Dual DNA Methylation Patterns in the CNS Reveal Developmentally Poised Chromatin and Monoallelic Expression of Critical Genes

As a first step towards discovery of genes expressed from only one allele in the CNS, we used a tiling array assay for DNA sequences that are both methylated and unmethylated (the MAUD assay). We analyzed regulatory regions of the entire mouse brain transcriptome, and found that approximately 10% of the genes assayed showed dual DNA methylation patterns. They include a large subset of genes that display marks of both active and silent, i.e., poised, chromatin during development, consistent with a link between differential DNA methylation and lineage-specific differentiation within the CNS. Sixty-five of the MAUD hits and 57 other genes whose function is of relevance to CNS development and/or disorders were tested for allele-specific expression in F1 hybrid clonal neural stem cell (NSC) lines. Eight MAUD hits and one additional gene showed such expression. They include Lgi1, which causes a subtype of inherited epilepsy that displays autosomal dominance with incomplete penetrance; Gfra2, a receptor for glial cell line-derived neurotrophic factor GDNF that has been linked to kindling epilepsy; Unc5a, a netrin-1 receptor important in neurodevelopment; and Cspg4, a membrane chondroitin sulfate proteoglycan associated with malignant melanoma and astrocytoma in human. Three of the genes, Camk2a, Kcnc4, and Unc5a, show preferential expression of the same allele in all clonal NSC lines tested. The other six genes show a stochastic pattern of monoallelic expression in some NSC lines and bi-allelic expression in others. These results support the estimate that 1–2% of genes expressed in the CNS may be subject to allelic exclusion, and demonstrate that the group includes genes implicated in major disorders of the CNS as well as neurodevelopment

Efecto de la combinación fungicida protectante y variedad sobre el tizón tardío [Phythopthora Infestas (Montagne) De Bary] en el cultivo de papa (Solanum tuberosum L.) en época de primera localidad La Tejera, San Nicolás, Estelí, 2008

El objetivo principal de este estudio fue el de evaluar el efecto de tres intervalos de aplicación del fungicida clorotalonil y tres variedades de papa con diferentes niveles de resistencia sobre la epidemiología y manejo del tizón tardío [Phytophthora infestans (Montagne) De Bary] en el cultivo de papa (Solanum tuberosum L.) El trabajo experimental se realizó de Julio a Octubre 2008, en la localidad “La Tejera”, municipio de San Nicolás, departamento de Estelí, localizado en las coordenadas geográficas 12º58'23” latitud norte y 86º24'21” longitud oeste, a una altura de 1,328 metros sobre el nivel del mar. Se evaluaron doce epidemias de tizón tardío que resultaron de la combinación de tres variedades de papa (Cal White, Granola y Jacqueline Lee) y cuatro tratamientos (tres intervalos de aplicación del fungicida clorotalonil y un testigo en el cual no se aplicó fungicida). Los tratamientos fueron distribuidos en bloques completos al azar. El manejo experimental fue el mismo que realiza el productor convencionalmente. Las variables epidemiológicas evaluadas fueron: severidad, área bajo la curva de progreso de la enfermedad (ABCPE) y la tasa de infección aparente (r). Además, se midieron variables climáticas como temperatura, humedad relativa y precipitaciones y se determinó el rendimiento de las variedades incluidas en el estudio. Las doce epidemias analizadas en este estudio iniciaron con varios días de diferencia, en dependencia del nivel de resistencia de la variedad y del intervalo de aplicación del fungicida protectante clorotalonil. La severidad de la enfermedad alcanzó casi el 100% en las variedades susceptibles (Cal White y Granola) en las parcelas donde no se aplicó el fungicida clorotalonil, pero el porcentaje de severidad en las parcelas tratadas disminuyó conforme el intervalo de aplicación se fue acortando. En la variedad Jacqueline Lee los porcentajes de severidad fueron bajos, incluso en las parcelas que no fueron tratadas con el fungicida clorotalonil, lo cual demuestra que esta variedad es resistente a P. infestans. Ninguno de los intervalos de aplicación (cada 4, 7 y 14 días) del fungicida clorotalonil detuvo el avance de las epidemias de tizón tardío una vez que éstas iniciaron, principalmente, en las parcelas con variedades susceptibles. El rendimiento obtenido en cada una de las variedades evaluadas fue menor al compararlo con otro estudio de validación llevado a cabo en 2007 en tres localidades de Matagalpa y Jinotega. Los resultados de este estudio const ituyen una contribución muy importante para el desarrollo de futuras estrategias encaminadas, no a la erradicación total del tizón tardío de los campos de papa y/o tomate de Nicaragua, pero si para lograr mitigar su efecto devastador sobre tan importantes cultivos tanto desde el punto de vista nutritivo como económico