Análise da variabilidade genética do gene CFTR na populaçao Brasileira : rastreamento completo dos 27 éxons do gene CFTR com identificaçao de mutaçoes e suas associaçoes com marcadores intra-genicos em euro-brasileiros e afro-brasileiros

Orientador : Lodércio CulpiTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias BiológicasResumo: A fibrose cística ou mucoviscidose e a doença genética que mais frequentemente leva a óbito na infância entre os europeus e seus descendentes. A doença e multissistêmica, de expressão variável, e pode iniciar-se a qualquer momento da vida, desde as primeiras horas de nascimento. O presente trabalho tem como objetivo analisar os 27 exons do gene CFTR sobre o aspecto molecular, buscando a identificação das mutações existentes e identificação dos alelos de marcadores intra-genicos para se fazer a caracterização da frequência das mutações existentes, dos haplotipos formados pelos marcadores internos do gene CFTR e da correlação existente entre os haplotipos e as mutações em uma amostra de indivíduos afetados de origem europeia (euro-brasileiros) e em outra de indivíduos afetados de origem africana (afro-brasileiros) para que se possa facilitar a identificação de mutações em indivíduos afetados e tomar mais preciso o Aconselhamento Genético de famílias brasileiras com um afetado ou com historia familiar de FC. A metodologia utilizada consistiu na obtenção e analise molecular de amostras sanguíneas dos afetados e seus pais, bem como na caracterização do grupo continental em que cada individuo estava inserido. A mutação DF508 foi caracterizada como a mais frequente nos dois grupos continentais. No grupo euro-brasileiro outras cinco mutações apresentaram uma frequência superior a 3,5% (G542X - com uma frequência de 6,25% - e N1303K, R334W, R1162X e G85E - com frequências de 3,57%). Ainda neste grupo outras 19 mutações apresentara frequência variando de 0,89% a 2,65% (2183 AA:G, W1282X, A561E, R553X, Y1092X, 3849+lOkb C:T, 711+5G:A, 621+1G:T, G1069R, W1282G, S4X, E585X, 1717-8G:A, 711+1G:T, 1812-1G:A, 1717-1G:A, 232 dei 18, R347P, 1898-1G:A). No grupo afro-brasileiro, alem da DF508, outras cinco mutações foram encontradas em mais de um cromossomo (3120+1G:A - com uma frequência de 6,52% e G1247R, Q552K, A561E e R1066C - com frequências de 4,35%). Outras sete mutações foram encontradas, estando presentes e apenas um cromossomo cada (N1303K, Y1092X, P5L, 565 dei C, I148N, V232D, E504X). A identificação das distintas mutações responsáveis por FC permitiu concluir a analise molecular da doença em 92,86% das famílias do grupo continental euro-brasileiro e em 69,57% das famílias do grupo continental afro-brasileiro. Em relação aos haplotipos formados pelos marcadores IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA, entre o grupo eurobrasileiro, os mais frequentes foram o 17-31-13 (cromossomos mutados) e o 16-7-17 (cromossomos normais). Entre o grupo afro-brasileiro, os mais frequentes foram o 23-31- 13 (cromossomos mutados) e os 16-7-17, 16-30-13 e 16-32-13 (cromossomos normais). O conjunto de mutações FC no grupo continental euro-brasileiro e os haplotipos associados a estas mutações, indicam a presença de um componente Mediterrâneo na formação da população brasileira de origem europeia. Foram identificadas duas novas mutações (232 dei 18 e W1282G) e um novo polimorfismo (1716+85C/T) no grupo continental eurobrasileiro. No grupo continental afro-brasileiro foram identificadas cinco novas mutações (565 dei C, I148N, E504X, Q552K, e G1247R). A analise de associação entre os alelos dos marcadores intra-genicos IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA (e haplotipos formados por estes) mostrou-se importante facilitador na identificação de mutações. Em suma, a caracterização das frequências alélicas e haplotipicas das mutações e dos marcadores IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA permitem que o Aconselhamento Genético de famílias brasileiras com um afetado ou com historia familiar de FC seja realizado de maneira bem mais rápida e precisa.Abstract: Cystic Fibrosis or mucoviscidosis is the genetic disease that most frequently leads to death in infancy, amoung European and their descendants. It is a multi-systemic disease, with variable expression, and may start at any moment in life, since the newborn period. In Brazil, infectious diseases lack proper attention from health authorities. The goal of the present study is to analyze the molecular aspects CFTR gene's 27 exons, looking for the mutations and identifying the alleles presents in the CFTR gene internal markers, to make the characterization of the mutations frequency, the haplotypes formed by the CFTR gene internal markers and the correlation existent between the haplotypes and mutations in a sample from affected individual with European ascendancy (Euro-Brazilians), and in an another sample from affected individual with African ascendancy (Afro-Brazilians), to facilitate the identification of the mutation in affected individuals and make more accurate the Genetic Counseling of Brazilian families with an affected member or familiar history of cystic fibrosis. The methodology used consist in the obtention and the molecular analysis of the affected and their parents, and do the characterization of continental group from each individual. The DF508 mutation was the most frequent in both continental groups. In the Euro-Brazilian group another five mutations have the frequency greater than 3.5% (G542X - with a 6.25% frequency - and N1303K, R334W, R1162X and G85E - with a 3.57% frequency). Still in these group another 19 mutations have the frequency between 0.89 and 2.65% (2183 AA:G, W1282X, A561E, R553X, Y1092X, 3849+lOkb C:T, 711+5G:A, 621+1G:T, G1069R, W1282G, S4X, E585X, 1717-8G:A, 711+1G:T, 1812-1G:A, 1717-1G:A, 232 del 18, R347P, 1898-1G:A). In the African-Brazilian group, without the DF508 mutation, five mutations were found in two or more chromosomes (3120+1G:A - with a 6.25% frequency - and G1247R, Q552K, A561E and R1066C - with a 4.35% frequency). Another seven mutations were found only in one chromosome each (N1303K, Y1092X, P5L, 565 del C, I148N, V232D, E504X). The identification of distinct mutations responsible for the cystic fibrosis allowed conclude the sickness molecular analysis in 92.86% from the Euro-Brazilian group families, and in 69.57% from the Afro-Brazilian group families. About the formed haplotypes by the IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers, in the Euro-Brazilian group, the most frequent were the 17-31-13 (mutate chromosome) and 16-7-17 (normal chromosome). In the African-Brazilian group the most frequent were the 23-31-13 (mutate chromosome) and the 16-7-17, 16-30-13 and 16-32-13 (normal chromosome). The cystic fibrosis mutations complete set in the Euro-Brazilian group and the mutations associate haplotypes indicate the Mediterranean component present in the European origin Brazilian population formation. Two new mutations were identifying (232 del 18 and W1282G) and a new polymorphism (1716+85C/T) in the Euro-Brazilian group. In the Afro-Brazilian group five new mutations were identify (565 del C, I148N, E504X, Q552K, and G1247R). The association analysis among IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers alleles (and they formed haplotypes), proved to be important facilitator in the mutation identification. In short, the frequencies characterization of the alleles haplotypes from mutation and IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers permit faster and more precise Genetic Counseling of Brazilian families with an affected member or familiar history of cystic fibrosi

