Theoretical evidence for unexpected O-rich phases at corners of MgO surfaces

Realistic oxide materials are often semiconductors, in particular at elevated temperatures, and their surfaces contain undercoordiated atoms at structural defects such as steps and corners. Using hybrid density-functional theory and ab initio atomistic thermodynamics, we investigate the interplay of bond-making, bond-breaking, and charge-carrier trapping at the corner defects at the (100) surface of a p-doped MgO in thermodynamic equilibrium with an O2 atmosphere. We show that by manipulating the coordination of surface atoms one can drastically change and even reverse the order of stability of reduced versus oxidized surface sites.Comment: 5 papges, 4 figure

Estudo da variabilidade entomopatogênicos nematóides populações (Heterorhabditidae) da Argentin

Entomopathogenic nematodes (EPN) belonging to the Heterorhabditidae family are lethal parasites of soil-dwelling insects. Two species were reported in Argentina: Heterorhabditis argentinensis and Heterorhabditis bacteriophora characterized mainly by morphometric features. In this work a comparative and phylogenetic study between five Heterorhabditis populations from Argentina was conducted to analyze the variability between strains and to evaluate the taxonomic position of Heterorhabditis argentinensis. The PCA analyses of morphometric characters separated the larger juvenile, female and male H. argentinensis from H. bacteriophora populations. The juvenile (IJs) stage provided the clearest separation of Heterorhabditis populations presenting the least variability between strains. The variable L and MBW were highly related to H. argentinensis IJs. Three groups were separated by this stage considering PC1 and PC2: one formed by H. bacteriophora OLI, RIV and RN strains, (isolates from Córdoba and Río Negro province), one for H. bacteriophora VELI strain (Buenos Aires province) and one for H. argentinensis (Santa Fe province). Heterorhabditis bacteriophora VELI and H. argentinensis isolated from regions with more rainfalls and humidity presented larger values for morphometric features. Molecular analyses showed the Argentinian populations (H. bacteriophora VELI strain and H. argentinensis), forming a same clade, with six other H. bacteriophora populations (not from Argentina) with a genetic similarity between them of 99%. Heterorhabditis argentinensis presented one unique nucleotide that was not present in any of the other species of the clade. Considering the results of this study H. argentinensis would be conspecific to H. bacteriophora, constituting a strain with a great morphometric variation where the host and climatic conditions could have influenced on the measurements.Nematóides entomopatogênicos (EPN) pertencentes à família Heterorhabditidae são parasitas letais de insetos que vivem no solo. Duas espécies foram relatados na Argentina: Heterorhabditis argentinensis e Heterorhabditis bacteriophora, caracterizada principalmente por características morfométricas. Neste trabalho um estudo comparativo e filogenética entre cinco populações do Heterorhabditis da Argentina foi conduzido para analisar a variabilidade entre as linhagens e avaliar a posição taxonômica das Heterorhabditis argentinensis. Características morfométricas de Heterorhabditis bacteriophora VELI e H. argentinensis isoladas de regiões com mais chuvas e umidade apresentaram dimensões maiores. Analisa o PCA de personagens morfométricas separou a maior juvenil, feminino e masculino H. argentinensis de H. bacteriophora populações. A fase juvenil (JIs) fornece a mais clara separação de populações Heterorhabditis apresentando a menor variação entre as cepas. A L variável e MBW foram altamente relacionada com H. argentinensis JIs. Três grupos foram separados por esta fase considerando PC1 e PC2: um formado por H. bacteriophora OLI, RIV e estirpes RN, (isolados de Córdoba e província de Rio Negro), um para a estirpe H. bacteriophora VELI (província de Buenos Aires) e um para H. argentinensis (província de Santa Fe). Heterorhabditis bacteriophora VELI e H. argentinensis isolado a partir de regiões com mais chuvas e umidade apresentaram maiores valores para as características morfométricas. A análise molecular mostrou as populações da Argentina (estirpe H. bacteriophora VELI e H. argentinensis), formando um mesmo subtipo, com seis outras populações H. bacteriophora (não da Argentina), com uma similaridade genética entre eles de 99%. Heterorhabditis argentinensis apresentado um único nucleótido que não estava presente em nenhum dos outros espécies do clado. Considerando os resultados deste estudo H. argentinensis seria conspecific a H. bacteriophora, constituindo uma estirpe com uma grande variação morfométrica onde o anfitrião e as condições climáticas podem ter influenciado nas medições.Fil: Achinelly, Maria Fernanda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores; ArgentinaFil: Eliceche, Daiana Pamela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores; ArgentinaFil: Belaich, Mariano Nicolas. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular ; ArgentinaFil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular ; Argentin

