Développement d'une fonction potentielle pour la dynamique moléculaire de biomolécules

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal

Diagrammes de phases thermiques des cristaux liquides en colonnes

Nous présentons dans ce mémoire de maîtrise une étude des diagrammes de phases en fonction de la température d'un modèle de cristaux liquides en colonnes. Le composé prototype à l'origine du modèle est le hexa(hexylthio)triphenylene (HHTT), qui a la particularité de posséder deux phases en colonnes distinctes : la phase D[indice inférieur hd], caractérisée par de l'ordre à courte portée des positions et orientations des molécules a l'intérieur des colonnes, et la phase H, caractérisée par un ordre à longue portée (ou un quasi-ordre) des mêmes quantités.Nous utilisons l'approximation du champ moyen pour obtenir une fonctionnelle d'énergie libre et pour construire une théorie de type"Landau" des transitions de phases.Nous exécutons également des simulations Monte-Carlo sur un réseau tridimensionnel. Grâce à la haute dimensionnalité du réseau et, dans l'ensemble, à la faible frustration géométrique du système, les résultats des deux approches convergent sous plusieurs aspects, notamment dans le régime quasi-unidimensionnel des couplages

L’incidence du rendement sur la gestion du risque au sein de l’industrie des fonds communs de placement

D’un point de vue théorique, la délégation de la gestion au sein de l’industrie des fonds communs de placement présente un conflit d’intérêt important. Les investisseurs désirent maximiser leur rendement ajusté pour leur risque, tandis que les gestionnaires sont davantage motivés par leurs propres intérêts personnels. Le présent mémoire s’intéresse à l’incidence du rendement d’un gestionnaire sur son comportement de prise de risque. Brown al. (1996) font partie des premiers auteurs à étudier ce phénomène, qu’ils appellent l’effet tournoi. L’hypothèse de tournoi amené par ceux-ci stipule que les gestionnaires ayant connu de mauvaises performances relativement aux pairs pendant les six premiers mois d’une année sont tentés d’altérer le risque de leur portefeuille avant la fin de l’année. Leur motivation est de ne pas finir en bas du classement relatif. Notre échantillon est composé de 16 965 fonds communs de placement américains orientés croissance et petites capitalisations croissance, sur la période du 2 janvier 1996 au 31 décembre 2012. Nous testons d’abord l’hypothèse de tournoi dans notre échantillon avec des mesures de risque total et systématique ex post et ex ante, via des tables de contingence et de tests de Friedman (1920). Nous visons ainsi à confronter la littérature qui emploie majoritairement des mesures de risque réalisées, ainsi que des tables de contingence. Nos résultats montrent que le choix de la mesure de risque a une incidence importante sur les conclusions relatives à l’hypothèse de tournoi. Nous exposons par ailleurs que les gestionnaires aux rendements relatifs les plus faibles au cours des six premiers mois de l’année (les perdants) ont l’intention de hausser davantage leur risque total et systématique conditionnel au cours du dernier semestre de l’année, comparativement aux autres gestionnaires (les gagnants). Nous analysons ensuite spécifiquement le comportement des gestionnaires gagnants de fonds communs de placement. Plus précisément, nous vérifions si le risque systématique (résiduel) des fonds communs de placement se rapproche de un (zéro) suite à l’évaluation relative des gestionnaires. À cet effet, nous employons des tests de Friedman (1920) avec deux blocs temporels de deuxième période, à savoir un mois et six mois. Nos résultats exposent bien la dynamique de la prise de risque de ces gestionnaires. En outre, nos conclusions relatives au bloc temporel d’un mois sont davantage significatives et concluantes, en regard à nos hypothèses

Classification of SD-OCT Volumes using Local Binary Patterns: Experimental Validation for DME Detection

International audienceThis paper addresses the problem of automatic classification of Spectral Domain OCT (SD-OCT) data for automatic identification of patients with Diabetic Macular Edema (DME) versus normal subjects. Optical Coherence Tomography (OCT) has been a valuable diagnostic tool for DME, which is among the most common causes of irreversible vision loss in individuals with diabetes. Here, a classification framework with five distinctive steps is proposed and we present an extensive study of each step. Our method considers combination of various pre-processings in conjunction with Local Binary Patterns (LBP) features and different mapping strategies. Using linear and non-linear classifiers, we tested the developed framework on a balanced cohort of 32 patients. Experimental results show that the proposed method outperforms the previous studies by achieving a Sensitivity (SE) and Specificity (SP) of 81.2% and 93.7%, respectively. Our study concludes that the 3D features and high-level representation of 2D features using patches achieve the best results. However, the effects of pre-processing is inconsistent with respect to different classifiers and feature configurations

Classification of SD-OCT volumes with multi pyramids, LBP and HOG descriptors: application to DME detections

International audienceThis paper deals with the automated detection of DME on OCT volumes.Our method considers a generic classification pipeline with preprocessing for noise removal and flattening of each B-Scan.Features such as HoG and LBP are extracted and combined to create a set of different feature vectors which are fed to a linear-SVM classifier.Experimental results show a promising sensitivity/specificity of 0.75/0.87 on a challenging dataset

The Impact of Composition and Morphology on Ionic Conductivity of Silk/Cellulose Bio-Composites Fabricated from Ionic Liquid and Varying Percentages of Coagulation Agents.

