Rings and rigidity transitions in network glasses

Three elastic phases of covalent networks, (I) floppy, (II) isostatically rigid and (III) stressed-rigid have now been identified in glasses at specific degrees of cross-linking (or chemical composition) both in theory and experiments. Here we use size-increasing cluster combinatorics and constraint counting algorithms to study analytically possible consequences of self-organization. In the presence of small rings that can be locally I, II or III, we obtain two transitions instead of the previously reported single percolative transition at the mean coordination number $\bar r=2.4$, one from a floppy to an isostatic rigid phase, and a second one from an isostatic to a stressed rigid phase. The width of the intermediate phase $~ \bar r$ and the order of the phase transitions depend on the nature of medium range order (relative ring fractions). We compare the results to the Group IV chalcogenides, such as Ge-Se and Si-Se, for which evidence of an intermediate phase has been obtained, and for which estimates of ring fractions can be made from structures of high T crystalline phases.Comment: 29 pages, revtex, 7 eps figure

Sistemas agroalimentarios saludables en Lima: Rol de las Agroferias Campesinas y Bioferias en Lima Metropolitana

El presente estudio se ha centrado en el análisis de los sistemas agroalimentarios saludables en la ciudad de Lima, específicamente los sistemas urbanos y periurbanos. El objetivo principal del estudio fue entender la dinámica y los principales actores que influyen en los sistemas agroalimentarios saludables en Lima. Se utilizó una metodología de tres pasos que incluye: (1) el mapeo de actores, (2) la identificación de los componentes en el sistema agroalimentario saludable dentro de un contexto socio económico y ambiental, y (3) el análisis de las dinámicas de sistemas agroalimentarios para obtener un entendimiento detallado del sistema y las sinergias y obstáculos entre los medios de vida de los productores urbanos y su contexto socioeconómico y ambiental. La información fue colectada a través de grupos focales con los actores que participan directa o indirectamente en las Agroferias Campesinas y Bioferias. Estos espacios tienen diferencias en términos de variedad de productos, fuentes de productos, y características de los consumidores. El análisis de los sistemas agroalimentarios urbanos y periurbanos reveló varios retos. Estos incluyen los impactos ambientales y el equilibrio territorial que afectan la producción agroalimentaria, la falta de apoyo institucional, la competencia por el agua, y los problemas fitosanitarios. Además, se identificó la falta de sensibilidad hacia los beneficios de los productos agroecológicos y la inestabilidad en los espacios para la venta de estos productos. Los sistemas agroalimentarios en Lima también enfrentan desafíos en la comercialización, incluyendo la falta de diferencia en los precios de productos orgánicos y convencionales, y la escasa asociatividad entre productores orgánicos. El estudio subraya la importancia de comprender los sistemas agroalimentarios saludables para identificar oportunidades de transformación y mejorar la resiliencia de estos sistemas en un contexto urbano en constante cambio. Se destacó la necesidad de proteger los espacios de producción y de comercialización, así como la necesidad de generar insumos productivos para reducir el uso de químicos y hacer los productos más accesibles para todas las clases sociales. Aunque hay desafíos significativos, también existen oportunidades para mejorar la salud y la sostenibilidad de los sistemas agroalimentarios en Lima

Modeling Trap-Awareness and Related Phenomena in Capture-Recapture Studies

Trap-awareness and related phenomena whereby successive capture events are not independent is a feature of the majority of capture-recapture studies. This phenomenon was up to now difficult to incorporate in open population models and most authors have chosen to neglect it although this may have damaging consequences. Focusing on the situation where animals exhibit a trap response at the occasion immediately following one where they have been trapped but revert to their original naïve state if they are missed once, we show that trap-dependence is more naturally viewed as a state transition and is amenable to the current models of capture-recapture. This approach has the potential to accommodate lasting or progressively waning trap effects

Hopping Transport in the Presence of Site Energy Disorder: Temperature and Concentration Scaling of Conductivity Spectra

Recent measurements on ion conducting glasses have revealed that conductivity spectra for various temperatures and ionic concentrations can be superimposed onto a common master curve by an appropriate rescaling of the conductivity and frequency. In order to understand the origin of the observed scaling behavior, we investigate by Monte Carlo simulations the diffusion of particles in a lattice with site energy disorder for a wide range of both temperatures and concentrations. While the model can account for the changes in ionic activation energies upon changing the concentration, it in general yields conductivity spectra that exhibit no scaling behavior. However, for typical concentrations and sufficiently low temperatures, a fairly good data collapse is obtained analogous to that found in experiment.Comment: 6 pages, 4 figure

Lack of variant specific CD8+T-cell response against mutant and pre-existing variants leads to outgrowth of particular clones in acute hepatitis C

