Détection de coréférences de bout en bout en français

International audienceNotre objectif est l'élaboration d'un système de détection automatique de relations de coréférence le plus général possible, pour le traitement des anaphores pronominales et les coréférences directes. Nous décrivons dans cet article les différentes étapes de traitement des textes dans le système que nous avons développé : (i) l'annotation en traits lexicaux et syntaxiques par le système Macaon ; (ii) le repérage des mentions par un modèle obtenu par apprentissage sur le corpus ANCOR ; (iii) l'annotation sémantique des mentions à partir de deux ressources : le DEM et le LVF ; (iv) l'an-notation en coréférences par un système à base de règles. Le système est évalué sur le corpus ANCOR. ABSTRACT End-to-end coreference resolution for French. We aim at developing a general coreference resolution system, for processing pronoun anaphora as well as direct coreferences. We describe in this article the different processing steps of the developped system : (i) extraction of lexical and syntactic features using the Macaon system ; (ii) mention detection with a supervised sequence classifier trained on the ANCOR corpus ; (iii) semantic mention tagging with two resources : DEM and LVF ; (iv) coreference prediction with a rule-based system. The system is evaluated on the ANCOR corpus. MOTS-CLÉS : expression référentielle, mention, détection automatique de relations de coréférence

Respiratory Distress in SARS-CoV-2 without Lung Damage: Phrenic Paralysis Should Be Considered in COVID-19 Infection

We describe an overweight COVID-19 patient with respiratory distress preceded by anosmia/dysgeusia with no lung injury shown on CT, angio-CT or ventilation/perfusion scans. Orthopnoea and paradoxical abdominal respiration were identified.Phrenic paralysis, demonstrated by examination of patient breathing, and on x-ray while standing breathing in and out, explained the respiratory distress. This is a rare and previously undescribed neurological complication of COVID-19 infection caused by vagus nerve injury

Etude protéomique et fonctionnelle des couches interne et externe de la membrane vitelline de l’œuf de poule

National audienceLa membrane vitelline (MV) de l’œuf de poule est une membrane protéique acellulaire située à l’interface du blanc et du jaune. En reproduction aviaire, elle est impliquée dans l’interaction entre l’ovocyte et les spermatozoïdes au moment de la fécondation, dans le développement embryonnaire précoce ainsi que dans la protection physique et antimicrobienne de l’embryon. Elle contribue de ce fait à la qualité des œufs à couver et au bon développement des embryons ainsi qu’à la qualité des œufs de consommation (non fécondés). La MV est constituée d’une couche interne (MVI) en contact avec le jaune et d’une couche externe (MVE) en contact avec le blanc. À ce jour, environ 140 protéines différentes ont été identifiées dans la MV ; cependant, la distribution de ces protéines entre la MVI et la MVE reste à élucider. La présente étude vise à enrichir le répertoire des protéines connues dans la MV et à comparer la composition en protéines de la MVI et de la MVE afin de préciser leurs fonctions respectives.La MVI et la MVE ont été séparées manuellement à partir de MV d'œufs fraîchement pondus et les protéines de ces deux couches ont été solubilisées indépendamment et analysées par SDS-PAGE et GeLC-MS / MS. Plus de 550 protéines ont été identifiées dans l'ensemble de la MV. Environ 410 et 340 protéines ont été identifiées dans la MVI et la MVE, respectivement, dont certaines sont retrouvées dans les deux couches tandis que d’autre sont spécifiques de l’une ou l’autre des deux couches. Les données préliminaires résultant de l'annotation fonctionnelle des protéines (ontologie des gènes / bibliographie) révèlent la présence de nombreuses protéines associées non seulement à la fécondation et à la défense antimicrobienne, mais aussi à de nombreuses autres fonctions biologiques telles que l’adhérence et la migration cellulaires, le métabolisme et la morphogenèse, etc. Les résultats de cette étude témoignent de la complexité des rôles joués par la MV dans l’œuf et le développement embryonnaire précoce de l’oiseau. Ces résultats sont actuellement complétés par une analyse expressionnelle des protéines de la MV afin de préciser leur lieu et leur spécificité tissulaire de synthèse

