Apports de la paléogénétique à l'histoire du peuplement précolombien des Andes méridionales (Vème – XVème siècles)

Le principal objectif de ce travail de thèse était de reconstruire la dynamique de peuplement des Andes méridionales grâce à une étude diachronique (entre le Ve et le XVe siècle) de groupes anciens issus de différents étages écologiques de la région (hauts-plateaux, vallées tempérées et piedmont andin). Pour appréhender cette problématique, nous avons étudié directement les populations anciennes grâce à l'ADN ancien. Des analyses génétiques ont été menées sur des échantillons correspondant à 103 individus anciens. Pour cela, une approche originale, combinant l'étude de différents marqueurs génétiques à l'aide de méthodes classiques et innovante, a été mise en place. Nous avons pu démontrer que si d'un point de vue biologique une certaine unité se dégage de l'ensemble de la région, laissant supposer une origine commune, d'un point de vue culturel, des disparités sont évidentes, notamment au niveau des pratiques funéraires. La comparaison de ces résultats avec les données génétiques contemporaines démontre que les habitants des Andes méridionales semblent former une entité homogène légèrement différenciée du reste du complexe andin. Il est donc possible que l'influence des grandes civilisations n'ait été qu'indirecte dans cette région méridionale. Seul l'empire Inca a eu un impact significatif sur le pool génétique des populations autochtones. De manière générale, la structure génétique actuelle de l'ensemble des populations de l'aire andine ne semble pas être le résultat de la colonisation initiale, mais plutôt le résultat d'un renouvellement, débuté avec l'expansion Inca et accentué par la colonisation européenne.The main goal of this thesis was to reconstruct the peopling of the southern Andes, thanks to a diachronic study (between the 5 and 15 centuries AD) of ancient groups from different subareas of the region (highlands, upper valleys and Andean foothills). To address this issue, we chose to directly study ancient populations thanks to ancient DNA. Genetic analyses were carried out on biological samples from 103 ancient individuals. An original approach, combining the study of various genetic markers using conventional and innovative, was established. On the one hand, the analyses revealed that all the studied populations are genetically homogeneous, suggesting a common origin. On the other hand, from a cultural point of view, disparities are evident, in particular in terms of burial practices. The comparison of these results with the available contemporary data demonstrates that the inhabitants of the southern Andes seem to form a homogeneous entity slightly differentiated from the rest of the Andean complex. It is possible that the influence of the Andean civilizations was only indirect in this southern region. Only the Inca Empire had a significant impact on the gene pool of the autochthonous populations. In a general way, the genetic structure of all the current populations of the Andean area does not seem to be the result of the initial colonization. It rather seems to be the result of a replacement of population, which began with the Inca expansion and which was increased by the European colonization

Application of the iPLEXTM Gold SNP genotyping method for the analysis of Amerindian ancient DNA samples: Benefits for ancient population studies

Important developments in the matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) technique have generated new perspectives regarding SNP genotyping, which are particularly promising for ancient population-based studies. The main aim of the present study was to investigate the application of a MALDI-TOF MS-based SNP genotyping technique, called iPLEX® Gold, to analyze Amerindian ancient DNA samples. The first objective was to test the sensitivity of the method, which is recommended for DNA quantities between 10 and 5ng, for ancient biological samples containing DNA molecules that were degraded and present in minute quantities. The second objective was to detail the advantages of this technique for studies on ancient populations. Two multiplexes were designed, allowing the major Amerindian mitochondrial and Y haplogroups to be determined simultaneously. This analysis has never been described before. Results demonstrated the reliability and accuracy of the method; data were obtained for both mitochondrial and nuclear DNA using picogram (pg) quantities of nucleic acid. This technique has the advantages of both MS and minisequencing techniques; thus, it should be included in the protocols for future ancient DNA studies.Fil: Mendisco, Fanny. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Université de Strasbourg; FranciaFil: Keyser, Christine. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Université de Strasbourg; FranciaFil: Hollard, Clémence. Université de Strasbourg; FranciaFil: Seldes, Verónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Secretaría de Cultura de la Nación. Dirección Nacional de Cultura y Museos. Instituto Nacional de Antropología y Pensamiento Latinoamericano; ArgentinaFil: Nielsen, Axel Emil. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Secretaría de Cultura de la Nación. Dirección Nacional de Cultura y Museos. Instituto Nacional de Antropología y Pensamiento Latinoamericano; ArgentinaFil: Crubézy, Eric. Centre National de la Recherche Scientifique; FranciaFil: Ludes, Bertrand. Centre National de la Recherche Scientifique; Francia. Université de Strasbourg; Franci

