Trading millet and sorghum genetic resources women vendors in the village fairs of San and Souentza, Mali:

"In Mali, liberalization of seed markets for sorghum and millet, the staple food crops, has not advanced at the same rate or with the same measurable success as liberalization of grain markets. Most seed of these crops is uncertified and continues to be supplied to farmers by farmers, according to clan and ethno-linguistic group. After poor harvests or when replanting after a dry spell, farmers rely on local markets for grain as sources of seed. This paper summarizes the findings of a vendor survey conducted in two marketsheds during weekly fairs. No certified seed is sold. Almost all vendors are women who are also farmers. Variety integrity is maintained particularly for millet seed in the marketshed of the Sahelian zone, where the range of variety adaptation is very limited. Grain that is suitable for seed is brought to market directly from granaries. Varieties are identified by their provenance. Socially prescribed behavior is apparent in price-fixing, price discounts, procurement practices, and the spatial organization of vendors. Preliminary hypotheses are tested with a simple regression. Marketshed, which is highly correlated with the ethnic composition of the population, agro-ecology, market infrastructure and crop sold, has a dominant impact on quantities sold. Quantities sold do not respond to expected prices. Greater specialization of the vendor in trade as compared to farming, younger age, and additional years in school positively influence amounts sold. A better comprehension of this type of trade could contribute to policies that improve the access of poor farmers to valuable crop genetic resources, enhancing their seed security and productivity." from Author's AbstractAgricultural development, Informal sector, Seed markets, Traders, Landraces, Millet, Sorghum, Women, Biodiversity,

Valeur diagnostique de deux tests rapides utilisés dans le diagnostic du VIH-2 au Mali : Diagnosis value of two HIV-2 rapid diagnostic tests used in Mali

Context and objective. In sub-Saharan Africa, the epicenter of HIV infection, rapid tests are proposed in first line, but diagnosis value of these tests is rarely performed. The goal of the present study was to evaluate the performance of 2 rapid tests used for the diagnosis of HIV-2 infection compared to a baseline test in order to propose in algorithm for HIV infection diagnosis in health care system. Methods. A cross-sectional study was carried out in three treatment centers in Mali (Bamako, Segou and Sikasso). The tests evaluated were: Genie® II HIV-1/HIV-2 (Sanofi Diagnostic Pasteur, France) and ImmunoComb® II HIV 1&2 BiSpot (Organics, Strasbourg, France). The study involved 34 sera collected consecutively. The l’INNO-LIA HIV I/II Score confirmatory test was used as a reference test in Belgium. Performance of tests were assessed using sensibility, specificity, positive predictive value, negative predictive value and kappa concordance. Results. Patients’ ages ranged from 12 years to 78 years, 19 patients were women (55.8%) and 28 patients had HIV-2 infection. The sensitivity of the rapid tests was 96.4%. The kappa concordance coefficient was 0.85. We found 28 HIV-2 positive patients out of 34 patients. Conclusions. The two rapid tests used in Mali yielded satisfactory results, but the quality of HIV-1 and 2 discrimination serology could be improved. Contexte et objectif. Dans les pays d’Afrique subsaharienne épicentre de l’infection à VIH, les tests rapides sont proposés en première intention, mais la valeur diagnostique de ces tests est rarement réalisée. L’objectif du présent travail était d’évaluer la performance de 2 tests rapides utilisés pour le diagnostic de l’infection à VIH-2 par rapport un test de référence afin de proposer des algorithmes de tests simples et rapides utilisables dans les structures sanitaires. Méthodes.Une étude transversale a été réalisée, dans trois centres de prise en charge au Mali (Bamako, Ségou et Sikasso). Les tests évalués étaient le Genie® II HIV-1/HIV-2 (Sanofi Diagnostic Pasteur, France) et l’ImmunoComb® II HIV 1&2 BiSpot (Organics, Strasbourg, France). L’étude a porté sur 34 sérums collectés consécutivement. Le test de confirmation l’INNO-LIA HIV I/II Score a été utilisé comme test de référence en Belgique. La performance de deux tests précités a été évaluée en recherchant la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP), la valeur prédictive négative (VPN) et la concordance. Résultats. L’âge des patients variait de 12 ans à 78 ans, 19 patients étaient des femmes (55,8%) et 28 patients avaient le VIH-2. La sensibilité des tests rapides était de 96,4%. Le coefficient de concordance kappa était de 0,85. Conclusions. Les deux tests rapides utilisés au Mali ont donné des résultats satisfaisants, et peuvent être proposés en première intention dans l’algorithme national du diagnostic de l’infection à VIH-2 au Mali

