Bir Üniversite Hastanesi Laboratuvarında Çalışılan Örneklerde HBs Ag, Anti-HCV, Anti- HIV Seropozitiflik Oranları

Amaç: Bu çalışma, çeşitli klinik bölümlerinden istem yapılarak laboratuvarımızda çalışılan HBs Ag, anti-HCV, anti- HIV testlerinin retrospektif olarak değerlendirilmesi ile sağlık çalışanlarının günlük çalışma ortamlarında karşılaştıkları risklere karşı farkındalığını artırmak ve koruyucu önlemlerin önemini vurgulamak amacıyla planlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına, 1 Ocak- 31 Aralık 2013 tarihleri arasında, çeşitli klinik bölümlerden gönderilen serum örneklerinde çalışılan; 16865 HBs Ag, 16098 anti-HCV, 13758 anti- HIV 1+2 test sonucu geriye dönük olarak incelenmiştir. HBs Ag, anti-HCV, anti- HIV 1+2 tetkikleri Vıtros, Johnson&Johnson, ABD kemilüminesans yöntemi ile firma önerileri doğrultusunda çalışılmış ve değerlendirilmiştir. Anti-HIV 1+2 test sonucu pozitif olan serum örnekleri, uygulanan algoritma gereğince, Türkiye Halk Sağlığı Kurumuna gönderilmiş ve Western Blot WB yöntemi ile çalışılarak değerlendirilmesi sağlanmıştır. Bulgular: Laboratuvarımızda çalışılan kan örneklerinde % 5.9 oranında HBs Ag pozitifliği, % 2.3 oranında anti-HCV pozitifliği, % 0.3 oranında anti-HIV 1+2 pozitifliği tespit edilmiştir. Anti-HIV 1+2 test sonucu pozitif olan ve WB yöntemi ile çalışılarak değerlendirilen serum örneklerinde % 0.01 oranında pozitif sonuç alınmıştır. Sonuç: Araştırmamızda sağlık çalışanlarının HBV, HCV ve HIV gibi enfeksiyöz ajanlarla karşılaşma olasılığının hiç de düşük olmadığı gözlenmiş ve mesleki bulaş riskinin en aza indirilmesi için sağlık personelinin eğitimi, HBV’ye karşı aşılanması, aşılamanın henüz uygulanmadığı durumlarda ve seronegatif olsa bile enfeksiyonun pencere döneminde olma olasılığı da düşünülerek bulaşabilecek tüm enfeksiyon ajanlarına karşı koruyucu önlemlerin alınması gerektiği sonucuna varılmıştı

A rare cause of tall stature: Sotos syndrome

Sotos syndrome is an excessive growth syndrome and is characterized by macrocephaly, typical facial appearance and mental retardation. The majority of cases are sporadic, autosomal dominant inheritance pattern matching families have been reported. Syndrome responsible for gen encodes the nuclear receptor-binding SET domain1 (NSD1) protein. This rare genetic syndrome firstly described by Sotos et al. in 1964 at five cases with excessive height, acromegalic appearance and mild mental retardation. Hairline high forehead, macrocephaly, frontal bossing, long and thin face, frontotemporal hair sparseness, down slanting palpebral fissures and prominent mandible creating characteristic facial appearance and advanced bone age and varying degrees of mental retardation are other diagnostic criteria. Cardiovascular, central nervous system and genitourinary system anomalies may be associated with syndrome. In this case report we presenting a case who admitted to our clinic because of the rapid growth and mild mental retardation and diagnosed with Sotos syndrome for emphasize the importance of growth monitoring

Detection of the frequency of PER-1 type extended-spectrum beta-lactamase-producing Acinetobacter baumannii clinical isolates in Turkey: a multicenter study

Background/aim: beta-Lactamases are an important resistance mechanism in Acinetobacter baumannii. Pseudomonas extended-resistance (PER-1) type beta-lactamase-producing strains have been reported from various geographic locations; however, PER-1 type beta-lactamases from Turkish hospitals have not been investigated extensively. The aim of this study was to determine the prevalence of PER-1 type beta-lactamases in A. baumannii isolates in various regions of Turkey

Detection Of The Frequency Of Per-1 Type Extended-Spectrum Β-Lactamase Producing Acinetobacter Baumannii Clinical İsolates İn Turkey: A Multicenter Study

