Alternative Splicing and Nonsense-Mediated RNA Decay Contribute to the Regulation of SHOX Expression

The human SHOX gene is composed of seven exons and encodes a paired-related homeodomain transcription factor. SHOX mutations or deletions have been associated with different short stature syndromes implying a role in growth and bone formation. During development, SHOX is expressed in a highly specific spatiotemporal expression pattern, the underlying regulatory mechanisms of which remain largely unknown. We have analysed SHOX expression in diverse embryonic, fetal and adult human tissues and detected expression in many tissues that were not known to express SHOX before, e.g. distinct brain regions. By using RT-PCR and comparing the results with RNA-Seq data, we have identified four novel exons (exon 2a, 7-1, 7-2 and 7-3) contributing to different SHOX isoforms, and also established an expression profile for the emerging new SHOX isoforms. Interestingly, we found the exon 7 variants to be exclusively expressed in fetal neural tissues, which could argue for a specific role of these variants during brain development. A bioinformatical analysis of the three novel 3′UTR exons yielded insights into the putative role of the different 3′UTRs as targets for miRNA binding. Functional analysis revealed that inclusion of exon 2a leads to nonsense-mediated RNA decay altering SHOX expression in a tissue and time specific manner. In conclusion, SHOX expression is regulated by different mechanisms and alternative splicing coupled with nonsense-mediated RNA decay constitutes a further component that can be used to fine tune the SHOX expression level

Endothelial–platelet interactions in influenza‐induced pneumonia: A potential therapeutic target

Every year, influenza viruses spread around the world, infecting the respiratory systems of countless humans and animals, causing illness and even death. Severe influenza infection is associated with pulmonary epithelial damage and endothelial dysfunction leading to acute lung injury (ALI). There is evidence that an aggressive cytokine storm and cell damage in lung capillaries as well as endothelial/platelet interactions contribute to vascular leakage, pro‐thrombotic milieu and infiltration of immune effector cells. To date, treatments for ALI caused by influenza are limited to antiviral drugs, active ventilation or further symptomatic treatments. In this review, we summarize the mechanisms of influenza‐mediated pathogenesis, permissive animal models and histopathological changes of lung tissue in both mice and men and compare it with histological and electron microscopic data from our own group. We highlight the molecular and cellular interactions between pulmonary endothelium and platelets in homeostasis and influenza‐induced pathogenesis. Finally, we discuss novel therapeutic targets on platelets/endothelial interaction to reduce or resolve ALI

Zika virus infection studies with CD34+ hematopoietic and megakaryocyte-erythroid progenitors, red blood cells and platelets

BACKGROUND: To date, several cases of transfusion-transmitted ZIKV infections have been confirmed. Multiple studies detected prolonged occurrence of ZIKV viral RNA in whole blood as compared to plasma samples indicating potential ZIKV interaction with hematopoietic cells. Also, infection of cells from the granulocyte/macrophage lineage has been demonstrated. Patients may develop severe thrombocytopenia, microcytic anemia, and a fatal course of disease occurred in a patient with sickle cell anemia suggesting additional interference of ZIKV with erythroid and megakaryocytic cells. Therefore, we analyzed whether ZIKV propagates in or compartmentalizes with hematopoietic progenitor, erythroid, and megakaryocytic cells. METHODS: ZIKV RNA replication, protein translation and infectious particle formation in hematopoietic cell lines as well as primary CD34+ HSPCs and ex vivo differentiated erythroid and megakaryocytic cells was monitored using qRT-PCR, FACS, immunofluorescence analysis and infectivity assays. Distribution of ZIKV RNA and infectious particles in spiked red blood cell (RBC) units or platelet concentrates (PCs) was evaluated. RESULTS: While subsets of K562 and KU812Ep6EPO cells supported ZIKV propagation, primary CD34+ HSPCs, MEP cells, RBCs, and platelets were non-permissive for ZIKV infection. In spiking studies, ZIKV RNA was detectable for 7 days in all fractions of RBC units and PCs, however, ZIKV infectious particles were not associated with erythrocytes or platelets. CONCLUSION: Viral particles from plasma or contaminating leukocytes, rather than purified CD34+ HSPCs or the cellular component of RBC units or PCs, present the greatest risk for transfusion-transmitted ZIKV infections

Rapid establishment of laboratory diagnostics for the novel coronavirus SARS-CoV-2 in Bavaria, Germany, February 2020

The need for timely establishment of diagnostic assays arose when Germany was confronted with the first travel-associated outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in Europe. We describe our laboratory experiences during a large contact tracing investigation, comparing previously published real-time RT-PCR assays in different PCR systems and a commercial kit. We found that assay performance using the same primers and probes with different PCR systems varied and the commercial kit performed well

