Genome Stability of Pandemic Influenza A (H1N1) 2009 Based on Analysis of Hemagglutinin and Neuraminidase Genes

Influenza A virus (H1N1), which arose in 2009, constituted the fourth pandemic after the cases of 1918, 1957, and 1968. This new variant was formed by a triple reassortment, with genomic segments from swine, avian, and human influenza origins. The objective of this study was to analyze sequences of hemagglutinin (n=2038) and neuraminidase (n=1273) genes, in order to assess the extent of diversity among circulating 2009-2010 strains, estimate if these genes evolved through positive, negative, or neutral selection models of evolution during the pandemic phase, and analyze the worldwide percentage of detection of important amino acid mutations that could enhance the viral performance, such as transmissibility or resistance to drugs. A continuous surveillance by public health authorities will be critical to monitor the appearance of new influenza variants, especially in animal reservoirs such as swine and birds, in order to prevent the potential animal-human transmission of viruses with pandemic potential

Análisis filogenético y de presión evolutiva de secuencias nucleotídicas del gen VP4 de especies de enterovirus humanos

El género Enterovirus es un grupo viral que afecta a un amplio rango de hospederos, entre ellos los humanos (especies A, B, C, y D), causan enfermedades respiratorias, gastrointestinales, neurológicas, y otras, y son altamente contagiosos. Los síntomas pueden ser leves o graves. El objetivo del trabajo fue analizar la variación nucleotídica, filogenética y de presión evolutiva de secuencias nucleotídicas del gen VP4 de las cuatro especies que afectan a los humanos. Se emplearon 92 secuencias nucleotídicas disponibles en la base de datos GenBank; éstas se editaron con el software BioEdit y se alinearon con Clustal W; las relaciones filogenéticas se determinaron con MEGA6, y las presiones evolutivas con los algoritmos SNAP y SLAC. Se encontró que la identidad nucleotídica mínima intra-especie fue de 43,2% (especie B) a 72,6% (especie D). Los genotipos más variables por especie fueron EV-71 (A), Echovirus 2 (B), EV-118 (C), y EV-94 (D). El análisis de presión evolutiva mostró que el gen VP4 en las cuatro especies evoluciona bajo presión selectiva negativa. Esto indicaría que la alta tasa mutacional y eventos de recombinación no tienen un rol significativo en la evolución de este gen, debido probablemente a la localización interna de la proteína VP4

Inappropriate response against Hepatitis B vaccine in health personnel of the National Hospital, Paraguay.

Introduction: health personnel are a risk group for acquiring hepatitis B. The vaccine against it is effective but requires evaluation of the immune response with the dosage of anti-HBs.Objectives: to determine the immunological response to the vaccine against hepatitis B in physicians, nurses and medical students of the National Hospital, Paraguay.Methods: an observational, analytical and cross-sectional study was conducted in a sample of 120 health workers during 2017. The level of anti-HBs was determined with quantitative immunoassay and demographic and clinical variables were recorded, with prior informed consent.Results: the sample was integrated with 79 women and 41 men. The mean age was 28±7 years. Physicians (62.5%), nurses (20%) and medical students (17.5%) were included. The mean BMI was 24.7 ± 3.8 kg/m2. Adequate serum levels of anti-HBs (&gt; 100 IU / mL) were detected in 64% of the health personnel. Obesity was a factor associated with poor response to the vaccine (p 0.02). Sex, age, the time elapsed since the last dose and smoking were factors not significantly associated with the lack of response to the vaccine.Conclusion: inadequate response to HB vaccine was found in 36%. Obesity was significantly associated with poor immunological response.</p

Estandarización de la técnica PCR-RFLP del gen mitocondrial cyt b como herramienta para la identificación de fuentes de alimentación de insectos hematófagos

