Conversion of cDNA differential display results (DDRT-PCR) into quantitative transcription profiles

BACKGROUND: Gene expression studies on non-model organisms require open-end strategies for transcription profiling. Gel-based analysis of cDNA fragments allows to detect alterations in gene expression for genes which have neither been sequenced yet nor are available in cDNA libraries. Commonly used protocols for gel-based transcript profiling are cDNA differential display (DDRT-PCR) and cDNA-AFLP. Both methods have been used merely as qualitative gene discovery tools so far. RESULTS: We developed procedures for the conversion of cDNA Differential Display data into quantitative transcription profiles. Amplified cDNA fragments are separated on a DNA sequencer and detector signals are converted into virtual gel images suitable for semi-automatic analysis. Data processing consists of four steps: (i) cDNA bands in lanes corresponding to samples treated with the same primer combination are matched in order to identify fragments originating from the same transcript, (ii) intensity of bands is determined by densitometry, (iii) densitometric values are normalized, and (iv) intensity ratio is calculated for each pair of corresponding bands. Transcription profiles are represented by sets of intensity ratios (control vs. treatment) for cDNA fragments defined by primer combination and DNA mobility. We demonstrated the procedure by analyzing DDRT-PCR data on the effect of secondary metabolites of oilseed rape Brassica napus on the transcriptome of the pathogenic fungus Leptosphaeria maculans. CONCLUSION: We developed a data processing procedure for the quantitative analysis of amplified cDNA fragments separated by electrophoresis. The system utilizes common software and provides an open-end alternative to DNA microarray analysis of the transcriptome. It is expected to work equally well with DDRT-PCR and cDNA-AFLP data and be useful particularly in reseach on organisms for which microarray analysis is not available or economical

A violação e a negação da ciência como ideologia

Este trabalho se dedica à análise da ciência, sua relevância dignificante e algumas contradições históricas na teoria do conhecimento. Mostram-se concepções distintas e muitas vezes divergentes que levam à sua negação, ideologizada na vida política, cultural e social. Mediante releitura de referencial teórico e análise de dados contemporâneos da realidade brasileira, propõem-se reflexões conceituais da ciência diante das expectativas humanas, levando em consideração a condução emancipatória que a ciência pode possibilitar à humanidade. São apresentadas algumas disputas ideológicas que fragilizam seu curso, desde as ilustrações de Brecht referenciando-se a Galileu, do movimento intelectual iluminista e o processo do “Macaco de Scopes”, no início do século XX nos Estados Unidos. O artigo demonstra conflitos ideológicos religiosos com a ciência, bem como sua violação mercantil no capitalismo, que a condiciona e a reduz para a obtenção do lucro, acima das necessidades humanas e da natureza. Tal situação conflituosa configura-se também no Brasil, ocasionando a confusão ideológica acerca da missão da ciência para a população, o que contribui para outros danos colaterais

O ciclo da soja e a divisão internacional do trabalho – Análise de pactos e impactos diante da reprimarização, desindustrialização e desnacionalização brasileira

This article integrates extensive research on the soybean production chain in Brazil. The aim is to discuss the expansion of soya farming in Brazil, in a process of national reprimarisation, combined with deindustrialisation and denationalisation, using bibliographical references and official data. It seeks to reflect the contradictions of the current development model advocated by important public and private agents, by analysing economic indicators. It analyses the significance of soya farming, based on an exogenous model of the prevalence of national and foreign oligopolies. Brazil's reprimarisation is widely encouraged by the state through significant tax exemptions, which have an economic impact. Tax breaks for the export of the soya commodity and the maintenance of agricultural activity generate losses for the state, states and municipalities, which makes it difficult to meet the needs of the population.Este artículo integra una extensa investigación sobre la cadena productiva de la soya en Brasil. El objetivo es discutir la expansión del cultivo de la soya en Brasil, en un proceso de reprimarización nacional, combinado con la desindustrialización y la desnacionalización, utilizando referencias bibliográficas y datos oficiales. Pretende reflejar las contradicciones del actual modelo de desarrollo propugnado por importantes agentes públicos y privados, analizando los indicadores económicos. Analiza la importancia del cultivo de la soya, basándose en un modelo exógeno de predominio de oligopolios nacionales y extranjeros. La reprimarización en Brasil es ampliamente fomentada por el Estado mediante importantes exenciones fiscales, que tienen un impacto económico. Las exenciones fiscales para la exportación de la mercancía soja y el mantenimiento de la actividad agrícola generan pérdidas para el Estado, los estados y los municipios, lo que dificulta la satisfacción de las necesidades de la población.Este artigo integra ampla pesquisa acerca da cadeia produtiva da soja no Brasil. Apresenta como objetivo discutir a expansão da sojicultura no Brasil, num processo de reprimarização nacional, combinado com a desindustrialização e a desnacionalização, mediante referencial bibliográfico e dados oficiais. Busca refletir as contradições do modelo vigente de desenvolvimento preconizado por importantes agentes públicos e privados, com a averiguação de indicadores econômicos. Analisa a significância da sojicultura, baseada num modelo exógeno, de prevalência de oligopólios nacionais e estrangeiros. A reprimarização brasileira é fartamente incentivada pelo Estado, mediante significativas isenções fiscais, que causam impactos econômicos. As desonerações fiscais à exportação da commoditie soja e na manutenção da atividade agrícola, geram prejuízos ao Estado, a estados e municípios, o que provoca dificuldades em sanear as necessidades populacionais

O neoliberalismo no espaço educacional brasileiro –uma análise geopolítica

A Geografia, especialmente a geopolítica, ocupa-se de desvelar as máscaras sociais e promover uma análise política da realidade do espaço geográfico. O advento da ideologia neoliberal e a expansão do capital monopolista que concentra e segrega, concebe a educação como despesa, se gerida pelo Estado, e como mercadoria, se ofertada pela iniciativa privada. A concepção neoliberal vem buscando desconstruir a matriz pública, ao mesmo tempo que exige a oferta de destinação de recursos públicos ao ensino privado. Os efeitos dessa ação são imensamente danosos à educação pública, que registra perdas de investimentos, redução de matrículas, precarização, desvalorização de professores e evasão elevada