solc-verify: A Modular Verifier for Solidity Smart Contracts

We present solc-verify, a source-level verification tool for Ethereum smart contracts. Solc-verify takes smart contracts written in Solidity and discharges verification conditions using modular program analysis and SMT solvers. Built on top of the Solidity compiler, solc-verify reasons at the level of the contract source code, as opposed to the more common approaches that operate at the level of Ethereum bytecode. This enables solc-verify to effectively reason about high-level contract properties while modeling low-level language semantics precisely. The contract properties, such as contract invariants, loop invariants, and function pre- and post-conditions, can be provided as annotations in the code by the developer. This enables automated, yet user-friendly formal verification for smart contracts. We demonstrate solc-verify by examining real-world examples where our tool can effectively find bugs and prove correctness of non-trivial properties with minimal user effort.Comment: Authors' manuscript. Published in S. Chakraborty and J. A. Navas (Eds.): VSTTE 2019, LNCS 12031, 2020. The final publication is available at Springer via https://doi.org/10.1007/978-3-030-41600-3_1

A transgenic cell line with inducible transcription for studying (CGG)n repeat expansion mechanisms

There are more than 30 inherited human disorders connected with repeat expansion (myotonic dystrophy type I, Huntington’s disease, Fragile X syndrome). Fragile X syndrome is the most common reason for inherited intellectual disability in the human population. The ways of the expansion development remain unclear. An important feature of expanded repeats is the ability to form stable alternative DNA secondary structures. There are hypotheses about the nature of repeat instability. It is proposed that these DNA secondary structures can block various stages of DNA metabolism processes, such as replication, repair and recombination and it is considered as the source of repeat instability. However, none of the hypotheses is fully conf irmed or is the only valid one. Here, an experimental system for studying (CGG)n repeat expansion associated with transcription and TCR­-NER is proposed. It is noteworthy that the aberrations of transcription are a poorly studied mechanism of (CGG)n instability. However, the proposed systems take into account the contribution of other processes of DNA metabolism and, therefore, the developed systems are universal and applicable for various studies. Transgenic cell lines carrying a repeat of normal or premutant length under the control of an inducible promoter were established and a method for repeat instability quantif ication was developed. One type of the cell lines contains an exogenous repeat integrated into the genome by the Sleeping Beauty transposon; in another cell line, the vector is maintained as an episome due to the SV40 origin of replication. These experimental systems can serve for f inding the causes of instability and the development of therapeutic agents. In addition, a criterion was developed for the quantif ication of exogenous (CGG)n repeat instability in the transgenic cell lines’ genome

Редкое клиническое наблюдение пациента со смешанной нейроэндокринной-не-нейроэндокринной опухолью большого дуоденального соска

Background. Neuroendocrine tumors are rare neoplasias accounting for 1 % of all digestive malignancies. In 2010, mixed neuroendocrine-non-neuroendocrine neoplasms (MiNENs) were classified by the World Health Organization This type of tumor is extremely rare and most commonly occurs in the appendix, colon, and rectum. To date, only 30 clinical cases of MINEN of the major duodenal papilla (MDP) have been described in the available world literature, while we have not found a description of this pathology in the domestic literature.Description of the clinical case. We present a case of a 64-year-old male patient with MiNEN MDP. The first clinical manifestation of the disease was obstructive jaundice. To eliminate the jaundice, papillosphincterotomy, transpapillary stenting of the choledochus with a plastic stent was performed. MDP tumor was verifed as adenocarcinoma by histological examination. The patient underwent gastropancreatoduodenal resection. Postoperative immunohistochemical examination showed the expression of antibodies in tumor cells: Synaptophysin (clone 27G12) +++, Chromogranin A (5H7) +, CD 57 (NK-1) ++, Ki 67 (Mib 1) 80 %.Conclusion: mixed neuroendocrine (G3) non-neuroendocrine carcinoma (G2) of the major duodenal papilla with growth within the wall of the duodenum; metastases of the neuroendocrine component in three lymph nodes, adenocarcinoma metastasis in 1 out of 15 lymph nodes examined; pT2N2M0, MiNEN high grade (classified by S. La Rosa). Conclusion. Mixed neuroendocrine-non-neuroendocrine tumors of MDP are an extremely rare pathology. The accuracy of preoperative morphological diagnostics is not high, therefore, this diagnosis can be easily missed at the preoperative stage. In the morphological study of malignant tumors of MDP, a pathologist should take into account the feasibility of a combination of a neuroendocrine tumor with adenocarcinoma. Актуальность. Нейроэндокринные опухоли являются редкими неоплазиями, которые встречаются в 1 % среди всех опухолевых поражений органов пищеварения. В 2010 г. в классификацию нейроэндокринных опухолей ВОЗ включены смешанные нейроэндокринно-не-нейроэндокринные опухоли (СННО). Данный вид опухоли является чрезвычайно редким и чаще всего встречается в червеобразном отростке, ободочной и прямой кишке. В доступной мировой литературе описано 30 клинических случаев СННО большого дуоденального соска (БДС), в отечественной литературе данная патология не описана.Описание клинического случая. Первым клиническим проявлением заболевания была механическая желтуха. Госпитализирован в дежурный хирургический стационар, проведена эзофагогастродуоденоскопия, выявлено объемное образование БДС. Для купирования желтухи выполнена папиллосфинктеротомия, транспапиллярное стентированиие холедоха пластиковым стентом. На фоне лечения желтуха купирована, получено гистологическое заключение – опухоль БДС верифицирована как аденокарцинома. Пациенту проведено оперативное лечение в объеме гастропанкреатодуоденальной резекции. По результатам послеоперационного иммуногистохимического исследования экспрессия в опухолевых клетках антител: Synaptophysin (клон 27G12) +++, Chromogranin A (5H7) +, CD 57 (NK-1) ++, Ki 67 (Mib 1) 80 %. Заключение: смешанная нейроэндокринная (G3) не-нейроэндокринная карцинома (G2) большого дуоденального соска с ростом в пределах стенки двенадцатиперстной кишки. Метастазы нейроэндокринного компонента в 3 лимфоузлах, метастаз аденокарциномы в 1 из 15 исследованных лимфоузлов; pT2N2M0, СННО high grade (по классификации S. La Rosa).Заключение. Смешанные нейроэндокринно-не-нейроэндокринные опухоли БДС являются крайне редкой патологией. Информативность предоперационной морфологической диагностики невысока. При морфологическом исследовании злокачественных опухолей БДС должна учитываться возможность сочетания нейроэндокринной опухоли с аденокарциномой

