Biological knowledge discovery handbook

In this chapter, the authors review the literature on data integration in the life sciences with a particular focus on the approaches that have been proposed to handle biological data quality problems. They propose a classification of data quality problems in biomedical resources and present some of preprocessing solutions that can be practically implemented before any data‐mining task. Based on their previous work on data cleaning, integration, and warehousing of biomedical data, they present the lessons they have learned and the approaches implemented in practice. Finally, they conclude with some challenging research directions for biomedical data preprocessing and integration

Time-based Retrospective Analysis of Hepcidin Gene by Mining Texts

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Retrospective Analysis of a Gene by Mining Texts: The Hepcidin gene use-case

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Biogeography of the date palm (Phoenix dactylifera L., Arecaceae): insights on the origin and on the structure of modern diversity

AGAP : équipe Génomique évolutive et gestion des populations (GE²pop)The biogeography of the date palm (Phoenix dactylifera L.), the origin, structure and dynamics of its agrobiodiversity, and the relationships to other species of Phoenix are reviewed. Phoenix dactylifera is confirmed as a distinct species and has closest affinities with P. sylvestris and P. atlantica. Multiple origins of domestication are likely, within two highly distinct primary gene pools, one oriental (Middle East) and one occidental (south-western Europe and north-western Africa), subsequently partially admixed, especially in the intermediate zone of North Africa. A rationale to identify wild populations of P. dactylifera, using a combination of chloroplast barcoding and nuclear microsatellite genotyping is proposed. A domestication model is presented and the domestication syndrome is described, as well as the nature of cultivars. All data indicate a strong geographic structure of the genetic diversity of the date palm at all scales (local, regional, global), and the importance of both isolation and intraspecific gene flow in shaping the present day agrobiodiversity, while there is no evidence of interspecific hybridization in the cultivated gene pool

Les services culturels récréatifs et éducatifs des zones humides en Méditerranée : des services sous-estimés malgré les avantages qu'ils procurent, résultats d'études en Méditerranée

Cette synthèse donne un aperçu des principaux résultats et analyses des études conduites en France et au Maghreb entre 2012 et 2014 sur les services culturels récréatifs et éducatifs que procurent les zones humides méditerranéennes. L'Observatoire des zones humides méditerranéennes (OZHM), géré par la Tour du Valat dans le cadre de l'initiative méditerranéenne de Ramsar (MedWet), en a coordonné le travail. En partenariat avec l'Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (IAMM), la synthèse des neuf sites étudiés a été réalisée en 2015, ce qui a permis une première analyse régionale et sous-régionale. Ce travail a aussi pour vocation d'établir un premier état de référence qualitatif utile pour les suivis ultérieurs. Ce travail n'aurait pas pu être réalisé sans la participation active des gestionnaires et associations des neufs sites étudiés et des institutions publiques qui ont facilité le travail: la Direction générale des Forêts en Algérie et en Tunisie et le Haut Commissariat des Eaux et Forêts et de la Lutte contre la Désertification au Maroc