Investigating mitochondrial DNA relationships in Neolithic Western Europe through serial coalescent simulations

Recent ancient DNA studies on European Neolithic human populations have provided persuasive evidence of a major migration of farmers originating from the Aegean, accompanied by sporadic hunter-gatherer admixture into early Neolithic populations, but increasing toward the Late Neolithic. In this context, ancient mitochondrial DNA data collected from the Neolithic necropolis of Gurgy (Paris Basin, France), the largest mitochondrial DNA sample obtained from a single archeological site for the Early/Middle Neolithic period, indicate little differentiation from farmers associated to both the Danubian and Mediterranean Neolithic migration routes, as well as from Western European hunter-gatherers. To test whether this pattern of differentiation could arise in a single unstructured population by genetic drift alone, we used serial coalescent simulations. We explore female effective population size parameter combinations at the time of the colonization of Europe 45000 years ago and the most recent of the Neolithic samples analyzed in this study 5900 years ago, and identify conditions under which population panmixia between hunter-gatherers/Early-Middle Neolithic farmers and Gurgy cannot be rejected. In relation to other studies on the current debate of the origins of Europeans, these results suggest increasing hunter-gatherer admixture into farmers' group migrating farther west in Europe.European Journal of Human Genetics advance online publication, 28 December 2016; doi:10.1038/ejhg.2016.180

Death and the Societies of Late Antiquity

Ce volume bilingue, comprenant un ensemble de 28 contributions disponibles en français et en anglais (dans leur version longue ou abrégée), propose d’établir un état des lieux des réflexions, recherches et études conduites sur le fait funéraire à l’époque tardo-antique au sein des provinces de l’Empire romain et sur leurs régions limitrophes, afin d’ouvrir de nouvelles perspectives sur ses évolutions possibles. Au cours des trois dernières décennies, les transformations considérables des méthodologies déployées sur le terrain et en laboratoire ont permis un renouveau des questionnements sur les populations et les pratiques funéraires de l’Antiquité tardive, période marquée par de multiples changements politiques, sociaux, démographiques et culturels. L’apparition de ce qui a été initialement désigné comme une « Anthropologie de terrain », qui fut le début de la démarche archéothanatologique, puis le récent développement d’approches collaboratives entre des domaines scientifiques divers (archéothanatologie, biochimie et géochimie, génétique, histoire, épigraphie par exemple) ont été décisives pour le renouvellement des problématiques d’étude : révision d’anciens concepts comme apparition d’axes d’analyse inédits. Les recherches rassemblées dans cet ouvrage sont articulées autour de quatre grands thèmes : l’évolution des pratiques funéraires dans le temps, l’identité sociale dans la mort, les ensembles funéraires en transformation (organisation et topographie) et les territoires de l’empire (du cœur aux marges). Ces études proposent un réexamen et une révision des données, tant anthropologiques qu’archéologiques ou historiques sur l’Antiquité tardive, et révèlent, à cet égard, une mosaïque de paysages politiques, sociaux et culturels singulièrement riches et complexes. Elles accroissent nos connaissances sur le traitement des défunts, l’emplacement des aires funéraires ou encore la structure des sépultures, en révélant une diversité de pratiques, et permettent au final de relancer la réflexion sur la manière dont les sociétés tardo-antiques envisagent la mort et sur les éléments permettant d’identifier et de définir la diversité des groupes qui les composent. Elles démontrent ce faisant que nous pouvons véritablement appréhender les structures culturelles et sociales des communautés anciennes et leurs potentielles transformations, à partir de l’étude des pratiques funéraires.This bilingual volume proposes to draw up an assessment of the recent research conducted on funerary behavior during Late Antiquity in the provinces of the Roman Empire and on their borders, in order to open new perspectives on its possible developments. The considerable transformations of the methodologies have raised the need for a renewal of the questions on the funerary practices during Late Antiquity, a period marked by multiple political, social, demographic and cultural changes. The emergence field anthropology, which was the beginning of archaeothanatology, and then the recent development of collaborative approaches between various scientific fields (archaeothanatology, biochemistry and geochemistry, genetics, history, epigraphy, for example), have been decisive. The research collected in this book is structured around four main themes: Evolution of funerary practices over time; Social identity through death; Changing burial grounds (organisation and topography); Territories of the Empire (from the heart to the margins). These studies propose a review and a revision of the data, both anthropological and archaeological or historical on Late Antiquity, and reveal a mosaic of political, social, and cultural landscapes singularly rich and complex. In doing so, they demonstrate that we can truly understand the cultural and social structures of ancient communities and their potential transformations, based on the study of funerary practices

