The value of copper and zinc levels in hernia formation

Background A defect in collagen metabolism is suspected to be one of the factors responsible for hernia formation. Lysyl oxidase is a copper-dependent enzyme in the process that provides for the structural integrity of collagen molecules, while zinc is essential for tissue maintenance. Materials and methods In a prospective fashion, copper and zinc levels were measured in plasma and tissue specimens obtained from indirect (n = 23), direct (n = 20) and incisional hernia patients (n = 19) and from healthy controls (laparoscopic cholecystectomy patients, n = 15) by enzymatic colorimetric analysis. Results Groups were similar in age, comorbid diseases and body mass index. Whereas plasma levels of Cu and Zn in hernia and control patients were similar, and tissue levels were significantly lower in all hernia groups (especially the incisional hernia group) compared to controls (P < 0 center dot 001). The incisional hernia group had significantly lower tissue copper levels than direct hernia patients and lower zinc levels than indirect hernia patients. Conclusions Patients with all types of hernia, especially those with incisional hernias, have significantly lower tissue copper and zinc levels than control patients, despite having similar plasma levels. This finding might reflect excessive consumption or dysfunction of lysyl oxidase as playing a role in the aetiology of hernias

Fungal colonization and infections in patients with COVID-19 in intensive care units: A real-life experience at a tertiary-care hospital

Purpose: To evaluate the management of patients with COVID-19 in the intensive care units (ICUs) with fungal infection/colonization and to highlight diagnostic problems in these patients. Methods: We included all patients with a COVID-19 diagnosis who were aged ≥18 years and followed in the ICU for the first 8 months. Patient data were obtained from medical records. We compared the risk factors, laboratory data, and outcomes of patients with fungal infection/colonization. Results: A total of 118 patients (81 men and 37 women) were included. The mean age was 70.3 (35−94) years. Of the patients, 79 (66.9%) patients were ≥65 years old. Fungal infection/colonization was detected in 39 (33.1%) patients. Fungi were isolated from 34 (28.8%) patients. Ten fungal species were isolated from 51 samples (the most common being Candida albicans). Three patients (2.5%) had proven candidemia. We observed two (1.7%) possible cases of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis (CAPA). Eighteen patients (15.3%) underwent antifungal therapy. The risk of fungal infection/colonization increased as the duration of invasive mechanical ventilation increased. The fatality rate was 61.9% and increased with age and the use of mechanical ventilation. The fatality rate was 4.2-times-higher and the use of mechanical ventilation was 35.9-times-higher in the patients aged ≥65 years than in the patients aged &lt;65 years. No relationship was found between fungal colonization/infection, antifungal treatment, and the fatality rate. Conclusion: During the pandemic, approximately one-third of the patients in ICUs exhibited fungal infection/colonization. Candida albicans was the most common species of fungal infection as in the pre-pandemic area. Because of the cross-contamination risk, we did not performed diagnostic bronchoscopy and control thorax computed tomography during the ICU stay, and our patients mainly received empirical antifungal therapy.</p

Sağlık Çalışanlarında Genom Analizi ile SARS CoV-2 Bulaş Ağının İncelenmesi

Giriş ve Amaç: SARS CoV-2 zoonotik betakoronavirüsların insanda yol açtığı üçüncü salgındır (1). Enfeksiyonun hastane ortamındaki yayılımı hem hastaları hem sağlık çalışanlarını etkilemesi açısından önemlidir (2-4). Filyasyon çalışmaları bulaş dinamiklerini incelemek için bazı ipuçları sunmakla birlikte viral kanıtlar gereklidir. Çalışmamızda DEÜ hastanesinde farklı zamanlarda SARS CoV- 2 pozitif sağlık çalışanları ve temaslılarından oluşan kümelerdeki epidemiyolojik veriyi, tam genom dizilimi ve filogenetik analizle değerlendirerek bulaş ağlarının incelenmesini amaçladık.Gereç ve Yöntem: Nisan 2020 ile Şubat 2022 tarihleri arasında SARS CoV-2 RNA pozitif sağlık çalışanları ve ilişkili olduğu düşünülen kişilerin verileri retrospektif olarak incelendi. Belirlenen 32 kişinin arşivlenmiş nazofaringeal sürüntü örneklerinden EZ1 Virus Mini Kit v2.0 (QIAGEN, Almanya) kullanılarak nükleik asid ekstrakte edildi. SARS-CoV-2 RNA tespiti RealStar®SARS-CoV-2 RT-PCR Kit 1.0 (Altona Diagnostics) kullanılarak Rotor-Gene Q cihazında gerçekleştirildi ve Ct &lt;25 olan örneklere NextSeq (Illumina) cihazında QIAseq DIRECT SARS-CoV-2 (Qiagen) protokolü ile tam genom dizileme gerçekleştirildi. Dizi analizi CLC Genomics Workbench programında (Qiagen, Almanya) WuhanH1 (MN908947.3) dizisi referans alınarak yapıldı. Elde edilen hasta dizileri ile GISAID (https:// www.gisaid.org/) ve GenBank’tan (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) alınan diğer dizilerden oluşan toplam 50 sekans maximum likelihood yöntemiyle bootstrap değeri 200 alınarak filogenetik ağaca yerleştirildi ve FigTree (v1.4.4) programı ile düzenlendiBulgular ve Sonuç: İncelenen 31 kişinin %52’si erkek ve medyan yaşı 41 (8-76) idi. Katılımcılar asemptomatik veya hafif -orta şiddette semptomlarla takip edildi. Çalışmada elde edilen genom dizileri hedef genomun en az 10x derinliğinde&gt;%96 ‘ısını kapsamaktaydı. Total okuma sayısı 2 milyon- 5 milyon arasında, ortalama kapsam 4906 (3476-5766) olarak belirlendi. Grupta SARS-CoV-2’nin 8 farklı soy (lineage) ve 5 farklı dalı (clade) tespit edildi (Tablo 1). Sık saptanan ortak varyasyonlar (majör frekans&gt; %80) ORF1ab ve S gen bölgelerinde tanımlandı (Tablo 2). Kuvvetli epidemiyolojik bağlantıları bulunan bulaş kümeleri, sekans analizi ve filogenetik ağaç ile değerlendirildiğinde, kümelerden birinin iki alt gruptan oluştuğu, diğer filyasyon kümelerinin ise doğrulandığı saptandı (Şekil 1). Filyasyon verileri, incelenen sağlık çalışanlarına SARS-CoV-2 bulaşmasında, uygunsuz kişisel koruyucu donanım (KKD) kullanımının, sosyal toplantıların (yeme ve içme) ve aile içi temasın önemli rol oynadığını belirledi. Genomik analiz, filyasyon verilerini doğrulamada başarı ile kullanılmış ve bulaşma zincirinin detaylandırılmasında virolojik kanıt ile katkı sağlamıştır.</p