Sources and dynamics of methanogens in Humans

Les méthanogènes sont présents dans le microbiote humain dès la naissance avec une diversification au fil des années. Cependant, le répertoire complet, les sources et la dynamique des méthanogènes restent méconnus chez l’Homme d’où mon projet de thèse. Dans un premier temps, j’ai fait une revue de la littérature sur l’ensemble des rôles physiologiques des méthanogènes associés au microbiote humain. Cette revue a mis en évidence l’énorme déficit de connaissances sur les méthanogènes humains, et la nécessité d'étudier la dynamique des populations de méthanogènes chez l'Homme. J'ai d'abord exploré les sources zoonotiques de méthanogènes pour l’Homme. J’ai démontré que les contacts étroits avec des animaux domestiques ainsi que la consommation du lait et des produits laitiers de certains animaux sont associées à la diversification des méthanogènes chez l’Homme. Ensuite, j’ai travaillé sur la dynamique des méthanogènes chez l’Homme en cherchant les méthanogènes dans le méconium des nouveau-nés prématurés. J’ai démontré que la période intra-utérine est le premier moment d’acquisition de Methanobrevibacter smithii. Enfin, j’ai optimisé et développé de nouveaux protocoles pour l’identification et la culture en routine des méthanogènes d’intérêt clinique dans les laboratoires de microbiologie. Mes travaux expérimentaux ont eu pour résultat de réduire le temps d’isolement par culture et de sous-culture de Methanobrevibacter smithii et de Methanobrevibacter oralis, d’isoler par culture une nouvelle espèce de méthanogène à partir du fluide buccal nommée Methanomassiliia massiliensis et enfin, d’identifier des méthanogènes d’intérêt clinique par spectrométrie de masse MALDI-TOF-MS.Methanogens are present in the human microbiota from birth with a diversification over the years. However, the complete repertoire, sources and dynamics of methanogens remain unknown in humans, hence my thesis project. First, I reviewed the literature on the physiological roles of methanogens associated with the human microbiota. This review highlighted the huge knowledge gap on human methanogens, and the need to study the dynamics of methanogen populations in humans. I first explored zoonotic sources of methanogens to humans. I demonstrated that close contact with domestic animals as well as consumption of milk and milk products from certain animals are associated with diversification of methanogens in humans. Then, I worked on the dynamics of methanogens in humans by looking for methanogens in the meconium of preterm neonates. I demonstrated that the intrauterine period is the first time of acquisition of Methanobrevibacter smithii. Finally, I optimized and developed new protocols for the routine identification and culture of methanogens of clinical interest in the microbiology laboratories. My experimental work resulted in reducing the time of isolation by culture and subculture of Methanobrevibacter smithii and Methanobrevibacter oralis, isolation by culture of a new methanogen species from oral fluid named Methanomassiliia massiliensis and finally, to identify methanogens of clinical interest by MALDI-TOF-MS mass spectrometry

Connaissances, attitudes et pratiques des étudiants au Mali en Chine concernant le VIH/SIDA

Le VIH/SIDA est l’un des problèmes majeurs de santé publique dans le monde. La jeunesse y compris le monde scolaire est un groupe vulnérable pour le VIH et SIDA à cause du fait qu’elle n’est pas suffisamment bien préparée pour affronter les problèmes liés à leur sexualité et aussi du fait qu’elle ne dispose pas suffisamment de connaissances réelles sur l’infection à VIH et SIDA. Le niveau de connaissance du VIH/SIDA ne semble pas avoir d’impact sur les pratiques et attitudes des étudiants, cependant l’étude de la connaissance de la maladie chez les étudiants nous permet de comprendre les facteurs contribuant à lutter efficacement contre la propagation du VIH/SIDAdans l’espace scolaire. Une connaissance inadéquate, des attitudes négatives et des pratiques risquées sont des entraves majeures pour prévenir la propagation du VIH/SIDA. Les jeunes âgés de 15 à 25 ans courent plus de risque de contracter le VIH/SIDA. Les étudiants qui ne sont complètement matures constituent un large segment de la population et restent particulièrement vulnérables au VIH/SIDA. Des programmes d’éducation avec des interventions spécifiques doivent être menés pour apporter des changements de comportements, augmenter le niveau de connaissance, attitudes et pratiques et prévenir de nouvelles infections VIH

Diversity of Methanogens in Animals’ Gut

International audienceMethanogens are members of anaerobe microbiota of the digestive tract of mammals, including humans. However, the sources, modes of acquisition, and dynamics of digestive tract methanogens remain poorly investigated. In this study, we aimed to expand the spectrum of animals that could be sources of methanogens for humans by exploring methanogen carriage in animals. We used real-time PCR, PCR-sequencing, and multispacer sequence typing to investigate the presence of methanogens in 407 fecal specimens collected from nine different mammalian species investigated here. While all the negative controls remained negative, we obtained by PCR-sequencing seven different species of methanogens, of which three (Methanobrevibacter smithii, Methanobrevibacter millerae and Methanomassiliicoccus luminyensis) are known to be part of the methanogens present in the human digestive tract. M. smithii was found in 24 cases, including 12/24 (50%) in pigs, 6/24 (25%) in dogs, 4/24 (16.66%) in cats, and 1/24 (4.16%) in both sheep and horses. Genotyping these 24 M. smithii revealed five different genotypes, all known in humans. Our results are fairly representative of the methanogen community present in the digestive tract of certain animals domesticated by humans, and other future studies must be done to try to cultivate methanogens here detected by molecular biology to better understand the dynamics of methanogens in animals and also the likely acquisition of methanogens in humans through direct contact with these animals or through consumption of the meat and/or milk of certain animals, in particular cows