Whole genome sequencing-based mapping and candidate identification of mutations from fixed zebrafish tissue

As forward genetic screens in zebrafish become more common, the number of mutants that cannot be identified by gross morphology or through transgenic approaches, such as many nervous system defects, has also increased. Screening for these difficult-to-visualize phenotypes demands techniques such as whole-mount in situ hybridization (WISH) or antibody staining, which require tissue fixation. To date, fixed tissue has not been amenable for generating libraries for whole genome sequencing (WGS). Here, we describe a method for using genomic DNA from fixed tissue and a bioinformatics suite for WGS-based mapping of zebrafish mutants. We tested our protocol using two known zebrafish mutant alleles, gpr126st49 and egr2bfh227, both of which cause myelin defects. As further proof of concept we mapped a novel mutation, stl64, identified in a zebrafish WISH screen for myelination defects. We linked stl64 to chromosome 1 and identified a candidate nonsense mutation in the F-box and WD repeat domain containing 7 (fbxw7) gene. Importantly, stl64 mutants phenocopy previously described fbxw7vu56 mutants, and knockdown of fbxw7 in wild-type animals produced similar defects, demonstrating that stl64 disrupts fbxw7. Together, these data show that our mapping protocol can map and identify causative lesions in mutant screens that require tissue fixation for phenotypic analysis

Cutting edges at random in large recursive trees

We comment on old and new results related to the destruction of a random recursive tree (RRT), in which its edges are cut one after the other in a uniform random order. In particular, we study the number of steps needed to isolate or disconnect certain distinguished vertices when the size of the tree tends to infinity. New probabilistic explanations are given in terms of the so-called cut-tree and the tree of component sizes, which both encode different aspects of the destruction process. Finally, we establish the connection to Bernoulli bond percolation on large RRT's and present recent results on the cluster sizes in the supercritical regime.Comment: 29 pages, 3 figure

Asuntojen radonkorjaaminen

Suomessa on yli 50 000 asuntoa, joissa sisäilman radonpitoisuuden enimmäisarvo 400 Bq / m3 ylittyy. Näissä asunnoissa tarvitaan radonkorjauksia. Korkeiden radonpitoisuuksien merkittävin aiheuttaja on maaperän erittäin radonpitoinen ilma, joka virtaa perustusten rakojen kautta maaperästä sisätiloihin. Maanvarainen laatta on käytetyin perustamistapa Suomessa, joka ilman radontorjuntatoimia edistää radonpitoisen ilman virtauksia sisätiloihin. Nykyisin suosituissa rinnetaloissa maanvastaiset harkkoseinät lisäävät vielä radonvuotoja. Radonkorjausten keskeinen tavoite on maaperästä tulevien ilmavuotojen estäminen tai vähentäminen. Opas antaa perustiedot sisäilman radoniin liittyvistä määräyksistä ja ohjeista, radonpitoisen ilman vuotoreiteistä, ilmanvaihdon ja alipaineisuuden vaikutuksesta sekä asunnon tutkimisesta ennen korjausta. Korjausmenetelmien tehokkuudesta esitetyt tulokset perustuvat kyselytutkimukseen 400 asunnossa sekä lukuisiin korjauskohdetutkimuksiin. Radonimurin osalta oppaassa hyödynnetään myös ympäristöministeriön julkaiseman radonimurioppaan tärkeimpiä ohjeita. Tehokkaimpia menetelmiä ovat olleet radonimuri ja radonkaivo. Tyypilliset radonpitoisuuden alenemat molemmilla menetelmillä ovat olleet 70 – 90 %, parhaat yli 95 %. Radonimuri voidaan toteuttaa joko lattian tai sokkelin läpi. Imupisteeseen kytketyllä poistopuhaltimella imetään ilmaa lattialaatan alta. Radonkaivon avulla imetään ilmaa maaperästä 4 – 5 metrin syvyydeltä. Kaivo rakennetaan korjattavan rakennuksen ulkopuolelle. Yksi kaivo voi alentaa riittävästi jopa kymmenen lähistöllä olevan asunnon radonpitoisuutta. Asuintilojen ilmanvaihtoteknisillä korjauksilla alennetaan radonpitoisuutta joko ilmanvaihtuvuutta lisäämällä tai asunnon alipaineisuutta vähentämällä. Tyypilliset radonpitoisuuden alenemat ovat 10 – 40 %. Alenemat ylittävät 50 % poikkeustapauksissa, joissa ilmanvaihtuvuus on ollut ennen korjausta alhainen tai alipaineisuus on ollut korkea. Rakenteiden tiivistämisellä pyritään vähentämään maaperän radonpitoisen ilman virtausta asuntoon. Tyypilliset pelkillä tiivistystöillä saavutetut radonpitoisuuden alenemat ovat 10 – 50 %. Sekä ilmanvaihtoteknisiä toimia että tiivistämistöitä voidaan käyttää tehostamaan radonimurin ja -kaivon vaikutusta. Kerrostalojen alimpien kerrosten asuntojen radonkorjauksissa käytetään samoja menetelmiä kuin pientaloissa. Kerrostaloasuntojen korkeat alipainetasot eivät ainoastaan kasvata sisäilman radonpitoisuutta vaan myös heikentävät radonimurin ja -kaivon toimivuutta. Korjauksia onkin tarvittaessa tehostettava alentamalla asunnon alipaineisuutta ulkoilmaventtiilien avulla. Tiivistämistöillä voidaan myös tehostaa korjaustoimia. Tiivistämisellä yksin on vain harvoin saavutettu yli 50 % alenemia. Opas antaa myös lyhyen katsauksen työpaikkojen ja suurten rakennusten radonkorjauksista sekä uudisrakentamisen radontorjunnasta. Uudisrakentamisen yhteydessä radonpitoisuuden enimmäisarvo on 200 Bq/m3. Tämän rajan ylittäviä asuntoja on Suomessa 200 000. Radontorjunta tulisi huomioida kaikessa rakentamisessa koko maassa, jotta rakentaminen ei tuottaisi lisää korjattavia kohteita. Oppaassa on esitetty paljon käytännön esimerkkejä korjauskohteista.Tavoitteena on ollut, että opas soveltuisi korjausyritysten käyttöön mutta myös omatoimisille korjaajille

