Avaliação dos efeitos citolíticos de análogos de peptídeos antimicrobianos

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2015.Os peptídeos antimicrobianos, compostos encontrados em plantas, insetos e vertebrados, dentre outros, surgem como fortes candidatos na desafiadora busca por novas drogas capazes de combater a diversificada maquinaria bacteriana, principalmente pelo fato da maioria deles apresentarem um mecanismo de ação independente da interação com receptores. Nos últimos anos, o número de novos antimicrobianos licenciados para uso no homem tem sido bem menor que em um passado recente. As indústrias farmacêuticas e o governo não estão dispendendo recursos para a geração de novos antimicrobianos eficazes e seguros, deixando a população suscetível a infecções bacterianas multi-droga-resistentes (MDR), um fenômeno que tem se tornado um dos maiores problemas de saúde pública do século 21. O desenho racional e a síntese química permitem a produção de análogos de peptídeos antimicrobianos com atividade citotóxica diminuída e melhora na potência antimicrobiana, fornecendo drogas eficazes no combate a disseminação da resistência bacteriana. No presente estudo, foram sintetizados dois análogos de peptídeos antimicrobianos de anuros. Os dois análogos, denominados AH_1 e AH_2, foram produzidos por síntese química em fase sólida e purificados por meio de cromatografia líquida de alta eficiência em coluna de fase reversa (RP-HPLC). Seu grau de homogeneidade e pureza foram avaliados por espectrometria de massas do tipo MALDI-TOF. Após confirmação da pureza, estes análogos foram utilizados em ensaios in vitro buscando avaliar suas atividades antibacteriana, fungicida, micobactericida e hemolítica. Os dois análogos apresentaram atividade antimicrobiana contra bactérias Gram positivas e Gram-negativas, inclusive frente a cepas multirresistentes de Staphylococcus aureus meticilina-resistente (MRSA), Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) e Pseudomonas aeruginosa. Também apresentaram atividade contra as espécies de Candida albicans, Candida krusei e Candida parapsilosis, além de atividade micobactericida contra cepas de Mycobacterium tuberculosis H37Rv. O efeito sinérgico entre estes análogos e a polimixina B foi avaliado através do ensaio Checkerboard. Uma cepa de Pseudomonas aeruginosa multirresistente com CIM igual a 8 g/mL para polimixina B, caracterizada como resistente de acordo com breakpoints estabelecidos pelo CLSI 2014 foi utilizada neste ensaio. Os dois peptídeos AH_1 e AH_2 apresentaram ICIF < 0,5 demonstrando assim sinergismo de ação com a polimixina B. Houve uma redução da CIM inicial de 8 g/mL quando a polimixina foi testada sozinha, para 0,0625 g/mL e 0,25 g/mL quando testada em combinação aos dois análogos AH_1 e AH_2, respectivamente. Nestas baixas concentrações ativas exibidas no ensaio Checkerboard, as atividades hemolíticas dos dois análogos foram desprezíveis. Tais resultados confirmam o potencial dos análogos AH_1 e AH_2 como agentes antimicrobianos de interesse para a indústria farmacêutica. O análogo AH_1, apesar de seu maior potencial hemolítico em altas concentrações, exibiu excelente atividade principalmente sobre bactérias gram negativas, responsáveis hoje por grande parte dos casos de infecções hospitalares.Esse projeto de tese de doutorado tem o apoio financeiro do CNPq, da FAPDF, da FINEP e da FUB-UnB.Antimicrobial peptides, compounds found in plants, insects and vertebrates, emerge as strong candidates in the challenging search for new drugs. They are able to combat the bacterial machinery, mainly because most of them present a mechanism of action independent of the interaction with receptors. In recent years, the number of new antimicrobial drugs licensed for human use has been smaller than in the recent past. The pharmaceutical industries and government are not expending resources for the generation of new effective and safe antimicrobial agents, leaving the population susceptible to multi-drug-resistant (MDR) bacterial infections, a phenomenon that has become one of the greatest public health problems of the 21st century. Rational design and chemical synthesis allow production of antimicrobial peptides analogues with reduced cytotoxic activity and improved antimicrobial potency, providing effective drugs in combating the spread of bacterial resistance. In this study, two analogues of anurans antimicrobial peptides were synthesized. Both analogues, named AH_1 and AH_2 were produced by chemical solid-phase synthesis and purified by high performance liquid chromatography on reversed-phase column (RP-HPLC).Their degree of homogeneity and purity were assessed by mass spectrometry analysis using MALDI TOF. After confirming their purity, these analogs were tested in vitro to evaluate their antibacterial, fungicidal, mycobactericidal and hemolytic properties. The two analogues showed antimicrobial activity against Gram-positive and Gram negative bacteria, including multidrug resistant strains such as methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), and Pseudomonas aeruginosa. Also showed activity against species of Candida albicans, C. krusei and C. parapsilosis, in addition mycobactericidal activity against Mycobacterium tuberculosis H37Rv. The synergistic effect between these analogs and polymyxin B was tested by checkerboard assay. A strain of multidrug-resistant Pseudomonas aeruginosa with MIC equal to 8 g/mL for polymyxin B, characterized as resistant in accordance with breakpoints established by the CLSI 2014 was used in this test. Both AH_1 and AH_2 peptides presented ICIF <0.5 thus demonstrating synergistic action with polymyxin B. There was a reduction of the initial MIC of 8 g/mL when the polymyxin was tested alone to 0.0625 g/mL and 0.25 g/mL when tested in combination to the two analogs AH_1 and AH_2, respectively. In this low active concentrations in Checkboard assay

