A bioinformática na pesquisa de microrganismos.

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Moniliophthora perniciosa genome: assembly and annotation of mitochondrion and development of a semi-automatic system of genes annotation

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães PereiraTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: O genoma mitocondrial (mtDNA) do fungo Moniliophthora perniciosa foi completamente seqüenciado e contém 109103 pb, com 31% de bases GC, porcentagem menor que a encontrada nas seqüências do genoma nuclear (47%). É o maior genoma mitocondrial de fungos descrito até o momento, e seu tamanho é conseqüência de grande espaço intergênico, que contém diversas ORFs com possibilidade de serem confirmadas como novos genes. Análises computacionais indicam a presença de variação no número de mtDNAs/célula nas diferentes bibliotecas, com tendência significativa de menor número de mtDNAs/célula no grupo de bibliotecas proveniente de culturas submetidas a repetidas repicagens. A maioria dos genes típicos (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, sendo a exceção o atp8), todos os rRNAS, tRNAS (foi encontrado pelo menos um para cada aminoácido) e genes das ORFs intrônicas estão orientados no sentido horário. Foram identificados também um gene rps3 e um grupo de ORFs com características semelhantes às dos genes típicos. Surpreendentemente o mtDNA apresenta uma região ocupada por uma estrutura de invertron característica de plasmídeos kalilo-like, integrado de maneira estável ao genoma em todas as variedades do biótipo C, e presente nos demais biótipos testados. Esta seqüência está disponível no GenBank através do número de acesso: AY376688. A outra linha de trabalho foi desenvolvida juntamente com outros bioinformatas do Laboratório de Genômica e Expressão. Foram desenvolvidas ferramentas de mineração e anotação de genes para projetos genoma, sendo os maiores destaques o Gene Projects, que permite mineração e anotação de genes durante o processo de seqüenciamento, e a nova interface de anotação, desenvolvida para otimizar a qualidade e a eficiência da anotação de genesAbstract: The mitochondrial genome (mtDNA) of the fungus Moniliophthora perniciosa was completely sequenced and it contains 109103 bases pair, with 31% of bases GC, smaller percentage than found in the sequences of the nuclear genome (47%). It is the largest mitochondrial genome of fungus described to the moment, and its size is consequence of great intergenic space, with several ORFs who can be confirmed as new genes. Computational analyses show the presence of variation in the number of mtDNAs / cell in different libraries, with significant tendency of smaller mtDNAs / cell number in group of libraries originating from cultures undergoes to repeatedly reply. Most of the typical genes (atp6, atp9, nad1-6, nad4L, cox1-3, cob, being the exception the atp8), all of the rRNAS, tRNAS (it was found at least one for each amino acid) and genes of the intronic ORFs are guided in the hourly sense. Surprisingly the mtDNA presents one region occupied for a structure of invertron, characteristic of plasmids kalilo-like, integrated in stable way to the genome in all of the varieties of the biotype C, and present in other tested biotypes. This sequence is available in the GenBank through the accession number: AY376688. The other work line was developed together with other bioinformatics of the Genomic and Expression Laboratory. Data mining and annotation of genes tools were developed for projects genome, being the largest prominences the Gene Projects, that allows mining and annotation of genes during the sequencing process, and the new annotation interface, developed to optimize the quality and the efficiency of the annotation of genesDoutoradoBioquimicaDoutor em Biologia Funcional e Molecula

Comparação das sequências Double Inversion Recovery (DIR) - 3D e Fluid Attenuated Inversion recovery (FLAIR) - 3D em um aparelho de ressonância magnética de 3 Tesla na detecção de lesões corticais em pacientes com esclerose mútipla

Orientador : Prof. Dr. Dante Luiz EscuissatoCo-orientador : Prof. Dr. Arnolfo de Carvalho NetoDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Medicina Interna. Defesa : Curitiba, 04/03/2016Inclui referências : f. 47-50Resumo: PANORMA E PROPÓSITO: A esclerose múltipla é uma doença inflamatória crônica autoimune que causa desmielinização e neurodegeneração no sistema nervoso central. Há crescente interesse ao dano causado por ela ao córtex. Estas lesões podem ser tão importantes quanto aquelas da substância branca, as quais são consideradas características da esclerose múltiplas. Novas técnicas de ressonância magnética estão sendo testadas para a avaliação das lesões corticais na esclerose múltipla. Uma destas técnicas é a Double Inversion Recovery (DIR), a qual é capas de simultaneamente suprimir o sinal da substância branca normal e do líquor, tornando as lesões corticais mais conspícuas. Estudos anteriores mostraram a superioridade da sequência DIR em comparação a sequências de ressonância magnéticas ditas convencionais em equipamentos de 1,5 Tesla, em aquisições 2D e 3D, e em equipamentos de 3 Tesla em aquisições 2D. Um estudo comparativo da sequência DIR em um equipamento de 3 Tesla com aquisição 3D não foi encontrado na literatura. MATERIAIS E MÉTODO: Neste estudo, 30 pacientes com a forma surto-remissão de esclerose múltipla foram examinados em um equipamento de ressonância magnética de 3 Tesla tendo sido adquiridas uma sequência 3D-DIR e outra 3D-FLAIR. Dois neurorradiologistas examinaram individualmente estas imagens procurando por lesões corticais, leucocorticais e justacorticais. Estas lesões foram então confirmadas e classificadas por consenso. Foram comparadas as habilidades das duas sequências de ressonância magnética de encontrar e classificar estas lesões. RESULTADOS: a sequência DIR encontrou 12% mais lesões do que a sequência FLAIR (p = 0,006) com baixa concordância entre os leitores. CONCLUSÃO: A superioridade da sequência DIR sobre a sequência FLAIR foi menor do que a esperada, mas a baixa concordância entre leitores já havia sido observada anteriormente. A metodologia de investigação de lesão por lesão utilizada neste estudo expôs a dificuldade de identificar e classificar estas lesões.Abstract: BACKGROUND AND PURPOSE: Multiple sclerosis is a chronic inflammatory autoimmune disease that causes demyelination and neurodegeneration in the central nervous system. There is growing interest in the damage to the cortex caused by MS. These lesions are likely as important as those in the white matter, which is a hallmark trait of MS. New MRI techniques are being tested for the evaluation of cortical lesions in MS. One such technique is double inversion recovery (DIR), which is capable of simultaneously suppressing the signal from the normal white matter and cerebrospinal fluid, making cortical lesions more conspicuous. Previous studies have shown the superiority of DIR over conventional sequences at 1.5T (2D and 3D) and 3T (2D). To our knowledge, no study has been made to compare these two sequences in 3 T with a 3D acquisition. MATERIALS AND METHODS: In this study, 30 relapsing-remitting MS patients were imaged using 3D-DIR and 3D-FLAIR in a 3 T MRI equipment. Two neuroradiologists individually examined these images for cortical, leukocortical and juxtacortical lesions. The lesions were then confirmed and classified by consensus. The abilities of the two MRI sequences to find and classify cortical lesions were compared. RESULTS: The 3D-DIR sequence identified 12% more lesions than the 3D-FLAIR sequence (p = 0.006) with low agreement between readers. CONCLUSIONS: The superiority of 3D-DIR over 3D-FLAIR was less than expected, but the low agreement between readers has been previously observed. The lesion-by-lesion methodology used exposes the difficulties in identifying and classifying cortical lesions

Development and prototyping of SMA-metamaterial biaxial composite actuators

Shape memory alloys (SMA) are excellent candidates for implementation in actuator systems due to their ability to recover their original shape after high-strain loading through a thermally-induced phase transition. In this work, we propose and develop a novel SMA-metamaterial actuator which is capable of exhibiting a reversible, global elongation in multiple directions induced by the unidirectional contraction upon heating of a single SMA component. This actuator consists of (a) an SMA component, (b) a bias component and (c) the metamaterial geometry, with each component having a distinct function: (a) actuation activation, (b) reversibility of actuation upon deactivation and (c) amplifying and re-directing the uni-directional SMA actuation globally throughout the actuator, respectively. A prototype actuator was designed and tested in various configurations over multiple activation/deactivation cycles in order to demonstrate the functionality and reusability of this system. Furthermore, a theoretical model which predicts the actuation stroke of the system on the basis of the material properties of the SMA and bias components as well as the geometry of the metamaterial system was developed and validated. The findings of this work demonstrate the considerable potential of SMA-metamaterial actuators for implementation in systems requiring a multi-axial actuation output

Calibração Bayesiana do modelo de Bourgoyne e Young via Monte Carlo em Cadeias de Markov

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Florianópolis, 2016O Modelo de Bourgoyne e Young (BYM) é utilizado para determinar a taxa de penetração no processo de perfuração de poços de petróleo. Para tanto é necessário que esteja parametrizado por coeficientes que devem ser estimados a partir de experiências anteriores. Por se tratar de um processo físico, a operação de perfuração pode apresentar medições ruidosas e o modelo em questão naturalmente pode não representá-la corretamente. Neste trabalho os coeficientes do BYM são determinados como distribuições de probabilidade, ao invés de valores fixos, propagando essas incertezas presentes nos dados e no próprio modelo. Para isso, é descrito um método que realiza inferência Bayesiana desses coeficientes através de Monte Carlo em Cadeias de Markov. Os resultados foram satisfatórios e as distribuições de probabilidade obtidas permitem uma melhor compreensão de como diferentes coeficientes atuam no resultado das simulações. Ao fim é feita uma análise sobre as possibilidades em aberto de melhorias para o método proposto.Abstract: The Bourgoyne and Young Model (BYM) is used to determine the rate of penetration in oil well drilling processes. To achieve this the model must be parameterized with coefficients that are estimated on the basis of prior experience. Since drilling is a physical process, measurement data may include noise and the model may naturally fail to represent it correctly. In this study the BYM coefficients are determined in the form of probability distributions, rather than fixed values, propagating the uncertainties present in the data and the model itself. This work therefore describes a method that performs a Bayesian inference conducted by a Monte Carlo Markov Chain algorithm. The results were satisfactory and the probability distributions obtained offer improved insight into the influence of different coefficients on the simulation results. At last, a discussion is carried of open possibilities for improving the proposed method

Genoma de Moniliophthora perniciosa: montagem e anotação da mitocôndria e desenvolvimento de sistema de anotação semi-automática de genes.

Tese (Doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia, Campinas, SP

Cotejo entre os princípios da igualdade tributária, da capacidade contributiva e do não-confisco aplicados ao imposto sobre a propriedade predial e territorial urbana

Orientador: Betina Treiger GrupenmacherMonografia (graduação) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Jurídicas, Curso de Graduação em DireitoOs princípios da igualdade, do não-confisco e da capacidade contributiva se encontram, na Constituição de 1988, expressos como direitos e garantias fundamentais do cidadão contribuinte. O princípio da igualdade é um dos pilares de sustentação do Ordenamento Jurídico Brasileiro. "Aquinhoar desigualmente os desiguais na medida em que se desigualam" tornou-se imprescindível na tributação do país. Os princípios do não-confisco tributário e o da capacidade contributiva do indivíduo, se apresentam como elementos de efetiva aplicação da isonomia pretendida pelo legislador constitucional. Avulta a necessidade de manutenção do equilíbrio económico dos contribuintes, impondo-lhes a tributação mas sem retirar-lhes da situação económica em que se encontram. Devem pagar aquilo que devem, mas ao mesmo tempo, aquilo que podem. O imposto sobre a propriedade predial e territorial urbana - IPTU - deve, como a maioria dos tributos de mesma espécie, ser submetido a esses princípios, na objetivação do cumprimento da vontade constitucional quanto à tributação no país. Cada um dos princípios mostra, portanto, a sua "chave" de aplicação ao IPTU, para que sua aplicação não entre em contradição com a Magna Carta e os valores sociais por ela preservados. Relevante a exploração do tema tanto pela sua atualidade quanto pela sua polémica, além de que é notório que se trata de tema intimamente relacionado à vida de grande parte de contribuintes dos municípios

Força abdominal de mulheres praticantes e não praticantes do Método Pilates

TCC (Graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Desportos. Curso de Graduação em Educação Física.O Colégio Americano de Medicina do Esporte recomenda a realização de exercícios de resistência muscular de duas e três vezes por semana para os principais grupos musculares, sendo ressaltada a importância dos músculos abdominais. O Método Pilates tem sido apontado como um exercício físico eficiente para o fortalecimento da região abdominal e consequentemente para a melhoria do equilíbrio entre músculos agonistas e antagonistas, e prevenção da dor lombar crônica. O objetivo deste estudo foi analisar a força abdominal de mulheres praticantes do Método Pilates com aparelhos e praticantes de musculação. A amostra foi constituída por 28 mulheres de 20 a 40 anos, sendo que 15 eram praticantes de musculação e 13 praticantes de Pilates. O teste utilizado para verificar a força abdominal foi o teste abaixamento de perna estendida, que através do ângulo alcançado pela participante, verifica a sua força central. O resultado do teste mostrou que a média obtida pelo grupo Pilates (grupo 1) foi de 146,4 ± 13,6 graus (escore 3), enquanto no grupo musculação (grupo 2) foi de 113,6 ± 8,9 graus (escore 1). O teste T de Student para amostras independentes indicou que os resultados do teste abdominal do grupo 1 foram significativamente superiores aos do grupo 2 (p = 0,000). Isso indica que o Método Pilates pode ser um excelente exercício para trabalhar a região abdominal. Sugere-se para futuros estudos, a avaliação da força abdominal em amostras maiores e por meio de outros testes abdominais, além do que foi utilizado nesta pesquisa

Embrapa agrienergy and bioinformatics.

D 156

Bioinformática e anotação de genes em Xanthomonas axonopodis pv. citri e Xylella fastidiosa: metabolismo de ferro e biossíntese de pequenas moléculas.

Dissertação (Mestrado) - Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Universidade de São Paulo, São Paulo, SP