Analysis of the association between lactotransferrin (LTF) gene polymorphism and dental caries

OBJECTIVE: The present study evaluated the association between lactotransferrin (LTF) gene polymorphism (exon 2, A/G, Lys/Arg) and dental caries. MATERIAL AND METHODS: A convenience sample of 110 individuals, 12 years old, was divided into: group 1, 48 individuals without caries experience (DMFT=0), and group 2, 62 subjects with caries experience (DMFT>;1). DNA was obtained from a mouthwash with 3% glucose solution, followed by a scrapping of the oral mucosa. After DNA purification, polymerase chain reaction (PCR), single strand conformation polymorphism (SSCP) was performed to access the study polymorphism. The LTF A/G (Lys/Arg) polymorphism had been previously reported as located in exon 1. RESULTS: Allele 1 of the study polymorphism was associated with low DMFT index and showed a protective effect against caries experience (OR=0.16, IC=0.03-0.76, p=0.01). CONCLUSIONS: Lactotransferrin A/G (exon 2, Lys/Arg) polymorphism was associated with susceptibility to dental caries in 12-year-old students

Chromosome 19p13.3 deletion in a child with Peutz-Jeghers syndrome, congenital heart defect, high myopia, learning difficulties and dysmorphic features: Clinical and molecular characterization of a new contiguous gene syndrome