Blended biocomposites created from the electrostatic and hydrophobic interactions between polysaccharides and structural proteins exhibit useful and unique properties. However, engineering these biopolymers into applicable forms is challenging due to the coupling of the material’s physicochemical properties to its morphology, and the undertaking that comes with controlling this. In this particular study, numerous properties of the Bombyx mori silk and microcrystalline cellulose biocomposites blended using ionic liquid and regenerated with various coagulation agents were investigated. Specifically, the relationship between the composition of polysaccharide-protein bio-electrolyte membranes and the resulting morphology and ionic conductivity is explored using numerous characterization techniques, including scanning electron microscopy (SEM), Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), thermal gravimetric analysis (TGA), differential scanning calorimetry (DSC), X-ray scattering, atomic force microscopy (AFM) based nanoindentation, and dielectric relaxation spectroscopy (DRS). The results revealed that when silk is the dominating component in the biocomposite, the ionic conductivity is higher, which also correlates with higher β-sheet content. However, when cellulose becomes the dominating component in the biocomposite, this relationship is not observed; instead, cellulose semicrystallinity and mechanical properties dominate the ionic conduction

Loss of hepatic DEPTOR alters the metabolic transition to fasting

Objective The mechanistic target of rapamycin (mTOR) is a serine/threonine kinase that functions into distinct protein complexes (mTORC1 and mTORC2) that regulates growth and metabolism. DEP-domain containing mTOR-interacting protein (DEPTOR) is part of these complexes and is known to reduce their activity. Whether DEPTOR loss affects metabolism and organismal growth in vivo has never been tested. Methods We have generated a conditional transgenic mouse allowing the tissue-specific deletion of DEPTOR. This model was crossed with CMV-cre mice or Albumin-cre mice to generate either whole-body or liver-specific DEPTOR knockout (KO) mice. Results Whole-body DEPTOR KO mice are viable, fertile, normal in size, and do not display any gross physical and metabolic abnormalities. To circumvent possible compensatory mechanisms linked to the early and systemic loss of DEPTOR, we have deleted DEPTOR specifically in the liver, a tissue in which DEPTOR protein is expressed and affected in response to mTOR activation. Liver-specific DEPTOR null mice showed a reduction in circulating glucose upon fasting versus control mice. This effect was not associated with change in hepatic gluconeogenesis potential but was linked to a sustained reduction in circulating glucose during insulin tolerance tests. In addition to the reduction in glycemia, liver-specific DEPTOR KO mice had reduced hepatic glycogen content when fasted. We showed that loss of DEPTOR cell-autonomously increased oxidative metabolism in hepatocytes, an effect associated with increased cytochrome c expression but independent of changes in mitochondrial content or in the expression of genes controlling oxidative metabolism. We found that liver-specific DEPTOR KO mice showed sustained mTORC1 activation upon fasting, and that acute treatment with rapamycin was sufficient to normalize glycemia in these mice. Conclusion We propose a model in which hepatic DEPTOR accelerates the inhibition of mTORC1 during the transition to fasting to adjust metabolism to the nutritional status. Keywords: DEPTOR; mTOR; Liver; Glucose; Fastin

L’incidence du rendement sur la gestion du risque au sein de l’industrie des fonds communs de placement

D’un point de vue théorique, la délégation de la gestion au sein de l’industrie des fonds communs de placement présente un conflit d’intérêt important. Les investisseurs désirent maximiser leur rendement ajusté pour leur risque, tandis que les gestionnaires sont davantage motivés par leurs propres intérêts personnels. Le présent mémoire s’intéresse à l’incidence du rendement d’un gestionnaire sur son comportement de prise de risque. Brown al. (1996) font partie des premiers auteurs à étudier ce phénomène, qu’ils appellent l’effet tournoi. L’hypothèse de tournoi amené par ceux-ci stipule que les gestionnaires ayant connu de mauvaises performances relativement aux pairs pendant les six premiers mois d’une année sont tentés d’altérer le risque de leur portefeuille avant la fin de l’année. Leur motivation est de ne pas finir en bas du classement relatif. Notre échantillon est composé de 16 965 fonds communs de placement américains orientés croissance et petites capitalisations croissance, sur la période du 2 janvier 1996 au 31 décembre 2012. Nous testons d’abord l’hypothèse de tournoi dans notre échantillon avec des mesures de risque total et systématique ex post et ex ante, via des tables de contingence et de tests de Friedman (1920). Nous visons ainsi à confronter la littérature qui emploie majoritairement des mesures de risque réalisées, ainsi que des tables de contingence. Nos résultats montrent que le choix de la mesure de risque a une incidence importante sur les conclusions relatives à l’hypothèse de tournoi. Nous exposons par ailleurs que les gestionnaires aux rendements relatifs les plus faibles au cours des six premiers mois de l’année (les perdants) ont l’intention de hausser davantage leur risque total et systématique conditionnel au cours du dernier semestre de l’année, comparativement aux autres gestionnaires (les gagnants). Nous analysons ensuite spécifiquement le comportement des gestionnaires gagnants de fonds communs de placement. Plus précisément, nous vérifions si le risque systématique (résiduel) des fonds communs de placement se rapproche de un (zéro) suite à l’évaluation relative des gestionnaires. À cet effet, nous employons des tests de Friedman (1920) avec deux blocs temporels de deuxième période, à savoir un mois et six mois. Nos résultats exposent bien la dynamique de la prise de risque de ces gestionnaires. En outre, nos conclusions relatives au bloc temporel d’un mois sont davantage significatives et concluantes, en regard à nos hypothèses