Топографо-анатомическое и клиническое обоснование использования доступа Мерзликина-Парамоновой при операциях на печени

The purpose of the study was to assess results of Merzlikin-Paramonova's approach in liver surgeries.Material and Methods. The topographical-anatomical and spatial relationships were studied on 20 corpses, taking into account assessment criteria according to A.Yu. Sozon-Yaroshevich. In clinical settings, Merzlikin-Paramonova's approach was applied in the treatment of 81 patients with hepatic diseases (cancer, hemangioma, alveococcosis), who underwent radical and palliative surgeries. Short-and long-term treatment outcomes during a 5 year follow-up were analyzed. Merzlikin-Paramonova's approach provided a sufficient overview of the liver, easy manipulation in the area of large bile ducts and blood vessels, as well as the ability to perform lymphodissection and combined operations.Results. The Merzlikin-Paramonova's approach to liver surgeries has significant advantages over traditional surgical approaches, providing a good overview for revision of both primary and recurrent liver lesions. This surgical approach allowed the number of postoperative complications to be reduced due to less wound tension, rapid relief of pain and reduction in intra-abdominal hypertension, thus shortening the treatment time for patients. In the long-term postoperative period, the incidence of postoperative hernias decreased due to less damage to the nerve terminals of the anterior abdominal wall.Conclusion. Merzlikin-Paramonova's approach is slightly traumatic due to innervation and muscle structure of the abdominal wall, is more physiological for the patient, and has a low rate of complications. This approach provides a good access to the organ requiring surgery and is able to perform radical cytoreductive surgeries. Merzlikin-Paramonova's approach to liver surgeries can be recommended for active implementation in clinical practice.Целью исследования является изучение результатов внедрения в клиническую практику доступа Мерзликина-Парамоновой.Материал и методы. В эксперименте на 20 трупах проведено изучение топографо-анатомических, пространственных взаимоотношений в ране с учетом критериев оценки по А.Ю. Созон-Ярошевичу. В клинике доступ Мерзликина-Парамоновой применен в лечении 81 пациента с очаговой патологией печени (рак, гемангиома, альвеококкоз), которым выполнены радикальные и паллиативные оперативные вмешательства. Прослежены ближайшие и отдаленные результаты в сроки до 5 лет после лечения. При всех перечисленных вмешательствах предлагаемый доступ обеспечивал достаточный обзор печени, свободу манипуляций в области крупных желчных протоков, сосудов, в том числе и криоинструментами, возможность выполнения лимфодиссекции и комбинированных операций.Результаты. Предложенный доступ для оперативного вмешательства на печени имеет значительные преимущества перед традиционными, обеспечивает хороший обзор для ревизии оперируемого органа как при первичном, так и рецидивном поражении. Использование доступа позволило провести более раннюю активизацию больных, снизить количество послеоперационных осложнений за счет меньшего натяжения раны, скорейшего купирования болевого синдрома и снижения внутриабдоминальной гипертензии, что позволило сократить сроки лечения больных. В отдаленном послеоперационном периоде снижалась частота развития послеоперационных грыж за счет меньшего повреждения нервных окончаний передней брюшной стенки.Заключение. Доступ Мерзликина-Парамоновой малотравматичен за счет того, что учитываются иннервация и мышечное строение стенки брюшной полости, а также более физиологичен, что подтверждается низкими показателями осложнений. Хорошая доступность оперируемого органа, возможность для расширения и выполнения радикальных и циторедуктивных операций показали, что доступ создает достаточный простор для ревизии и оперативного вмешательства как в случае первичного, так и метастатического поражения органа. С учетом этого заявленный способ доступа может быть рекомендован для активного внедрения в клиническую практику

Glycosylation of immunoglobulin G is regulated by a large network of genes pleiotropic with inflammatory diseases

Effector functions of immunoglobulin G (IgG) are regulated by the composition of a glycan moiety, thus affecting activity of the immune system. Aberrant glycosylation of IgG has been observed in many diseases, but little is understood about the underlying mechanisms. We performed a genome-wide association study of IgG N-glycosylation (N = 8090) and, using a data-driven network approach, suggested how associated loci form a functional network. We confirmed in vitro that knockdown of IKZF1 decreases the expression of fucosyltransferase FUT8, resulting in increased levels of fucosylated glycans, and suggest that RUNX1 and RUNX3, together with SMARCB1, regulate expression of glycosyltransferase MGAT3. We also show that variants affecting the expression of genes involved in the regulation of glycoenzymes colocalize with variants affecting risk for inflammatory diseases. This study provides new evidence that variation in key transcription factors coupled with regulatory variation in glycogenes modifies IgG glycosylation and has influence on inflammatory diseases.Molecular Epidemiolog