Efficiently observing Internet of Things resources

The Constrained Application Protocol (CoAP) is a lightweight protocol that enables the implementation of RESTful embedded web services. Observe is one of the CoAP extensions, which allow servers to send every resource state change to interested clients. In this paper we present an interesting extension to the observe option, called conditional observation, where clients specify notification criteria along their observation request. We evaluate the feasibility of implementing this on a constrained device and evaluate the correct operation for a simple scenario. It is shown that the use of conditional observations can result in a reduced number of packets and power consumption compared to normal observe in combination with client-side filtering

Mandate-driven networking eco-system : a paradigm shift in end-to-end communications

The wireless industry is driven by key stakeholders that follow a holistic approach of "one-system-fits-all" that leads to moving network functionality of meeting stringent End-to-End (E2E) communication requirements towards the core and cloud infrastructures. This trend is limiting smaller and new players for bringing in new and novel solutions. For meeting these E2E requirements, tenants and end-users need to be active players for bringing their needs and innovations. Driving E2E communication not only in terms of quality of service (QoS) but also overall carbon footprint and spectrum efficiency from one specific community may lead to undesirable simplifications and a higher level of abstraction of other network segments may lead to sub-optimal operations. Based on this, the paper presents a paradigm shift that will enlarge the role of wireless innovation at academia, Small and Medium-sized Enterprises (SME)'s, industries and start-ups while taking into account decentralized mandate-driven intelligence in E2E communications

Ribosomes from Trypanosomatids: Unique Structural and Functional Properties

Trypanosomatids are a monophyletic group of protozoa that diverged early from the eukaryotic lineage, constituting valuable model organisms for studying variability in different highly conserved processes including protein synthesis. Moreover, several species of trypanosomatids are causing agents of endemic diseases in the third world. There are many evidences suggesting that translation in these organisms shows important differences with that of model organisms such as yeast and mammals. These unique features, which have a great potential relevance for both basic and applied research, will be discussed in this chapter.Fil: Juri Ayub, Maximiliano. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; ArgentinaFil: Lapadula, Walter Jesús. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - San Luis. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis. Universidad Nacional de San Luis. Facultad de Ciencias Físico Matemáticas y Naturales. Instituto Multidisciplinario de Investigaciones Biológicas de San Luis; ArgentinaFil: Hoebeke, Johan. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Smulski, Cristian Roberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Centre National de la Recherche Scientifique; Franci

AGMIAL: implementing an annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system

We have implemented a genome annotation system for prokaryotes called AGMIAL. Our approach embodies a number of key principles. First, expert manual annotators are seen as a critical component of the overall system; user interfaces were cyclically refined to satisfy their needs. Second, the overall process should be orchestrated in terms of a global annotation strategy; this facilitates coordination between a team of annotators and automatic data analysis. Third, the annotation strategy should allow progressive and incremental annotation from a time when only a few draft contigs are available, to when a final finished assembly is produced. The overall architecture employed is modular and extensible, being based on the W3 standard Web services framework. Specialized modules interact with two independent core modules that are used to annotate, respectively, genomic and protein sequences. AGMIAL is currently being used by several INRA laboratories to analyze genomes of bacteria relevant to the food-processing industry, and is distributed under an open source license

Charakterisierung von polyklonalen Antikörpern für die Optimierung eines Fluoroimmunossays

Drei polyklonale Antikörpern gegen Estron, Estradiol und Estrogene wurden auf die aktiven Konzentrationen und Affinitätskonstanten charakterisiert, um einen homogenen Immunoassay, basierend auf dem Fluoreszenz Resonanz Energie Transfer, zu optimieren. Ein Biacore 2000, das auf dem Prinzip der Oberflächenplasmonenresonanz (SPR) basiert, wurde als Hilfsmittel für alle Messungen der Charakterisierung benutzt. Jeder Antikörper bindet ein bestimmtes Analytderivat, darüber hinaus sind Kreuzreaktivitäten vorhanden. Diese wurden getestet. Die aktive Konzentration jedes Antikörpers wurde mit jedem reaktiven Derivat ermittelt. Assoziations- und Dissoziationsratenkonstante zwischen Antikörpern und dem auf der Oberfläche immobilisierten Derivat wurde bestimmt. Damit konnten die Affinitätskonstanten berechnet werden. Die Affinitätskonstanten jedes Antikörpers für die drei Analyte (Estron, Estradiol und Ethinylestradiol) wurden über Inhibitionskurven ermittelt. Diese drei Typen von Messungen (aktive Konzentrationen, kinetische Ratenkonstanten und Affinitätskonstanten) wurden bei unmarkierten und bei mit Fluorophoren markierten Antikörpern gemacht. Die Markierung kann einen Einfluss auf die Antikörperaktivität zeigen: sie kann z.B. sehr stark die aktive Konzentration reduzieren. Dieser Effekt wirkt sich auf den FRET Assay aus. Da der FRET Assay kompetitiv ist, wurden der Testmittelpunkt und der Arbeitsbereich vom Verhältnis der Affinitätskonstanten von IgG/Derivat und IgG/Analyte beeinflusst. Zusätzlich spielten die Absolutwerte der Affinitätskonstanten eine Rolle. Testmittelpunkt und Arbeitsbereich waren von den gefundenen Konstanten abhängig. Die FRET Ergebnisse werden mit Hilfe der SPR Messungen diskutiert. Eine Korrelation zwischen den aktiven Antikörper Konzentrationen und der Effektivität des FRET Assays wurde für die untersuchten Antigen/Antikörper Paare gefunden

