Etude de l'effondrement rapide des fourches de réplication lors d'un stress réplicatif

Le Stress Réplicatif est caractérisé par une accumulation de fourches bloquées et est connu pour être une source majeure d'instabilité génétique dans les cellules humaines. Le Stress Réplicatif et l'instabilité génétique sont des marqueurs précoces de la tumorigenèse. Il est connu que les fourches de réplication bloquées peuvent dégénérer en cassures double brin. En effet, après un stress réplicatif prolongé (24h) induit par l'hydroxyurée (HU), l'endonucléase MUS81-EME1 peut promouvoir l'effondrement des fourches de réplication. Cette endonucléase prévient l'accumulation de régions sous-répliquées en G2 et des défauts de ségrégation chromosomique en mitose. Dans cette étude, en suivant l'apparition de cassures double brin (CDB) par les techniques sensibles d'essai comète neutre et de QIBC (Quantitative Image-Based Cytometry), nous avons pu mettre en évidence que l'effondrement des fourches est un événement qui peut être visualisé rapidement suite au stress réplicatif (dès 2h après HU). Nous avons pu caractériser cet effondrement rapide comme étant un mécanisme indépendant de MUS81, sous unité catalytique du complexe MUS81-EME1. De plus, en réalisant des extinctions de l'expression de gènes par siARN, nous avons identifié deux nucléases, Artémis et XPF, comme étant impliquées dans ce mécanisme d'effondrement rapide des fourches de réplication. Nos résultats suggèrent un rôle de ce mécanisme d'effondrement rapide dans la prévention d'intermédiaires mitotiques et de la transmission de lésions aux cellules filles. Nous avons également identifié l'ADN polymérase alternative, Pol theta comme étant un facteur impliqué dans la prévention de la mort cellulaire induite par ce mécanisme. L'exploration de données de qPCR sur des prélèvements de tissus cancéreux nous a permis d'identifier la surexpression de Pol theta comme étant corrélée à des gènes de la HR. Ceci suggère un potentiel mécanisme d'adaptation pour prévenir de l'accumulation de fourches effondrées dans les cellules cancéreuses. L'ensemble de ces données révèle que les cellules humaines ont acquis au cours de l'évolution la capacité de cliver rapidement des fourches bloquées qui pourrait s'avérer importante pour la stabilité du génome, notamment en contexte de stress réplicatif.Replicative stress is characterized by an accumulation of stalled replication forks and is known to be a major source of genetic instability in human cells. Replicative stress and genetic instability are early markers of tumorigenesis. It is known that stalled replication forks can degenerate into double strand breaks (DSB), a process called replication fork collapse. Indeed, after an extended replicative stress (24h) induced by hydroxyurea (HU), the endonuclease MUS81-EME1 can promote the collapse of replication forks. This endonuclease prevents accumulation of under replicated regions in G2 and mitotic segregation defects. Here, by monitoring DSB with sensitive neutral comet assay and QIBC (Quantitative Image-Based Cytometry) approaches, we found that replication forks can also collapse rapidly after replicative stress (as early as 2 hours after HU). We characterised this rapid replication fork collapse as a MUS81-independent mechanism. Moreover, by performing siRNA based knock down, we identified two nucleases, Artemis and XPF, involved in rapid replication fork collapse mechanism. Our results point toward a role of this rapid collapse mechanism in preventing mitotic intermediates and lesion transmission to daughter cells. Also, we identified the role of an alternative DNA polymerase Pol theta as a molecular factor involved in preventing this mechanism to induce cell death. Data mining of expression data from tumour samples allowed us to identify Pol theta verexpression as correlated with HR genes, underpinning a potential adaptation mechanism to prevent collapsed fork accumulation in cancer cells. Collectively, these data reveal that human cells have evolved a quick cleavage response to stalled forks that might be important for genome stability notably in cells undergoing replicative stress

Le marché de l’holothurie en France : état des lieux et pistes de développement

Holofarm project has been initiated by breton shellfarmers. The issue is to developpe a new holothuricultural sector based on the control of reproduction and the breeding of native holothurians. Beyond the technical aspects of aquaculture, the economic dimension must also be considered in order to guarantee the sustainability of this new sector. The market study proposed here is based on two guidelines, developed around the following questions:How is the current holothurian sector structured in France? What strategy should be adopted to develop this market? Results come from combining tools included semi-structured interviews, exploratory interviews, literature monitoring, store checks, packaging studies and consumer surveys posted online. In the end, a mapping of the sector is proposed. The highlighting of its strengths and weaknesses helps to guide reflection on leads in order to develop this market. Finally, a commercial strategy is drawn up, taking into account the different dimensions of prices, products, place and promotion. Then, this study leads to this last reflection: is the French food outlet the best way to develop sea cucumber? What about the export or the pharmaco/cosmetological outlet?Les conchyliculteurs bretons sont à l’initiative du projet Holofarm qui a pour objectif le développement d’une nouvelle filière holothuricole, basé sur la maîtrise de la reproduction et l’élevage d’holothuries autochtones. Au-delà de la technicité aquacole, la dimension économique est également à considérer afin de garantir la pérennité de cette nouvelle filière. L’étude de marché, proposée ici, s’articule selon deux axes de réflexion, développés autour des questions suivantes : comment s’organise la filière actuelle de l’holothurie en France ? Quelle stratégie adopter pour développer ce marché ? Les résultats obtenus sont issus de l’utilisation combinée d’outils variés : entretiens semi directifs, entretiens exploratoires, veille littéraire, réalisation de relevés de linéaire, étude de packaging et enquête consommateur diffusée en ligne. Au final, une cartographie de la filière est proposée. La mise en évidence de ses forces et de ses faiblesses permet de guider la réflexion sur les pistes à envisager pour développer ce marché. Pour enfin, aboutir à l’élaboration d’une stratégie commerciale prenant en compte différentes dimensions de prix, de produits, de circuits de distribution et de communication. Cette étude conduit alors à cette dernière réflexion : le débouché alimentaire français est-il le meilleur moyen de valoriser le concombre de mer ? Qu’en est-il de l’export ou du débouché pharmaco/cosmétologique