Background: CTL escape mutations have been described during acute hepatitis C in patients who developed chronic disease later on. Our aim was to investigate the mutual relationship between HCV specific CD8+ T cells and evolution of the viral sequence during early acute HCV infection. Results: We sequenced multiple clones of NS3 1406 epitope in 4 HLA-A{*}02 patients with acute hepatitis C genotype 1b infection. Pentamers specific for the variants were used to monitor the corresponding CD8+ T cell response. We observed outgrowth of mutations, which induced only a weak and thus potentially insufficient CD8+ T cell response. In one patient we observed outgrowth of variant epitopes with similarities to a different genotype rather than de novo mutations most probably due to a lack of responsiveness to these likely pre-existing variants. We could show that in acute hepatitis C CTL escape mutations occur much earlier than demonstrated in previous studies. Conclusions: The adaption of the virus to a new host is characterized by a high and rapid variability in epitopes under CD8+ T cell immune pressure. This adaption takes place during the very early phase of acute infection and strikingly some sequences were reduced below the limit of detection at some time points but were detected at high frequency again at later time points. Independent of the observed variability, HCV-specific CD8+ T cell responses decline and no adaption to different or new antigens during the course of infection could be detected

Incorporating ‘recruitment’ in matrix projection models : estimation, parameters, and the influence of model structure

Author Posting. © The Author(s), 2010. This is the author's version of the work. It is posted here by permission of Springer for personal use, not for redistribution. The definitive version was published in Journal of Ornithology 152, Suppl.2 (2012):585-595, doi:10.1007/s10336-010-0573-1.Advances in the estimation of population parameters using encounter data from marked individuals have made it possible to include estimates of the probability of recruitment in population projection models. However, the projected growth rate of the population, and the sensitivity of projected growth to changes in recruitment, can vary significantly depending upon both the structural form of the model and how recruitment is parameterized. We show that the common practices of (1) collapsing some age classes into a single, terminal ‘aggregated’ age-class, and (2) parameterizing recruitment using the proportion of recruited individuals (breeders) in a given age-class may confound analysis of age-based (Leslie) matrix projection models in some instances, relative to state-based projection models where recruited and pre-recruited individuals are treated as separate states. Failing to account for these differences can lead to misinterpretation of the relative role of recruitment in the dynamics of an age-structured population.We show that such problems can be avoided, either by structural changes to the terminal aggregated age-class in age-based models, or by using using a state-based model instead. Since all the metrics of general interest from a classical age-based matrix models are readily derived from a state-based model equivalent, this suggests there may be little reason to use the classical age-based approach in situations where recruitment is a parameter of interest

Análisis de diagnóstico de situación de prioridades de desarrollo y dinámicas del sistema agroalimentario de las zonas altoandinas en contexto de una agricultura con bajas emisiones

El estudio se centra en el análisis diagnóstico de la situación de las prioridades de desarrollo y las dinámicas del sistema agroalimentario de las zonas altoandinas en el contexto de una agricultura con bajas emisiones. La agricultura es el principal impulsor de la deforestación tropical y contribuye significativamente a las emisiones antropogénicas totales de gases de efecto invernadero. En la región andina, la actividad agrícola en condiciones de secano, que es la que practican la mayoría de pequeños productores, es una de las más sensibles a los cambios climáticos. El estudio tiene como objetivo realizar un mapeo de actores e identificar las prioridades de desarrollo sostenible a nivel local en distritos agrícolas de los Andes peruanos. También busca identificar las necesidades y desafíos que representa el cambio climático para los productores agrícolas en dichas zonas y analizar las dinámicas del sistema agroalimentario para identificar puntos de intervención para mejorar la competitividad con bajas emisiones. El estudio se centra en los Andes del Norte y los Andes Centrales del Perú. En los Andes del Norte, se examinan los distritos de Chugay y Pataz, que forman parte de la provincia de Sánchez Carrión en el departamento de La Libertad. En los Andes Centrales, se analizan los distritos de Quilcas y Yauli. El estudio utiliza una combinación de grupos focales y encuestas a productores para recopilar datos. También se realiza un análisis de actores de sistemas agroalimentarios locales y se priorizan los objetivos de desarrollo sostenible a nivel local. El estudio proporciona una caracterización de los productores encuestados en los Andes del Norte y del Centro, así como un análisis de los actores en los distritos de estudio. También se realiza una descripción de los sistemas agroalimentarios y un análisis de las dinámicas de estos sistemas. Discusiones y conclusiones: El estudio concluye que es importante entender las opciones de desarrollo con bajas emisiones para el desarrollo sostenible del país, desde el punto de vista de actores a diferentes escalas. Se sugiere que las iniciativas para combinar instrumentos de política pueden contribuir a la conservación de los pastizales y bofedales en la zona Andina y reducir las emisiones no solo en la zona altoandina sino evitar la migración a bosques amazónicos donde las emisiones son más altas