La identificación de la fuente de alimentación de insectos hematófagos puede proporcionar información sobre la capacidad vectorial, patrones de alimentación en condiciones naturales y proveer indirectamente datos sobre probables reservorios de enfermedades. Varias técnicas de identificación son empleadas, entre ellas las más utilizadas son las basadas en reacciones antígeno-anticuerpo. Actualmente, se han desarrollado ensayos moleculares, algunos de ellos permiten detectar e identificar solo sangre humana. Otros como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) del gen mitocondrial citocromo b (cyt b), que ha mostrado alto grado de sensibilidad y especificidad, permite detectar e identificar otras especies de vertebrados. El objetivo del trabajo fue estandarizar la técnica PCR-RFLP del gen mitocondrial citocromo b (cyt b) para determinar la fuente de alimentación sanguínea de insectos. Inicialmente se  realizó un análisis bioinformático para la búsqueda y alineamiento de secuencias del gen cyt b de los potenciales huéspedes, con secuencias que están disponible en el GenBank. Se utilizaron 10 muestras de sangre de potenciales huéspedes vertebrados (humano, perro, gallina y roedor) y para la reacción de PCR se empleó un par de cebadores universales que amplifican una región del gen cyt b, seguido de cortes con dos enzimas de restricción (RFLP) (Hae III y Mwo I), generando patrones de electroforesis específicos para los diferentes vertebrados. Se logró la estandarización de la técnica de PCR del gen cyt b que fue capaz de detectar ADN de al menos 1 μL de sangre observándose el producto de amplificación de 358 pb. El análisis de los patrones de bandas obtenidos con el corte de las enzimas mostró los tamaños de fragmentos esperados para humano, gallina, perro y roedor. Estos resultados muestran la utilidad de la técnica PCR-RFLP del gen cyt b que, con un simple par de cebadores seguido del corte con dos enzimas de restricción, permitió diferenciar las diferentes especies de vertebrados de nuestro interés a través de los patrones obtenidos sin llegar a la secuenciación y también presenta la ventaja de utilizar pequeños volúmenes de sangre

Primeros aportes en la predicción de propiedades edáficas usando imágenes satelitales

El análisis de imágenes multiespectrales derivadas de diferentes sensores remotos facilita en gran medida el monitoreo de los sistemas productivos agrícolas. La evaluación de diversos indicadores derivados de ellas, permite observar daños y situaciones que pueden afectar el desarrollo de los cultivos. Por otra parte, el uso más intensificado del suelo durante el año, es una práctica cada vez más utilizada ya que favorece el nivel de materia orgánica del suelo y contribuye a mejorar sus propiedades físico-químicas. El objetivo del presente trabajo fue evaluar, a partir del uso de imágenes satelitales, la incidencia que tiene sobre distintas propiedades edáficas la proporción de tiempo que el suelo es ocupado con cultivos en desarrollo. La aplicación de esta metodología permitió predecir el comportamiento de distintos atributos de calidad del suelo. Dada la mayor resolución espacial brindada por las imágenes Landsat, la proporción de tiempo ocupada por cultivos en desarrollo, estimada mediante el uso de dicho sensor, se vinculó de manera más ajustada con aquellas propiedades ligadas al carbono lábil y a la calidad de la estructura.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativ

Computational analysis of a species D human adenovirus provides evidence of a novel virus

A human adenovirus (HAdV) species D, was isolated from a hospitalised child with severe lower respiratory infection. It was initially detected in the nasopharyngeal aspirate of the child followed by conventional PCR amplification of the hexon, penton base, and fibre genes. Sanger DNA sequencing and phylogenetic analyses showed characteristics of a recombinant genome not described before. Next Generation Sequencing analysis was performed to reconstruct its complete DNA genome after viral isolation in adenocarcinoma human cell line (A549). A complete genomic sequence of 35.2 kb in length, with a G +C content of 57 % was obtained, related to HAdV-D29 (96 % identity). Imputed serology analysis demonstrated its novel type with a nucleotide sequence identity of 95.3 % (hexon loop 1) and 96 % (hexon loop 2) to HAdV-D9. The penton base gene showed a novel sequence, distantly related to HAdV-D44. The E3 and E4 regions evolved significantly from their ancestors. The fibre gene was almost identical to the knob region of HAdV-D15 but showed an unrelated shaft sequence. In conclusion the genomics of this novel HAdV, designated the HAdV-D83 [P83H9F15] prototype and bearing a new penton base gene, supports the importance of viral evolution to understand modified tissue tropism, nhanced transmission, or altered virulence

Diversidad de adenovirus detectados en niños menores de 5 años hospitalizados por infección respiratoria aguda baja en Paraguay, 2010-2013

