Polymerase chain reaction vs. conventional culture in detection of bacterial pneumonia agents

Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis are important aetiologies of community-acquired pneumonia (CAP). The rapid laboratory diagnosis of CAP is difficult by conventional culture techniques. Polymerase chain reaction (PCR) is an advanced tool, which may solve this problem. Sputum samples were selected and scored by Gram stain. Conventional identification procedures and PCR analysis were applied to the samples and results were compared statistically. Ranging between the ages of 20-80, 107 patients with suspected bacterial pneumonia admitted to the department of The Chest Diseases of Gulhane Military Medical Academy were included in this study. Sixty-seven of 107 (62.6%) samples were positive in PCR, but only 11 in culture. Streptococcus pneumoniae (40.2%; 43/107) was the most common etiologic agent in PCR. The incidences of H. influenzae and M. catarrhalis were determined as 11.2% (12/107), and 1.9% (2/107), respectively in PCR. Oropharyngeal contamination could be a cause of the false positive results in PCR. If valid sputum were to be obtained, PCR might be more sensitive, reliable and beneficial than culture

Assessment of Hidden Hearing Loss in Normal Hearing Individuals with and Without Tinnitus

OBJECTIVES: To evaluate the functions of cochlear structures and the distal part of auditory nerve as well as dead regions within the cochlea in individuals with normal hearing with or without tinnitus by using electrophysiological tests

A unique IBMPFD-related P97/VCP mutation with differential binding pattern and subcellular localization

p97/VCP is a hexameric AAA type ATPase that functions in a variety of cellular processes such as endoplasmic reticulum associated degradation (ERAD), organelle biogenesis, autophagy and cell-cycle regulation. Inclusion body myopathy associated with Paget disease of the bone and frontotemporal dementia (IBMPFD) is an autosomal dominant disorder which has been attributed to mutations in p97/VCP. SeveraL missense mutations affecting twelve different amino acids have been identified in IBMPFD patients and some of them were suggested to be involved in the observed pathology. Here, we analyzed the effect of all twelve p97/VCP variants on ERAD substrates and their cofactor binding abilities. While all mutants cause ERAD substrate accumulation, P137L mutant p97/VCP differs from other IBMPFD mutants by having a unique solubility profile and subcellular localization. Intriguingly, although almost all mutants exhibit enhanced p47 and Ufd1-Npl4 binding, the P137L mutation completely abolishes p97/VCP interactions with Ufd1, Npl4 and p47, while retaining its gp78 binding. While recombinant R155C mutant protein consistently interacts with both Ufd1 and VIM of gp78, P137L mutant protein lost binding ability to Ufd1 but not to VIM in vitro. The differential impairments in p97/VCP interactions with its functional partners and function should help our understanding of the molecular pathogenesis of IBMPFD

Kimyasal sinyallere dayalı hızlı ve güvenilir bir balık stoku tayin metodu tasarımı

Zooplankton türlerinin balık avlanma baskısı altında çeşitli morfolojik ve davranışsal adaptasyonlar gösterdiği bilinen bir gerçektir. Ancak, bu savunma tepkilerine neden olan sinyalin yapısı hala bilinmemekte ve dolayısıyla önemli bir araştırma konusudur. Bu projede, Daphnia'lann balık avlanma baskısı altında gösterdikleri Günlük Dikeysel Göç (GDG) davranışsal adaptasyonu aracılığıyla; çeşitli ekolojik, mikrobiyolojik ve biyofıziksel yaklaşımlardan yararlanılarak balık sinyalinin kimyasal yapısının belirlenmesi amaçlanmıştır. Buna ek olarak, balık sinyalinin yoğunluğu ve balık biyokütlesi arasındaki ilişki belirlenerek; göllerin balık stokunun tayin edilebilmesi için bir metod geliştirilmesi de amaçlarımız arasında yer almıştır. Balık sinyalinin etkisizleştirilmesinde planktonik bakteri biyoyıkımının rolünü araştıran deneylerimiz sonucu, bakteri zenginleştirilmiş (IF) işlemde Daphnia bireyleri, soğuk veya daha az sıcak mevsimlerde alınan su örneklerinde yapılan deneylerde göç etmeyerek kontrol işlemindeki gibi davranırken, çok sıcak mevsimde Daphnia göçü gözlenmiştir. Bu durum, bakteri biyoyıkımının mevsimsel olup, başlangıç popülasyon yoğunluğuyla ilgili olabileceğine işaret etmektedir. IF işlemine maruz kalan Daphnia'nm GDG gösterme(me) davranışı, yani bakterilerin sinyali biyoyıkımla etkisizleştirme(me)si Fourier Dönüşüm Kızılötesi (FTIR) spektroskopisi yöntemiyle tesbit edilen Amid A bant bölgesini oluşturan aminli bileşiklerin yoğunluklarıyla ilişkilendirilmiştir. Sıcak mevsimde Amid A bant bölgesini oluşturan aminli bileşiklerin yoğunlukları IF işleminde yüksek iken, soğuk mevsimde bu yoğunluklar düşüktür. Bu durum aminli bileşenlerin sinyalin yapısında önemli olduğunun bir kanıtıdır. Balık mukozasında yaşayan bakterilerin sinyal üretilmesindeki rolünü araştıran antibiyotik ve mukoza deneyleri sonucunda, balıklardan yayılan ve Daphnia'mn algıladığı balık sinyalinin üretilmesinde, yanlızca balığın veya balık mukozasında bulunan bakterilerin değil, her iki faktörün de ortak etkisi sonucu oluştuğu sonucuna varılmıştır.Daphnia bireylerinin GDG deney sonuçları ve bu deneylerden elde edilen su örneklerinin FTIR spektroskopisi sonuçları birbirleri ile ilişkilendirilebilinmiş ve böylece FTIR. spektroskopisi tekniğinin ekolojik çalışmalarda da etken bir teknik olabileceği literatür için yenilik taşımaktadır. FTTR spektroskopisi yöntemiyle, balık sinyalinin yapısında aminli bileşiklerin etkin bir madde olduğuna, ancak yapısında metil ile karbonil; yani lipid ile protein, olmadığına dair istikrarlı veriler elde edilmiştir. Bakteri yoğunluğunun bakterilerin kendi kendilerini olumsuz bir şekilde etkileyecekleri kadar çok olmadığı sürece, bakterilerin balık sinyalinin etken bir bileşeni olduğu düşünülen aminli bileşenleri yıkabildiği gözlemlenmiştir. Bu proje kapsamında, balık sinyalinin muhtemel yapısı tanımlanılmaya çalışılmış ve tam kimyasal yapısı belirlenemediği için balık stok tayin metodu geliştirilememiştir. Ancak, bakteri deneylerimiz ve FTIR sonuçlarımız literatürdeki belirsizliği azaltacak yönde önem teşkil etmektedir