Modernização do Ensino de Biologia Tecidual

We report in this paper the paradigm shift in Tissue Biology education arising from the adoption of digital technologies acting as content visualization and interaction tools. This modernization process took place in the Department of Cell and Developmental Biology, on which has been applied in various disciplines and restructured the education offered to thousands of students, making it more efficient and positioning the student as an active agent in the learning process.Relatamos no presente artigo a mudança de paradigma no ensino de Biologia Tecidual advinda da adoção de tecnologias digitais como ferramentas de visualização e interação com o conteúdo a ser ministrado. Tal processo de modernização ocorreu no âmbito do Departamento de Biologia Celular e do Desenvolvimento da USP, onde já foi utilizado em diversas disciplinas e remodelou o ensino oferecido a milhares de estudantes, tornando-o mais eficiente e posicionando o aluno como um agente ativo no processo de aprendizado

Molecular characterization of a mariner-like element in the Atta sexdens rubropilosa genome

Mobile elements are widely present in eukaryotic genomes. They are repeated DNA segments that are able to move from one locus to another within the genome. They are divided into two main categories, depending on their mechanism of transposition, involving RNA (class I) or DNA (class II) molecules. The mariner-like elements are class II transposons. They encode their own transposase, which is necessary and sufficient for transposition in the absence of host factors. They are flanked by a short inverted terminal repeat and a TA dinucleotide target site, which is duplicated upon insertion. The transposase consists of two domains, an N-terminal inverted terminal repeat binding domain and a C-terminal catalytic domain. We identified a transposable element with molecular characteristics of a mariner-like element in Atta sexdens rubropilosa genome. Identification started from a PCR with degenerate primers and queen genomic DNA templates, with which it was possible to amplify a fragment with mariner transposable-element homology. Phylogenetic analysis demonstrated that this element belongs to the mauritiana subfamily of mariner-like elements and it was named Asmar1. We found that Asmar1 is homologous to a transposon described from another ant, Messor bouvieri. The predicted transposase sequence demonstrated that Asmar1 has a truncated transposase ORF. This study is part of a molecular characterization of mobile elements in the Atta spp genome. Our finding of mariner-like elements in all castes of this ant could be useful to help understand the dynamics of mariner-like element distribution in the Hymenoptera.FAPESPFAPESPCNPqCNP

Molecular characterization of a mariner-like element in the Atta sexdens rubropilosa genome

Mobile elements are widely present in eukaryotic genomes. They are repeated DNA segments that are able to move from one locus to another within the genome. They are divided into two main categories, depending on their mechanism of transposition, involving RNA (class I) or DNA (class II) molecules. The mariner-like elements are class II transposons. They encode their own transposase, which is necessary and sufficient for transposition in the absence of host factors. They are flanked by a short inverted terminal repeat and a TA dinucleotide target site, which is duplicated upon insertion. The transposase consists of two domains, an N-terminal inverted terminal repeat binding domain and a C-terminal catalytic domain. We identified a transposable element with molecular characteristics of a mariner-like element in Atta sexdens rubropilosa genome. Identification started from a PCR with degenerate primers and queen genomic DNA templates, with which it was possible to amplify a fragment with mariner transposable-element homology. Phylogenetic analysis demonstrated that this element belongs to the mauritiana subfamily of mariner-like elements and it was named Asmar1. We found that Asmar1 is homologous to a transposon described from another ant, Messor bouvieri. The predicted transposase sequence demonstrated that Asmar1 has a truncated transposase ORF. This study is part of a molecular characterization of mobile elements in the Atta spp genome. Our finding of mariner-like elements in all castes of this ant could be useful to help understand the dynamics of mariner-like element distribution in the Hymenoptera.FAPESPFAPESPCNPqCNP

Sequencing and analysis of a EST Bank from salivary glands of Rhynchosciara americana and characterization of the gene RaDup

