Registracija i analiza ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu

The dissertation describes a method for registration and model-based analysis of transaortic valvular flow ultrasound images. The image analysis is done from segmented images, where the segmentation is obtained by segmentation propagation from the atlas. The results showed that variability of the automated segmentation relative to the manual is comparable to the intra-observer variability. From the segmentation morphological feature are extracted and it was shown that the symmetry of aortic outflow profile relates to postoperative functional recovery of patients with aortic stenosis, and that it is is better predictor of functional recovery than other routinely used measurements. The accuracy of the segmentation depends on the registration, which in turn depends on the atlas and correct alignment of atlas and image. Thus, methods for atlas formation and definitions of image similarity measure are investigated. We show that the atlas constructed from multiple template images and multiple expert segmentation is fast method for atlas formation which produce atlas whose properties are comparable to atlas obtained by more complex atlas formation methods. It is also discussed under which circumstances the proposed method produces the same result as the classical atlas fusion method. Also, a novel image similarity measure, named absolute joint moments, is proposed. It was shown, that absolute joint moments can be observed as a generalization of the correlation, but also, via cumulant expansion of the probability density function as the approximation of the mutual information. Experimental results also showed that absolute joint moments combine good properties of both correlation coefficient and mutual information.U ovom radu prikazana je metoda za registraciju i analizu ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu. Uporaba ultrazvučnih snimaka protoka je česta u kliničkoj dijagnostici i predstavlja dio svakodnevnog posla za kardiologe. Automatiziranje tog posla može olakšati i ubrzati postupak donošenja kliničke dijagnoze, te povećati pouzdanost i ponovljivost mjerenja. Ultrazvučne slike protoka dobivene su na temelju Dopplerovog efekta, te prikazuju kretanje objekta u ravnini ultrazvučnog vala. Za dijagnostiku je od posebne važnosti mjeriti brzine protoka, a mjereći kretanje preko aortnog zaliska Dopplerovom metodom u zapisu, uz protok, često zabilježimo otvaranje i zatvaranje zaliska. Zahvaljujući svom iskustvu kardiolozi su u stanju razlikovati koji dio ultrazvučne snimke predstavlja klinički važnu informaciju, a koji nevažnu, te su u stanju izmjeriti valjane vrijednosti čak i kada otvaranje i zatvaranje zalistaka zakrije dio informacije o protoku krvi. Prvi korak u obradbi i razumijevanju sadržaja slike, pa time i mjerenja objekta u slici, je segmentacija slike. Metode segmentacije slike temeljene na modelima predstavljaju jednostavan način da se potrebno predznanje ugradi u proces segmentacije slike. Osnovna ideja je da se algoritmu za segmentaciju dodijeli primjer na temelju kojega će on segmentirati sve ostale slučajeve. Kao primjer može poslužiti jedan element skupa (npr. prototip) ili više njih (uzorci). Kada govorimo o modelu, podrazumijevat ćemo primjer oblikovan na temelju raspoloživih uzoraka ili odabran iz njih. Ipak, važno je napomenuti kako metode segmentacije modelom obično ne podrazumijevaju i ne zahtijevaju treniranje prilikom izgradnje modela, tipično za druge algoritme što pokušavaju implementirati računalnu inteligenciju. Tipičan način ugradnje znanja u proces segmentacije je definiranje para sastavljenog od slike i pripadajuće segmentacije koju je predložio stručnjak, u našem slučaju kardiolog. Par definiran slikom i pripadajućom segmentacijom obično nazivamo atlasom. Koristeći atlas (odnosno bilo koju segmentiranu sliku) možemo segmentirati neku drugu sliku koristeći metodu prenošenja (eng. propagation) segmentacije. Prenošenje segmentacije sa slike koja ima poznatu segmentaciju na sliku koja nije segmentirana vrši se tako da se dvije slike upare u procesu registracije (uparivanja) slika nakon čega se segmentacija s atlasa preslika na sliku koju želimo segmentirati. Pretpostavka ovog procesa je da je moguće upariti slike na način da segmentacija pridružena atlasu odgovara željenoj segmentaciji slike. U osnovi to ovisi o definiciji sličnosti između dviju slika i dopuštenoj geometrijskoj transformaciji, odnosno o sposobnosti optimizacijskog algoritma da pronađe najveću sličnost među slikama u okvirima dopuštene transformacije. Nakon uvoda, pregleda nužnih matematičkih elemenata i pojmova, pregleda dosadašnjih istraživanja i opisa dohvata podataka ovaj rad opisuje četiri glavna dijela istraživanja, te njihove rezultate. Prvi dio se bavi segmentacijom ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska te izlučivanjem značajki iz dobivene segmentacije. Drugi dio ispituje metode za oblikovanje i/ili odabir modela, dok se treći dio bavi definicijom mjere sličnosti. Posljednji, četvrti dio pokazuje uporabu i korisnost razvijene metode za segmentaciju slika protoka preko aortnog zaliska. Prvi i posljednji dio predlažu rješenje zadanog problema koristeći varijacije postojećih metoda, dok središnji djelovi opisuju nov metodološki pristup, odnosno predstavljaju teoretsko unaprjeđenje i/ili poopće-nje postojećih metoda. Od rezultata bismo istaknuli da predložena automatska segmentacija utemeljena na modelu daje segemntaciju čija je varijabilonost u odnosu na segmentaciju koju je načinio kardiolog tek neznatno veća od varijabilosti dviju segmentacija načinjenih od istog kardiologa. Također, morfološke značajke izlučene iz segmentacije su pokazale da je simetričnost protoka preko aortnog zaliska u svezi s oporavkom pacijenta nakon zamjene zalistaka i da mjera simetričnosti bolje predviđa oporavak pacijenta no druge, rutinske mjere aortnog protoka. U teoretskom dijelu rada raspravljali smo kako točnost segementacije ovisi o atlasu i mjeri sličnosti između dviju slika. Pokazali smo da atlas izgrađen na temelju više slika i više segmentacija dobivenih od kardiologa postiže svojstva slična atlasima izgrađenim mnogo složenijim metodama. Također samo pokazali uz koje uvjete ovaj način konstrukcije atlasa rezultira atlasom koji postiže istu točnost kao segmentacija nastala kombiniranjem više atlasa - poznatija i kao fuzija atlasa. Nova mjera sličnosti koju predlažemo nazvali smo međumomentna mjera jer je temeljena na apsolutnoj sumi međusobnih momenata. Pokazali smo da ovakva mjera može biti promatrana kao generalizacija korelacije, ali i da raspisom funkcije gustoće vjerojatnosti preko kumulanata, može biti gledana kao aproksimacija međusobne informacije. Eksperimentalni rezultati su također pokazali da međumomentna mjera kombinira dobra svojstva i korelacije i međusobne informacije

