Proteomic Analysis of Ovarian Cancer Cells Reveals Dynamic Processes of Protein Secretion and Shedding of Extra-Cellular Domains

Background: Elucidation of the repertoire of secreted and cell surface proteins of tumor cells is relevant to molecular diagnostics, tumor imaging and targeted therapies. We have characterized the cell surface proteome and the proteins released into the extra-cellular milieu of three ovarian cancer cell lines, CaOV3, OVCAR3 and ES2 and of ovarian tumor cells enriched from ascites fluid. Methodology and Findings: To differentiate proteins released into the media from protein constituents of media utilized for culture, cells were grown in the presence of [ 13 C]-labeled lysine. A biotinylation-based approach was used to capture cell surface associated proteins. Our general experimental strategy consisted of fractionation of proteins from individual compartments followed by proteolytic digestion and LC-MS/MS analysis. In total, some 6,400 proteins were identified with high confidence across all specimens and fractions. Conclusions and Significance: Protein profiles of the cell lines had substantial similarity to the profiles of human ovarian cancer cells from ascites fluid and included protein markers known to be associated with ovarian cancer. Proteomic analysis indicated extensive shedding from extra-cellular domains of proteins expressed on the cell surface, and remarkably high secretion rates for some proteins (nanograms per million cells per hour). Cell surface and secreted proteins identified by indept

Integrated Proteomic Analysis of Human Cancer Cells and Plasma from Tumor Bearing Mice for Ovarian Cancer Biomarker Discovery

Background: The complexity of the human plasma proteome represents a substantial challenge for biomarker discovery. Proteomic analysis of genetically engineered mouse models of cancer and isolated cancer cells and cell lines provide alternative methods for identification of potential cancer markers that would be detectable in human blood using sensitive assays. The goal of this work is to evaluate the utility of an integrative strategy using these two approaches for biomarker discovery. Methodology/Principal Findings: We investigated a strategy that combined quantitative plasma proteomics of an ovarian cancer mouse model with analysis of proteins secreted or shed by human ovarian cancer cells. Of 106 plasma proteins identified with increased levels in tumor bearing mice, 58 were also secreted or shed from ovarian cancer cells. The remainder consisted primarily of host-response proteins. Of 25 proteins identified in the study that were assayed, 8 mostly secreted proteins common to mouse plasma and human cancer cells were significantly upregulated in a set of plasmas from ovarian cancer patients. Five of the eight proteins were confirmed to be upregulated in a second independent set of ovarian cancer plasmas, including in early stage disease. Conclusions/Significance: Integrated proteomic analysis of cancer mouse models and human cancer cell populations provides an effective approach to identify potential circulating protein biomarkers

Changes in the proteomic profile during differentiation and maturation of human monocyte-derived dentritic cells

As células dendríticas (DCs) são células apresentadoras de antígeno altamente especializadas que desempenham um papel essencial na resposta imune. No presente projeto utilizamos a abordagem proteômica baseada em eletroforese bidimensional e espectrometria de massa, para identificar as alterações que ocorrem durante a diferenciação de DCs a partir de monócitos (Mo) estimulados com GM-CSF/IL-4 e durante a maturação de DCs imaturas estimuladas com LPS. Sessenta e três proteínas diferencialmente expressas (± 2 vezes) foram identificadas sem ambigüidade com cobertura de sequência maior que 20 por cento. Tais proteínas correspondem a somente 36 proteínas diferentes, uma vez que 11 proteínas estavam presentes como 38 formas eletroforéticas. Algumas proteínas, tais como tropomisina 4 e heat shock 71, apresentaram formas eletroforéticas diferencialmente expressas nos diferentes estágios, sugerindo que muitas das alterações em termos de expressão de proteínas que acompanham a diferenciação e maturação das DCs ocorrem com proteínas modificadas pós-traducional mente. As maiores diferenças de expressão foram observadas para actina (21 vezes super expressa em Mo), inibidor da dissociação Rho GDP 2 (20 vezes em Mo), vimentina (8 vezes em DCs imaturas), proteína específica de linfócitos 1 (12 vezes em DCs maduras) e tiorredoxina (14 vezes em DCs maduras). Várias proteínas foram diretamente relacionadas às características morfológicas e funcionais das DCs, tais como proteínas do citoesqueletais (rearranjo do citoesqueleto) e chaperonas (processamento e apresentação de antígenos), enquanto outras não haviam sido descritas com funções específicas em DCs. Poucas das proteínas identificadas no presente estudo foram coincidentes com estudos proteômicos já descritos para DCs, que utilizaram diferentes estímulos para produzir as células (GM-CSF/IL-4 e TNF-α). Esses dados sugerem que o perfil de proteínas de DCs depende do estímulo utilizado para a diferenciação e especialmente para a maturação.BV UNIFESP: Teses e dissertaçõe