Identification and study of rapid replication fork collapse during replicative stress

Le Stress Réplicatif est caractérisé par une accumulation de fourches bloquées et est connu pour être une source majeure d'instabilité génétique dans les cellules humaines. Le Stress Réplicatif et l'instabilité génétique sont des marqueurs précoces de la tumorigenèse. Il est connu que les fourches de réplication bloquées peuvent dégénérer en cassures double brin. En effet, après un stress réplicatif prolongé (24h) induit par l'hydroxyurée (HU), l'endonucléase MUS81-EME1 peut promouvoir l'effondrement des fourches de réplication. Cette endonucléase prévient l'accumulation de régions sous-répliquées en G2 et des défauts de ségrégation chromosomique en mitose. Dans cette étude, en suivant l'apparition de cassures double brin (CDB) par les techniques sensibles d'essai comète neutre et de QIBC (Quantitative Image-Based Cytometry), nous avons pu mettre en évidence que l'effondrement des fourches est un événement qui peut être visualisé rapidement suite au stress réplicatif (dès 2h après HU). Nous avons pu caractériser cet effondrement rapide comme étant un mécanisme indépendant de MUS81, sous unité catalytique du complexe MUS81-EME1. De plus, en réalisant des extinctions de l'expression de gènes par siARN, nous avons identifié deux nucléases, Artémis et XPF, comme étant impliquées dans ce mécanisme d'effondrement rapide des fourches de réplication. Nos résultats suggèrent un rôle de ce mécanisme d'effondrement rapide dans la prévention d'intermédiaires mitotiques et de la transmission de lésions aux cellules filles. Nous avons également identifié l'ADN polymérase alternative, Pol theta comme étant un facteur impliqué dans la prévention de la mort cellulaire induite par ce mécanisme. L'exploration de données de qPCR sur des prélèvements de tissus cancéreux nous a permis d'identifier la surexpression de Pol theta comme étant corrélée à des gènes de la HR. Ceci suggère un potentiel mécanisme d'adaptation pour prévenir de l'accumulation de fourches effondrées dans les cellules cancéreuses. L'ensemble de ces données révèle que les cellules humaines ont acquis au cours de l'évolution la capacité de cliver rapidement des fourches bloquées qui pourrait s'avérer importante pour la stabilité du génome, notamment en contexte de stress réplicatif.Replicative stress is characterized by an accumulation of stalled replication forks and is known to be a major source of genetic instability in human cells. Replicative stress and genetic instability are early markers of tumorigenesis. It is known that stalled replication forks can degenerate into double strand breaks (DSB), a process called replication fork collapse. Indeed, after an extended replicative stress (24h) induced by hydroxyurea (HU), the endonuclease MUS81-EME1 can promote the collapse of replication forks. This endonuclease prevents accumulation of under replicated regions in G2 and mitotic segregation defects. Here, by monitoring DSB with sensitive neutral comet assay and QIBC (Quantitative Image-Based Cytometry) approaches, we found that replication forks can also collapse rapidly after replicative stress (as early as 2 hours after HU). We characterised this rapid replication fork collapse as a MUS81-independent mechanism. Moreover, by performing siRNA based knock down, we identified two nucleases, Artemis and XPF, involved in rapid replication fork collapse mechanism. Our results point toward a role of this rapid collapse mechanism in preventing mitotic intermediates and lesion transmission to daughter cells. Also, we identified the role of an alternative DNA polymerase Pol theta as a molecular factor involved in preventing this mechanism to induce cell death. Data mining of expression data from tumour samples allowed us to identify Pol theta verexpression as correlated with HR genes, underpinning a potential adaptation mechanism to prevent collapsed fork accumulation in cancer cells. Collectively, these data reveal that human cells have evolved a quick cleavage response to stalled forks that might be important for genome stability notably in cells undergoing replicative stress

Changing one's life : a study on voluntary downshifting bifurcation and the critique of forms of life

