Desarrollo de métodos y herramientas de análisis por maldi-ims para lipidómica.

260 p.+ apéndices. Los capítulos 4, 5.2 y 5.3 están sujetos a confidencialidad.La imagen por espectrometría de masas es una técnica analítica que permite obtener la distribución espacial de diferentes analitos en superficies. Esta técnica genera una gran cantidad de datos, por lo que son necesarias nuevas herramientas de análisis para extraer la información de interés. En esta tesis se han desarrollado protocolos de preparación de muestras, herramientas informáticas y metodología de análisis para el estudio del lipidoma en tejidos biológicos.La tesis consta de una breve introducción a los campos de la espectrometría de masas y la lipidómica; Un capítulo de fundamentos en los que se describen las diferentes tecnologías empleadas y los lípidos estudiados; Un capítulo de materiales y métodos; Un capítulo de herramientas informáticas y de análisis; Y un capítulo en el que se describen los resultados de la aplicación de estas técnicas, métodos y herramientas sobre diferentes tipos de muestras biológicas

CORILGA: a Galician Multilevel Annotated Speech Corpus for Linguistic Analysis [Póster]

Póster presentado no 9th Language Resources and Evaluation Conference (LREC 2014). Reykjavik, 26-31 maio 2014FEDER, Xunta de Galicia, Goberno de Españ

A Drastic Shift in Lipid Adducts in Colon Cancer Detected by MALDI-IMS Exposes Alterations in Specific K+ Channels

Even though colorectal cancer (CRC) is one of the most preventable cancers, it is one of the deadliest, and recent data show that the incidence in people <50 years has unexpectedly increased. While new techniques for CRC molecular classification are emerging, no molecular feature is as yet firmly associated with prognosis. Imaging mass spectrometry (IMS) lipidomic analyses have demonstrated the specificity of the lipid fingerprint in differentiating pathological from healthy tissues. During IMS lipidomic analysis, the formation of ionic adducts is common. Of particular interest is the [Na+]/[K+] adduct ratio, which already functions as a biomarker for homeostatic alterations. Herein, we show a drastic shift of the [Na+]/[K+] adduct ratio in adenomatous colon mucosa compared to healthy mucosa, suggesting a robust increase in K+ levels. Interrogating public databases, a strong association was found between poor diagnosis and voltage-gated potassium channel subunit beta-2 (KCNAB2) overexpression. We found this overexpression in three CRC molecular subtypes defined by the CRC Subtyping Consortium, making KCNAB2 an interesting pharmacological target. Consistently, its pharmacological inhibition resulted in a dramatic halt in commercial CRC cell proliferation. Identification of potential pharmacologic targets using lipid adduct information emphasizes the great potential of IMS lipidomic techniques in the clinical field.This study was supported in part by the Institute of Health Carlos III (CP12/03338 and PI16/02200), Basque Government (IT1162-19), and the EC (European Regional Development Fund, ERDF, CP12/03338). A.M.B. and J.B-E. hold predoctoral fellowships of the Govern Balear (Direcció General d’Innovació i Recerca, FPI/2160/2018 and FPI/1787/2015, respectively), co-funded by the ESF (European Social Fund). K.P.-R. contract was supported by the Govern Balear (Servei d’Ocupació de les IIles Balears and Garantia Juvenil, JQ-SP 18/17), co-funded by the ESF. G.B.-C. and D.H.L.’s contracts were supported by the Institute of Health Carlos III, co-funded by ERDF (Miguel Servet II program, CPII17/00005 and PI16/02200, respectively). We are grateful to SGiker Lipidomic Service (UPV/EHU, MICINN, GV/EG, ESF) for the expert advice and technical and human support in MALDI-IMS analysis. The publication fee in this Open Access journal is fully supported by the Liberi Call of the IdISBa

Desarrollo de métodos y herramientas de análisis por maldi-ims para lipidómica.

260 p.+ apéndices. Los capítulos 4, 5.2 y 5.3 están sujetos a confidencialidad.La imagen por espectrometría de masas es una técnica analítica que permite obtener la distribución espacial de diferentes analitos en superficies. Esta técnica genera una gran cantidad de datos, por lo que son necesarias nuevas herramientas de análisis para extraer la información de interés. En esta tesis se han desarrollado protocolos de preparación de muestras, herramientas informáticas y metodología de análisis para el estudio del lipidoma en tejidos biológicos.La tesis consta de una breve introducción a los campos de la espectrometría de masas y la lipidómica; Un capítulo de fundamentos en los que se describen las diferentes tecnologías empleadas y los lípidos estudiados; Un capítulo de materiales y métodos; Un capítulo de herramientas informáticas y de análisis; Y un capítulo en el que se describen los resultados de la aplicación de estas técnicas, métodos y herramientas sobre diferentes tipos de muestras biológicas