Robust and scalable barcoding for massively parallel long‑read sequencing

Nucleic-acid barcoding is an enabling technique for many applications, but its use remains limited in emerging long-read sequencing technologies with intrinsically low raw accuracy. Here, we apply so-called NS-watermark barcodes, whose error correction capability was previously validated in silico, in a proof of concept where we synthesize 3840 NS-watermark barcodes and use them to asymmetrically tag and simultaneously sequence amplicons from two evolutionarily distant species (namely Bordetella pertussis and Drosophila mojavensis) on the ONT MinION platform. To our knowledge, this is the largest number of distinct, non-random tags ever sequenced in parallel and the frst report of microarray-based synthesis as a source for large oligonucleotide pools for barcoding. We recovered the identity of more than 86% of the barcodes, with a crosstalk rate of 0.17% (i.e., one misassignment every 584 reads). This falls in the range of the index hopping rate of established, highaccuracy Illumina sequencing, despite the increased number of tags and the relatively low accuracy of both microarray-based synthesis and long-read sequencing. The robustness of NS-watermark barcodes, together with their scalable design and compatibility with low-cost massive synthesis, makes them promising for present and future sequencing applications requiring massive labeling, such as long-read single-cell RNA-Seq.Fil: Ezpeleta, Joaquín. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina.Fil: Labari, Ignacio Garcia. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina.Fil: Bulacio, Pilar. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina.Fil: Tapia, Elizabeth. Centro Internacional Franco Argentino de Ciencias de la Información y de Sistemas; Argentina.Fil: Ezpeleta, Joaquín. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina.Fil: Bulacio, Pilar. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina.Fil: Tapia, Elizabeth. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Exactas, Ingeniería y Agrimensura; Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.Fil: Lavista Llanos, Sofía. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del Río Paraná; Argentina.Fil: Posner, Victoria María. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del Río Paraná; Argentina.Fil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del Río Paraná; Argentina.Fil: Krsticevic, Flavia. The Hebrew University of Jerusalem. Robert H Smith Faculty of Agriculture, Food and Environment; Israel

Cost-effective method to perform SARS-CoV-2 variant surveillance: detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina

SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics have emerged since the end of 2020. Surveillance of SARS-CoV-2 variants was performed on a total of 4,851 samples from the capital city and 10 provinces of Argentina, during 51 epidemiological weeks (EWs) that covered the end of the first wave and the ongoing second wave of the COVID-19 pandemic in the country (EW 44/2020 to EW 41/2021). The surveillance strategy was mainly based on Sanger sequencing of a Spike coding region that allows the identification of signature mutations associated with variants. In addition, whole-genome sequences were obtained from 637 samples. The main variants found were Gamma and Lambda, and to a lesser extent, Alpha, Zeta, and Epsilon, and more recently, Delta. Whereas, Gamma dominated in different regions of the country, both Gamma and Lambda prevailed in the most populated area, the metropolitan region of Buenos Aires. The lineages that circulated on the first wave were replaced by emergent variants in a term of a few weeks. At the end of the ongoing second wave, Delta began to be detected, replacing Gamma and Lambda. This scenario is consistent with the Latin American variant landscape, so far characterized by a concurrent increase in Delta circulation and a stabilization in the number of cases. The cost-effective surveillance protocol presented here allowed for a rapid response in a resource-limited setting, added information on the expansion of Lambda in South America, and contributed to the implementation of public health measures to control the disease spread in Argentina.Fil: Torres, Carolina. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (ibavim) ; Facultad de Farmacia y Bioquimica ; Universidad de Buenos Aires; . Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Mojsiejczuk, Laura Noelia. Instituto de Investigaciones En Bacteriologia y Virologia Molecular (ibavim) ; Facultad de Farmacia y Bioquimica ; Universidad de Buenos Aires; . Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Acuña, Dolores. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Alexay, Sofía. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Amadio, Ariel Fernando. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Aulicino, Paula. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Fay, Fabian. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Fernández, Franco. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Giri, Adriana Angelica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas Centro Científico Tecnológico - CONICET -Rosario. Instituto de Biologia Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Goya, Stephanie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Pediatría "Juan P. Garrahan". Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; ArgentinaFil: König, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Lucero, Horacio. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Nabaes Jodar, Mercedes Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Pianciola, Luis. Gobierno de la Provincia del Neuquén. Ministerio de Salud. Secretaría de Salud Pública Neuquén; ArgentinaFil: Sfalcin, Javier A.. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Acevedo, Raúl Maximiliano. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Botánica del Nordeste. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del Nordeste; ArgentinaFil: Bengoa Luoni, Sofia Ailin. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Bolatti, Elisa Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Brusés, Bettina Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Botánica del Nordeste. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Ciencias Agrarias. Instituto de Botánica del Nordeste; ArgentinaFil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Casal, Pablo Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Cerri, Agustina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Chouhy, Diego. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Dus Santos, María José. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas. Grupo Vinculado Incuinta al IVIT | Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas. Grupo Vinculado Incuinta al IVIT; Argentina. Universidad Nacional de Hurlingham; ArgentinaFil: Eberhardt, Maria Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Fernández, Ailén. Gobierno de la Provincia del Neuquén. Ministerio de Salud. Secretaría de Salud Pública Neuquén; ArgentinaFil: Fernández, Paula del Carmen. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Fernández Do Porto, Darío Augusto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Calculo. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Calculo; ArgentinaFil: Formichelli, Laura Belén. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Gismondi, María Inés. Universidad Nacional de Lujan. Departamento de Ciencias Básicas. Laboratorio de Genómica Computacional; Argentina. CIBIC Laboratorio; ArgentinaFil: Irazoqui, José Matías. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Santa Fe. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea. - Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro Regional Santa Fe. Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; ArgentinaFil: Lorenzini Campos, Melina Noelia. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Lusso, Silvina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigaciones Agropecuarias. Instituto de Patología Vegetal; ArgentinaFil: Muñoz, Marianne. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Mussin, Javier Esteban. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Natale, Mónica Inés. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Oria, Griselda Ines. Universidad Nacional del Nordeste. Instituto de Medicina Regional; ArgentinaFil: Pisano, María Belén. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Posner, Victoria Maria. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Puebla, Andrea. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria. Centro de Investigación en Ciencias Veterinarias y Agronómicas. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; ArgentinaFil: Ré, Viviana Elizabeth. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Medicina. Instituto de Virología Dr. J. M. Vanella; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Sosa, Ezequiel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Zaiat, Jonathan Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Química Biológica de la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Zunino, Sebastián. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Zonal General de Agudos Blas Dubarry; Argentina. Gobierno de la Provincia del Neuquén. Ministerio de Salud. Secretaría de Salud Pública Neuquén; ArgentinaFil: Acevedo, María Elina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Acosta, Julián. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; ArgentinaFil: Alvarez Lopez, Cristina. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Álvarez, María Laura. Gobierno de la Provincia de Río Negro. Hospital Zonal Doctor Ramón Carrillo; ArgentinaFil: Angeleri, Patricia. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Ministerio de Salud; ArgentinaFil: Angelletti, Andrés. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; Argentina. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Arca, Manuel. Municipalidad de Concepción del Uruguay (Entre Ríos). Hospital Justo José de Urquiza; ArgentinaFil: Ayala, Natalia A.. Gobierno de la Provincia de Chaco. Ministerio de Salud Publica; ArgentinaFil: Barbas, Maria Gabriela. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Secretaría de Prevención y Promoción; ArgentinaFil: Bertone, Ana. Gobierno de la Provincia de La Pampa. Laboratorio de la Dirección de Epidemiología. Santa Rosa; ArgentinaFil: Bonnet, Maria Agustina. Municipalidad de Concepción del Uruguay (Entre Ríos). Hospital Justo José de Urquiza; ArgentinaFil: Bourlot, Ignacio. Gobierno de la Provincia de Entre Ríos. Laboratorio de Biología Molecular del Hospital Centenario. Gualeguaychú; ArgentinaFil: Cabassi, María Victoria. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Castello, Alejandro. Universidad Nacional de Quilmes; ArgentinaFil: Castro, Gonzalo. Gobierno de la Provincia de Córdoba. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia; ArgentinaFil: Cavatorta, Ana Laura. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ceriani, Maria Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; ArgentinaFil: Cimmino, Carlos José. Instituto Nacional de Epidemiología Dr. Jara. Mar del Plata; ArgentinaFil: Cipelli, Julián. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Colmeiro, María. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Cordero, Andrés. Universidad Nacional de la Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Cristina, Silvia Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigaciones y Transferencia del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires; ArgentinaFil: Di Bella, Sofia. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Dolcini, Guillermina Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; ArgentinaFil: Ercole, Regina. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Espasandin, Yesica Romina. Gobierno de la Provincia de Río Negro. Hospital Zonal Doctor Ramón Carrillo; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Espul, Carlos. Gobierno de la Provincia de Mendoza. Ministerio de Salud Desarrollo Social y Deportes; ArgentinaFil: Falaschi, Andrea. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Fernández Moll, Facundo Lucio. Universidad Nacional del Noroeste de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Bioinvestigaciones (Sede Junín); ArgentinaFil: Foussal, María Delia. Gobierno de la Provincia de Chaco. Hospital Julio César Perrando; ArgentinaFil: Gatelli, Andrea. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal Especializado de Agudos y Crónicos San Juan de Dios; ArgentinaFil: Goñi, Sandra Elizabeth. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Jofré, María Estela. Laboratorio de Biología Molecular Bolívar; ArgentinaFil: Jaramillo Ortiz, José Manuel. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Zonal General de Agudos Blas Dubarry; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Labarta, Natalia. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Lacaze, María Agustina. Gobierno de la Provincia de San Luis. Ministerio de Salud; ArgentinaFil: Larreche Calahorrano, María Rocío. Laboratorio de Biología Molecular Bolívar; ArgentinaFil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Levin, Gustavo Javier. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro de Investigaciones y Transferencia de Entre Ríos. Universidad Nacional de Entre Ríos. Centro de Investigaciones y Transferencia de Entre Ríos; ArgentinaFil: Luczak, Erica Natalia. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Interzonal de Agudos Evita; ArgentinaFil: Mandile, Marcelo Gastón. Universidad Nacional de Quilmes; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Marino, Gioia. Provincia de Chaco. Hospital Pediátrico Dr. Avelino Castelán; ArgentinaFil: Massone, Carla Antonella. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Zonal General de Agudos Blas Dubarry; ArgentinaFil: Mazzeo, Melina. Gobierno de la Provincia del Neuquen. Ministerio de Salud; ArgentinaFil: Medina, Carla. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños "Ricardo Gutiérrez". Laboratorio de Virología; ArgentinaFil: Monaco, Belén. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital Zonal General de Agudos Blas Dubarry; ArgentinaFil: Montoto, Luciana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Niños Pedro Elizalde (ex Casa Cuna); ArgentinaFil: Mugna, Viviana. Gobierno de la Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia de Santa Fe; ArgentinaFil: Musto, Alejandra Beatriz. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Nadalich, Victoria. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de Salud Pública; ArgentinaFil: Nieto Farías, María Victoria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil. Provincia de Buenos Aires. Gobernación. Comision de Investigaciones Científicas. Centro de Investigación Veterinaria de Tandil; ArgentinaFil: Ojeda, Guillermo. Gobierno de la Provincia de Santa Fe. Ministerio de Salud. Laboratorio Central de la Provincia de Santa Fe; ArgentinaFil: Piedrabuena, Andrea C.. Servicio de Microbiología. Hospital 4 de junio. Roque Sáenz Peña; ArgentinaFil: Pintos, Carolina. Gobierno de la Provincia del Neuquen. Ministerio de Salud; ArgentinaFil: Pozzati, Marcia. Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires. Hospital General de Agudos Doctor Cosme Argerich; ArgentinaFil: Rahhal, Marilina. Gobierno de la Provincia de Buenos Aires. Hospital El Cruce Doctor Néstor Carlos Kirchner. Centro de Medicina Traslacional; ArgentinaFil: Rechimont, Claudia. Laboratorio de la Dirección de Epidemiología; ArgentinaFil: Remes Lenicov, Federico. Consejo Nacional de Investigaci

