Overlap Removal of Dimensionality Reduction Scatterplot Layouts

Dimensionality Reduction (DR) scatterplot layouts have become a ubiquitous visualization tool for analyzing multidimensional data items with presence in different areas. Despite its popularity, scatterplots suffer from occlusion, especially when markers convey information, making it troublesome for users to estimate items' groups' sizes and, more importantly, potentially obfuscating critical items for the analysis under execution. Different strategies have been devised to address this issue, either producing overlap-free layouts, lacking the powerful capabilities of contemporary DR techniques in uncover interesting data patterns, or eliminating overlaps as a post-processing strategy. Despite the good results of post-processing techniques, the best methods typically expand or distort the scatterplot area, thus reducing markers' size (sometimes) to unreadable dimensions, defeating the purpose of removing overlaps. This paper presents a novel post-processing strategy to remove DR layouts' overlaps that faithfully preserves the original layout's characteristics and markers' sizes. We show that the proposed strategy surpasses the state-of-the-art in overlap removal through an extensive comparative evaluation considering multiple different metrics while it is 2 or 3 orders of magnitude faster for large datasets.Comment: 11 pages and 9 figure

Karyological analysis of Proechimys cuvieri and Proechimys guyannensis (Rodentia, Echimyidae) from central Amazon

The aim was to characterize the karyotype of rodents of the genus Proechimys from three localities in the central Brazilian Amazon, in the search for new markers that might shed light on our understanding of the taxonomy and evolutionary history of this taxon. Two karyotypes were found, viz., 2n = 28, FN = 46 in individuals from the NRSP (Cuieiras River) and REMAN (Manaus), and 2n = 46, FN = 50 in individuals from the Balbina Hydroelectric Plant. While individuals with the karyotype with 2n = 28 chromosomes were morphologically associated with Proechimys cuvieri, their karyotype shared similarities with those of the same diploid number in two other regions. Although three karyotypes are described for Proechimys cuvieri, no geographic distribution pattern that defined a cline could be identified. Based on the morphological examination of voucher specimens and additional results from molecular analysis, the karyotype with 2n = 46 and FN = 50 could be associated with P. guyannensis

Associação de polimorfismos no gene da u-calpaína com a maciez da carne em animais da raça Nelore.

Os bovinos de origem Bos indicus são preferidos nos trópicos devido a sua maior resistência as adversidades ambientais. No entanto, estes animais não produzem carne tão macia quanto os taurinos. A seleção assistida por marcadores relacionados à maciez da carne, como é o caso da protease calpaína, pode auxiliar na melhoria da característica. Nesse trabalho, foram utilizados 229 animais da raça Nelore. Após a extração do DNA de amostras de sangue, por desproteinização em presença de NaCl a identificação e determinação dos polimorfismos para três marcadores (CAPN316, CAPN530 e CAPN4751) foi realizada pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de carne do Longissimus dorsi, retiradas entre a 12a e 13ª costela e cisalhadas utilizando-se um Warner Braztler Shear Force. Os polimorfismos dos marcadores CAPN316 e CAPN530 não apresentaram efeitos significativos (P>0,05) para a maciez da carne aos 7, 14 e 21 dias de maturação. Foram verificados efeitos significativos para os polimorfismos do CAPN4751 em relação à maciez da carne aos 7 (P=0.001), 14 (P=0.005) e 21 (P=0.006) dias de maturação

Efeito médio de substituição alélica para os polimorfismos CAPN4753 e UOGCAST no gene da calpaína e calpastatina.

Os objetivos deste trabalho foram avaliar possíveis interações alélicas para os polimorfismos nos genes da µ-calpaína (CAPN4753) e da calpastatina (UOGCAST1), ligados a característica de maciez da carne. Nesse trabalho, foram utilizados 590 animais da raça Nelore. Após a extração do DNA de amostras de sangue por precipitação em NaCl. A identificação e determinação dos polimorfismos para os marcadores foram realizadas pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de carne do Longissimus dorsi, retiradas entre a 12ª e 13ª costela e cisalhadas utilizando-se um Warner Bratzler Shear Force. Foram observados resultados significativos para o efeito médio de substituição aos 14 dias de maturação da carne, apenas para o polimorfismo no gene da calpastatina, e aos 21 dias para ambos os polimorfismos (CAPN4753 e UOGCAST1)

Genotypic and allelic frequencies of gene polymorphisms associated with meat tenderness in Nellore beef cattle.

The objectives of this study were to characterize the allelic and genotypic frequencies of polymorphisms in the μ-calpain and calpastatin genes, and to assess their association with meat tenderness and animal growth in Nellore cattle. We evaluated 605 Nellore animals at 24 months of age, on average, at slaughter. The polymorphisms were determined for the molecular markers CAPN316, CAPN530, CAPN4751, CAPN4753, and UOGACAST1. Analyses of meat tenderness at 7, 14, and 21 days of maturation were performed in samples of longissimus thoracis obtained between the 12th and 13th rib and sheared using a Warner Bratzler Shear Force. Significant effects were observed for meat tenderness at days 7, 14, and 21 of maturation for the marker CAPN4751, at day 21 for the marker CAPN4753, and at days 14 and 21 for the marker UOGCAST1. For genotypic combinations of markers, the results were significant for the combination CAPN4751/UOGCAST1 in the three maturation periods and CAPN4753/UOGCAST1 at days 14 and 21 of maturation