Uma ferramenta WEB para identificação e visualização de sequências repetitivas em lócus gênico de animais e plantas.

Sequências repetitivas (SR) em lócus gênico de animais e plantas podem estar envolvidas em diversos fenômenos biológicos, como interferência por RNAi (Fire et al., 1998) e trans-splicing (Di Segni et al., 2008). A maioria das SR localiza-se em regiões de introns e, usualmente, seus estudos envolvem apenas sequências de mRNA, sendo necessário a estrutura intron-exon dos genes. Desta forma, é preciso realizar um mapeamento dos genes em seu respectivo genoma de referência para identificação de quatro tipos de SR: repetição reversa e complementar, repetição direta e complementar, repetição reversa e repetição direta. Este trabalho apresenta uma ferramenta WEB, chamada RepGraph, a qual integra algoritmos e ferramentas de bioinformática para identificar os pares que formam cada tipo de SR e uma representação gráfica para ilustrar sua relação em dois lócus gênicos.Trabalho apresentado na V Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas, Campinas, out. 2009

Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks.

Trans-splicing is a common phenomenon in nematodes and kinetoplastids, and it has also been reported in other organisms, including humans. Up to now, all in silico strategies to find evidence of trans-splicing in humans have required that the candidate sequences follow the consensus splicing site rules (spliceosome-mediated mechanism). However, this criterion is not supported by the best human experimental evidence, which, except in a single case, do not follow canonical splicing sites. Moreover, recent findings describe a novel alternative tRNA mediated trans-splicing mechanism, which prescinds the spliceosome machinery. In order to answer the question, ?Are there hybrid mRNAs in sequence databanks, whose characteristics resemble those of the best human experimental evidence??, we have developed a methodology that successfully identified 16 hybrid mRNAs which might be instances of interchromosomal trans-splicing. Each hybrid mRNA is formed by a trans-spliced region (TSR), which was successfully mapped either onto known genes or onto a human endogenous retrovirus (HERV-K) transcript which supports their transcription. The existence of these hybrid mRNAs indicates that trans-splicing may be more widespread than believed. Furthermore, non-canonical splice site patterns suggest that infrequent splicing sites may occur under special conditions, or that an alternative trans-splicing mechanism is involved. Finally, our candidates are supposedly from normal tissue, and a recent study has reported that trans-splicing may occur not only in malignant tissues, but in normal tissues as well. Our methodology can be applied to 5'-UTR, coding sequences and 3'-UTR in order to find new candidates for a posteriori experimental confirmation

An indirect evidence of the Fibonacci String model for DNA repetitive sequence growth.

In this work, we present some results that are indirect evidences of Fibonacci String model fro DNA repetitive sequences growth.X-Meeting 2007

Detecção de erros de montagens em regiões gênicas.

Muitos genomas ainda apresentam erros de montagem. Tais erros são particularmente graves se ocorrerem em regiões gênicas, pois muitos trabalhos científicos se concentram exatamente nessas regiões por razões óbvias. Uma forma de tentar identificar erros de montagens em regiões gênicas é utilizar sequencias adquiras de forma independente, como, por exemplo bases de ESTs ou bases de Full length cDNA (FlcDNA). O foco deste trabalho é propor uma metodologia de Bioinformática que utiliza bibliotecas de FlcDNA para detectar tais erros

Transcritos quiméricos em bovinos.

Trans-splicing é um fenômeno no qual exons dos transcritos primários de genes distintos se unem para formar um novo e único transcrito quimérico, sendo comum em nematóides e kinetoplastideos, mas raro em organismos superiores. Embora não seja tão bem compreendido quanto o cis-splicing, o trans-splicing tem despertado interesse devido às suas possíveis aplicações biotecnológicas, principalmente aquelas envolvendo regulação da expressão gênica ou formação de novas proteínas. Recentemente, desenvolvemos uma metodologia de Bioinformática para a detecção de transcritos quiméricos em bases de FlcDNA (Herai & Yamagishi, 2010a), e estendemos essa metodologia para organismos cujo genoma não tenha uma alta qualidade de montagem (Herai & Yamagishi, 2010b). Como prova de conceito, aplicamos essa metodologia ao genoma do Bos taurus UMD 3.0 e identificamos 13 transcritos quiméricos candidatos a trans-splicing. O foco da pesquisa é a confirmação biológica do trans-splicing em bovinos, particularmente, nas fases embrionária e fetal onde, a formação de transcritos quiméricos pode ter função biológica importante. Se confirmados, esses seriam os primeiros casos biologicamente comprovados de trans-splicing em bovinos, pois o único caso até agora reportado (Roux et al., 2006) envolve dois genes muito próximos, o que pode ser interpretado como um caso de splicing alternativo, ao invés de trans-splicing.Pôster 77

Blocking Zika virus vertical transmission.

The outbreak of the Zika virus (ZIKV) has been associated with increased incidence of congenital malformations. Although recent efforts have focused on vaccine development, treatments for infected individuals are needed urgently. Sofosbuvir (SOF), an FDA-approved nucleotide analog inhibitor of the Hepatitis C (HCV) RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) was recently shown to be protective against ZIKV both in vitro and in vivo. Here, we show that SOF protected human neural progenitor cells (NPC) and 3D neurospheres from ZIKV infection-mediated cell death and importantly restored the antiviral immune response in NPCs. In vivo, SOF treatment post-infection (p.i.) decreased viral burden in an immunodeficient mouse model. Finally, we show for the first time that acute SOF treatment of pregnant dams p.i. was well-tolerated and prevented vertical transmission of the virus to the fetus. Taken together, our data confirmed SOF-mediated sparing of human neural cell types from ZIKV-mediated cell death in vitro and reduced viral burden in vivo in animal models of chronic infection and vertical transmission, strengthening the growing body of evidence for SOF anti-ZIKV activity

Synthetic RNA Silencing of Actinorhodin Biosynthesis in Streptomyces coelicolor A3(2)

We demonstrate the first application of synthetic RNA gene silencers in Streptomyces coelicolor A3(2). Peptide nucleic acid and expressed antisense RNA silencers successfully inhibited actinorhodin production. Synthetic RNA silencing was target-specific and is a new tool for gene regulation and metabolic engineering studies in Streptomyces.Peer reviewe

Author Correction: Blocking Zika virus vertical transmission.

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