Background/aim: β-Lactamases are an important resistance mechanism in Acinetobacter baumannii. Pseudomonas extended-resistance (PER-1) type β-lactamaseproducing strains have been reported from various geographic locations; however, PER-1 type β-lactamases from Turkish hospitals have not been investigated extensively. The aim of this study was to determine the prevalence of PER-1 type β-lactamases in A. baumannii isolates in various regions of Turkey. Materials and methods: A total of 763 clinical A. baumannii isolates were collected from 9 university hospitals and 2 state hospitals between 2008 and 2011. Molecular amplification of the OXA-51 gene from the A. baumannii genome was performed in order to verify identification of the species. Real-time polymerase chain reaction was used to detect blaPER-1 genes. Results: PER-1 was detected in 24.6% of the isolates. The annual frequencies of the PER-1 enzyme were detected as 52.2%, 35.9%, and 8.3% in 2008, 2009, and 2010, respectively. PER-1 prevalence decreased gradually over time. The differences observed in PER-1 prevalence among the regions of Turkey were statistically significant (chi-square test; P > 0.001). Conclusion: These data demonstrate that the frequency of detection of PER-1 type β-lactamases in A. baumannii species has decreased in Turkey. However, the increased carbapenem resistance, together with multidrug resistance, has created a worrisome situation regarding this pathogen

Distribution of blaOXA genes in Acinetobacter baumannii strains: A multicenter study

Acinetobacter cinsi içerisinde hastane enfeksiyonlarının en önemli etkeni Acinetobacter baumannii’dir. Bu gram-negatif kokobasil, antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe dirençli olup aynı zamanda karbapenemlere de direnç geliştirme kapasitesindedir. Bu çalışmanın amacı, A.baumannii’nin OXA alt grupları için multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kiti tasarlamak ve Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan A.baumannii izolatlarında OXA alt gruplarının dağılımını araştırmaktır. Çalışmaya, çeşitli illerdeki (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazığ, Erzurum, Isparta, İstanbul, Kahramanmaraş, Konya, Sakarya, Van) 13 üniversite ve devlet hastanesinin mikrobiyoloji laboratuvarlarında, 2008-2011 tarihleri arasında izole edilen toplam 834 A.baumannii klinik izolatı dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler [Vitek2 (bioMerieux, ABD) ve Phoenix (BD Diagnostic, MD)] kullanıla- rak tanımlanmış; duyarlılık testleri otomatize sistemler ve disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Tüm örnek- lere blaOXA-51-like, blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like genleri için qPCR uygulanmış; ayrıca, blaOXA-24-like geni araştırılmasında konvansiyonel PCR yöntemi kullanılmıştır. Çalışmamızda saptanan antibiyotik direnç oranları; amoksisilin-klavulanat için %96.8, siprofloksasin için %86.8, gentamisin için %74.7, amikasin için %71.7, sefaperazon-sulbaktam için %73.5, imipenem için %72.1 ve meropenem için %73 olarak izlenmiştir. Altı yüz iki (%72.2) izolat hem imipenem hem de meropeneme dirençli bulunmuştur. A.baumannii izolatları için en etkili antibiyotiğin, %100 duyarlılık oranı ile kolistin olduğu görülmüştür. İzolatların tümünde bla-geni pozitif bulunmuş; ancak blaOXA-24-like geni hiçbir izolatta gösterilememiştir. Toplam blaOXA-23- OXA-51-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri sırasıyla %53.7 ve %12.5 olarak saptanmıştır. Karbapeneme dirençli izolike latların blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri ise sırasıyla %74.4 ve %17.3 olarak tespit edilmiştir. Yir- mi beş izolat hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58-like gen pozitifliği göstermiştir. blaOXA-24-like hariç, karbapeneme dirençli izolatların tamamında OXA tipi genler saptanmıştır. Çalışmaya katılan merkezlerin blaOXA-23- ve blaOXA-58-like gen pozitiflik oranları farklı bulunmuştur. Ek olarak, çalışma sürecinde blaOXA-58-like gen like pozitifliği azalırken, blaOXA-23-like gen pozitifliği ile birlikte karbapenem direncinin