Major molecular response to imatinib in a patient with chronic myeloid leukemia expressing a novel form of e8a2 BCR-ABL transcript.

N.

Maladies chromosomiques constitutionnelles : corrélations génotype-phénotype

Classical theory saying that a balanced structural chromosome rearrangement is linked to a normal phenotype, and that an unbalanced one implies an alteration of the phenotype is not always true. Indeed, althrough new molecular techniques of cytogenetics, described in the first part of this manuscrit, allow too finely correlate genotype to phenotype, the occurence of genome polymorphism, complex regulation of gene expression and epigenetic effects can yield unexpected phenotypes. In the second part of this work, we discuss hypotheses that can explain such genotype-phenotype discrepancies through the study of published cases. These studies show the need for new molecular techniques in cytogenetics in order to better approach the cases where caryotypes and observed phenotypes are discordant. In the third part, we used the congenital diaphragmatic hernia disease, a malformation linked to many chromosomal abnormalities, and the retinoic pathway hypothesis as a model to study the correlation between genotype and phenotype. A literature search allowed us to identify many candidate genes, and to discuss their possible role in the CDH genesis. In parallel, expression of many genes from the retinoic signaling pathway was measured in fetal skin fibroblasts carrying or not CDH. The final aim of this work is to support the hypothesis that retinoids are implicated in the formation of diaphragmatic hernia and to identify new candidate genes.La théorie classique selon laquelle à une anomalie équilibrée correspond un phénotype "normal" et à une anomalie déséquilibrée une altération du phénotype n'est pas toujours de mise. En effet, même si les nouvelles techniques moléculaires de cytogénétique décrites dans la 1ère partie de ce mémoire, permettent de faire des corrélations génotype-phénotype de plus en plus fines, l'existence de polymorphismes du génome, d'une régulation complexe de l'expression des gènes, de phénomènes épigénétiques tel que l'empreinte parentale peut être à l'origine de phénotypes "inattendus". Nous proposons dans la 2ème partie de ce travail de discuter à travers plusieurs cas publiés, les hypothèses pouvant expliquer de telles discordances génotype-phénotype. Ces travaux nous montrent la nécessité d'avoir recours aux techniques moléculaires de cytogénétique pour mieux documenter les cas de discordances entre le caryotype et le phénotype observé. Il est ainsi possible 1/ de mettre en évidence des anomalies cryptiques, 2/ de mieux caractériser les anomalies en précisant les points de cassure et en étudiant la région chromosomique concernée et 3/ d'éliminer la présence d'autres déséquilibres pouvant être à l'origine de l'altération du phénotype. Dans la 3ème partie de ce travail nous avons utilisé le modèle de la hernie diaphragmatique, malformation associée à diverses anomalies chromosomiques, et l'hypothèse "rétinoïdes", pour étudier ces corrélations génotype-phénotype. Une étude bibliographique nous a permis d'identifier de nombreux gènes candidats dans les régions chromosomiques remaniées de façon récurrente en cas de HDC et de discuter de leur possible implication dans la genèse des HDC. Nous avons parallèlement étudié l'expression de plusieurs acteurs du signal rétinoïque dans des fibroblastes cutanés de fœtus portreurs ou non de HDC. Dans le cadre de notre activité clinique, nous recherchons également grâce à diverses techniques moléculaires de cytogénétique, la présence de déséquilibres génomiques associés à ces HDC. La finalité de ces travaux est d'étayer l'hypothèse de l'implication des rétinoïdes dans la genèse des hernies diaphragmatiques et d'identifier de nouveaux gènes candidats

Diagnostic prénatal précoce par prélèvement de villosités choriales et fish

CLERMONT FD-BCIU-Santé (631132104) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Maladies chromosomiques constitutionnelles (corrélations génotype-phénotype)