GrippeWeb-Wochenbericht KW 18

Die Aktivität akuter Atemwegserkrankungen (ARE-Inzidenz) in der Bevölkerung ist in der 18. KW 2024 im Vergleich zur Vorwoche insgesamt gesunken und lag bei rund 6.200 ARE pro 100.000 Einw. (Vorwoche: 6.900). Die Inzidenz der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI) ist im Vergleich zur Vorwoche ebenfalls auf rund 1.000 ILI pro 100.000 Einw. gesunken (Vorwoche: 1.400). Die Gesamt-ARE-Inzidenz befand sich deutlich über dem Wertebereich der vorpandemischen Jahre zu dieser Zeit, die Gesamt-ILI-Inzidenz hingegen im Wertebereich. Die geschätzte COVID-19-Inzidenz in der Bevölkerung basierend auf Angaben der GrippeWeb-Teilnehmenden lag in der 18. KW bei rund 100 COVID-19-Erkrankungen pro 100.000 Einw. In der virologischen Überwachung in der Bevölkerung (GrippeWeb-Plus) wurden seit der 16. KW 2024 hauptsächlich Rhino-/Enteroviren (Tendenz steigend) nachgewiesen sowie zu niedrigeren Anteilen auch andere Erreger. Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Inzidenzen für die 18. KW 2024 beruhen auf den Angaben von 7.208 GrippeWeb-Teilnehmenden, von diesen meldeten 448 eine ARE und 78 eine ILI (Datenstand: 7.5.2024, 0:00 Uhr). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben

GrippeWeb-Wochenbericht KW 22

Die Aktivität akuter Atemwegserkrankungen (ARE-Inzidenz) in der Bevölkerung ist in der 22. KW 2024 im Vergleich zur Vorwoche insgesamt leicht gestiegen und lag bei rund 4.900 ARE pro 100.000 Einw. (Vorwoche: 4.500). Die Inzidenz der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI) ist im Vergleich zur Vorwoche stabil bei rund 900 ILI pro 100.000 Einw. geblieben. Die Gesamt-ARE-Inzidenz und die Gesamt-ILI-Inzidenz befanden sich im Wertebereich der vorpandemischen Jahre zu dieser Zeit. Die geschätzte COVID-19-Inzidenz in der Bevölkerung basierend auf Angaben der GrippeWeb-Teilnehmenden war in den letzten Wochen auf niedrigem Niveau leicht ansteigend und lag in der 22. KW bei rund 300 COVID-19-Erkrankungen pro 100.000 Einw. In der virologischen Überwachung in der Bevölkerung (GrippeWeb-Plus) wurden seit der 20. KW 2024 hauptsächlich Rhino- /Enteroviren nachgewiesen sowie zu niedrigeren Anteilen auch andere Erreger. Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Inzidenzen beruhen auf den Selbstauskünften von Personen, die sich bei GrippeWeb registriert haben. Für die 22. KW 2024 haben bisher 7.009 GrippeWeb- Teilnehmende eine Meldung abgegeben, von diesen hatten 319 eine ARE und 59 eine ILI (Datenstand: 4.6.2024, 0:00 Uhr). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben. Neue Teilnehmende sind herzlich willkommen. Mehr Informationen zu GrippeWeb finden Sie hier. Eine Registrierung ist jederzeit und in wenigen Schritten möglich

GrippeWeb-Wochenbericht KW 15

Die Aktivität akuter Atemwegserkrankungen (ARE-Inzidenz) in der Bevölkerung ist in der 15. KW 2024 im Vergleich zur Vorwoche insgesamt relativ stabil geblieben und lag bei rund 4.700 ARE pro 100.000 Einw. (Vorwoche: 4.600). Die Inzidenz der grippeähnlichen Erkrankungen (ILI) ist im Vergleich zur Vorwoche ebenfalls stabil bei rund 900 ILI pro 100.000 Einw. geblieben. Die Gesamt-ARE-Inzidenz befand sich im mittleren und die Gesamt-ILI-Inzidenz im unteren Wertebereich der vorpandemischen Jahre zu dieser Zeit. Die geschätzte COVID-19-Inzidenz in der Bevölkerung basierend auf Angaben der GrippeWeb-Teilnehmenden lag in der 15. KW deutlich unter 100 COVID-19-Erkrankungen pro 100.000 Einw. In der virologischen Überwachung in der Bevölkerung (GrippeWeb-Plus) wurden seit der 12. KW 2024 hauptsächlich Rhino-/Enteroviren und humane saisonale Coronaviren (hCoV) nachgewiesen sowie zu niedrigeren Anteilen auch andere Erreger. Gemäß den Daten aus der Arbeitsgemeinschaft Influenza endete die Grippewelle mit der 12. KW 2024, die RSV-Welle endete mit der 10. KW 2024. Die für die Bevölkerung in Deutschland geschätzten Inzidenzen für die 15. KW 2024 beruhen auf den Angaben von 7.321 GrippeWeb-Teilnehmenden, von diesen meldeten 317 eine ARE und 58 eine ILI (Datenstand: 16.4.2024, 0:00 Uhr). Durch Nachmeldungen, die bis zu vier Wochen lang möglich sind, können sich noch Änderungen ergeben