arttığı belirlenmiştir. So- nuç olarak, karbapenemler dahil antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe yüksek direnç gös- teren A.baumannii izolatlarının kolistine duyarlılığı devam etmektedir. Hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58- genleri karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında oldukça yaygın olmakla birlikte, yıllar için- like deki blaOXA-23-like pozitif izolatların artışı dikkat çekicidir. Günümüzde, hastane kaynaklı enfeksiyonların ön- lenmesi için dirençli bakterilerin hızlı tanısında, multipleks qPCR en uygun yöntemdir. Bu çalışmada geliştirilen multipleks qPCR kiti karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında blaOXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-51-like genlerinin hızlı tanısı ve sıklığının ortaya konmasında yararlı olabilir.Acinetobacter baumannii is the most important agent of nosocomial infections within the Acinetobac- ter genus. This gram-negative coccobacillus is intrinsically resistant to many antibiotics used in antimic- robial therapy, and capable of developing resistance including carbapenems. The objective of this study was to develop a multiplex real time polymerase chain reaction (qPCR) kit for OXA subgroups in A.ba- umannii, and to investigate the distribution of OXA subgroups in A.baumannii strains isolated from ge- ographically different regions of Turkey. A total of 834 A.baumannii clinical isolates collected from diffe- rent state and university medical centers in 13 provinces (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazig, Erzurum, Isparta, Istanbul, Kahramanmaras, Konya, Sakarya, Van) between 2008-2011, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and automated systems [Vitek2 (bioMeri- eux, ABD) and Phoenix (BD Diagnostic, MD)]. The susceptibility profiles of the isolates were studied with automated systems and standard disc diffusion method. All samples were subjected to qPCR to detect blaOXA-51-like, blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. A conventional PCR method was also used to detect bla- gene. The resistance rates observed during the study period were as follows: 96.8% for amo- OXA-24-like xicillin-clavulanate, 86.8% for ciprofloxacin, 74.7% for gentamicin, 71.7% for amikacin, 73.5% for ce- faperozone-sulbactam, 72.1% for imipenem and 73% for meropenem. Six hundred and two (72.2 %) isolates were resistant to both imipenem and meropenem. Colistin was found to be the most effective antibiotic against A.baumannii isolates with 100% susceptibility rate. All isolates were positive for blaOXA- gene, however blaOXA-24-like gene could not be demonstrated in any isolate. Total positivity rates of 51-like blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were found as 53.7% and 12.5%, respectively, while these rates we- re 74.4% and 17.3% in carbapenem-resistant isolates, respectively. Twenty-five isolates were positive for both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. All of the carbapenem-resistant isolates have OXA type genes with the exception of blaOXA-24-like gene. The positivity rates for blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes vari- ed for each center. In addition, there was a decrease in the frequency of blaOXA-58-like gene, however both blaOXA-23-like gene and carbapenem resistance rates increased during the study period. In conclusion, high rates of resistance to carbapenems were also remarkable but A.baumannii strains keep on sensiti- vity to colistin. Both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were shown to be widespread in carbapenem- resistant A.baumannii clinical isolates. However, blaOXA-23-like gene positive strains were increased throug- hout the study. Currently, multiplex qPCR is the best way for rapid diagnosis of resistant bacteria for pre- vention of hospital-acquired infections. The multiplex qPCR kit developed in this study could be useful for rapid diagnosis and identify the frequencies of blaOXA-23-like, blaOXA-51-like and blaOXA-58-like genes in car- bapenem-resistant A.baumannii clinical isolates