Durante o desenvolvimento deste projeto adotou-se como estratégia o sequenciamento de ESTs, com a finalidade de encontrar mensagens relacionadas com desenvolvimento, metabolismo e principalmente amplificação/politenização em glândulas salivares de Rhynchosciara americana, um díptero (Sciarídeo) que apresenta cromossomos politênicos e amplificação gênica rigidamente regulada ao longo do desenvolvimento larval, tanto neste tecido quanto em outros. Um total de 8193 ESTs foi gerado, estas foram anotadas e categorizadas segundo os termos do Gene Ontology Consortium, proporcionando uma visão geral do status metabólico, como em um Northern eletrônico, de um ponto importante no desenvolvimento desta espécie, quando surgem amplificações gênicas específicas e a glândula salivar necessita secretar as proteínas do casulo. Outros frutos deste seqüenciamento foram a determinação de 91 polimorfismos e a criação de uma tabela de códon usage. Diversos ESTs foram identificados com potencial envolvimento com os endociclos observados neste tecido, destes, RaDup e RaMCM5 foram selecionados para estudo. Suas regiões genômicas foram isoladas e suas localizações cromossômicas foram identificadas, em relação a RaDup, toda a porção codificante de seu mensageiro e 12kb de DNA genômico contendo seu gene foram seqüenciados, revelando sua estrutura gênica. Anticorpos foram produzidos para detectar esta proteína, gerando evidências de sua participação tanto na replicação mitótica como nos endociclos presentes nas glândulas salivares. A localização cromossômica de RaDup é um dado muito interessante, pois pela primeira vez um pufe amplificado é relacionado com um gene regulatório.In this work EST sequencing was used as strategy to find messages related to development, metabolism and polyteny/amplification in salivary glands of Rhynchosciara americana, a dipteran (Sciaridae) that shows in this tissue giant polytene chromosomes and gene amplification tightly regulated throughout development of the larvae. A total of 8193 EST sequences were generated, annotated and categorized using Gene Ontology Consortium terms, providing a general view of the metabolic status, like an electronic Northern, of an important point in development of the larvae, that shows where specific genes are amplified and the salivary gland needs to secrete the proteins to form the cocoon. Other data include determination of 91 SNPs and a statistic of codon usage. Several ESTs were identified with potential connection to endocicles, from these RaDup and RaMCM5 were selected for further studies. Both chromosomal loci were identified and genomic regions isolated, for RaDup the coding region of its mRNA and 12kb of genomic region were completely sequenced, revealing its gene structure, and antibodies were raised against this protein, making evident data about its involvement in replication in mitotic cells and in endocicles in salivary glands. About the chromosomal locus of RaDup, it becomes very interesting, because for the first time one amplified puff can be related to a regulatory gene

Sequencing and analysis of a EST Bank from salivary glands of Rhynchosciara americana and characterization of the gene RaDup

Durante o desenvolvimento deste projeto adotou-se como estratégia o sequenciamento de ESTs, com a finalidade de encontrar mensagens relacionadas com desenvolvimento, metabolismo e principalmente amplificação/politenização em glândulas salivares de Rhynchosciara americana, um díptero (Sciarídeo) que apresenta cromossomos politênicos e amplificação gênica rigidamente regulada ao longo do desenvolvimento larval, tanto neste tecido quanto em outros. Um total de 8193 ESTs foi gerado, estas foram anotadas e categorizadas segundo os termos do Gene Ontology Consortium, proporcionando uma visão geral do status metabólico, como em um Northern eletrônico, de um ponto importante no desenvolvimento desta espécie, quando surgem amplificações gênicas específicas e a glândula salivar necessita secretar as proteínas do casulo. Outros frutos deste seqüenciamento foram a determinação de 91 polimorfismos e a criação de uma tabela de códon usage. Diversos ESTs foram identificados com potencial envolvimento com os endociclos observados neste tecido, destes, RaDup e RaMCM5 foram selecionados para estudo. Suas regiões genômicas foram isoladas e suas localizações cromossômicas foram identificadas, em relação a RaDup, toda a porção codificante de seu mensageiro e 12kb de DNA genômico contendo seu gene foram seqüenciados, revelando sua estrutura gênica. Anticorpos foram produzidos para detectar esta proteína, gerando evidências de sua participação tanto na replicação mitótica como nos endociclos presentes nas glândulas salivares. A localização cromossômica de RaDup é um dado muito interessante, pois pela primeira vez um pufe amplificado é relacionado com um gene regulatório.In this work EST sequencing was used as strategy to find messages related to development, metabolism and polyteny/amplification in salivary glands of Rhynchosciara americana, a dipteran (Sciaridae) that shows in this tissue giant polytene chromosomes and gene amplification tightly regulated throughout development of the larvae. A total of 8193 EST sequences were generated, annotated and categorized using Gene Ontology Consortium terms, providing a general view of the metabolic status, like an electronic Northern, of an important point in development of the larvae, that shows where specific genes are amplified and the salivary gland needs to secrete the proteins to form the cocoon. Other data include determination of 91 SNPs and a statistic of codon usage. Several ESTs were identified with potential connection to endocicles, from these RaDup and RaMCM5 were selected for further studies. Both chromosomal loci were identified and genomic regions isolated, for RaDup the coding region of its mRNA and 12kb of genomic region were completely sequenced, revealing its gene structure, and antibodies were raised against this protein, making evident data about its involvement in replication in mitotic cells and in endocicles in salivary glands. About the chromosomal locus of RaDup, it becomes very interesting, because for the first time one amplified puff can be related to a regulatory gene

