Evidex

Advera Health Analytics launched Evidex in 2016. The database provides information on drug safety and adverse events

Optimierte Bestimmung der unterirdischen Pflanzenbiomasse in Theorie und Praxis

Will man den C oder N Eintrag von Pflanzen ermitteln, muss die unterirdische Pflanzenbiomasse möglichst exakt bestimmt werden. Diese besteht aus der Rhizodeposition und dem Wurzelsystem einer Pflanze. Als Rhizodeposition wird die Abgabe von organischen und anorganischen Verbindungen bezeichnet. Sie setzt sich unter anderem aus Wurzelfragmenten, Wurzelrandzellen, Wurzelexudaten und Lysaten zusammen. Auf Grund einer fehlenden Wurzelraumbegrenzung, ist die Erfassung des vollständigen Wurzelsystems einer Pflanze im Freiland problematisch. Zur Quantifizierung von Wurzelsystemen sind jedoch Freilandversuche stets Gefäßversuchen vorzuziehen, da nur so ein ungestörtes Wurzelwachstum erreicht werden kann. Als Konsequenz lassen sich unterschiedliche Wurzel-Spross-Verhältnisse in Gefäß- und Freilandversuchen feststellen. Verlagerungsprozesse innerhalb der Pflanze können zusätzlich die Berechnung der Rhizodeposition beeinflussen und so zur Über- oder Unterschätzung der unterirdischen Pflanzenbiomasse führen. Ziel war daher ein Beprobungsschema zu entwickeln, welches es ermöglicht die Wurzelbiomasse im Freiland zu erfassen und unterschiedliche Berechnungsmethoden der Rhizodeposition zu vergleichen. Hierfür wurden sowohl im Gefäß als auch im Freiland Erbsen mittels Dochtmethode mit multiplen 13C und 15N-Pulsen markiert, wodurch eine annähernd kontinuierliche Markierung simuliert wurde. Die Wurzelbiomasse der Erbse wurde im Freiland bestimmt, indem Unterproben mit einem definierten Volumen in 3 festgelegten Positionen im Bestand genommen wurden (direkt auf einer Pflanze; zwischen 2 Pflanzen in der Reihe; in der Mitte von 4 Pflanzen zwischen 2 Reihen). Durch die unterschiedliche Gewichtung der Positionen, die sich aus dem Beprobungsdurchmesser und dem Pflanze-/Reihenabstand ergaben, konnte die vollständige Wurzelbiomasse bestimmt werden. Die Rhizodeposition wurde mit einer Massenbilanz (1) und mit der Janzen und Bruinsma Methode (2) ermittelt. Zum Zeitpunkt der Blüte waren die Wurzelbiomasse und das Wurzel-Spross-Verhältnis im Feld um ein vielfaches Größer verglichen mit dem Gefäß. Bei der Berechnung nach Janzen und Bruinsma können Verlagerungsprozesse während der Blüte zur Überschätzung der Rhizodeposition führen. Erfolgt eine kontinuierliche Markierung über den gesamten Vegetationsverlauf, so kann die Rhizodeposition am Kulturende sowohl nach Janzen und Bruinsma als auch mit der Massenbilanz berechnet werden

Topical 11β-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 1 Inhibition Corrects Cutaneous Features of Systemic Glucocorticoid Excess in Female Mice