RADON PREVENTION IN NEW CONSTRUCTION IN FINLAND: A NATIONWIDE SAMPLE SURVEY IN 2009

The building code for radon prevention and the associated practical guidelines were revised in Finland in [2003][2004]. Thereafter, preventive measures have become more common and effective and indoor radon concentrations have been markedly reduced. In this study, the indoor radon concentration was measured in 1500 new low-rise residential houses. The houses were randomly selected and represented 7 % of the houses that received building permission in 2006. The average radon concentration of all the houses measured, which were completed in 2006-2008, was 95 Bq m 23 , the median being 58 Bq m 23 . The average was 33 % lower than in houses completed in 2000-2005. The decrease was 47 % in provinces with the highest indoor radon concentration and 26 % elsewhere in the country. In houses with a slab-on-ground foundation that had both passive radon piping and sealing measures carried out using a strip of bitumen felt in the joint between the foundation wall and floor slab, the radon concentration was on average reduced by 57 % compared with houses with no preventive measures. Preventive measures were taken nationwide in 54 % of detached houses and in provinces with the highest radon concentration in 92 % of houses

Thermostability of the coating, antigen and immunostimulator in an adjuvanted oral capsule vaccine formulation

Oral vaccines present an attractive alternative to injectable vaccines for enteric diseases due to ease of delivery and the induction of intestinal immunity at the site of infection. However, susceptibility to gastrointestinal proteolysis, limited transepithelial uptake and a lack of clinically acceptable adjuvants present significant challenges. A further challenge to mass vaccination in developing countries is the very expensive requirement to maintain the cold chain. We recently described the effectiveness of a Single Multiple Pill® (SmPill®) adjuvanted capsule approach to enhance the effectiveness of a candidate enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) oral vaccine. Here it was demonstrated that this delivery system maintains the antigenicity of ETEC colonisation factor antigen I (CFA/I) and the immunostimulatory activity of the orally active α-Galactosylceramide (α-GalCer) adjuvant after storage of SmPill® minispheres under room temperature and extreme storage conditions for several months. In addition, the internal structure of the cores of SmPill® minispheres and antigen release features at intestinal pH were found to be preserved under all these conditions. However, changes in the surface morphology of SmPill® minispheres leading to the antigen release at gastric pH were observed after a few weeks of storage under extreme conditions. Those modifications were prevented by the introduction of an Opadry® White film coating layer between the core of SmPill® minispheres and the enteric coating. Under these conditions, protection against antigen release at gastric pH was maintained even under high temperature and humidity conditions. These results support the potential of the SmPill® minisphere approach to maintain the stability of an adjuvanted whole cell killed oral vaccine formulation