UM TRABALHO DE SIMULAÇÃO DE OPERAÇÕES BANCÁRIAS NUM CENÁRIO INVESTIGATIVO COM ALUNOS DOS ANOS INICIAIS

Through this report of experience, we aimed to investigate the pedagogical potential made possible by the adoption of an investigative scenario in the Early Years of Elementary School, in mathematics classes. For this purpose, activities were conducted involving the four fundamental operations discussed in the Early Years of Elementary School (addition, subtraction, multiplication and division), through commercial transaction simulations (purchases and sales), using a fictitious currency that was specially created. The study was conducted during mathematics lessons in the afternoon period of a 5th grade group at a public school in the municipality of Moreira Sales/PR. It involved the participation of 21 students, aged between  9 and 10 years. A local currency was created, called Fisgraus by the students. The currency was initially acquired through an exchange of plastic bottles. Three problems were worked involving milliliters (ml) and liters (1) volume measures, using the collection of plastic bottles for this purpose. Finally, a one-day sale of snacks was organized, in which students used the coins acquired in exchange for plastic bottles, to buy snacks. Based on the activity developed, we conclude that the work in an investigative scenario provided an ideal learning environment, with good student involvement. It was possible to diagnose some of the difficulties presented by the students with respect to the four fundamental operations (addition, subtraction, division and multiplication). In addition, it enabled the students to work autonomously at problem-solving.Con este relato de experiencia tuvimos como objetivo investigar el potencial pedagógico posible gracias a la adopción de un escenario de investigación en los primeros años de educación básica para las clases de Matemáticas. Para ello se realizaron actividades que involucraban las cuatro operaciones fundamentales trabajadas en los años de la educación básica inicial (suma, resta, multiplicación y división), a través de simulaciones de transacciones comerciales (compras y ventas), a partir de la creación de una moneda ficticia. El estudio se realizó durante las clases de Matemáticas por la tarde, con un grupo del quinto año de una escuela pública en el municipio de Moreira Sales / PR, con la participación de 21 estudiantes con edades comprendidas entre 9 y 10 años. Fue creada una moneda local llamada por los estudiantes de Fisgraus y adquirida inicialmente a través de un intercambio de botellas de plástico. También fueron trabajados tres problemas que incluían las medidas de volumen mililitros (ml) y litros (l), aprovechando con eso la recogida de este tipo de botellas de plástico. Por último, se organizó en un día una venta de aperitivos, en el que los estudiantes utilizaron las monedas adquiridas a cambio de botellas de plástico para la compra de estos bocadillos. A partir de la actividad realizada, concluimos que el trabajo en un escenario investigativo se mostró un ambiente propicio para el aprendizaje, ya que fue fundamental la participación de los estudiantes. Fue posible diagnosticar algunas de las dificultades que presentaban con respecto a las cuatro operaciones fundamentales (suma, resta, multiplicación y división). Además, se proporcionó un trabajo autónomo por parte de los alumnos en la resolución de los problemas.Com o presente relato de experiência, teve-se como objetivo investigar o potencial pedagógico possibilitado pela adoção de um cenário investigativo nos Anos Iniciais do Ensino Fundamental em aulas de Matemática. Para isso, foram trabalhadas atividades envolvendo as quatro operações fundamentais discutidas nos Anos Iniciais do Ensino Fundamental (adição, subtração, multiplicação e divisão), por meio de simulações de transações comerciais (compras e vendas), a partir da criação de uma moeda fictícia. O trabalho foi desenvolvido durante as aulas de Matemática no período vespertino, de uma turma de 5º ano de uma escola pública localizada no município de Moreira Sales/PR, contando com a participação de 21 alunos, com idades na faixa etária de 9 e 10 anos. Foi criada uma moeda local, denominada pelos alunos de Fisgraus e adquirida inicialmente por meio de uma troca de garrafas do tipo pet. Também foram trabalhados três problemas envolvendo as medidas de volume mililitros (ml) e  litros (l), aproveitando, com isso, o recolhimento de tais garrafas pet. Por fim, foi organizado em um dia uma venda de lanches, em que os alunos utilizaram as moedas adquiridas na troca das garrafas pet para a compra destes lanches. A partir da atividade desenvolvida, concluíu-se que o trabalho num cenário investigativo se mostrou um ambiente propício à aprendizagem, uma vez que houve o envolvimento dos alunos. Foi possível diagnosticar algumas das dificuldades apresentadas por eles com relação às quatros operações fundamentais (adição, subtração, divisão e multiplicação). Além disso, proporcionou-se um trabalho autônomo por parte dos alunos nas resoluções dos problemas

A shortcut in phage screening technique

A simple modification of the traditional Benton & Davis technique for phage screening is presented that avoids the tedious sample dilutions of putative spots/phages towards the second screening. With the use of a sole agar plate and nylon filter, the modification distinguishes a true positive recombinant from a false positive, with high probability of success