Bases moléculaires des pathologies mendéliennes et complexes (stratégies d'études moléculaires et avancées technologiques)

Ce manuscrit présente différentes approches technologiques et conceptuelles du criblage mutationnel. Une approche prometteuse dans l'étude des maladies à hérédité complexe consiste dans la recherche de traits mendéliens cachés appelés " endophénotype ", qui constituent un terrain favorable au développement de la pathologie. Ce type d'approche est celui que nous avons choisi pour l'étude de la schizophrénie : l'utilisation d'un endophénotype -anomalie du filtrage sensoriel- nous a permis de cibler un seul gène candidat pour l'analyse génétique. Dès lors que le nombre de gènes à tester est plus réduit, l'utilisation de techniques d'analyse précises devient possible. La diversité des techniques de biologie moléculaire disponibles, dont certaines sont décrites ici, permet en théorie d'identifier toutes les anomalies génétiques possibles. C'est dans ce contexte que nous avons été amenés à développer une nouvelle technique de détection de remaniements génomiques de grande taille. La PCR multiplex quantitative fluorescente de courts fragments génomiques a été mise au point dans le but d'être rapidement transposable d'un projet de recherche à un autre, quel que soit le contexte génomique des régions ciblées. En effet, cette technique permet de détecter tout réarrangement génomique impliquant des délétions ou des duplications. La PCR multiplex quantitative fluorescente de courts fragments génomiques est donc une alternative prometteuse aux différentes techniques utilisant l'hybridation in situ par sondes fluorescentes. Nous proposons deux procédures types de criblage mutationnel en fonction de l'objectif étudié : une procédure à haut débit et une procédure dirigée vers une cible précise. Enfin nous proposons une procédure universelle pour la création de nouvelles PCR multiplex fluorescentes de courtes séquences génomiques.This manuscript presents several technological and conceptual approaches in mutational screening. A promising way to study diseases with complex inheritance is to search for hidden mendelian features, the so-called "endophénotype", which corresponds to a favourable background for disease development. Such an approach was selected for the study of schizophrenia : the endophenotype defined as an abnormal sensorial filtering allowed us to focuse upon a single candidate gene for the analysis. As soon as the gene number to be tested is low, specific screening methods may be used. The multiplicity of available molecular biology techniques, some of which are described here-in, theoretically allows the identification of all possible genetic variations. In such a context, we developed a new technique for the detection of genomic rearrangements. A quantitative fluorescent PCR multiplex method dealing with short genomic fragments was put in place with the aim to be quickly transposable from a project to another, whatever the genomic context of the target. Indeed, this technique makes it possible to detect any genomic deletions or duplications, thus corresponding to a powerful alternative to fluorescent in situ hybridisation techniques. Two standard procedures for mutational screening are given with respect to the target under study : a high throughput technique and a procedure directed towards a defined area. Finally we propose a universal procedure to design new fluorescent multiplex PCR methods for short genomic sequences.ROUEN-BU Sciences (764512102) / SudocSudocFranceF

Le sanctuaire de la colline de l’Yeuse à Murviel-lès-Montpellier (34)