Distribution of blaOXA genes in Acinetobacter baumannii strains: A multicenter study

Acinetobacter cinsi içerisinde hastane enfeksiyonlarının en önemli etkeni Acinetobacter baumannii’dir. Bu gram-negatif kokobasil, antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe dirençli olup aynı zamanda karbapenemlere de direnç geliştirme kapasitesindedir. Bu çalışmanın amacı, A.baumannii’nin OXA alt grupları için multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) kiti tasarlamak ve Türkiye'nin farklı bölgelerinden toplanan A.baumannii izolatlarında OXA alt gruplarının dağılımını araştırmaktır. Çalışmaya, çeşitli illerdeki (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazığ, Erzurum, Isparta, İstanbul, Kahramanmaraş, Konya, Sakarya, Van) 13 üniversite ve devlet hastanesinin mikrobiyoloji laboratuvarlarında, 2008-2011 tarihleri arasında izole edilen toplam 834 A.baumannii klinik izolatı dahil edilmiştir. İzolatlar, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler [Vitek2 (bioMerieux, ABD) ve Phoenix (BD Diagnostic, MD)] kullanıla- rak tanımlanmış; duyarlılık testleri otomatize sistemler ve disk difüzyon yöntemiyle yapılmıştır. Tüm örnek- lere blaOXA-51-like, blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like genleri için qPCR uygulanmış; ayrıca, blaOXA-24-like geni araştırılmasında konvansiyonel PCR yöntemi kullanılmıştır. Çalışmamızda saptanan antibiyotik direnç oranları; amoksisilin-klavulanat için %96.8, siprofloksasin için %86.8, gentamisin için %74.7, amikasin için %71.7, sefaperazon-sulbaktam için %73.5, imipenem için %72.1 ve meropenem için %73 olarak izlenmiştir. Altı yüz iki (%72.2) izolat hem imipenem hem de meropeneme dirençli bulunmuştur. A.baumannii izolatları için en etkili antibiyotiğin, %100 duyarlılık oranı ile kolistin olduğu görülmüştür. İzolatların tümünde bla-geni pozitif bulunmuş; ancak blaOXA-24-like geni hiçbir izolatta gösterilememiştir. Toplam blaOXA-23- OXA-51-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri sırasıyla %53.7 ve %12.5 olarak saptanmıştır. Karbapeneme dirençli izolike latların blaOXA-23-like ve blaOXA-58-like gen pozitiflikleri ise sırasıyla %74.4 ve %17.3 olarak tespit edilmiştir. Yir- mi beş izolat hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58-like gen pozitifliği göstermiştir. blaOXA-24-like hariç, karbapeneme dirençli izolatların tamamında OXA tipi genler saptanmıştır. Çalışmaya katılan merkezlerin blaOXA-23- ve blaOXA-58-like gen pozitiflik oranları farklı bulunmuştur. Ek olarak, çalışma sürecinde blaOXA-58-like gen like pozitifliği azalırken, blaOXA-23-like gen pozitifliği ile birlikte karbapenem direncinin arttığı belirlenmiştir. So- nuç olarak, karbapenemler dahil antimikrobiyal tedavide kullanılan çoğu antibiyotiğe yüksek direnç gös- teren A.baumannii izolatlarının kolistine duyarlılığı devam etmektedir. Hem blaOXA-23-like hem de blaOXA-58- genleri karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında oldukça yaygın olmakla birlikte, yıllar için- like deki blaOXA-23-like pozitif izolatların artışı dikkat çekicidir. Günümüzde, hastane kaynaklı enfeksiyonların ön- lenmesi için dirençli bakterilerin hızlı tanısında, multipleks qPCR en uygun yöntemdir. Bu çalışmada geliştirilen multipleks qPCR kiti karbapeneme dirençli A.baumannii klinik izolatlarında blaOXA-23-like, blaOXA-58-like ve blaOXA-51-like genlerinin hızlı tanısı ve sıklığının ortaya konmasında yararlı olabilir.Acinetobacter baumannii is the most important agent of nosocomial infections within the Acinetobac- ter genus. This gram-negative coccobacillus is intrinsically resistant to many antibiotics used in antimic- robial therapy, and capable of developing resistance including carbapenems. The objective of this study was to develop a multiplex real time polymerase chain reaction (qPCR) kit for OXA subgroups in A.ba- umannii, and to investigate the distribution of OXA subgroups in A.baumannii strains isolated from ge- ographically different regions of Turkey. A total of 834 A.baumannii clinical isolates collected from diffe- rent state and university medical centers in 13 provinces (Afyonkarahisar, Ankara, Bolu, Elazig, Erzurum, Isparta, Istanbul, Kahramanmaras, Konya, Sakarya, Van) between 2008-2011, were included in the study. The isolates were identified by conventional methods and automated systems [Vitek2 (bioMeri- eux, ABD) and Phoenix (BD Diagnostic, MD)]. The susceptibility profiles of the isolates were studied with automated systems and standard disc diffusion method. All samples were subjected to qPCR to detect blaOXA-51-like, blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. A conventional PCR method was also used to detect bla- gene. The resistance rates observed during the study period were as follows: 96.8% for amo- OXA-24-like xicillin-clavulanate, 86.8% for ciprofloxacin, 74.7% for gentamicin, 71.7% for amikacin, 73.5% for ce- faperozone-sulbactam, 72.1% for imipenem and 73% for meropenem. Six hundred and two (72.2 %) isolates were resistant to both imipenem and meropenem. Colistin was found to be the most effective antibiotic against A.baumannii isolates with 100% susceptibility rate. All isolates were positive for blaOXA- gene, however blaOXA-24-like gene could not be demonstrated in any isolate. Total positivity rates of 51-like blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were found as 53.7% and 12.5%, respectively, while these rates we- re 74.4% and 17.3% in carbapenem-resistant isolates, respectively. Twenty-five isolates were positive for both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes. All of the carbapenem-resistant isolates have OXA type genes with the exception of blaOXA-24-like gene. The positivity rates for blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes vari- ed for each center. In addition, there was a decrease in the frequency of blaOXA-58-like gene, however both blaOXA-23-like gene and carbapenem resistance rates increased during the study period. In conclusion, high rates of resistance to carbapenems were also remarkable but A.baumannii strains keep on sensiti- vity to colistin. Both blaOXA-23-like and blaOXA-58-like genes were shown to be widespread in carbapenem- resistant A.baumannii clinical isolates. However, blaOXA-23-like gene positive strains were increased throug- hout the study. Currently, multiplex qPCR is the best way for rapid diagnosis of resistant bacteria for pre- vention of hospital-acquired infections. The multiplex qPCR kit developed in this study could be useful for rapid diagnosis and identify the frequencies of blaOXA-23-like, blaOXA-51-like and blaOXA-58-like genes in car- bapenem-resistant A.baumannii clinical isolates