The Peutz-Jeghers syndrome (PJS) is an autosomal-dominant hamartomatous polyposis syndrome characterized by mucocutaneous pigmentation, gastrointestinal polyps and the increased risk of multiple cancers. The causative point mutation in the STK11 gene of most patients accounts for about 30% of the cases of partial and complete gene deletion. This is a report on a girl with PJS features, learning difficulties, dysmorphic features and cardiac malformation, bearing a de novo 1.1 Mb deletion at 19p13.3. This deletion encompasses at least 47 genes, including STK11. This is the first report on 19p13.3 deletion associated with a PJS phenotype, as well as other atypical manifestations, thereby implying a new contiguous gene syndrome

Análise da variabilidade genética do gene CFTR na populaçao Brasileira : rastreamento completo dos 27 éxons do gene CFTR com identificaçao de mutaçoes e suas associaçoes com marcadores intra-genicos em euro-brasileiros e afro-brasileiros

Orientador : Lodércio CulpiTese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias BiológicasResumo: A fibrose cística ou mucoviscidose e a doença genética que mais frequentemente leva a óbito na infância entre os europeus e seus descendentes. A doença e multissistêmica, de expressão variável, e pode iniciar-se a qualquer momento da vida, desde as primeiras horas de nascimento. O presente trabalho tem como objetivo analisar os 27 exons do gene CFTR sobre o aspecto molecular, buscando a identificação das mutações existentes e identificação dos alelos de marcadores intra-genicos para se fazer a caracterização da frequência das mutações existentes, dos haplotipos formados pelos marcadores internos do gene CFTR e da correlação existente entre os haplotipos e as mutações em uma amostra de indivíduos afetados de origem europeia (euro-brasileiros) e em outra de indivíduos afetados de origem africana (afro-brasileiros) para que se possa facilitar a identificação de mutações em indivíduos afetados e tomar mais preciso o Aconselhamento Genético de famílias brasileiras com um afetado ou com historia familiar de FC. A metodologia utilizada consistiu na obtenção e analise molecular de amostras sanguíneas dos afetados e seus pais, bem como na caracterização do grupo continental em que cada individuo estava inserido. A mutação DF508 foi caracterizada como a mais frequente nos dois grupos continentais. No grupo euro-brasileiro outras cinco mutações apresentaram uma frequência superior a 3,5% (G542X - com uma frequência de 6,25% - e N1303K, R334W, R1162X e G85E - com frequências de 3,57%). Ainda neste grupo outras 19 mutações apresentara frequência variando de 0,89% a 2,65% (2183 AA:G, W1282X, A561E, R553X, Y1092X, 3849+lOkb C:T, 711+5G:A, 621+1G:T, G1069R, W1282G, S4X, E585X, 1717-8G:A, 711+1G:T, 1812-1G:A, 1717-1G:A, 232 dei 18, R347P, 1898-1G:A). No grupo afro-brasileiro, alem da DF508, outras cinco mutações foram encontradas em mais de um cromossomo (3120+1G:A - com uma frequência de 6,52% e G1247R, Q552K, A561E e R1066C - com frequências de 4,35%). Outras sete mutações foram encontradas, estando presentes e apenas um cromossomo cada (N1303K, Y1092X, P5L, 565 dei C, I148N, V232D, E504X). A identificação das distintas mutações responsáveis por FC permitiu concluir a analise molecular da doença em 92,86% das famílias do grupo continental euro-brasileiro e em 69,57% das famílias do grupo continental afro-brasileiro. Em relação aos haplotipos formados pelos marcadores IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA, entre o grupo eurobrasileiro, os mais frequentes foram o 17-31-13 (cromossomos mutados) e o 16-7-17 (cromossomos normais). Entre o grupo afro-brasileiro, os mais frequentes foram o 23-31- 13 (cromossomos mutados) e os 16-7-17, 16-30-13 e 16-32-13 (cromossomos normais). O conjunto de mutações FC no grupo continental euro-brasileiro e os haplotipos associados a estas mutações, indicam a presença de um componente Mediterrâneo na formação da população brasileira de origem europeia. Foram identificadas duas novas mutações (232 dei 18 e W1282G) e um novo polimorfismo (1716+85C/T) no grupo continental eurobrasileiro. No grupo continental afro-brasileiro foram identificadas cinco novas mutações (565 dei C, I148N, E504X, Q552K, e G1247R). A analise de associação entre os alelos dos marcadores intra-genicos IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA (e haplotipos formados por estes) mostrou-se importante facilitador na identificação de mutações. Em suma, a caracterização das frequências alélicas e haplotipicas das mutações e dos marcadores IVS8CA, IVS17bTA, e IVS17bCA permitem que o Aconselhamento Genético de famílias brasileiras com um afetado ou com historia familiar de FC seja realizado de