Glucocorticoid (GC) excess drives multiple cutaneous adverse effects, including skin thinning and poor wound healing. The ubiquitously expressed enzyme 11β-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (11β-HSD1) activates mouse corticosterone from 11-dehydrocorticosterone (and human cortisol from cortisone). We previously demonstrated elevated 11β-HSD1 activity during mouse wound healing, but the interplay between cutaneous 11β-HSD1 and systemic GC excess is unexplored. Here, we examined effects of 11β-HSD1 inhibition by carbenoxolone (CBX) in mice treated with corticosterone (CORT) or vehicle for 6 weeks. Mice were treated bidaily with topical CBX or vehicle (VEH) 7 days before wounding and during wound healing. CORT mice displayed skin thinning and impaired wound healing but also increased epidermal integrity. 11β-HSD1 activity was elevated in unwounded CORT skin and was inhibited by CBX. CORT mice treated with CBX displayed 51%, 59%, and 100% normalization of wound healing, epidermal thickness, and epidermal integrity, respectively. Gene expression studies revealed normalization of interleukin 6, keratinocyte growth factor, collagen 1, collagen 3, matrix metalloproteinase 9, and tissue inhibitor of matrix metalloproteinase 4 by CBX during wound healing. Importantly, proinflammatory cytokine expression and resolution of inflammation were unaffected by 11β-HSD1 inhibition. CBX did not regulate skin function or wound healing in the absence of CORT. Our findings demonstrate that 11β-HSD1 inhibition can limit the cutaneous effects of GC excess, which may improve the safety profile of systemic steroids and the prognosis of chronic wounds

Antarctic Surface Reflectivity Measurements from the ANITA-3 and HiCal-1 Experiments

The primary science goal of the NASA-sponsored ANITA project is measurement of ultra-high energy neutrinos and cosmic rays, observed via radio-frequency signals resulting from a neutrino- or cosmic ray- interaction with terrestrial matter (atmospheric or ice molecules, e.g.). Accurate inference of the energies of these cosmic rays requires understanding the transmission/reflection of radio wave signals across the ice-air boundary. Satellite-based measurements of Antarctic surface reflectivity, using a co-located transmitter and receiver, have been performed more-or-less continuously for the last few decades. Satellite-based reflectivity surveys, at frequencies ranging from 2--45 GHz and at near-normal incidence, yield generally consistent reflectivity maps across Antarctica. Using the Sun as an RF source, and the ANITA-3 balloon borne radio-frequency antenna array as the RF receiver, we have also measured the surface reflectivity over the interval 200-1000 MHz, at elevation angles of 12-30 degrees, finding agreement with the Fresnel equations within systematic errors. To probe low incidence angles, inaccessible to the Antarctic Solar technique and not probed by previous satellite surveys, a novel experimental approach ("HiCal-1") was devised. Unlike previous measurements, HiCal-ANITA constitute a bi-static transmitter-receiver pair separated by hundreds of kilometers. Data taken with HiCal, between 200--600 MHz shows a significant departure from the Fresnel equations, constant with frequency over that band, with the deficit increasing with obliquity of incidence, which we attribute to the combined effects of possible surface roughness, surface grain effects, radar clutter and/or shadowing of the reflection zone due to Earth curvature effects.Comment: updated to match publication versio

Optimizing copy number variation analysis using genome-wide short sequence oligonucleotide arrays

The detection of copy number variants (CNV) by array-based platforms provides valuable insight into understanding human diversity. However, suboptimal study design and data processing negatively affect CNV assessment. We quantitatively evaluate their impact when short-sequence oligonucleotide arrays are applied (Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0) by evaluating 42 HapMap samples for CNV detection. Several processing and segmentation strategies are implemented, and results are compared to CNV assessment obtained using an oligonucleotide array CGH platform designed to query CNVs at high resolution (Agilent). We quantitatively demonstrate that different reference models (e.g. single versus pooled sample reference) used to detect CNVs are a major source of inter-platform discrepancy (up to 30%) and that CNVs residing within segmental duplication regions (higher reference copy number) are significantly harder to detect (P < 0.0001). After adjusting Affymetrix data to mimic the Agilent experimental design (reference sample effect), we applied several common segmentation approaches and evaluated differential sensitivity and specificity for CNV detection, ranging 39–77% and 86–100% for non-segmental duplication regions, respectively, and 18–55% and 39–77% for segmental duplications. Our results are relevant to any array-based CNV study and provide guidelines to optimize performance based on study-specific objectives