Sensitivity of different DNA extraction methods and PCR to detect resistance in patients with leprosy stratified by the bacilloscopic index

Introduction: Antimicrobial resistance in leprosy is an emerging problem, and the quantitative impact of low bacilloscopic indexes (BIs) on the sensitivity of molecular tests is unknown. We aimed to evaluate the sensitivity of gene sequencing for the detection of mutations related to antimicrobial resistance in Mycobacterium leprae in patients with low BIs using an analytical model. Methods: Patients with leprosy were included and divided into two groups depending on their BIs (≥ 2+ and < 2+). The sensitivities of the two DNA extraction methods were compared after amplifying and sequencing the repetitive element (RLEP), folP1, rpoB and gyrA in M. leprae. Results: We included 56 patients with leprosy: 35 had BIs less than 2+ (22 had negative slitskin smear [SSS] results) and 21 patients had BIs greater than or equal to 2+. The sensitivity of the amplification of the RLEP target and the gene sequencing of folP1, rpoB and gyrA was 50 to 70% lower in patients with a BI less than 2+ and was significantly reduced in patients with lower BIs for all targets (p < 0.001). One patient had a mutation in the folP1 gene, and 14 patients had mutations in the gyrA gene, but no mutations related to antimicrobial resistance were found. Conclusions: We can conclude that the sensitivity of molecular tests is directly related to the BI, but these tests can still detect up to 20% of the targets in patients with BIs < 2+. New strategies to improve the sensitivity for detecting antimicrobial resistance in leprosy patients and reasonable clinical criteria for follow-up and the introduction of alternative treatments must be developed

Desenho racional e produção de análogos do peptídeo antimicrobiano Hylina a1 com maior potencial terapêutico