Ancient DNA : a window to the past of Europe

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Ancient DNA : a window to the past of Europe

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Ancient DNA and kinship analysis of human remains deposited in Merovingian necropolis sarcophagi (Jau Dignac et Loirac, France, 7th-8th century AD)

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Résultats préliminaires

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Regards croisés sur une pratique funéraire marginale à Reims aux III^e - IV^e s. de n. è. : études archéo-anthropologique, isotopique et paléogénomique

International audienceReims, as the capital of the province Gallia Belgica, is bounded by a wide moat around which several necropolises are mentioned in ancient finds. These necropolises were frequented even when the city's outlines shrank behind a smaller enclosure at the end of the 3rd or at the beginning of the 4th century CE. At the same time, the discovery of about sixty tombs scattered between these two enclosures, in Late Antiquity contexts where dismantling and recovery of materials were intense, raises questions about the appearance of this marginal practice. Is it related to the status of the deceased, workers who came to participate in the construction of the Late Antiquity enclosure?In order to address our problem, the purely anthropological results were crossed with those of biomolecular analyses (isotopic and genomic). The isotopic approach revealed overall differences in dietary behaviour between the two funerary groups, with a greater dietary diversity for the deceased buried in scattered tombs, which could be linked to their geographical origin as attested by the genetic analysis. The autochthonous origin of certain subjects and the antiquity of this original funerary practice highlighted by chronological modelling demonstrate that the exogenous origin of the subjects might not be the only explanatory factor.Reims, capitale de la province de Gaule Belgique, est délimitée par un large fossé aux abords duquel, des découvertes anciennes mentionnent plusieurs nécropoles. Ces nécropoles sont fréquentées même lorsque les contours de la ville se rétractent derrière une enceinte plus réduite à la fin du iiie – début du ive s. de n. è. Parallèlement, la découverte d’une soixantaine de tombes dispersées entre ces deux enceintes, dans des contextes du Bas-Empire où le démantèlement et la récupération de matériaux sont intenses questionne l’apparition de cette pratique marginale. Est-elle en lien avec le statut des défunts, des travailleurs venus participer à l’édification de l’enceinte tardo-antique ?Afin de nourrir notre problématique, les résultats purement anthropologiques ont été croisés avec ceux des analyses biomoléculaires (isotopiques et génomiques). L’approche isotopique a révélé globalement des différences de comportements alimentaires entre les deux groupes funéraires, avec une diversité alimentaire plus importante pour les défunts inhumés en tombes dispersées, qui pourrait être liée à leur origine géographique attestée par l’analyse génétique. L’origine autochtone de certains sujets et l’ancienneté de cette pratique funéraire originale mise en évidence par une modélisation chronologique démontrent que l’origine exogène des sujets ne serait peut-être pas le seul facteur explicatif

Trois inhumations musulmanes du haut Moyen Age à Nîmes : analyse plutidisciplinaire archéo-anthropologique

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