Author Verification Using Syntactic N-grams Notebook for PAN at CLEF 2015

Abstract This paper describes our approach to tackle the Author Verification task at PAN 2015. Our method builds a representation of an author's style by using the information contained in dependency trees. This information is represented as syntactic n-grams and used to conform a vector space. Using unsupervised machine learning approach, each instance is associated to the correponding author using the Jaccard distance. In this paper, we describe the features that were used and the employed unsupervised machine learning algorithm

Obtención de un anticuerpo monoclonal anti a-enolasa humana y caracterización de su interacción con el antígeno

Tesis (Maestría en Ciencias en Biomedicina Molecular), Instituto Politécnico Nacional, SEPI, ENMH, 2011, 1 archivo PDF, (87 páginas). tesis.ipn.m

Obtención de un anticuerpo monoclonal anti α--enolasa humana y caracterización de su interacción con el antígeno

La Enolasa es una enzima de la vía glucolítica que cataliza la reacción reversible de deshidratación del 2-D-fosfoglicerato a Fosfoenolpiruvato y además es una proteína que se encuentra altamente conservada. En el humano existen tres isoformas de esta enzima: α, β y γ. De estas tres isoformas la α-enolasa humana se ha identificado como una proteína multifuncional ya que se ha reportado en distintos compartimentos celulares desempeñando diferentes funciones en varios organismos. Diversos autores han reportado la generación de anticuerpos monoclonales en contra de otras proteínas altamente conservadas y han encontrado resultados relevantes al evaluar la interacción de estos anticuerpos con sus antígenos. En este trabajo se generó un Anticuerpo Monoclonal (AcM) utilizando como antígeno a la α-enolasa humana recombinante con la cual se inmunizaron a cinco ratones hembra de la cepa Balb/C durante siete semanas y se evaluó la respuesta inmunológica de cada ratón mediante ensayos de ELISA indirecto. Posteriormente se realizó una esplenectomía al ratón que presentó una mejor respuesta inmunológica hacia el antígeno α-enolasa humana recombinante y se obtuvo el hibridoma mediante la fusión de las células del bazo del ratón con células de mieloma X63Ag8.653. Este hibridoma fue clonado y subclonado y para seleccionar tanto el hibridoma como sus clonas más afines al antígeno, los sobrenadantes celulares fueron evaluados mediante ensayos de ELISA indirecto utilizando como antígenos a la α-enolasa humana y a un péptido que se diseñó y mandó sintetizar para la selección de clonas. Este péptido se diseñó realizando un análisis in sílico de la secuencia y estructura tridimensional de la α-enolasa humana y corresponde a una región de la secuencia de la α-enolasa humana que es poco conservada con respecto a las otras isoformas de enolasa humana, es inmunogénica y está expuesta al solvente en la estructura tridimensional. Finalmente la especificidad del AcM fue evaluada mediante ensayos de ELISA indirecto utilizando también otras enolasas como la de Saccharomyces cerevisiae y Trichomona vaginalis

Self-association of enolase from Trichomonas vaginalis. monomers, dimers, and octamers coexist in solution

"We used small-angle X-ray scattering to study the self-association of enolase from Trichomonas vaginalis as a function of the protein concentration and cosolute type. We observed coexisting monomers, dimers, and octamers in variable relative populations, depending on whether Tris–acetate, Tris–HCl, or potassium phosphate buffers were used. Phosphate ions hindered the formation of dimers and octamers. In contrast, the populations of dimers and octamers increased in Tris–acetate or Tris–HCl buffers and additionally increased by augmenting protein concentration or adding magnesium. Single oligomeric species could not be isolated in any of the experimental conditions tested. Furthermore, the secondary and tertiary structures, as well as the temperature-induced denaturation of the mixtures of species, were investigated. The acquired species lost enzymatic activity, but they were prone to interact with plasminogen, as judged from changes in the secondary and tertiary structures upon complex formation.