da planta, altura de inserção da espiga, suscetibilidade ao acamamento e quebramento do colmo apresentam herança quantitativa, sendo altamente influenciados pelo ambiente, o que dificulta a obtenção de genótipos superiores através da seleção direta desses caracteres. Já as estruturas anatômicas são mais estáveis e a sua avaliação, além de simples e de baixo custo, pode ser feita em estágios precoces da planta, diferente dos aspectos agronômicos que há necessidade de espera para que sejam expressos e assim avaliados. Sendo assim objetivou-se identificar a existência de associações entre os caracteres anatômicos da raiz, colmo e folha, e agronômicos em variedades de milho. Foram realizados estudos de parâmetros genéticos, correlação genotípica, correlação canônica, análise de fatores e de trilha através dos caracteres agronômicos (altura da planta, altura de inserção da espiga, posição relativa da espiga, acamamento, quebramento de planta e produtividade de grãos), anatômicos da raiz (área total da raiz, área do cilindro central, espessura da epiderme, espessura da exoderme, espessura do parênquima cortical, espessura da endoderme, número de vasos do metaxilema, área do floema, espessura do córtex e área do metaxilema), do colmo (área média do xilema, área média do floema, área média dos feixes vasculares e o números de feixes vasculares) e da folha (espessura das células buliformes, espessura da epiderme adaxial, espessura da epiderme abaxial, espessura do mesofilo, área do xilema, área do floema, área do esclerênquima, área média dos feixes vasculares). No estudo de associações entre os caracteres anatômicos da raiz e agronômicos observou-se através da análise da correlação canônica a existência de relação entre a altura de planta e os caracteres anatômicos área total da raiz, área do cilindro central, espessura..

Análise exploratória das características morfológicas e qualitativas de variedades de laranjeiras de mesa da coleção em brejão - PE

Este trabalho teve como objetivo avaliar as características morfológicas e os aspectos físicos, físico-químicos e químicos das plantas e dos frutos de 15 variedades de laranjas cedidas pelo Centro Nacional de Pesquisa de Mandioca e Fruticultura (Embrapa - CNPMF), e plantadas na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco, Brejão-PE. Foram avaliados: diâmetro do caule acima e abaixo da linha de enxertia e a relação entre eles, diâmetro da copa, altura da planta e volume de copa. Nos frutos, as avaliações consistiram em: formato, coloração do epicarpo, massa do fruto, massa do suco, altura e diâmetro do fruto, espessura do mesocarpo e do endocarpo, número de sementes por fruto e rendimento em suco. O delineamento experimental foi em blocos casualisados, com quatro repetições e uma planta por parcela. Para o aspecto qualitativo dos frutos, utilizou-se o mesmo delineamento, e foram avaliados através de 12 descritores. Apenas seis das variedades de laranjas estudadas estão dentro das exigências do Programa Brasileiro para a Modernização da Horticultura e cinco das variedades de laranjas mostraram-se com maturação diferente das descritas na literatura

A drought transcriptional map reveals new genes for the Mesoamerican common bean germplasm. [Complementary files].

This repository contains annotation files for <i>Phaseolus vulgaris</i> L. (Common bean) transcriptome assembly under drought conditions, including gene and exon annotations, non-coding RNAs prediction, ORFs prediction and variants annotations. The files are originated in analyse of RNA-Seq data. <br