Atlas-based image segmentation: A Survey

Abstract-Image segmentation is often the first step in image analysis. Its goal is to simplify or change the representation of an image into something more meaningful or easier to analyze. Comparative advantage of the atlas-based segmentation with respect to the other segmentation methods is the ability to segment the image with no well defined relation between regions and pixels' intensities. This is usually the case when the objects of the same structure need to be segmented (i.e. have the same texture), and the information about difference between these object is incorporated in spatial relationship between them, other objects, or within their morphometric characteristics. While different surveys on image registration, image segmentation and even atlas construction do exist, in this work we aim to present the guide for classification and distinction of different methods that can be used for atlas-based segmentation. The idea of this work is to use as an aid for beginners in the field while giving an overview of knowledge needed for certain problem solving

Registracija i analiza ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu

The dissertation describes a method for registration and model-based analysis of transaortic valvular flow ultrasound images. The image analysis is done from segmented images, where the segmentation is obtained by segmentation propagation from the atlas. The results showed that variability of the automated segmentation relative to the manual is comparable to the intra-observer variability. From the segmentation morphological feature are extracted and it was shown that the symmetry of aortic outflow profile relates to postoperative functional recovery of patients with aortic stenosis, and that it is is better predictor of functional recovery than other routinely used measurements. The accuracy of the segmentation depends on the registration, which in turn depends on the atlas and correct alignment of atlas and image. Thus, methods for atlas formation and definitions of image similarity measure are investigated. We show that the atlas constructed from multiple template images and multiple expert segmentation is fast method for atlas formation which produce atlas whose properties are comparable to atlas obtained by more complex atlas formation methods. It is also discussed under which circumstances the proposed method produces the same result as the classical atlas fusion method. Also, a novel image similarity measure, named absolute joint moments, is proposed. It was shown, that absolute joint moments can be observed as a generalization of the correlation, but also, via cumulant expansion of the probability density function as the approximation of the mutual information. Experimental results also showed that absolute joint moments combine good properties of both correlation coefficient and mutual information.U ovom radu prikazana je metoda za registraciju i analizu ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu. Uporaba ultrazvučnih snimaka protoka je česta u kliničkoj dijagnostici i predstavlja dio svakodnevnog posla za kardiologe. Automatiziranje tog posla može olakšati i ubrzati postupak donošenja kliničke dijagnoze, te povećati pouzdanost i ponovljivost mjerenja. Ultrazvučne slike protoka dobivene su na temelju Dopplerovog efekta, te prikazuju kretanje objekta u ravnini ultrazvučnog vala. Za dijagnostiku je od posebne važnosti mjeriti brzine protoka, a mjereći kretanje preko aortnog zaliska Dopplerovom metodom u zapisu, uz protok, često zabilježimo otvaranje i zatvaranje zaliska. Zahvaljujući svom iskustvu kardiolozi su u stanju razlikovati koji dio ultrazvučne snimke predstavlja klinički važnu informaciju, a koji nevažnu, te su u stanju izmjeriti valjane vrijednosti čak i kada otvaranje i zatvaranje zalistaka zakrije dio informacije o protoku krvi. Prvi korak u obradbi i razumijevanju sadržaja slike, pa time i mjerenja objekta u slici, je segmentacija