Virus Junín: clonado molecular y análisis estructural y funcional del RNA S y sus productos génicos

Con el fin de facilitar la presentación y lectura, la información contenida en la presente Tesis se organizó modularmente en partes y capítulos, y en un caso en secciones. En la Parte I, que comprende los Capítulos 1 a 4, se presenta una introducción a los virus con genoma de RNA, a la familia Arenaviridae y, especialmente, al virus Junín. En las Partes II (Capítulos 5 a 8) y III (Capítulos 9 a 11), se presentan sintéticamente los resultados y aspectos informativos más elementales derivados del clonado, secuenciamiento y análisis estándar de la información de secuencia obtenida. En el Capítulo 8, en particular, se presentan los resultados obtenidos en ensayos de expresión de la proteína de la nucleocápside de la cepa MC2 del virus Junín en el sistema baculovirus-células de insecto y su empleo en experimentos de replegamiento, ELISA, unión a RNA y unión a Zn+2; algunos de los resultados presentados en este capítulo dieron origen a planes de Tesis concretados en el IBBM en los últimos años. Estas dos partes fueron pensadas sólo como presentación de la información, razón por la cual carecen de una discusión y de conclusiones generales. En la Parte IV, que comprende los Capítulos 12 a 14, se presenta el análisis comparativo de los RNAs S de los arenavirus y de las proteínas codificadas en los mismos, con las discusiones correspondientes. En particular, el Capítulo 12, que corresponde a los ácidos nucleicos de arenavirus, se subdividió en tres secciones. En los primeros seis títulos de la Sección I se detalla un análisis bioinformático que ahonda en aspectos informativos no estándar de las moléculas de ácidos nucleicos per se, mientras que en los últimos tres títulos se presentan aspectos estructurales de los RNAs S de arenavirus y la posible correlación con los mecanismos de recombinación. En la Sección II se discute sobre la variabilidad en los extremos de RNAs y el posible origen de los mismos y en la Sección III se reseña una análisis que correlaciona los RNAs S, el rRNA 28S y las proteínas de la nucleocápside (N). Por otra parte, en los Capítulos 13 y 14 se discute acerca del análisis de las estructuras primarias y secundarias de las glicoproteínas y las nucleoproteínas de arenavirus, respectivamente. En la Parte V, que comprende los Capítulos 15 y 16, se detallan los materiales empleados y se describen los métodos utilizados en el desarrollo de este trabajo. En la Parte VI, que comprende los Capítulos 17 y 18, se reseñan algunos desarrollos que se realizaron durante el trabajo de Tesis. En el Capítulo 17 se muestra el diseño y puesta a punto de tres técnicas experimentales y en el Capítulo 18 se presenta el diseño y programación de varios algoritmos que han permitido realizar la mayor parte de los análisis computacionales presentados en los capítulos anteriores. En la Parte VII se incluyen las conclusiones generales de la Tesis, destacando algunos de los aspectos más relevantes del trabajo. En la Parte VIII se lista la bibliografía leída y utilizada durante todos estos años de trabajo. Finalmente, la Parte IX incluye una serie de apéndices con información y/o breves análisis matemáticos que consideré importante incluir.Facultad de Ciencias Exacta

Family-specific degenerate primer design: a tool to design consensus degenerated oligonucleotides

Designing degenerate PCR primers for templates of unknown nucleotide sequence may be a very difficult task. In this paper, we present a new method to design degenerate primers, implemented in family-specific degenerate primer design (FAS-DPD) computer software, for which the starting point is a multiple alignment of related amino acids or nucleotide sequences. To assess their efficiency, four different genome collections were used, covering a wide range of genomic lengths: Arenavirus ( nucleotides), Baculovirus ( to  bp), Lactobacillus sp. ( to  bp), and Pseudomonas sp. ( to  bp). In each case, FAS-DPD designed primers were tested computationally to measure specificity. Designed primers for Arenavirus and Baculovirus were tested experimentally. The method presented here is useful for designing degenerate primers on collections of related protein sequences, allowing detection of new family members.Fil: Iserte, Javier Alonso. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Stephan, Betina Inés. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Goñi, Sandra Elizabeth. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Borio, Cristina Silvia. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lozano, Mario Enrique. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área de Virosis Emergentes y Zoonótica; Argentin