Los adenovirus humanos (HAdV) causan una diversidad de patologías que pueden ser leves o incluso mortales en pacientes vulnerables. Su evolución ocurre conforme actúa una presión de selección; por ejemplo, la recombinación genética genera cepas híbridas que pueden ser más infectivas o más patogénicas que las parentales. Este estudio buscó determinar la diversidad de HAdV circulantes en niños paraguayos menores de 5 años hospitalizados por infección respiratoria aguda baja, mediante el uso de herramientas de biología molecular y bioinformática, para lo cual fueron amplificados los genes hexon, penton y fibra en 26 muestras de aspirados nasofaríngeos. Se demostró la circulación de tres especies: B (4/26), C (21/26), y D (1/26), así como también eventos de recombinación en el aislado correspondiente a HAdV-D, al menos con tres genotipos distintos (D49, D9 y D15). Los HAdV-D están asociados a enfermedades gastrointestinales, oculares y, menos comúnmente a infecciones respiratorias. Sin embargo, recientemente se han reportado cambios en el comportamiento de estos virus debido a recombinación, lo que les permite expandir su repertorio de células huésped. Estos datos amplían los conocimientos acerca de la diversidad genética de HAdV en el Paraguay y apoyan fuertemente la importancia de los análisis genómicos mediante herramientas bioinformáticas en la vigilancia epidemiológica de las cepas recombinantes emergentes de HAdV

Estado de salud de las viviendas en el ámbito rural

En España, principalmente a partir de la segunda mitad del siglo XX, vinculado al fenómeno de industrialización de regiones concretas del país, se produjo el fenómeno conocido como éxodo rural o éxodo campesino. Dicho fenómeno se produjo principalmente por gente joven, adolescentes y adultos jóvenes, del campo que emigraron del campo a la ciudad. Esta población, no solo cambió de lugar de residencia, sino que también cambió de profesión. Familias que se dedicaban principalmente a la agricultura y la ganadería, como medio de sustento de vida, pasaron a otros tipos de empleo vinculados con la vida en la ciudad. De igual forma cambio sustancialmente el modo de vida, las relaciones sociales, medioambientales, culturales, etc. Estas migraciones provocaron un efecto directo en la población que no emigró, principalmente generaciones de adultos y ancianos, con un efecto de despoblamiento del campo, afectando directamente al mantenimiento y estado de conservación de las construcciones que servían como residencia habitual a esta población en el campo. Con el presente estudio se pretende analizar el efecto del éxodo rural sobre las viviendas que ocupaba la población en el campo, estudiando el tratamiento normativo que en la actualidad afecta la seguridad, habitabilidad y mantenimiento de estas construcciones, en ocasiones centenarias, y el efecto directo sobre el estado de salud en el que se encuentran las mismas

Diversity of group A rotavirus strains circulating in Paraguay from 2002 to 2005: detection of an atypical G1 in South America

Fil: Parra, Gabriel I. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Espínola, Emilio E. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Amarilla, Alberto A. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Stupka, Juan. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Martínez, Magaly. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Zunini, Marta. Hospital Regional de Ciudad del Este; Paraguay.Fil: Galeano, Maria E. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Gomes, Karina. ANLIS Dr.C.G.Malbrán. Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas; Argentina.Fil: Russomando, Graciela. Universidad Nacional de Asunción. Instituto de Investigaciones en Ciencias de la Salud. Departamento de Biología Molecular; Paraguay.Fil: Arbiza, Juan. Universidad de la República. Facultad de Ciencias. Sección Virología; Uruguay.Background: Group A rotaviruses are the main cause of severe gastroenteritis in children worldwide. Objectives: To survey human rotavirus strains circulating in Paraguay. Study design: One hundred ninety-six rotavirus-positive fecal samples collected from children up to 5 years old, from 2002 to 2005, were characterized. Results: The most common G genotype detected was G9 (36.2%), followed by G1 (34.2%), G2 (11.7%) and G4 (8.7%). Changes in the G genotype frequency were observed from year to year. The G4 genotype was predominant in 2002; G1 in 2003; and G9 from 2004 to 2005. Sequence and phylogenetic analysis of the VP7 gene from Paraguayan G1 strains suggested that the high frequency of G1 in 2003 could be due to the introduction of an atypical sub-lineage. In addition, there were amino acid changes in the variable/antigenic regions of the VP7 gene from G4 and G9 strains detected in different years. Conclusions: This study further indicates that antigenic pressure can drive the evolution of rotaviruses, and also suggests that a vaccine that protects against the most prevalent strains and its variants, will be necessary to elicit a protective immune response against the range of rotavirus types currently circulating in Paraguay