slike. Metode segmentacije slike temeljene na modelima predstavljaju jednostavan način da se potrebno predznanje ugradi u proces segmentacije slike. Osnovna ideja je da se algoritmu za segmentaciju dodijeli primjer na temelju kojega će on segmentirati sve ostale slučajeve. Kao primjer može poslužiti jedan element skupa (npr. prototip) ili više njih (uzorci). Kada govorimo o modelu, podrazumijevat ćemo primjer oblikovan na temelju raspoloživih uzoraka ili odabran iz njih. Ipak, važno je napomenuti kako metode segmentacije modelom obično ne podrazumijevaju i ne zahtijevaju treniranje prilikom izgradnje modela, tipično za druge algoritme što pokušavaju implementirati računalnu inteligenciju. Tipičan način ugradnje znanja u proces segmentacije je definiranje para sastavljenog od slike i pripadajuće segmentacije koju je predložio stručnjak, u našem slučaju kardiolog. Par definiran slikom i pripadajućom segmentacijom obično nazivamo atlasom. Koristeći atlas (odnosno bilo koju segmentiranu sliku) možemo segmentirati neku drugu sliku koristeći metodu prenošenja (eng. propagation) segmentacije. Prenošenje segmentacije sa slike koja ima poznatu segmentaciju na sliku koja nije segmentirana vrši se tako da se dvije slike upare u procesu registracije (uparivanja) slika nakon čega se segmentacija s atlasa preslika na sliku koju želimo segmentirati. Pretpostavka ovog procesa je da je moguće upariti slike na način da segmentacija pridružena atlasu odgovara željenoj segmentaciji slike. U osnovi to ovisi o definiciji sličnosti između dviju slika i dopuštenoj geometrijskoj transformaciji, odnosno o sposobnosti optimizacijskog algoritma da pronađe najveću sličnost među slikama u okvirima dopuštene transformacije. Nakon uvoda, pregleda nužnih matematičkih elemenata i pojmova, pregleda dosadašnjih istraživanja i opisa dohvata podataka ovaj rad opisuje četiri glavna dijela istraživanja, te njihove rezultate. Prvi dio se bavi segmentacijom ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska te izlučivanjem značajki iz dobivene segmentacije. Drugi dio ispituje metode za oblikovanje i/ili odabir modela, dok se treći dio bavi definicijom mjere sličnosti. Posljednji, četvrti dio pokazuje uporabu i korisnost razvijene metode za segmentaciju slika protoka preko aortnog zaliska. Prvi i posljednji dio predlažu rješenje zadanog problema koristeći varijacije postojećih metoda, dok središnji djelovi opisuju nov metodološki pristup, odnosno predstavljaju teoretsko unaprjeđenje i/ili poopće-nje postojećih metoda. Od rezultata bismo istaknuli da predložena automatska segmentacija utemeljena na modelu daje segemntaciju čija je varijabilonost u odnosu na segmentaciju koju je načinio kardiolog tek neznatno veća od varijabilosti dviju segmentacija načinjenih od istog kardiologa. Također, morfološke značajke izlučene iz segmentacije su pokazale da je simetričnost protoka preko aortnog zaliska u svezi s oporavkom pacijenta nakon zamjene zalistaka i da mjera simetričnosti bolje predviđa oporavak pacijenta no druge, rutinske mjere aortnog protoka. U teoretskom dijelu rada raspravljali smo kako točnost segementacije ovisi o atlasu i mjeri sličnosti između dviju slika. Pokazali smo da atlas izgrađen na temelju više slika i više segmentacija dobivenih od kardiologa postiže svojstva slična atlasima izgrađenim mnogo složenijim metodama. Također samo pokazali uz koje uvjete ovaj način konstrukcije atlasa rezultira atlasom koji postiže istu točnost kao segmentacija nastala kombiniranjem više atlasa - poznatija i kao fuzija atlasa. Nova mjera sličnosti koju predlažemo nazvali smo međumomentna mjera jer je temeljena na apsolutnoj sumi međusobnih momenata. Pokazali smo da ovakva mjera može biti promatrana kao generalizacija korelacije, ali i da raspisom funkcije gustoće vjerojatnosti preko kumulanata, može biti gledana kao aproksimacija međusobne informacije. Eksperimentalni rezultati su također pokazali da međumomentna mjera kombinira dobra svojstva i korelacije i međusobne informacije