Kinetische und thermodynamische Charakterisierung von einem monoklonalen Antikörper gegen Estradiol mit Oberflächenplasmonenresonanz

Der monoklonale anti-Estradiol Antikörper 15H11 wurde charakterisiert, um sein Bindungsverhalten zu Estradiol und verwandten Analyten aufzuklären. Das Biacore 2000, das auf dem Prinzip der Oberflächenplasmonenresonanz (SPR) basiert, wurde als Hilfsmittel für alle Messungen benutzt. Die Charakterisierung von Reaktivität und Kreuzreaktivität des Antikörpers sollte dazu verwendet werden, einen kompetitiven homogenen Fluoro-immunoassay zu optimieren. Zwei verschiedene Derivate wurden auf dem Transducer immobilisiert, um das 15H11 IgG spezifisch zu binden. Diese immobilisierten Verbindungen waren Derivate von Estradiol, die eine Säuregruppe in Position 6 und 7 enthielten. Das Derivat E2-7-CMO war das Immunogen, gegen das der Antikörper ursprünglich entwickelt wurde. Bei kinetisch kontrollierter Bindung der Antikörper auf der Oberfläche wurden die Assoziations- und Dissoziationsratenkonstanten für E2-6-CMO bzw. E2-7-CMO mit 15H11 bestimmt. Damit konnten die Affinitätskonstanten zwischen Derivat und Antikörper bestimmt werden. Die Messungen wurden bei Temperaturen zwischen 10 und 30 °C durchgeführt, um die thermodynamische Größen, Enthalpie und Entropie zu ermitteln, die anzeigen, welcher Typ von Kräften für die Wechselwirkungen zwischen Analyt und Antikörper entscheidend ist. Die Affinitätskonstante zwischen dem Immunogen E2-7-CMO und dem Antikörper war bei jeder Temperatur höher als die zwischen E2-6-CMO und dem Antikörper. Die Affinität war sehr stark Entropie kontrolliert, was typisch für hydrophobe Wechselwirkungen ist. Unter Massentransport-kontrollierten Bedingungen wurden die aktive Konzentration von 15H11 sowie die Inhibitionskurven mit verschiedenen Analyten bestimmt. Die aktive Konzentration wurde für verschiedene eingesetzte Konzentrationen ermittelt. Die Ergebnisse dieser Messungen zeigten, daß das IgG mit zunehmender Verdünnung weniger aktiv war

Crystal Structure of the Complex mAb 17.2 and the C-Terminal Region of Trypanosoma cruzi P2β Protein: Implications in Cross-Reactivity

Patients with Chronic Chagas' Heart Disease possess high levels of antibodies against the carboxyl-terminal end of the ribosomal P2ß protein of Trypanosoma cruzi (TcP2ß). These antibodies, as well as the murine monoclonal antibody (mAb) 17.2, recognize the last 13 amino acids of TcP2ß (called the R13 epitope: EEEDDDMGFGLFD) and are able to cross-react with, and stimulate, the ß1 adrenergic receptor (ß1-AR). Indeed, the mAb 17.2 was able to specifically detect human β1-AR, stably transfected into HEK cells, by flow cytometry and to induce repolarisation abnormalities and first degree atrioventricular conduction block after passive transfer to naïve mice. To study the structural basis of this cross-reactivity, we determined the crystal structure of the Fab region of the mAb 17.2 alone at 2.31 Å resolution and in complex with the R13 peptide at 1.89 Å resolution. We identified as key contact residues on R13 peptide Glu3, Asp6 and Phe9 as was previously shown by alanine scanning. Additionally, we generated a model of human β1-AR to elucidate the interaction with anti-R13 antibodies. These data provide an understanding of the molecular basis of cross-reactive antibodies induced by chronic infection with Trypanosoma cruzi

Selective Blockade of Trypanosomatid Protein Synthesis by a Recombinant Antibody Anti-Trypanosoma cruzi P2β Protein

The ribosomal P proteins are located on the stalk of the ribosomal large subunit and play a critical role during the elongation step of protein synthesis. The single chain recombinant antibody C5 (scFv C5) directed against the C-terminal region of the Trypanosoma cruzi P2β protein (TcP2β) recognizes the conserved C-terminal end of all T. cruzi ribosomal P proteins. Although this region is highly conserved among different species, surface plasmon resonance analysis showed that the scFv C5 possesses very low affinity for the corresponding mammalian epitope, despite having only one single amino-acid change. Crystallographic analysis, in silico modelization and NMR assays support the analysis, increasing our understanding on the structural basis of epitope specificity. In vitro protein synthesis experiments showed that scFv C5 was able to specifically block translation by T. cruzi and Crithidia fasciculata ribosomes, but virtually had no effect on Rattus norvegicus ribosomes. Therefore, we used the scFv C5 coding sequence to make inducible intrabodies in Trypanosoma brucei. Transgenic parasites showed a strong decrease in their growth rate after induction. These results strengthen the importance of the P protein C terminal regions for ribosomal translation activity and suggest that trypanosomatid ribosomal P proteins could be a possible target for selective therapeutic agents that could be derived from structural analysis of the scFv C5 antibody paratope