First DNA barcode reference library for the identification of South American freshwater fish from the lower Paraná River

Valid fish species identification is essential for biodiversity conservation and fisheries management. Here, we provide a sequence reference library based on mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I for a valid identification of 79 freshwater fish species from the Lower Paraná River. Neighbour-joining analysis based on K2P genetic distances formed non-overlapping clusters for almost all species with a 99% bootstrap support each. Identification was successful for 97.8% of species as the minimum genetic distance to the nearest neighbour exceeded the maximum intraspecific distance in all these cases. A barcoding gap of 2.5% was apparent for the whole data set with the exception of four cases. Within species distances ranged from 0.00% to 7.59%, while interspecific distances varied between 4.06% and 19.98%, without considering Odontesthes species with a minimum genetic distance of 0%. Sequence library validation was performed by applying BOLDs BIN analysis tool, Poisson Tree Processes model and Automatic Barcode Gap Discovery, along with a reliable taxonomic assignment by experts. Exhaustive revision of vouchers was performed when a conflicting assignment was detected after sequence analysis and BIN discordance evaluation. Thus, the sequence library presented here can be confidently used as a benchmark for identification of half of the fish species recorded for the Lower Paraná River.Para citar este articulo: Díaz J, Villanova GV, Brancolini F, del Pazo F, Posner VM, Grimberg A, et al. (2016) First DNA Barcode Reference Library for the Identification of South American Freshwater Fish from the Lower Paraná River. PLoS ONE 11(7): e0157419. doi:10.1371/journal.pone.0157419Fil: Díaz, Juan. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR -CONICET); Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.Fil: Brancolini, Florencia. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Naturales y Museo. Instituto de Limnología “Dr. Raúl A. Ringuelet” (ILPLA - CONICET); Argentina.Fil: Del Pazo, Felipe. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.Fil: Posner, Victoria María. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.Fil: Grimberg, Alexis. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.Fil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario (IBR -CONICET); Argentina.Fil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Área Biología; Argentina.Fil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina

Cost-Effective Method to Perform SARS-CoV-2 Variant Surveillance: Detection of Alpha, Gamma, Lambda, Delta, Epsilon, and Zeta in Argentina

SARS-CoV-2 variants with concerning characteristics have emerged since the end of 2020. Surveillance of SARS-CoV-2 variants was performed on a total of 4,851 samples from the capital city and 10 provinces of Argentina, during 51 epidemiological weeks (EWs) that covered the end of the first wave and the ongoing second wave of the COVID-19 pandemic in the country (EW 44/2020 to EW 41/2021). The surveillance strategy was mainly based on Sanger sequencing of a Spike coding region that allows the identification of signature mutations associated with variants. In addition, whole-genome sequences were obtained from 637 samples. The main variants found were Gamma and Lambda, and to a lesser extent, Alpha, Zeta, and Epsilon, and more recently, Delta. Whereas, Gamma dominated in different regions of the country, both Gamma and Lambda prevailed in the most populated area, the metropolitan region of Buenos Aires. The lineages that circulated on the first wave were replaced by emergent variants in a term of a few weeks. At the end of the ongoing second wave, Delta began to be detected, replacing Gamma and Lambda. This scenario is consistent with the Latin American variant landscape, so far characterized by a concurrent increase in Delta circulation and a stabilization in the number of cases. The cost-effective surveillance protocol presented here allowed for a rapid response in a resource-limited setting, added information on the expansion of Lambda in South America, and contributed to the implementation of public health measures to control the disease spread in Argentina.Fil: Posner, Victoria María. Universidad Nacional de Rosario.Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario.Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática; Argentina.Fil: Acosta, Julián. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Tecnología en Salud Pública; Argentina.Fil: Cavatorta, Ana Laura. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Centro de Tecnología en Salud Pública; Argentina