Registracija i analiza ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu

The dissertation describes a method for registration and model-based analysis of transaortic valvular flow ultrasound images. The image analysis is done from segmented images, where the segmentation is obtained by segmentation propagation from the atlas. The results showed that variability of the automated segmentation relative to the manual is comparable to the intra-observer variability. From the segmentation morphological feature are extracted and it was shown that the symmetry of aortic outflow profile relates to postoperative functional recovery of patients with aortic stenosis, and that it is is better predictor of functional recovery than other routinely used measurements. The accuracy of the segmentation depends on the registration, which in turn depends on the atlas and correct alignment of atlas and image. Thus, methods for atlas formation and definitions of image similarity measure are investigated. We show that the atlas constructed from multiple template images and multiple expert segmentation is fast method for atlas formation which produce atlas whose properties are comparable to atlas obtained by more complex atlas formation methods. It is also discussed under which circumstances the proposed method produces the same result as the classical atlas fusion method. Also, a novel image similarity measure, named absolute joint moments, is proposed. It was shown, that absolute joint moments can be observed as a generalization of the correlation, but also, via cumulant expansion of the probability density function as the approximation of the mutual information. Experimental results also showed that absolute joint moments combine good properties of both correlation coefficient and mutual information.U ovom radu prikazana je metoda za registraciju i analizu ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska utemeljena na modelu. Uporaba ultrazvučnih snimaka protoka je česta u kliničkoj dijagnostici i predstavlja dio svakodnevnog posla za kardiologe. Automatiziranje tog posla može olakšati i ubrzati postupak donošenja kliničke dijagnoze, te povećati pouzdanost i ponovljivost mjerenja. Ultrazvučne slike protoka dobivene su na temelju Dopplerovog efekta, te prikazuju kretanje objekta u ravnini ultrazvučnog vala. Za dijagnostiku je od posebne važnosti mjeriti brzine protoka, a mjereći kretanje preko aortnog zaliska Dopplerovom metodom u zapisu, uz protok, često zabilježimo otvaranje i zatvaranje zaliska. Zahvaljujući svom iskustvu kardiolozi su u stanju razlikovati koji dio ultrazvučne snimke predstavlja klinički važnu informaciju, a koji nevažnu, te su u stanju izmjeriti valjane vrijednosti čak i kada otvaranje i zatvaranje zalistaka zakrije dio informacije o protoku krvi. Prvi korak u obradbi i razumijevanju sadržaja slike, pa time i mjerenja objekta u slici, je segmentacija slike. Metode segmentacije slike temeljene na modelima predstavljaju jednostavan način da se potrebno predznanje ugradi u proces segmentacije slike. Osnovna ideja je da se algoritmu za segmentaciju dodijeli primjer na temelju kojega će on segmentirati sve ostale slučajeve. Kao primjer može poslužiti jedan element skupa (npr. prototip) ili više njih (uzorci). Kada govorimo o modelu, podrazumijevat ćemo primjer oblikovan na temelju raspoloživih uzoraka ili odabran iz njih. Ipak, važno je napomenuti kako metode segmentacije modelom obično ne