International audienceLe sanctuaire de la Colline de l’Yeuse est situé sur la commune de Murviel-lès-Montpellier, en périphérie de l’agglomération antique du Castellas, identifiée comme le chef-lieu des Samnagenses. Cette agglomération est occupé du début du IIème s. av. J.-C. jusqu’au début du IIème s. de notre ère.Le sanctuaire, inconnu jusqu’alors, a été découvert à l’occasion de sa fouille par l’Inrap, préalablement à la construction d’un lotissement, au printemps 2017. La présente communication vise à présenter le sanctuaire de sa construction à son abandon, durant toutes les phases de son évolution.Une première occupation est caractérisée par la présence d’un bâtiment, construit probablement dans le courant du Ier s. av. J.-C, partiellement dégagé. Il est composé d’au moins une pièce occupant toute la largeur de l’édifice et le sol est en terre. Il présente la particularité d’avoir livré un petit dépôt monétaire sous un foyer au centre de l’espace.Dans le troisième quart du même siècle que ce bâtiment est démoli puis l’espace remblayé. C’est une fois le secteur nivelé qu’est construit un temple de plan classique au sein de son péribole. L’étude de son architecture, à l’aide des fragments lapidaires conservés, permet de proposer une restitution de l’édifice assez fine et laisse entrevoir de fortes influences grecques, via Marseille, dans sa conception.Quelques années plus tard, une place est établie à l’arrière du temple, partiellement bordée de portiques. Un long bâtiment ferme alors cette aire ouverte à l’ouest. Il est constitué d’une série de pièces aboutées ouvrant sur la place puis d’un corps occupé par un balnéaire. A l’arrière de ce bâtiment une large excavation, profonde de 4 m est interprétée comme la réserve d’eau du petit ensemble thermal.L’ensemble se développe à son apogée sur une superficie de 3000 m².Durant tout le Ier s. la morphologie générale évolue peu mais des changements notables au sein de l’ensemble sont à souligner. Ainsi, la colonnade libre qui habille le fond de la place au sud est détruite au début du siècle, conjointement à celle –partielle- du péribole qui ceinture le temple, rendant en cela l’aire sacrée beaucoup plus vaste, constituée à l’ouest par le portique et le bâtiment toujours en place et au sud par la pente de la colline ou une limite n’ayant laissée aucune trace. Enfin, le balnéaire est abandonné et le bâtiment qui l’abrite est réaménagé.De cette phase d’occupation nous sont parvenus de nombreux témoignages des rites et gestes réalisés par les fidèles. Ils se présentent sous la forme d’aménagements frustes auxquels sont associés des dépôts d’objets. Ces structures sont rassemblées au sein de deux groupes principaux. L’un au plus près du temple, le second à l’emplacement de l’ancien portique, au sud de la place.Il s’agit d’édicules constitués d’éléments en remplois, moellons et tuiles et aussi d’amphores fichées dans le sol. En leur sein, monnaies, coquillages et vase votifs ont été mis au jour.La pratique du jet de monnaies (Iactatio stipis) pourrait être attestée en deux endroits : sur un sol près du temple et à l’intérieur de l’excavation constituant l’ancienne réserve d’eau du balnéaire.Les derniers signes de fréquentations du lieu de culte nous sont donnés par les monnaies et sont à placer au début du IIe s.Le bassin situé à l’ouest est alors progressivement comblé, d’abord par quelques matériaux issus du démantèlement de plusieurs édicules et par plusieurs autels puis par un apport massif de végétaux.Près du temple, l’autel principal du culte – situé initialement en dehors de l’emprise de fouille – est démonté puis sa base et son couronnement sont déposés sur les édicules situés à proximités

Activités artisanales sur le site du Castellas à Murviel-lès-Montpellier (Hérault, France) : premières données sur l'implantation des ateliers de potiers dans l'agglomération antique

Actes du colloque international d'Aix-en-ProvenceInternational audienceThe antique town of " Castellas " cover about thirty hectares including 22 surrounded. The intra-muros space is divided in two distinct topographic entities : a " high town " placed on the sommit of the hill and a " low town " laying on a peripheric sweet slope. The data from ancient and recent excavations propound a preliminary picture of the spatial distribution of the potters' workshops in the whole town. The locations of the kilns do not fit with a classic urban distribution, that is to say in the suburban area and along the major routes. On the contrary, they set ahead the " low town " as a preferential production place according to the frequency of the local ceramic.L'agglomération antique du " Castellas " couvre une trentaine d'hectares dont 22 sont enceints. L'espace intra-muros est scindé en deux entités topographiquement distinctes : une " ville haute " située en sommet de colline et " une ville basse " s'étendant en pente douce sur le glacis périphérique. Les données des fouilles anciennes et récentes proposent une première image, sur l'ensemble de l'agglomération, de la répartition spatiale des ateliers de potiers. Les emplacements des fours ne répondent pas au schéma traditionnel d'implantation urbaine : en périphérie de ville et à proximité de grands axes de circulation. Ils mettent au contraire en avant, en corrélation avec la répartition des fragments de céramique produite localement, la " ville haute " comme lieu de production privilégié

Évacuation des eaux usées et pluviales dans les quartiers d’habitation et d’artisanat du Castellas (Murviel-lès-Montpellier, Hérault)

International audienceL’agglomération antique du Castellas fait l’objet depuis le XIXe s. de programmes d’étude réguliers et plusieurs secteurs du site sont dorénavant bien connus. Les fouilles ont concerné le forum, les enceintes, les zones d’habitat et des quartiers artisanaux. Elles ont toutes permis la découverte de structures en rapport avec la gestion des eaux indésirables. Cet article se propose de faire le point sur les dispositifs mis en place par les occupants de ce petit chef-lieu de cité pour gérer au mieux le drainage et la protection de leurs lieux de vie et de travail. Les types d’ouvrages, leurs datations respectives, leurs tracés et leurs exutoires sont présentés. Ce travail permet de proposer une chronologie de leur mise en place, une réflexion sur les réseaux dans lesquels ils s’insèrent et sur le cadre de leur installation en terme de contraintes à la fois topographiques, parcellaires et réglementaires

Acd, a peptidoglycan hydrolase of Clostridium difficile with N-acetylglucosaminidase activity

International audienceA gene encoding a putative peptidoglycan hydrolase was identified by sequence similarity searching in the Clostridium difficile 630 genome sequence, and the corresponding protein, named Acd (autolysin of C. difficile) was expressed in Escherichia coli. The deduced amino acid sequence of Acd shows a modular structure with two main domains: an N-terminal domain exhibiting repeated sequences and a C-terminal catalytic domain. The C-terminal domain exhibits sequence similarity with the glucosaminidase domains of Staphylococcus aureus Atl and Bacillus subtilis LytD autolysins. Purified recombinant Acd produced in E. coli was confirmed to be a cell-wall hydrolase with lytic activity on the peptidoglycan of several Gram-positive bacteria, including C. difficile. The hydrolytic specificity of Acd was studied by RP-HPLC analysis and MALDI-TOF MS using B. subtilis cell-wall extracts. Muropeptides generated by Acd hydrolysis demonstrated that Acd hydrolyses peptidoglycan bonds between N-acetylglucosamine and N-acetylmuramic acid, confirming that Acd is an N-acetylglucosaminidase. The transcription of the acd gene increased during vegetative cellular growth of C. difficile 630. The sequence of the acd gene appears highly conserved in C. difficile strains. Regarding deduced amino acid sequences, the C-terminal domain with enzymic function appears to be the most conserved of the two main domains. Acd is the first known autolysin involved in peptidoglycan hydrolysis of C. difficile

Deleterious mutations in exon 1 of MECP2 in Rett syndrome.

International audienceThe MECP2 gene is responsible for 80-85% of typical cases of Rett syndrome with deleterious mutations affecting exons 3 and 4. Recently, an alternate transcript including exon 1 was discovered with a new protein isoform (MeCP2_e1) much more abundant in brain. We screened exon 1 of MECP2 for mutations and for large rearrangements in a panel of 212 typical cases of Rett syndrome and one family case with atypical Rett syndrome. We identified two deleterious mutations (c.48_55dup and c.62+2_62+3del) and four large rearrangements encompassing exon 1 of MECP2. We also identified the c.16_21dup alteration formerly reported as c.3_4insGCCGCC and give additional support to classify this sequence variation as polymorphic. In our large panel of typical Rett, mutations affecting exon 1 of MECP2 represent 1% of the deleterious alleles. This study confirms that mutations in exon 1 of MECP2 are a rare cause of Rett syndrome

Analysis of the allele-specific expression of the mismatch repair gene MLH1 using a simple DHPLC-Based Method

International audienceQuantitative measures of allele-specific gene expression allow the indirect detection of mutations or sequence variants in regulatory elements or in other non-coding regions that may result in significant physiological or pathological changes of gene expression and may contribute to Mendelian or multifactorial disorders. We have devised a simple method, based on RT-PCR and single nucleotide primer extension (SNuPE) with unlabelled dideoxynucleotides, followed by DHPLC (denaturing high performance liquid chromatography). We established optimal conditions for separation of the extended products corresponding to the alleles of the c.655A>G (p.Ile219Val) SNP, which is the most frequent exonic polymorphism of MLH1. We then genotyped 99 unrelated control subjects and measured the allele-specific MLH1 expression in the 40 heterozygous controls found in this group. This method allowed us to define a narrow range of normal biallelic expression of MLH1, each allele contributing between 44.7% and 55.3% of the total expression. We then measured the allele-specific expression in hereditary nonpolyposis colorectal cancer (HNPCC) patients with MLH1 mRNAs bearing different stop-codon or frame-shift mutations, or in-frame deletions, in order to detect the effects of nonsense-mediated mRNA decay (NMD). Defects that induce mRNA instability were identified unambiguously and the data were consistent with current models of NMD. This study provides a sensitive tool to identify indirectly MLH1 defects that may escape detection in genomic DNA screenings but result in a quantitative change at the mRNA level

Screening for TP53 rearrangements in families with the Li–Fraumeni syndrome reveals a complete deletion of the TP53 gene

International audienceThe absence of detectable germline TP53 mutations in a fraction of families with Li-Fraumeni syndrome (LFS) has suggested the involvement of other genes, but this hypothesis remains controversial. The density of Alu repeats within the TP53 gene led us to search genomic rearrangements of TP53 in families without detectable TP53 mutation. To this aim, we adapted the quantitative multiplex PCR of short fluorescent fragments (QMPSF) method to the analysis of the 11 exons of TP53. We analysed 98 families, either fulfilling (six families) or partially meeting (92 families) the criteria for LFS, and in which classical methods had failed to reveal TP53 alterations. We identified, in a large family fulfilling the criteria for LFS, a complete heterozygous deletion of TP53. Additional QMPSF analyses indicated that this deletion, which partially removed the centromeric FLJ10385 locus, covered approximately 45 kb. This deletion was shown to result from a complex rearrangement involving two distinct Alu-mediated recombinations. We conclude that TP53 germline rearrangements occur as rare events, but must be considered in LFS families without detectable point TP53 mutation

L'Antiquité dans la littérature de jeunesse

À travers 19 contributions, ce volume collectif considère quelques aspects de la représentation et de la réélaboration du matériau antique dans la littérature pour la jeunesse, spécialement dans le roman, la bande dessinée, le manga. La mythologie reçoit une grande attention, mais l’histoire, surtout romaine, est aussi l’objet d’attention, à travers par exemple des séries comme Astérix, Alix ou Thermae Romae. Quatre directions sont privilégiées : la nature et l’ampleur des adaptations opérées, leurs modalités, l’intention dans lesquelles elles ont été menées, le contenu du message véhiculé. Il est ainsi montré comment l’Antiquité, sous diverses formes, est utilisable, dans les ouvrages et corpus étudiés, comme vecteur d’enseignement, d’éducation, de médiation culturelle ou de simple recréation, comment elle se prête à diverses formes de réappropriation personnelle par les lecteurs.Through 19 contributions, this collective volume considers some aspects of the representation and re-elaboration of Antiquity in literature for children and young adults, especially in novels, comics and manga. Mythology receives a great deal of attention, but history, especially Roman history, is also addressed, for example through series like Asterix, Alix or Thermae Romae. Four issues are emphasized: the nature and extent of the adaptations made, the way they were made, the intention in which they were carried out, the content of the message delivered. It is thus shown how Antiquity, in various forms, can be used in the publications and corpora studied as a vector for teaching, for education, for cultural mediation or simply for recreation, and how it allows for various forms of personal reappropriation by the readers

Involvement of hyperprolinemia in cognitive and psychiatric features of the 22q11 deletion syndrome.

Microdeletions of the 22q11 region, responsible for the velo-cardio-facial syndrome (VCFS), are associated with an increased risk for psychosis and mental retardation. Recently, it has been shown in a hyperprolinemic mouse model that an interaction between two genes localized in the hemideleted region, proline dehydrogenase (PRODH) and catechol-o-methyl-transferase (COMT), could be involved in this phenotype. Here, we further characterize in eight children the molecular basis of type I hyperprolinemia (HPI), a recessive disorder resulting from reduced activity of proline dehydrogenase (POX). We show that these patients present with mental retardation, epilepsy and, in some cases, psychiatric features. We next report that, among 92 adult or adolescent VCFS subjects, a subset of patients with severe hyperprolinemia has a phenotype distinguishable from that of other VCFS patients and reminiscent of HPI. Forward stepwise multiple regression analysis selected hyperprolinemia, psychosis and COMT genotype as independent variables influencing IQ in the whole VCFS sample. An inverse correlation between plasma proline level and IQ was found. In addition, as predicted from the mouse model, hyperprolinemic VCFS subjects bearing the Met-COMT low activity allele are at risk for psychosis (OR = 2.8, 95% CI = 1.04-7.4). Finally, from the extensive analysis of the PRODH gene coding sequence variations, it is predicted that POX residual activity in the 0-30% range results into HPI, whereas residual activity in the 30-50% range is associated either with normal plasma proline levels or with mild-to-moderate hyperprolinemia.Journal ArticleResearch Support, Non-U.S. Gov'tinfo:eu-repo/semantics/publishe