Dissertação (mestrado —Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2012.Desde os primórdios da terapêutica antimicrobiana têm-se relatos de microrganismos resistentes às drogas antimicrobianas clássicas. Com o seu uso indiscriminado, cada vez mais vêm surgindo microrganismos resistentes aos antimicrobianos disponíveis. Por mais dinâmicas que sejam as indústrias farmacêuticas na busca por novas drogas, elas não conseguem acompanhar o espantoso fenômeno da multirresistência apresentada por muitos microrganismos. Esta constante mudança nos perfis de sensibilidade dos microrganismos conduz a uma incessante busca por novas drogas antimicrobianas, onde os peptídeos antimicrobianos se destacam como agentes promissores. As secreções cutâneas dos anfíbios são uma riquíssima fonte de peptídeos antimicrobianos. O presente estudo avaliou a atividade biológica de dois análogos sintéticos da Hylina a1, um peptídeo antimicrobiano isolado da espécie de anuro Hypsiboas albopunctatus. Os dois análogos, denominados Ha1_1996 e Ha1_1883, foram produzidos por síntese química manual pela técnica Fmoc, purificados por meio de cromatografia líquida de alta eficiência em fase reversa (HPLC-RP) e sua homogeneidade, bem com, a correção dos produtos produzidos avaliadas por espectrometria de massas tipo MALDI-TOF. Após confirmação da pureza, os análogos foram utilizados em ensaios in vitro com o objetivo de se avaliar suas atividades antibacterianas, fungicidas, micobactericidas e hemolíticas. Os dois análogos apresentaram atividade antimicrobiana contra cepas de bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, inclusive frente à cepas de Staphylococcus aureus meticilina-resistente (MRSA) e Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC). Também apresentaram atividade fungicida contra três espécies de Candida, além de atividade micobactericida contra duas cepas de Mycobacterium tuberculosis. Apesar da pronunciada atividade hemolítica frente a eritrócitos humanos (tipo O+) e ao efeito citolítico observado sobre leucócitos humanos, deve ser levado em conta que refinamentos na estrutura desses peptídeos podem levar ao surgimento de análogos com propridedades antimicrobianas melhoradas ou mantidas e perda ou redução da atividade hemolítica. Espera-se com isto que os peptídeos antimicrobianos se constituam em novas armas de um arsenal medicamentoso capaz de combater microrganismos multirresistentes. ______________________________________________________________________________ ABSTRACTSince the beginning of antimicrobial therapy reports of microorganisms resistant to conventional antimicrobial drugs have been described. Due to its indiscriminate use, more resistant microorganisms to the available antimicrobials are emerging. For more dynamic than the pharmaceutical companies are in search for new drugs, they can not keep up the amazing phenomenon of multidrug resistance shown by many microorganisms. This constant change in the sensitivity profiles of microorganisms leads to an endless search for new antimicrobial drugs, where antimicrobial peptides stand out as promising agents. The amphibians’ skin secretions are a rich source of antimicrobial peptides. The present study characterized biologically two synthetic analogues of Hylin a1, an antimicrobial peptide isolated from the anuran species Hypsiboas albopunctatus. Both analogs, named Ha1_1996 and Ha1_1883, were produced by manual chemical synthesis by Fmoc technique, purified by reversed-phase high-performance liquid chromatography (HPLC-RP) and purity assessment, as well as, the quality of the synthetic peptides produced were evaluated by MALDI-TOF mass spectrometry. After confirmation of their purity, these two analogs were tested on in vitro assays to evaluate their antibacterial, fungicidal, hemolytic and mycobactericidal activities. Both analogues showed antimicrobial activity against Gram-positive and Gram-negative bacterial strains, including methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC). They also showed antifungal activity against three species of Candida, and mycobactericidal activity against two strains of Mycobacterium tuberculosis. Despite pronounced hemolytic activity against human erythrocytes (type O+ ) and cytolytic effects on human leukocytes, additional refinements in their structures can lead to the development of analogues with antimicrobial properties improved or maintained and loss or reduction of hemolytic activity. It is thus expected that antimicrobial peptides become a new weapons arsenal able to combat the multiresistant microorganisms

Rural-Urban health and mortality differentials in Brazil, 2010-2013

Urbanization and economic development in developed countries fostered the debate of rural vs. urban health and mortality differentials. Low and middle-income countries experience uneven urbanization processes that result in an urban mortality penalty. Brazil is an example of this scenario of rural mortality advantage, despite the limited access to health services by rural residents. This paper assesses health and mortality differentials of rural and urban areas using morbidity prevalence data from the Brazilian National Health Survey of 2013 and the mortality information from the Brazilian National Census of 2010. The results show that urban residents display higher prevalence rates of diabetes and heart diseases, whereas rural residents display higher prevalence rates of osteoarticular diseases and functional disabilities. Indeed, adult individuals of rural areas presented better mortality indicators than those from urban areas. However, we verified that a significant share of rural individual's life co-occurs with physical and musculoskeletal related morbidities. These differences between urban and rural spaces need to be considered when making health policy decisions