Isolation and characterization of MIC1 and MIC4, micronrmal proteins from protozoa parasite Toxoplasma gondii with bind lactose

o protozoario parasita Toxoplasma gondii do filo Apicomplexa, foi obtido por transferencia intraperitoneal seriada de tres dias em camundongos suicos inoculados com cerca de 107 parasitas. O exsudato, obtido de lavagens peritoneais utilizando-se 5mL de PBS, foi submetido a centrifugacao para a remocao de celulas contaminantes, quando necessario, e obtidos no sedimento. Sonicacao extensiva foi realizada na obtencao do extrato de proteinas do parasita, o qual foi submetido a cromatografia de afinidade em lactose imobilizada. A fracao ligante, eluida com lactose O,1M em PBS O,5M, contem a proteina micronemal l (MIC1) e a proteina micronemal 4 (MlC4) como componentes principais. As proteinas de 63kDa e 78kDa, MIC1 e MIC4 respectivamente, foram separadas por SDS-PAGE e RP-HPLC. Estas proteinas foram ainda identificadas no banco de dados BLAST com base na degradacao automatica de Edman, a qual forneceu a sequencia ITPAGDDVSANVTSSEP e SHSHAPARPRY, para MIC4 e MIC1, respectivamente. Alguns dominios repetitivos contendo 6 residuos de cisteinas foram identificados em ambas proteinas, MIC1 e MIC4. Na proteina MIC4, estes dominios foram homologos a dominios Apple, que sao compostos de aproximadamente 90 residuos e 6 cisteinas formando tres ligacoes dissulfeto. Este dominio esta presente em proteinas obtidas de outros parasitas apicomplexos, sugerindo que MIC4 pertence a uma nova classe de proteinas micronemais. Ambas proteinas apresentam ainda sequencias correspondentes a padroes de sequencia presentes em determinadas lectinas, sugerindo que a atividade biologica esta relacionada com a propriedade de reconhecimento de carboidrato. MIC1 e MIC4 isoladas por RP-HPLC podem ser utilizadas no estudo de propriedades imunossupressoras de proteinas micronemaisBV UNIFESP: Teses e dissertaçõe

Teaching protein chemistry for undergraduate students using hemoglominopaties

Abstract of the panel presented at the SBBq annual meeting (see attachament)

Projeto básico do Programa Esporte e Lazer da Cidade - Ação Faça uma Família Sorrir

O documento integra o acervo institucional do Programa Esporte e Lazer da Cidade/Vida Saudável/Ministério do Esporte.Projeto básico para renovação do Convênio do Ministério do Esporte com a Prefeitura Municipal de Sabará, MG, para núcleo do Programa Esporte e Lazer da Cidade, na modalidade urbana - todas as faixas etárias. Contem: dados de identificação do projeto e da entidade, dirigente, coordenador técnico, entidade de controle social, apresentação, justificativa, comunidade atendida, dados do município, parcerias, metas, atividades, eventos, formação, divulgação e inscrições, núcleos, itens solicitados do Programa Pintando a Liberdade, cadastro da classificação, cadastro de materiais e contrapartidaDoaçãoPELC e Vida Saudáve

Projeto básico do Programa Esporte e Lazer da Cidade - Ação Faça uma Família Sorrir

O documento integra o acervo institucional do Programa Esporte e Lazer da Cidade/Vida Saudável/Ministério do Esporte.Projeto básico para renovação do Convênio do Ministério do Esporte com a Prefeitura Municipal de Sabará, MG, para núcleo do Programa Esporte e Lazer da Cidade, na modalidade urbana - todas as faixas etárias. Contem: dados de identificação do projeto e da entidade, dirigente, coordenador técnico, entidade de controle social, apresentação, justificativa, comunidade atendida, dados do município, parcerias, metas, atividades, eventos, formação, divulgação e inscrições, núcleos, itens solicitados do Programa Pintando a Liberdade, cadastro da classificação, cadastro de materiais e contrapartidaDoaçãoPELC e Vida Saudáve

Insights on a putative aminoacyl-tRNA-protein transferase of Leishmania major.

The N-end rule pathway leads to regulated proteolysis as an adaptive response to external stress and is ubiquitous from bacteria to mammals. In this study, we investigated a gene coding for a putative core enzyme of this post-translational regulatory pathway in Leishmania major, which may be crucial during cytodifferentiation and the environment adaptive responses of the parasite. Leucyl, phenylalanyl-tRNA protein transferase and arginyl-tRNA protein transferase are key components of this pathway in E. coli and eukaryotes, respectively. They catalyze the specific conjugation of leucine, phenylalanine or arginine to proteins containing exposed N-terminal amino acid residues, which are recognized by the machinery for the targeted proteolysis. Here, we characterized a conserved hypothetical protein coded by the LmjF.21.0725 gene in L. major. In silico analysis suggests that the LmjF.21.0725 protein is highly conserved among species of Leishmania and might belong to the Acyl CoA-N-acyltransferases (NAT) superfamily of proteins. Immunofluorescence cell imaging indicates that the cytosolic localization of the studied protein and the endogenous levels of the protein in promastigotes are barely detectable by western blotting assay. The knockout of the two alleles of LmjF.21.0725 by homologous recombination was only possible in the heterozygous transfectant expressing LmjF.21.0725 as a transgene from a plasmid. Moreover, the kinetics of loss of the plasmid in the absence of drug pressure suggests that maintenance of the gene is essential for promastigote survival. Here, evidence is provided that this putative aminoacyl tRNA-protein transferase is essential for parasite survival. The enzyme activity and corresponding post-translational regulatory pathway are yet to be investigated