Characterization of a Granulovirus Isolated from Epinotia aporema Wals. (Lepidoptera: Tortricidae) Larvae

A granulovirus (GV) isolated from Epinotia aporema (Lepidoptera: Tortricidae) - a major soybean pest - was studied in terms of its main morphological, biochemical, and biological properties. The ovoidal occlusion bodies were 466 by 296 nm in size, and their most prominent protein had an apparent molecular mass of 29 kDa. Its amino-terminal sequence was remarkably homologous to that of the granulins of other GVs. The DNA genome size was estimated to be 120 kbp. The high specificity and pathogenicity of this newly described granulovirus (EpapGV) indicate that it is indeed a good candidate for the biological control of this pest.Facultad de Ciencias ExactasInstituto de Biotecnologia y Biologia Molecula

Telomerase as a cancer target. Development of new molecules

Telomeres are the terminal part of the chromosome containing a long repetitive and non-codifying sequence that has as function protecting the chromosomes. In normal cells, telomeres lost part of such repetitive sequence in each mitosis, until telomeres reach a critical point, triggering at that time senescence and cell death. However, in most of tumor cells in each cell division a part of the telomere is lost, however the appearance of an enzyme called telomerase synthetize the segment that just has been lost, therefore conferring to tumor cells the immortality hallmark. Telomerase is significantly overexpressed in 80?95% of all malignant tumors, being present at low levels in few normal cells, mostly stem cells. Due to these characteristics, telomerase has become an attractive target for new and more effective anticancer agents. The capability of inhibiting telomerase in tumor cells should lead to telomere shortening, senescence and apoptosis. In this work, we analyze the different strategies for telomerase inhibition, either in development, preclinical or clinical stages taking into account their strong points and their caveats. We covered strategies such as nucleosides analogs, oligonucleotides, small molecule inhibitors, G-quadruplex stabilizers, immunotherapy, gene therapy, molecules that affect the telomere/telomerase associated proteins, agents from microbial sources, among others, providing a balanced evaluation of the status of the inhibitors of this powerful target together with an analysis of the challenges ahead.Fil: Mengual Gómez, Diego Luis. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Oncología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Armando, Romina Gabriela. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Oncología Molecular; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Cerrudo, Carolina Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; ArgentinaFil: Ghiringhelli, Pablo Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Ingeniería Genética y Biología Molecular y Celular. Área Virus de Insectos; ArgentinaFil: Gomez, Daniel Eduardo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional de Quilmes. Departamento de Ciencia y Tecnología. Laboratorio de Oncología Molecular; Argentin

Extrapolation to complete basis-set limit in density-functional theory by quantile random-forest models

The numerical precision of density-functional-theory (DFT) calculations depends on a variety of computational parameters, one of the most critical being the basis-set size. The ultimate precision is reached with an infinitely large basis set, i.e., in the limit of a complete basis set (CBS). Our aim in this work is to find a machine-learning model that extrapolates finite basis-size calculations to the CBS limit. We start with a data set of 63 binary solids investigated with two all-electron DFT codes, exciting and FHI-aims, which employ very different types of basis sets. A quantile-random-forest model is used to estimate the total-energy correction with respect to a fully converged calculation as a function of the basis-set size. The random-forest model achieves a symmetric mean absolute percentage error of lower than 25% for both codes and outperforms previous approaches in the literature. Our approach also provides prediction intervals, which quantify the uncertainty of the models' predictions

Baculovirus: Molecular Insights on Their Diversity and Conservation

The Baculoviridae is a large group of insect viruses containing circular double-stranded DNA genomes of 80 to 180 kbp. In this study, genome sequences from 57 baculoviruses were analyzed to reevaluate the number and identity of core genes and to understand the distribution of the remaining coding sequences. Thirty one core genes with orthologs in all genomes were identified along with other 895 genes differing in their degrees of representation among reported genomes. Many of these latter genes are common to well-defined lineages, whereas others are unique to one or a few of the viruses. Phylogenetic analyses based on core gene sequences and the gene composition of the genomes supported the current division of the Baculoviridae into 4 genera: Alphabaculovirus, Betabaculovirus, Gammabaculovirus, and Deltabaculovirus