Species assignment and population genetic studies of Gran Paraná pejerrey (Odontesthes sp., Atheriniformes, Atherinopsidae) from La Plata Basin in South America

Pejerrey is the common name given to Odontesthes species from South America. Every year, individuals of pejerrey called “Gran (Big) Paraná” appear during the low-temperature season at rivers in the southern section of the La Plata Basin. Gran Paraná fishes are highly appreciated for fishing, and present some biological features different from other well-characterized Odontesthes fish, such as bigger size and migratory behavior. Regulations for the management of pejerrey fisheries within La Plata Basin have not been implemented yet. The aims of the present work were to characterize the Gran Paraná pejerrey species by molecular methods and carry out the first population genetic study of Gran Parana pejerrey from the La Plata Basin. All Gran Paraná specimens were classified as O. bonariensis, based on both morphology and microsatellite loci. Genetic differentiation was observed between Gran Paraná pejerrey and O. bonariensis pejerrey sampled at Chascomús lagoon. In addition, temporal genetic differentiation was observed, suggesting the presence of different cohorts migrating along the basin. The knowledge of population dynamics and differentiation will contribute to figure out fisheries models and to design protective areas for this species under commercial exploitation.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario; ArgentinaFil: Vera, Manuel. Universidad de Santiago de Compostela; EspañaFil: Brancolini, Florencia. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Investigación e Ingeniería Ambiental. - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigación e Ingeniería Ambiental; ArgentinaFil: Díaz, Juan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática.; ArgentinaFil: Martinez, Paulino. Universidad de Santiago de Compostela; EspañaFil: Arranz, Silvia Eda. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática.; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario; Argentin

Isolation and characterization of 20 polymorphic microsatellite loci in the migratory freshwater fish Leporinus obtusidens (Characiformes: Anostomidae) using 454 shotgun pyrosequencing

Twenty polymorphic microsatellite markers were developed for the Neotropical fish Leporinus obtusidens using a next generation sequencing approach and tested in two other characifomes species, Schizodon platae and Prochilodus lineatus. Microsatellite loci alleles in L. obtusidens ranged between 2 and 20 alleles per locus (mean = 5·7), with expected heterozygosity values ranging from 0·097 to 0·956 (mean = 0·578) and observed heterozygosity values ranging from 0·000 to 0·800 (mean = 0·400) in a sample of 20 specimens from the lower Paraná River (Argentina). Most of these markers will be a valuable tool for captive breeding and stocking programmes, as well as for analyses of population connectivity and genetic structure in this broadly distributed Neotropical migratory fish.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; ArgentinaFil: Vera, Manuel. Universidad de Santiago de Compostela; España. Universidad de Girona; EspañaFil: Díaz, Juan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Martinez, Paulino. Universidad de Santiago de Compostela; EspañaFil: Calcaterra, Nora Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; ArgentinaFil: Arranz, Silvia Eda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; Argentin

Assessing genetic diversity for a pre-breeding program in Piaractus mesopotamicus by SNPs and SSRs

The pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical fish with remarkable productive performance for aquaculture. Knowledge of genetic resources in Neotropical fish is essential for their applications in breeding programs. The aim of this study was to characterize the genetic diversity of seven farmed populations of pacu which will constitute the basis for a broodstock foundation for coming breeding programs in Brazil. Analysis of one wild population (Paraná River) was used as a reference to compare genetic parameters in the farmed populations. The analyses were performed using 32 single-nucleotide polymorphisms (SNP) and 8 simple sequence repeat (SSR) markers. No significant differences in genetic diversity between populations estimated through the number of alleles and allelic richness, observed heterozygosity, expected heterozygosity, and minimum allele frequency were detected (p > 0.05). Low genetic diversity was observed in all farmed stocks and the wild population. Moreover, we detected low genetic structure when comparing farmed and wild populations for SNPs (FST = 0.07; K = 3) and SSRs (FST = 0.08; K = 2). Analysis of molecular variance (AMOVA) demonstrated that genetic variation was mostly within populations. Kinship analysis showed that most fish farms included related individuals at a proportion of at least 25%. Our results suggest that the basal broodstock for pacu breeding programs should be founded with individuals from different fish farms for higher genetic diversity and to avoid inbreeding risks.Para citar este articulo: Mastrochirico-Filho, V.A.; del Pazo, F.; Hata, M.E.; Villanova, G.V.; Foresti, F.; Vera, M.; Martínez, P.; Porto-Foresti, F.; Hashimoto, D.T. Assessing Genetic Diversity for a Pre-Breeding Program in Piaractus mesopotamicus by SNPs and SSRs. Genes 2019, 10, 668. https://doi.org/10.3390/genes10090668Fil: Mastrochirico-Filho, Vito Antonio. São Paulo State University (Unesp). Unesp's Aquaculture Center (Caunesp); Brazil.Fil: Del Pazo, Felipe. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.Fil: Del Pazo, Felipe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.Fil: Hata, Milene Elissa. São Paulo State University (Unesp). Unesp's Aquaculture Center (Caunesp); Brazil.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Universidad Nacional de Rosario, Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio Mixto de Biotecnología Acuática (LMBA - UNR - Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación productiva de Santa Fe); Argentina.Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina.Fil: Foresti, Fausto. São Paulo State University (Unesp). Institute of Biosciences; Brazil.Fil: Vera, Manuel. Universidad de Santiago de Compostela (USC). Facultad de Veterinaria. España.Fil: Vera, Manuel. Universidad de Santiago de Compostela (USC). Instituto de Acuicultura; España.Fil: Martínez, Paulino. Universidad de Santiago de Compostela (USC). Facultad de Veterinaria. España.Fil: Martínez, Paulino. Universidad de Santiago de Compostela (USC). Instituto de Acuicultura; España.Fil: Porto-Foresti, Fábio. São Paulo State University (Unesp). School of Sciences; Brazil.Fil: Hashimoto, Diogo Teruo. São Paulo State University (Unesp). Unesp's Aquaculture Center (Caunesp); Brazil

Trypanosoma cruzi Bromodomain Factor 3 Binds Acetylated α-Tubulin and Concentrates in the Flagellum during Metacyclogenesis

Bromodomains are highly conserved acetyl-lysine binding domains found mainly in proteins associated with chromatin and nuclear acetyltransferases. The Trypanosoma cruzi genome encodes at least four bromodomain factors (TcBDFs). We describe here bromodomain factor 3 (TcBDF3), a bromodomain-containing protein localized in the cytoplasm. TcBDF3 cytolocalization was determined, using purified antibodies, by Western blot and immunofluorescence analyses in all life cycle stages of T. cruzi. In epimastigotes and amastigotes, it was detected in the cytoplasm, the flagellum, and the flagellar pocket, and in trypomastigotes only in the flagellum. Subcellular localization of TcBDF3 was also determined by digitonin extraction, ultrastructural immunocytochemistry, and expression of TcBDF3 fused to cyan fluorescent protein (CFP). Tubulin can acquire different posttranslational modifications, which modulate microtubule functions. Acetylated α-tubulin has been found in the axonemes of flagella and cilia, as well as in the subpellicular microtubules of trypanosomatids. TcBDF3 and acetylated α-tubulin partially colocalized in isolated cytoskeletons and flagella from T. cruzi epimastigotes and trypomastigotes. Interaction between the two proteins was confirmed by coimmunoprecipitation and far-Western blot assays with synthetic acetylated α-tubulin peptides and recombinant TcBDF3.Fil: Alonso, Victoria Lucia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Ritagliati, Carla. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Motta, María Cristina Machado. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Cribb, Pamela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Serra, Esteban Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentin

Evaluation of the genetic diversity of microsatellite markers among four strains of Oreochromis niloticus

Different strains of Nile tilapia can be found worldwide. To successfully use them in breeding programs, they must be genetically characterized. In this study, four strains of Nile tilapia - UFLA, GIFT, Chitralada and Red-Stirling - were genetically characterized using 10 noncoding microsatellite loci and two microsatellites located in the promoter and first intron of the growth hormone gene (GH). The two microsatellites in the GH gene were identified at positions -693 to -679 in the promoter [motif (ATTCT)8] and in intron 1 at positions +140 to +168 [motif (CTGT)7]. Genetic diversity was measured as mean numbers of alleles and expected heterozygosity, which were 4 and 0.60 (GIFT), 3.5 and 0.71 (UFLA), 4.5 and 0.57 (Chitralada) and 2.5 and 0.42 (Red-Stirling) respectively. Genetic differentiation was estimated both separately and in combination for noncoding and GH microsatellites markers using Jost's DEST index. The UFLA and GIFT strains were the least genetically divergent (DEST = 0.10), and Chitralada and Red-Stirling were the most (DEST = 0.58). The UFLA strain was genetically characterized for the first time and, because of its unique origin and genetic distinctness, may prove to be an important resource for genetic improvement of Nile tilapia. This study shows that polymorphisms found in coding gene regions might be useful for assessing genetic differentiation among strains.Fil: Dias, M. A. D.. Universidade Federal de Lavras; BrasilFil: De Freitas, R. T. F.. Universidade Federal de Lavras; BrasilFil: Arranz, Silvia Eda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmaceuticas. Departamento de Ciencias Biológicas. Area Biología; ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmaceuticas. Departamento de Ciencias Biológicas. Area Biología; ArgentinaFil: Hilsdorf, A. W. S.. Universidade de Mogi das Cruzes; Brasi

Glycosomal bromodomain factor 1 from Trypanosoma cruzi enhances trypomastigote cell infection and intracellular amastigote growth

Acetylation is a ubiquitous protein modification present in prokaryotic and eukaryotic cells that participates in the regulation of many cellular processes. The bromodomain is the only domain known to bind acetylated lysine residues. In the last few years, many bromodomain inhibitors have been developed in order to treat diseases caused by aberrant acetylation of lysine residues and have been tested as anti-parasitic drugs. In the present paper, we report the first characterization of Trypanosoma cruzi bromodomain factor 1 (TcBDF1). TcBDF1 is expressed in all life cycle stages, but it is developmentally regulated. It localizes in the glycosomes directed by a PTS2 (peroxisome-targeting signal 2) sequence. The overexpression of wild-type TcBDF1 is detrimental for epimastigotes, but it enhances the infectivity rate of trypomastigotes and the replication of amastigotes. On the other hand, the overexpression of a mutated version of TcBDF1 has no effect on epimastigotes, but it does negatively affect trypomastigotes' infection and amastigotes' replication.Fil: Ritagliati, Carla. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Alonso, Victoria Lucia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Araujo Zuma, Aline. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Cribb, Pamela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; ArgentinaFil: Motta, Maria Cristina Machado. Universidade Federal do Rio de Janeiro; BrasilFil: Serra, Esteban Carlos. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentin