Ranking docking poses by graph matching of protein–ligand interactions: lessons learned from the D3R Grand Challenge 2

International audienceA novel docking challenge has been set by the Drug Design Data Resource (D3R) in order to predict the pose and affinity ranking of a set of Farnesoid X receptor (FXR) agonists, prior to the public release of their bound X-ray structures and potencies. In a first phase, 36 agonists were docked to 26 Protein Data Bank (PDB) structures of the FXR receptor, and next rescored using the in-house developed GRIM method. GRIM aligns protein–ligand interaction patterns of docked poses to those of available PDB templates for the target protein, and rescore poses by a graph matching method. In agreement with results obtained during the previous 2015 docking challenge, we clearly show that GRIM rescoring improves the overall quality of top-ranked poses by prioritizing interaction patterns already visited in the PDB. Importantly, this challenge enables us to refine the applicability domain of the method by better defining the conditions of its success. We notably show that rescoring apolar ligands in hydrophobic pockets leads to frequent GRIM failures. In the second phase, 102 FXR agonists were ranked by decreasing affinity according to the Gibbs free energy of the corresponding GRIM-selected poses, computed by the HYDE scoring function. Interestingly, this fast and simple rescoring scheme provided the third most accurate ranking method among 57 contributions. Although the obtained ranking is still unsuitable for hit to lead optimization, the GRIM–HYDE scoring scheme is accurate and fast enough to post-process virtual screening dat

Animal Models of Obesity Characterized by Non-alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD)

Obesity is one of the major risk factors for the Nonalcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) development, as the leading cause of chronic liver disease. NAFLD is intrinsically related to obesity disorders, especially insulin resistance and dyslipidemia. Interaction between NAFLD and obesity still needs further clarification, and it is necessary to dertemine the mechanisms of these disorders in animal models of disease. Such models are usually the result of genetic and/or nutritional modifications, considering metabolic and histological changes commonly seen in humans. Obesity induced in rodents occur mainly through HFD, HCD, FFD or genetic alterations like in Lep, Acox, KKy models. These models are analogous to NAFLD development, since the increasing visceral fat is highly associated with the accumulation of fat in the form of triglycerides in the liver. Inflammatory markers such as TNF-alpha and IR are active in the predisposition of lipolysis. Hepatic inflammation during NAFLD can also be unleashed by oxidative stress. However, the mechanisms involved in the progression from NAFLD to NASH are not yet elucidated, as some models have shown unexpected outcomes such as severe malnutrition or obesity markers absence and IR after the use of Minimal-change disease (MCD) therapies and drugs, respectively. Thus, it is important to evaluate different animal models of obesity able to induce the profile of NAFLD and NASH disease in humans, assessing their mechanisms of action. The aim of this chapter is to have a comparative analysis of animal models commongly used in the pathophysiology of obesity that present NAFLD/NASH

Salivary Fluoride Levels after Use of High-Fluoride Dentifrice

The aim of the study was to evaluate salivary fluoride (F) availability after toothbrushing with a high-F dentifrice. Twelve adult volunteers took part in this crossover and blind study. F concentration in saliva was determined after brushing with a high-F dentifrice (5000 µg F/g) or with a conventional F concentration dentifrice (1100 µg F/g) followed by a 15 mL distilled water rinse. Samples of nonstimulated saliva were collected on the following times: before (baseline), and immediately after spit (time = 0) and after 1, 2, 3, 4, 5, 10, 15, 20, 30, 45, 60, 90, and 120 min. F analysis was performed with a fluoride-sensitive electrode and the area under curve of F salivary concentration × time (µg F/mL × min−1) was calculated. At baseline, no significant difference was found among dentifrices (P > 0.05). After brushing, both dentifrices caused an elevated fluoride level in saliva; however salivary F concentration was significantly higher at all times, when high-F dentifrice was used (P < 0.01). Even after 120 min, salivary F concentration was still higher than the baseline values for both dentifrices (P < 0.001). High-F dentifrice enhanced the bioavailability of salivary F, being an option for caries management in patients with high caries risk

APRESENTAÇÃO DO DOSSIÊ TEMÁTICO: “GÊNERO, SEXUALIDADE E DIVERSIDADE SOCIOCULTURAL NA EDUCAÇÃO”

O debate de gênero e sexualidade tem evidenciado as inquietações vivenciadas em diversos segmentos e contextos socioculturais.&nbsp; O processo de desenvolvimento de falas integra a construção constante e metamorfoseada dos conceitos e identidades relacionadas com o gênero e os e papeis sexuais e sociais de acordo com as representações dos corpos. Desta forma, a articulação dos estudos de gênero deve proporcionar diversas abordagens associando-se a outras categorias de análises presentes no tempo e espaço como classe, etnia, raça e gerações, bem como movimentos socioculturais. Trata-se de um dossiê que tem como tema central gênero, sexualidade e diversidade, apresentando abordagens e contextos socioculturais transitando pelos movimentos feministas e LGBTQI+, violência contra a mulher, formação de identidades sexuais e de gênero, desigualdade de gênero, modelos binários e heteroformativos estabelecidos em nossa sociedade

AVALIAÇÃO DE CULTIVARES DE CEREAIS DE INVERNO NAS CONDIÇÕES DE BOTUCATU SÃO PAULO

Objetivou-se com este trabalho avaliar o desempenho agron&ocirc;mico de variedades de aveia-preta (Avena strigosa S.), aveia-branca (Avena sativa L.), cevada (Hordeum vulgare sp. Vulgare) e trigo (Triticum aestivum L.) nas condi&ccedil;&otilde;es de Botucatu-SP. Foram realizados quatro experimentos em delineamento experimental de blocos ao acaso, onde os tratamentos foram compostos por diferentes variedades dos seguintes cereais: Experimento I &ndash; Aveia preta, o Experimento II &ndash; Aveia branca, o Experimento III &ndash; Cevada e o Experimento IV- Trigo. As vari&aacute;veis avaliadas foram: o intervalo da emerg&ecirc;ncia ao florescimento, o rendimento de biomassa seca, a produtividade de gr&atilde;os e a massa de mil gr&atilde;os. Com base na produ&ccedil;&atilde;o de massa seca pelas variedades de aveia-preta IAPAR 61 Ibipor&atilde;, Comum e EMBRAPA 29, as mesmas surgem como boa op&ccedil;&atilde;o para cobertura do solo em sistema plantio direto. A variedade de aveia-branca Brisasul destacou-se para a utiliza&ccedil;&atilde;o como cobertura do solo e forragem, e as variedades UFP a 20 Teixeirinha, UFPA Gaud&eacute;ria e Barbarasul destacaram-se para a produ&ccedil;&atilde;o de gr&atilde;os. A variedade de cevada BRS Lagoa destacou-se pela maior produ&ccedil;&atilde;o de biomassa seca e produtividade de gr&atilde;os. Diante dos baixos desempenhos apresentados pelas tr&ecirc;s variedades de trigo, as mesmas n&atilde;o s&atilde;o alternativas vi&aacute;veis para o cultivo de inverno nesta regi&atilde;o

Investigação temática no contexto do ensino de ciências: relações entre a Abordagem Temática Freireana e a práxis curricular via tema gerador

Investiga-se o processo de elaboração da temática “Consumo de Água na comunidade do Banco da Vitória”, tendo como referência relações teóricas estabelecidas por Torres (2010) entre as etapas da Abordagem Temática Freireana (DELIZOICOV, ANGOTTI e PERNAMBUCO, 2002) e da Práxis Curricular via Tema Gerador(SILVA, 2004). O estudo foi desenvolvido em uma escola pública de Ilhéus/BA, com uma equipe de três professores de Ciências em parceria com um grupo de estudos da Universidade Estadual de Santa Cruz. As reuniões foram gravadas em áudio e registradas em diários, sendo analisadas pela Análise Textual Discursiva (MORAES e GALIAZZI, 2007). Dentre os resultados, destacam-se as categorias: a) Aproximações iniciais com a comunidade local e escolar; b) Apresentação de possíveis situações-limites para a comunidade local; c) Legitimação da hipótese e d) Organização da programação curricular. Salienta-se que as discussões teóricas em torno do processo de investigação temática freireana não devem ser vistas como orientações estanques, mas sim, como um processo dinâmico que pode sofrer alterações, a depender do contexto e dos sujeitos envolvidos.

Épocas de poda e produtividade da mandioca

The objective of this work was to assess different pruning dates on the development, production and quality of cassava roots. Two experiments were carried out in two regions of the state of São Paulo, Brazil: Botucatu, on clay soil, and São Manuel, on sandy soil. The experiments were carried out from September 2008 to June 2010, and harvest was done after two growing seasons (22 months). The experimental design was a randomized block design, with four replicates. Ten treatments, nine monthly pruning dates, between April and December, and a control cultivated without pruning were evaluated. Pruning dates were statistically analyzed by orthogonal contrasts, in comparison to the control, and by regression. Cassava pruning during the rest period does not alter dry matter content and root yield. However, when performed at the end of the first cycle or after the start of the second cycle, pruning reduces dry matter content and root yield.O objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de diferentes épocas de poda no desenvolvimento, na produção e na qualidade de raízes tuberosas de mandioca. Foram conduzidos dois experimentos, em duas localidades do Estado de São Paulo: Botucatu, em área de solo argiloso, e São Manuel, em solo arenoso. Os experimentos foram conduzidos de setembro de 2008 a junho de 2010, e a colheita foi feita após dois ciclos vegetativos (22 meses). Utilizou-se o delineamento experimental de blocos ao acaso, com quatro repetições. Foram avaliados dez tratamentos, nove épocas de poda espaçadas mensalmente, entre abril e dezembro, e uma testemunha conduzida sem poda. As épocas de poda foram analisadas estatisticamente por contrastes ortogonais, em comparação à testemunha, e por regressão. A poda da mandioca realizada no período de repouso fisiológico não altera o teor de matéria seca e a produtividade de raízes tuberosas. No entanto, quando realizada no final do primeiro ciclo ou após o início do segundo ciclo vegetativo, a poda reduz o teor de matéria seca e a produtividade de raízes

Estresse no trabalho da enfermagem em hospital de pronto-socorro: análise usando a Job Stress Scale

Estudio que tuvo el objetivo identificar el estrés en el trabajo, según la Job Stress Scale y asociarlo con aspectos sociodemográficos y laborales de trabajadores de enfermería de un hospital de emergencia. Estudio de tipo transversal, cuyos datos fueron recolectados, por medio de cuestionario, con 388 profesionales de enfermería. El análisis fue realizado con la estadística descriptiva, análisis univariado y multivariado. Los resultados identificaron asociación significativa con el cargo de técnico/auxiliar de enfermería, tiempo en el cargo superior a 15 años y bajo apoyo social, con chances respectivas de 3,84; 2,25 y 4,79 mayores para el cuadrante alto desgaste. El estudio demostró que los aspectos relacionados al ambiente de trabajo deben ser acompañados por los órganos competentes con la finalidad de invertir recursos en la calidad de vida en el trabajo de la enfermería.Trata-se de estudo cujo objetivo foi identificar o estresse no trabalho, segundo a Job Stress Scale, e associá-lo aos aspectos sociodemográficos e laborais de trabalhadores de enfermagem de um hospital de pronto-socorro. É estudo tipo transversal, cujos dados foram coletados por meio de questionário, com 388 profissionais de enfermagem. A análise foi realizada pela estatística descritiva, análise univariada e multivariada. Através dos resultados identificaram-se associação significativa com o cargo de técnico/auxiliar de enfermagem, tempo no cargo superior a 15 anos e baixo apoio social, com chances respectivas de 3,84, 2,25 e 4,79 maiores para o quadrante alto desgaste. Demonstra-se, assim, que os aspectos relacionados ao ambiente de trabalho devem ser acompanhadas pelos órgãos competentes no intuito de investir na qualidade de vida no trabalho da enfermagem.This study identifies workplace stress according to the Job Stress Scale and associates it with socio-demographic and occupational variables of nursing workers from an emergency hospital. This is a cross-sectional study and data were collected through a questionnaire applied to 388 nursing professionals. Descriptive statistics were applied; univariate and multivariate analyses were performed. The results indicate there is a significant association with being a nursing technician or auxiliary, working in the position for more than 15 years, and having low social support, with 3.84, 2.25 and 4.79 times more chances of being placed in the high strain job&#39; quadrant. The study reveals that aspects related to the workplace should be monitored by competent agencies in order to improve the quality of life of nursing workers