maneira bem mais rápida e precisa.Abstract: Cystic Fibrosis or mucoviscidosis is the genetic disease that most frequently leads to death in infancy, amoung European and their descendants. It is a multi-systemic disease, with variable expression, and may start at any moment in life, since the newborn period. In Brazil, infectious diseases lack proper attention from health authorities. The goal of the present study is to analyze the molecular aspects CFTR gene's 27 exons, looking for the mutations and identifying the alleles presents in the CFTR gene internal markers, to make the characterization of the mutations frequency, the haplotypes formed by the CFTR gene internal markers and the correlation existent between the haplotypes and mutations in a sample from affected individual with European ascendancy (Euro-Brazilians), and in an another sample from affected individual with African ascendancy (Afro-Brazilians), to facilitate the identification of the mutation in affected individuals and make more accurate the Genetic Counseling of Brazilian families with an affected member or familiar history of cystic fibrosis. The methodology used consist in the obtention and the molecular analysis of the affected and their parents, and do the characterization of continental group from each individual. The DF508 mutation was the most frequent in both continental groups. In the Euro-Brazilian group another five mutations have the frequency greater than 3.5% (G542X - with a 6.25% frequency - and N1303K, R334W, R1162X and G85E - with a 3.57% frequency). Still in these group another 19 mutations have the frequency between 0.89 and 2.65% (2183 AA:G, W1282X, A561E, R553X, Y1092X, 3849+lOkb C:T, 711+5G:A, 621+1G:T, G1069R, W1282G, S4X, E585X, 1717-8G:A, 711+1G:T, 1812-1G:A, 1717-1G:A, 232 del 18, R347P, 1898-1G:A). In the African-Brazilian group, without the DF508 mutation, five mutations were found in two or more chromosomes (3120+1G:A - with a 6.25% frequency - and G1247R, Q552K, A561E and R1066C - with a 4.35% frequency). Another seven mutations were found only in one chromosome each (N1303K, Y1092X, P5L, 565 del C, I148N, V232D, E504X). The identification of distinct mutations responsible for the cystic fibrosis allowed conclude the sickness molecular analysis in 92.86% from the Euro-Brazilian group families, and in 69.57% from the Afro-Brazilian group families. About the formed haplotypes by the IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers, in the Euro-Brazilian group, the most frequent were the 17-31-13 (mutate chromosome) and 16-7-17 (normal chromosome). In the African-Brazilian group the most frequent were the 23-31-13 (mutate chromosome) and the 16-7-17, 16-30-13 and 16-32-13 (normal chromosome). The cystic fibrosis mutations complete set in the Euro-Brazilian group and the mutations associate haplotypes indicate the Mediterranean component present in the European origin Brazilian population formation. Two new mutations were identifying (232 del 18 and W1282G) and a new polymorphism (1716+85C/T) in the Euro-Brazilian group. In the Afro-Brazilian group five new mutations were identify (565 del C, I148N, E504X, Q552K, and G1247R). The association analysis among IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers alleles (and they formed haplotypes), proved to be important facilitator in the mutation identification. In short, the frequencies characterization of the alleles haplotypes from mutation and IVS8CA, IVS17bTA, and IVS17bCA markers permit faster and more precise Genetic Counseling of Brazilian families with an affected member or familiar history of cystic fibrosi

Analysis of the association between lactotransferrin (LTF) gene polymorphism and dental caries

OBJECTIVE: The present study evaluated the association between lactotransferrin (LTF) gene polymorphism (exon 2, A/G, Lys/Arg) and dental caries. MATERIAL AND METHODS: A convenience sample of 110 individuals, 12 years old, was divided into: group 1, 48 individuals without caries experience (DMFT=0), and group 2, 62 subjects with caries experience (DMFT>1). DNA was obtained from a mouthwash with 3% glucose solution, followed by a scrapping of the oral mucosa. After DNA purification, polymerase chain reaction (PCR), single strand conformation polymorphism (SSCP) was performed to access the study polymorphism. The LTF A/G (Lys/Arg) polymorphism had been previously reported as located in exon 1. RESULTS: Allele 1 of the study polymorphism was associated with low DMFT index and showed a protective effect against caries experience (OR=0.16, IC=0.03-0.76, p=0.01). CONCLUSIONS: Lactotransferrin A/G (exon 2, Lys/Arg) polymorphism was associated with susceptibility to dental caries in 12-year-old students