Diagnóstico precoce de Hanseníase em crianças da Vila Santo Antônio do Prata, região hiperendêmica no estado do Pará

This article reports the extension project of early detection of leprosy in schoolchildren from the Eastern Amazon. These are the activities developed by the project "Health promotion focusing on education and diagnosis of leprosy in children in schools in the village of Santo Antônio do Prata", linked to a Higher Education Institution in the North of Brazil and conducted between March and July 2017 in a hyperendemic area. Children (n = 154) were screened using a protocol from the Brazilian Health Ministry with the help of a multi-professional health team, and 3 new cases were diagnosed by clinical and histopathological criteria in children aged 3 to 7 years old. The importance of this type of activity is that school age does not usually represent an age group of leprosy occurrence, so its detection indicates the need for early diagnosis to control leprosy at the family level.Este artigo relata o projeto de extensão em detecção precoce de Hanseníase em escolares da Amazônia Oriental. Tratam-se das atividades desenvolvidas pelo projeto “Promoção de saúde com foco em educação e diagnóstico em Hanseníase em crianças de escolas da Vila de Santo Antônio do Prata”, vinculado a uma Instituição de Ensino Superior do Norte do Brasil e realizado entre março e julho de 2017 em área de hiperendemicidade. A partir de 154 crianças triadas pela Ficha de Autoimagem do Ministério da Saúde, com o auxílio de uma Equipe Multiprofissional em Saúde, foram diagnosticados, por critérios clínicos e histopatológicos, 3 casos novos em crianças com idade entre 3 e 7 anos. A importância desse tipo de atividade reside no fato de que a idade escolar normalmente não representa uma faixa etária de ocorrência de hanseníase, portanto a sua detecção indica necessidade de diagnóstico precoce para controle da Hanseníase em nível familiar

Dengue seroprevalence among asymptomatic blood donors during an epidemic outbreak in Central-West Brazil.

Dengue virus (DENV) transmission by blood transfusion is an important route of viral acquisition during outbreaks. The prevalence of DENV markers (viral RNA, NS1, anti-DENV IgM, and IgG) among blood donors in Central-West Brazil has never been evaluated. Our aim was to evaluate the full set of serological and molecular markers for DENV among blood donors of the Federal District of Brazil during an extensive outbreak in 2016. We found an anti-DENV IgM prevalence of 6.74% (n = 32/475). Of 475, 20 samples (4.21%) were also anti-DENV IgG positive. All samples were non-reactive for NS1 and DENV RNA. Our results imply that a significant proportion of the tested donors had experienced asymptomatic infection. More studies are necessary to evaluate the real prevalence of DENV viremia in blood donors from the Federal District of Brazil and if specific measures are needed to routinely test the blood donors for DENV RNA during outbreaks

Imbalance of peripheral temperature, sympathovagal, and cytokine profile in long COVID