podrazumijevaju i ne zahtijevaju treniranje prilikom izgradnje modela, tipično za druge algoritme što pokušavaju implementirati računalnu inteligenciju. Tipičan način ugradnje znanja u proces segmentacije je definiranje para sastavljenog od slike i pripadajuće segmentacije koju je predložio stručnjak, u našem slučaju kardiolog. Par definiran slikom i pripadajućom segmentacijom obično nazivamo atlasom. Koristeći atlas (odnosno bilo koju segmentiranu sliku) možemo segmentirati neku drugu sliku koristeći metodu prenošenja (eng. propagation) segmentacije. Prenošenje segmentacije sa slike koja ima poznatu segmentaciju na sliku koja nije segmentirana vrši se tako da se dvije slike upare u procesu registracije (uparivanja) slika nakon čega se segmentacija s atlasa preslika na sliku koju želimo segmentirati. Pretpostavka ovog procesa je da je moguće upariti slike na način da segmentacija pridružena atlasu odgovara željenoj segmentaciji slike. U osnovi to ovisi o definiciji sličnosti između dviju slika i dopuštenoj geometrijskoj transformaciji, odnosno o sposobnosti optimizacijskog algoritma da pronađe najveću sličnost među slikama u okvirima dopuštene transformacije. Nakon uvoda, pregleda nužnih matematičkih elemenata i pojmova, pregleda dosadašnjih istraživanja i opisa dohvata podataka ovaj rad opisuje četiri glavna dijela istraživanja, te njihove rezultate. Prvi dio se bavi segmentacijom ultrazvučnih slika protoka preko aortnog zaliska te izlučivanjem značajki iz dobivene segmentacije. Drugi dio ispituje metode za oblikovanje i/ili odabir modela, dok se treći dio bavi definicijom mjere sličnosti. Posljednji, četvrti dio pokazuje uporabu i korisnost razvijene metode za segmentaciju slika protoka preko aortnog zaliska. Prvi i posljednji dio predlažu rješenje zadanog problema koristeći varijacije postojećih metoda, dok središnji djelovi opisuju nov metodološki pristup, odnosno predstavljaju teoretsko unaprjeđenje i/ili poopće-nje postojećih metoda. Od rezultata bismo istaknuli da predložena automatska segmentacija utemeljena na modelu daje segemntaciju čija je varijabilonost u odnosu na segmentaciju koju je načinio kardiolog tek neznatno veća od varijabilosti dviju segmentacija načinjenih od istog kardiologa. Također, morfološke značajke izlučene iz segmentacije su pokazale da je simetričnost protoka preko aortnog zaliska u svezi s oporavkom pacijenta nakon zamjene zalistaka i da mjera simetričnosti bolje predviđa oporavak pacijenta no druge, rutinske mjere aortnog protoka. U teoretskom dijelu rada raspravljali smo kako točnost segementacije ovisi o atlasu i mjeri sličnosti između dviju slika. Pokazali smo da atlas izgrađen na temelju više slika i više segmentacija dobivenih od kardiologa postiže svojstva slična atlasima izgrađenim mnogo složenijim metodama. Također samo pokazali uz koje uvjete ovaj način konstrukcije atlasa rezultira atlasom koji postiže istu točnost kao segmentacija nastala kombiniranjem više atlasa - poznatija i kao fuzija atlasa. Nova mjera sličnosti koju predlažemo nazvali smo međumomentna mjera jer je temeljena na apsolutnoj sumi međusobnih momenata. Pokazali smo da ovakva mjera može biti promatrana kao generalizacija korelacije, ali i da raspisom funkcije gustoće vjerojatnosti preko kumulanata, može biti gledana kao aproksimacija međusobne informacije. Eksperimentalni rezultati su također pokazali da međumomentna mjera kombinira dobra svojstva i korelacije i međusobne informacije