Cette thèse traite des « bifurcations descendantes », c’est-à-dire des changements d’emploi intentionnels avec baisse de revenu, et les analyses, selon une approche sociologique pragmatique et compréhensive à partir d’une enquête par entretiens biographiques. Elle suit leur déroulement, les conditions sociales de leur réalisation, les registres de justification mobilisés et examine leur portée critique. Le processus critique à l’œuvre dans les bifurcations descendantes concerne principalement le travail, la hiérarchie sociale et institutionnelle des professions, plus que la consommation. Le changement professionnel et la réduction de la consommation sont justifiés par une grammaire marchande, celle de l’arbitrage et de la recherche de l’intérêt individuel, combinée à une grammaire civique se référant à la justice et au respect de la nature. Finalement, la critique porte sur une représentation économiciste de l’intérêt, du travail et des formes de vie dans laquelle la consommation est une fin et le travail réduit à un moyen pourvoyeur de richesses matérielles. Elle se manifeste sous la forme d’une désapprobation du pouvoir de l’argent, de la recherche constante de rentabilité, de l’exploitation de l’homme et de la nature et des nuisances générées par la production et suscite un mouvement de sortie (exit) de certains emplois. La politisation de cette défection est très variable. L’exit s’articule avec deux autres types de réaction au mécontentement : la prise de parole (voice) par la revendication de formes de vie alternatives et l’apathie non comme passivité mais comme critique silencieuse, peu politisée. Cette hybridation entre les catégories exit, voice et apathy pensées par Hirschman comme alternatives, invite à repenser les liens entre le faire et le dire politiques.This thesis focuses on voluntary downshifting bifurcations, i.e. intentional job changes inducing a reduction in income. Using a pragmatic and interpretive sociological approach based on a biographical interview survey, it follows their development, the social conditions of their realisation, their justifications and examines their critical dimension. The critical process at work in voluntary downshifting bifurcations mainly concerns work and the social and institutional hierarchy of professions, rather than consumption. Career change and reduction of consumption are justified by a “market grammar”, related to a trade-off between work, leisure and consumption and the pursuance of self-interest, combined with a “civic grammar” referring to justice and respect for nature. Lastly, the critique is aimed at an economicist representation of interest, of work and of forms of life in which consumption is an end in itself and work only a means to produce material wealth. It manifests itself as a disapproval of the power of money, of the constant search for profitability, of the exploitation of man and nature and of the environmental damage caused by production, and elicits an exodus from certain jobs. The politicisation of this professional exit varies greatly. The exit is linked to two other types of reaction to discontent: “voice”, through the demand for alternative forms of life and “apathy”, not as passivity but as silent, marginally politicised criticism. This hybridisation between the exit, voice and apathy categories, which Hirschman sees as alternatives, invites us to rethink the relationship between political practices and political discourse

Le marché de l’holothurie en France : état des lieux et pistes de développement

Holofarm project has been initiated by breton shellfarmers. The issue is to developpe a new holothuricultural sector based on the control of reproduction and the breeding of native holothurians. Beyond the technical aspects of aquaculture, the economic dimension must also be considered in order to guarantee the sustainability of this new sector. The market study proposed here is based on two guidelines, developed around the following questions:How is the current holothurian sector structured in France? What strategy should be adopted to develop this market? Results come from combining tools included semi-structured interviews, exploratory interviews, literature monitoring, store checks, packaging studies and consumer surveys posted online. In the end, a mapping of the sector is proposed. The highlighting of its strengths and weaknesses helps to guide reflection on leads in order to develop this market. Finally, a commercial strategy is drawn up, taking into account the different dimensions of prices, products, place and promotion. Then, this study leads to this last reflection: is the French food outlet the best way to develop sea cucumber? What about the export or the pharmaco/cosmetological outlet?Les conchyliculteurs bretons sont à l’initiative du projet Holofarm qui a pour objectif le développement d’une nouvelle filière holothuricole, basé sur la maîtrise de la reproduction et l’élevage d’holothuries autochtones. Au-delà de la technicité aquacole, la dimension économique est également à considérer afin de garantir la pérennité de cette nouvelle filière. L’étude de marché, proposée ici, s’articule selon deux axes de réflexion, développés autour des questions suivantes : comment s’organise la filière actuelle de l’holothurie en France ? Quelle stratégie adopter pour développer ce marché ? Les résultats obtenus sont issus de l’utilisation combinée d’outils variés : entretiens semi directifs, entretiens exploratoires, veille littéraire, réalisation de relevés de linéaire, étude de packaging et enquête consommateur diffusée en ligne. Au final, une cartographie de la filière est proposée. La mise en évidence de ses forces et de ses faiblesses permet de guider la réflexion sur les pistes à envisager pour développer ce marché. Pour enfin, aboutir à l’élaboration d’une stratégie commerciale prenant en compte différentes dimensions de prix, de produits, de circuits de distribution et de communication. Cette étude conduit alors à cette dernière réflexion : le débouché alimentaire français est-il le meilleur moyen de valoriser le concombre de mer ? Qu’en est-il de l’export ou du débouché pharmaco/cosmétologique