Amazon Foundation for Research Support/ (FAPESPA #006/2020 and #060/2020); Secretary of Science, Technology, and Higher, Professional and Technological Education (SECTET #09/2021); Brazilian Council of Scientific and Technological Development Agency (CNPq #401235/2020-3); and Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico—Brasil (INCT: 406360/2022-7).State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil / Federal University of Pará. Tropical Medicine Center. Belém, PA, Brazil / São Paulo University. School of Medicine. São Paulo, SP, Brazil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Laboratory of Virology. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil.Federal University of Pará. Institute of Health Sciences. Belém, PA, Brazil.Federal University of Pará. Institute of Health Sciences. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil / Federal University of Pará. Institute of Health Sciences. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Laboratory of Genetic of Complex Discasse. Belém, PA, Brazil / Federal University of Pará. Graduate Program in Biology of Infectious and Parasitic Agents. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil / Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Federal University of Pará. Institute of Biological Sciences. Laboratory of Virology. Belém, PA, Brazil / Federal University of Pará. Graduate Program in Biology of Infectious and Parasitic Agents. Belém, PA, Brazil.State University of Pará. Center for Biological Health Sciences. Belém, PA, Brazil / São Paulo University. School of Medicine. São Paulo, SP, Brazil.A persistent state of inflammation has been reported during the COVID-19 pandemic. This study aimed to assess short-term heart rate variability (HRV), peripheral body temperature, and serum cytokine levels in patients with long COVID. We evaluated 202 patients with long COVID symptoms categorized them according to the duration of their COVID symptoms (≤120 days, n = 81; >120 days, n = 121), in addition to 95 healthy individuals selected as controls. All HRV variables differed significantly between the control group and patients with long COVID in the ≤120 days group (p 120 days group in all regions analysed (p < 0.05). Cytokine analysis showed higher levels of interleukin 17 (IL-17) and interleukin 2 (IL-2), and lower levels of interleukin 4 (IL-4) (p < 0.05). Our results suggest a reduction in parasympathetic activation during long COVID and an increase in body temperature due to possible endothelial damage caused by the maintenance of elevated levels of inflammatory mediators. Furthermore, high serum levels of IL-17 and IL-2 and low levels of IL-4 appear to constitute a long-term profile of COVID-19 cytokines, and these markers are potential targets for long COVID-treatment and prevention strategies

Cytokine profiles associated with acute COVID-19 and long COVID-19 syndrome

National Council for Scientific and Technological Development (CNPQ #401235/2020-3); Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisa do Pará (FAPESPA #005/2020 and #006/2020) and Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Educação Profissional e Tecnológica (#09/2021).Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil / Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Genética de Doenças Complexas. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Hospital Adventista de Belém. Belém, PA, Brazil.Hospital Adventista de Belém. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Imunologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Imunologia. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Pesquisas Básicas em Malária. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Imunologia. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade Federal do Pará. Programa de Pós-Graduação em Biologia de Agentes Infecciosos e Parasitários. Belém, PA, Brazil.Universidade do Estado do Pará. Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde. Belém, PA, Brazil.Universidade Federal do Pará. Instituto de Ciências Biológicas. Laboratório de Virologia. Belém, PA, Brazil.The duration and severity of COVID-19 are related to age, comorbidities, and cytokine synthesis. This study evaluated the impact of these factors on patients with clinical presentations of COVID-19 in a Brazilian cohort. A total of 317 patients diagnosed with COVID-19 were included; cases were distributed according to clinical status as severe (n=91), moderate (n=56) and mild (n=170). Of these patients, 92 had acute COVID-19 at sample collection, 90 had already recovered from COVID-19 without sequelae, and 135 had sequelae (long COVID syndrome). In the acute COVID-19 group, patients with the severe form had higher IL-6 levels (p=0.0260). In the post-COVID-19 group, there was no significant difference in cytokine levels between groups with different clinical conditions. In the acute COVID-19 group, younger patients had higher levels of TNF-alpha, and patients without comorbidities had higher levels of TNF-alpha, IL-4 and IL-2 (p<0.05). In contrast, patients over age 60 with comorbidities had higher levels of IL-6. In the post-COVID-19 group, subjects with long COVID-19 had higher levels of IL-17 and IL-2 (p<0.05), and subjects without sequelae had higher levels of IL-10, IL-6 and IL- 4 (p<0.05). Our results suggest that advanced age, comorbidities and elevated serum IL-6 levels are associated with severe COVID-19 and are good markers to differentiate severe from mild cases. Furthermore, high serum levels of IL-17 and IL-2 and low levels of IL-4 and IL-10 appear to constitute a cytokine profile of long COVID-19, and these markers are potential targets for COVID-19 treatment and prevention strategies

Field and classroom initiatives for portable sequence-based monitoring of dengue virus in Brazil