Absolute joint moments: a novel image similarity measure

In this paper, we propose a novel approach for estimating image similarity. This measure is of importance in assessing image correspondence or image alignment and plays an important role in image registration. Currently, this problem is approached rather one-dimensionally since most registration methods consider the problem as either mono- or multi-modal. This perspective leads to the selection of some form of either the correlation coefficient (CC) or mutual information (MI) as image similarity measure (ISM). We propose a more generic framework for ISM construction, based on absolute joint moments, which can be considered as a generalization of CC. Within this framework, we propose a specific ISM that provides a different trade-off between MI and CC in terms of performance and computational cost for general registration problems. To illustrate this, we compared CC and MI with the proposed ISM and performed extensive experiments with regard to accuracy, robustness and speed. The evaluation demonstrated that the proposed absolute joint moments is a good combination of properties of CC and MI, with respect to speed and performance.This study was supported by the Ministry of Science, Education and Sports of the Republic of Croatia under grant 036-0362214-1989 any partially by the Subprograma de Proyectos de Investigacin en Salud, Instituto de Salud Carlos III, Spain (FIS - PI11/01709

The shape of the aortic outflow velocity profile revisited: is there a relation between its asymmetry and ventricular function in coronary artery disease?

AIMS: Myocardium contracts in the beginning of ejection causing outflow acceleration, resulting in asymmetric outflow velocity profiles peaking around one-third of ejection and declining when force development declines. This article aimed to demonstrate that decreased contractility in coronary artery disease (CAD) changes outflow timing and profile symmetry. ----- METHODS AND RESULTS: Seventy-nine patients undergoing routine full dose dobutamine stress-echo (DSE) were divided into two groups based on resting wall motion and DSE response: DSE negative (DSE(neg)) (35 of 79 patients) and positive (DSE(pos)) (44 of 79 patients) which were compared with 32 healthy volunteers. Aortic CW-Doppler traces at rest were analysed semi-automatically; time-to-peak (T(mod)), ejection-time (ET(mod)), rise-time (t(rise)), and fall-time (t(fall)) were quantified. Asymmetry (asymm) was calculated as the normalized difference of left and right half of the spectrum. Normal curves were triangular, early-peaking, whereas patients showed more rounded shapes and later peaks. T(rise) was longest in DSE(pos). T(fall) was shortest in DSE(pos), followed by controls and DSE(neg). Asymm was lowest in DSE(pos), followed by controls and DSE(neg). Abnormally symmetric profiles (asymm <0.25) were found in none of the controls, 2.9% DSE(neg), and 27.3% DSE(pos). A good correlation was found between assym and ejection fraction (EF) and T(mod)/ET(mod) and EF. Notably, an LV dynamic gradient was induced in 71.4% DSE(neg) and in 18.2% DSE(pos), associated with LV hypertrophy and supernormal (very asymmetric) traces. ----- CONCLUSION: Decreased myocardial function results in a more symmetrical outflow, while very asymmetrical traces suggest increased contractility, potentially inducing intra-cavity gradients during DSE. Therefore, including outflow symmetry as a clinical measurement provides additional information on patients with CAD

Reconstruction Methods in Oceanographic Satellite Data Observation&mdash;A Survey

Oceanographic parameters, such as sea surface temperature, surface chlorophyll-a concentration, sea surface ice concentration, sea surface height, etc., are listed as Essential Climate Variables. Therefore, there is a crucial need for persistent and accurate measurements on a global scale. While in situ methods tend to be accurate and continuous, these qualities are difficult to scale spatially, leaving a significant portion of Earth&rsquo;s oceans and seas unmonitored. To tackle this, various remote sensing techniques have been developed. One of the more prominent ways to measure the aforementioned parameters is via satellite spacecraft-mounted remote sensors. This way, spatial coverage is considerably increased while retaining significant accuracy and resolution. Unfortunately, due to the nature of electromagnetic signals, the atmosphere itself and its content (such as clouds, rain, etc.) frequently obstruct the signals, preventing the satellite-mounted sensors from measuring, resulting in gaps&mdash;missing data&mdash;in satellite recordings. One way to deal with these gaps is via various reconstruction methods developed through the past two decades. However, there seems to be a lack of review papers on reconstruction methods for satellite-derived oceanographic variables. To rectify the lack, this paper surveyed more than 130 articles dealing with the issue of data reconstruction. Articles were chosen according to two criteria: (a) the article has to feature satellite-derived oceanographic data (b) gaps in satellite data have to be reconstructed. As an additional result of the survey, a novel categorising system based on the type of input data and the usage of time series in reconstruction efforts is proposed