La théorie classique selon laquelle à une anomalie équilibrée correspond un phénotype "normal" et à une anomalie déséquilibrée une altération du phénotype n'est pas toujours de mise. En effet, même si les nouvelles techniques moléculaires de cytogénétique décrites dans la 1ère partie de ce mémoire, permettent de faire des corrélations génotype-phénotype de plus en plus fines, l'existence de polymorphismes du génome, d'une régulation complexe de l'expression des gènes, de phénomènes épigénétiques tel que l'empreinte parentale peut être à l'origine de phénotypes "inattendus". Nous proposons dans la 2ème partie de ce travail de discuter à travers plusieurs cas publiés, les hypothèses pouvant expliquer de telles discordances génotype-phénotype. Ces travaux nous montrent la nécessité d'avoir recours aux techniques moléculaires de cytogénétique pour mieux documenter les cas de discordances entre le caryotype et le phénotype observé. Il est ainsi possible 1/ de mettre en évidence des anomalies cryptiques, 2/ de mieux caractériser les anomalies en précisant les points de cassure et en étudiant la région chromosomique concernée et 3/ d'éliminer la présence d'autres déséquilibres pouvant être à l'origine de l'altération du phénotype. Dans la 3ème partie de ce travail nous avons utilisé le modèle de la hernie diaphragmatique, malformation associée à diverses anomalies chromosomiques, et l'hypothèse "rétinoïdes", pour étudier ces corrélations génotype-phénotype. Une étude bibliographique nous a permis d'identifier de nombreux gènes candidats dans les régions chromosomiques remaniées de façon récurrente en cas de HDC et de discuter de leur possible implication dans la genèse des HDC. Nous avons parallèlement étudié l'expression de plusieurs acteurs du signal rétinoïque dans des fibroblastes cutanés de fœtus portreurs ou non de HDC. Dans le cadre de notre activité clinique, nous recherchons également grâce à diverses techniques moléculaires de cytogénétique, la présence de déséquilibres génomiques associés à ces HDC. La finalité de ces travaux est d'étayer l'hypothèse de l'implication des rétinoïdes dans la genèse des hernies diaphragmatiques et d'identifier de nouveaux gènes candidats.CLERMONT FD-BCIU-Santé (631132104) / SudocSudocFranceF

Fetal skin fibroblasts: A cell model for studying the retinoid pathway in congenital diaphragmatic hernia

International audienceAlthough there is strong evidence that genetic factors play a pathogenic role in congenital diaphragmatic hernia (CDH), few causal genes have been identified in humans. A number of studies, essentially in animal models, have suggested that disruption of the retinoid signaling pathway plays a major role in the pathogenesis of CDH. Our hypothesis is that human fetal skin fibroblasts express some metabolic and molecular actors of the retinoid pathway and that they offer convenient cellular material for investigating the molecular retinoid pathway defects associated with CDH

Retinoid Pathway and Congenital Diaphragmatic Hernia: Hypothesis from the Analysis of Chromosomal Abnormalities

International audienceAlthough there is strong evidence implicating genetic factors in congenital diaphragmatic hernia (CDH) pathogenesis, few causal genes have been identified. Many studies suggest that early disruption of the retinoid signaling pathway during gestation may contribute to CDH etiology. Chromosome abnormalities are detected in 10-20% of CDH cases. Chromosomal regions that are involved in balanced translocations or are recurrently deleted or duplicated in patients with CDH are of particular interest to researchers because they are more likely to harbor genes that cause or predispose one to the development of CDH. The aim of this review was to select chromosome loci which have been shown to be associated with CDH and to investigate if these loci contain candidate genes involved in the retinoic signaling pathway

Characterization by microarray and meiotic segregation study of a der(10) t(10;18) in a patient with infertility and normal phenotype

International audienc

Optical Genome Mapping in Routine Cytogenetic Diagnosis of Acute Leukemia

Cytogenetic aberrations are found in 65% of adults and 75% of children with acute leukemia. Specific aberrations are used as markers for the prognostic stratification of patients. The current standard cytogenetic procedure for acute leukemias is karyotyping in combination with FISH and RT-PCR. Optical genome mapping (OGM) is a new technology providing a precise identification of chromosomal abnormalities in a single approach. In our prospective study, the results obtained using OGM and standard techniques were compared in 29 cases of acute myeloid (AML) or lymphoblastic leukemia (ALL). OGM detected 73% (53/73) of abnormalities identified by standard methods. In AML cases, two single clones and three subclones were missed by OGM, but the assignment of patients to cytogenetic risk groups was concordant in all patients. OGM identified additional abnormalities in six cases, including one cryptic structural variant of clinical interest and two subclones. In B-ALL cases, OGM correctly detected all relevant aberrations and revealed additional potentially targetable alterations. In T-ALL cases, OGM characterized a complex karyotype in one case and identified additional abnormalities in two others. In conclusion, OGM is an attractive alternative to current multiple cytogenetic testing in acute leukemia that simplifies the procedure and reduces costs