This work was supported by Decit, SCTIE, Brazilian Ministry of Health, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico - CNPq (440685/ 2016-8, 440856/2016-7 and 421598/2018-2), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES - (88887.130716/2016-00), European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under ZIKAlliance Grant Agreement (734548), STARBIOS (709517), Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro – FAPERJ (E-26/2002.930/2016), International Development Research Centre (IDRC) Canada (108411-001), European Union’s Horizon 2020 under grant agreements ZIKACTION (734857) and ZIKAPLAN (734548).Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil / Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil Latin American Genomic Surveillance Arboviral Network.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Mato Grosso do Sul. Laboratório Central de Saúde Pública. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado da Bahia. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Organização Pan-Americana da Saúde / Organização Mundial da Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde Coordenação Geral das Arboviroses. Brasília, DF, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Universidade Federal da Bahia. Vitória da Conquista, BA, Brazil.Laboratorio Central de Salud Pública. Asunción, Paraguay.Fundação Oswaldo Cruz. Bio-Manguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública. Brasília, DF, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, BrazilMinistério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. San Lorenzo, Paraguay.Secretaria de Estado de Saúde de Mato Grosso do Sul. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Campo Grande, MS, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Giovanni Cysneiros. Goiânia, GO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Dr. Milton Bezerra Sobral. Recife, PE, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Brasília, DF, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, Ba, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte, MG, Brazil.Hospital das Forças Armadas. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Nova de Lisboa. Instituto de Higiene e Medicina Tropical. Lisboa, Portugal.University of Sydney. School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences. Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity. Sydney, NSW, Australia.University of KwaZulu-Natal. College of Health Sciences. KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform. Durban, South Africa.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Estadual de Feira de Santana. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Universidade de Brasília. Brasília, DF, Brazil.Universidade Salvador. Salvador, BA, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Ezequiel Dias. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Flavivírus. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Hantaviroses e Rickettsioses. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Faculdade de Medicina Veterinária. Belo Horizonte, MG, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná. Curitiba, PR, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Rondônia. Porto Velho, RO, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Norte. Natal, RN, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Mato Grosso. Cuiabá, MT, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Professor Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brazil.Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Instituto Adolfo Lutz. São Paulo, SP, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Ananindeua, PA, Brasil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.Universidade de São Paulo. Instituto de Medicina Tropical. São Paulo, SP, Brazil.University of Oxford. Peter Medawar Building. Department of Zoology. Oxford, UK.Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas Dr. Julio Maiztegui. Pergamino, Argentina.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Gorgas Memorial Institute for Health Studies. Panama, Panama.Instituto de Salud Pública de Chile. Santiago, Chile.Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos Dr. Manuel Martínez Báez. Ciudad de México, México.Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas Dr Carlos G Malbrán. Buenos Aires, Argentina.Ministerio de Salud Pública de Uruguay. Montevideo, Uruguay.Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza em Nutrición y Salud. Tres Ríos, Costa Rica.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Instituto Nacional de Investigacion en Salud Publica Dr Leopoldo Izquieta Pérez. Guayaquil, Ecuador.Universidade Federal de Pernambuco. Recife, PE, Brazil.Secretaria de Saúde do Estado de Minas Gerais. Belo Horizonte. MG, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Brasília, DF, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro, RJ, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Universidade Federal de Ouro Preto. Ouro Preto, MG, Brazil.Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Ribeirão Preto, SP, Brazil.Secretaria de Saúde de Feira de Santana. Feira de Santana, BA, Brazil.Universidade Federal de Minas Gerais. Instituto de Ciências Biológicas. Belo Horizonte, MG, Brazil.Brazil experienced a large dengue virus (DENV) epidemic in 2019, highlighting a continuous struggle with effective control and public health preparedness. Using Oxford Nanopore sequencing, we led field and classroom initiatives for the monitoring of DENV in Brazil, generating 227 novel genome sequences of DENV1-2 from 85 municipalities (2015–2019). This equated to an over 50% increase in the number of DENV genomes from Brazil available in public databases. Using both phylogenetic and epidemiological models we retrospectively reconstructed the recent transmission history of DENV1-2. Phylogenetic analysis revealed complex patterns of transmission, with both lineage co-circulation and replacement. We identified two lineages within the DENV2 BR-4 clade, for which we estimated the effective reproduction number and pattern of seasonality. Overall, the surveillance outputs and training initiative described here serve as a proof-of-concept for the utility of real-time portable sequencing for research and local capacity building in the genomic surveillance of emerging viruses