Etude protéomique et fonctionnelle des couches interne et externe de la membrane vitelline de l’œuf de poule

National audienceLa membrane vitelline (MV) de l’œuf de poule est une membrane protéique acellulaire située à l’interface du blanc et du jaune. En reproduction aviaire, elle est impliquée dans l’interaction entre l’ovocyte et les spermatozoïdes au moment de la fécondation, dans le développement embryonnaire précoce ainsi que dans la protection physique et antimicrobienne de l’embryon. Elle contribue de ce fait à la qualité des œufs à couver et au bon développement des embryons ainsi qu’à la qualité des œufs de consommation (non fécondés). La MV est constituée d’une couche interne (MVI) en contact avec le jaune et d’une couche externe (MVE) en contact avec le blanc. À ce jour, environ 140 protéines différentes ont été identifiées dans la MV ; cependant, la distribution de ces protéines entre la MVI et la MVE reste à élucider. La présente étude vise à enrichir le répertoire des protéines connues dans la MV et à comparer la composition en protéines de la MVI et de la MVE afin de préciser leurs fonctions respectives.La MVI et la MVE ont été séparées manuellement à partir de MV d'œufs fraîchement pondus et les protéines de ces deux couches ont été solubilisées indépendamment et analysées par SDS-PAGE et GeLC-MS / MS. Plus de 550 protéines ont été identifiées dans l'ensemble de la MV. Environ 410 et 340 protéines ont été identifiées dans la MVI et la MVE, respectivement, dont certaines sont retrouvées dans les deux couches tandis que d’autre sont spécifiques de l’une ou l’autre des deux couches. Les données préliminaires résultant de l'annotation fonctionnelle des protéines (ontologie des gènes / bibliographie) révèlent la présence de nombreuses protéines associées non seulement à la fécondation et à la défense antimicrobienne, mais aussi à de nombreuses autres fonctions biologiques telles que l’adhérence et la migration cellulaires, le métabolisme et la morphogenèse, etc. Les résultats de cette étude témoignent de la complexité des rôles joués par la MV dans l’œuf et le développement embryonnaire précoce de l’oiseau. Ces résultats sont actuellement complétés par une analyse expressionnelle des protéines de la MV afin de préciser leur lieu et leur spécificité tissulaire de synthèse

Proteome and biological functions of inner and outer perivitelline layers in the chicken egg

International audienc

Proteome and biological functions of inner and outer perivitelline layers in the chicken egg

International audienc

Proteome and biological functions of inner and outer perivitelline layers in the chicken egg

International audienc

Proteome and biological functions of inner and outer perivitelline layers in the chicken egg

International audienc

Effectiveness of bacteriophages in the sputum of cystic fibrosis patients.

International audienceBacteriophages have been shown to be effective for treating acute infections of the respiratory tract caused by antibiotic-resistant bacteria in animal models, but no evidence has yet been presented of their activity against pathogens in complex biological samples from chronically infected patients. We assessed the efficacy of a cocktail of ten bacteriophages infecting Pseudomonas aeruginosa following its addition to 58 sputum samples from cystic fibrosis (CF) patients collected at three different hospitals. Ten samples that did not contain P. aeruginosa were not analysed further. In the remaining 48 samples, the addition of bacteriophages led to a significant decrease in the levels of P. aeruginosa strains, as shown by comparison with controls, taking two variables (time and bacteriophages) into account (p = 0.024). In 45.8% of these samples, this decrease was accompanied by an increase in the number of bacteriophages. We also tested each of the ten bacteriophages individually against 20 colonies from each of these 48 samples and detected bacteriophage-susceptible bacteria in 64.6% of the samples. An analysis of the clinical data revealed no correlation between patient age, sex, duration of P. aeruginosa colonization, antibiotic treatment, FEV1 (forced expiratory volume in the first second) and the efficacy of bacteriophages. The demonstration that bacteriophages infect their bacterial hosts in the sputum environment, regardless of the clinical characteristics of the patients, represents a major step towards the development of bacteriophage therapy to treat chronic lung infections