New classifications of female genital malignancies (FIGO and TNM)

Despite great efforts to publish the 7th edition of the clinical TNM classification, the major aim of the International Union Against Cancer continues to create unified statistical information on the prevalence of disease in each specific case. This information can, in the general context, help specialists evaluate a tumor process, avoid disagreements in the planning of treatment and in the assessment of its results, and make a prognosis, thereby favoring further investigations of malignancies

Estimating Mutual Information

We present two classes of improved estimators for mutual information $M(X,Y)$, from samples of random points distributed according to some joint probability density $\mu(x,y)$. In contrast to conventional estimators based on binnings, they are based on entropy estimates from $k$-nearest neighbour distances. This means that they are data efficient (with $k=1$ we resolve structures down to the smallest possible scales), adaptive (the resolution is higher where data are more numerous), and have minimal bias. Indeed, the bias of the underlying entropy estimates is mainly due to non-uniformity of the density at the smallest resolved scale, giving typically systematic errors which scale as functions of $k/N$ for $N$ points. Numerically, we find that both families become {\it exact} for independent distributions, i.e. the estimator $\hat M(X,Y)$ vanishes (up to statistical fluctuations) if $\mu(x,y) = \mu(x) \mu(y)$. This holds for all tested marginal distributions and for all dimensions of $x$ and $y$. In addition, we give estimators for redundancies between more than 2 random variables. We compare our algorithms in detail with existing algorithms. Finally, we demonstrate the usefulness of our estimators for assessing the actual independence of components obtained from independent component analysis (ICA), for improving ICA, and for estimating the reliability of blind source separation.Comment: 16 pages, including 18 figure

Combining ability of spring barley varieties in the direct diallel cross system

It is necessary to know the combining ability of starting material for effective breeding to create varieties. The research aim was to determine the peculiarities of the general combining ability (GCA) and specific combining ability (SCA) and the ratio of their variances for awned and awnless varieties and their parental forms in F1. The study was conducted in 2014–2015. Spring barley varieties and their parental forms were used in direct diallel crosses. In 2014–2015, peculiarities of the combining ability of awned and awnless spring barley varieties and their parental forms were determined in F1. We highlighted varieties with strong GCA effects: ‘Badioryy’ for plant productivity; ‘Dzherelo’, ‘Badioryy’, ‘Vitrazh’ and ‘Maliovnychyy’ for grain number per spike; ‘Dzherelo’, ‘Badioryy’, ‘Etiket’, ‘Granal’, ‘Modern’, ‘Vitrazh’, and ‘Tolar’ for 1000-grain weight; ‘Dzherelo’, ‘Granal’, and ‘Vitrazh’ for spike length; ‘Dzherelo’ and ‘Maliovnychyy’ for spikelet number per spike; ‘Dzherelo’, ‘Badioryy’ and ‘Granal’ for plant height; ‘Zvershennya’ and ‘Badioryy’ for productive tillering; ‘Zvershennya’ and ‘Badioryy’ for total tillering; and ‘Badioryy’ for straw weight. These varieties had the largest numbers of genes that positively determine these traits. The level of combining ability of parental forms may be manifested differently in varieties created via hybridization of them. GCA variances exceeded SCA variances in ‘Zvershennya’ in 2014–2015 for the trait “1000-grain weight” (GCA – 4.20 and 4.03, respectively; SCA – 3.78 and 3.84, respectively), therefore, it is determined mainly by additive gene effects. Strong and weak SCA effects were observed for plant productivity (grain weight) and its structural components (productive tillering, grain number per spike, 1000-grain weight). Strong SCA effects were the most numerous for the trait “1000-grain weight.

HERMES: Towards an Integrated Toolbox to Characterize Functional and Effective Brain Connectivity

The analysis of the interdependence between time series has become an important field of research in the last years, mainly as a result of advances in the characterization of dynamical systems from the signals they produce, the introduction of concepts such as generalized and phase synchronization and the application of information theory to time series analysis. In neurophysiology, different analytical tools stemming from these concepts have added to the ‘traditional’ set of linear methods, which includes the cross-correlation and the coherency function in the time and frequency domain, respectively, or more elaborated tools such as Granger Causality. This increase in the number of approaches to tackle the existence of functional (FC) or effective connectivity (EC) between two (or among many) neural networks, along with the mathematical complexity of the corresponding time series analysis tools, makes it desirable to arrange them into a unified-easy-to-use software package. The goal is to allow neuroscientists, neurophysiologists and researchers from related fields to easily access and make use of these analysis methods from a single integrated toolbox. Here we present HERMES (http://hermes.ctb.upm.es), a toolbox for the Matlab® environment (The Mathworks, Inc), which is designed to study functional and effective brain connectivity from neurophysiological data such as multivariate EEG and/or MEG records. It includes also visualization tools and statistical methods to address the problem of multiple comparisons. We believe that this toolbox will be very helpful to all the researchers working in the emerging field of brain connectivity analysis

Evaluation of efficacy of hyaluronic acid preservative-free preparation 0.3 % in the prevention of secondary dry eye syndrome in patients after cataract phacoemulsification

Purpose: to determine the clinical efficacy of a non-preservative drug based on sodium hyaluronate 0.3 % (Gilan) in the correction of secondary dry eye syndrome (DES) manifestations in patients after cataract phacoemulsification (CPE), based on monitoring clinical and functional characteristics of the ocular surface. Materials and methods. 62 patients with immature cataracts underwent CPE with IOL implantation. Special examination techniques (Schirmer's test, Norn test, assessment of conjunctival hyperemia on the ORA scale (Ocular Redness Analysis)) were performed before the operation, 7 days and 30 days after it. The main group of patients (31 patients) received, in addition to the standard postoperative treatment, a non-preservative drug based on sodium hyaluronate 0.3 % (Gilan), whilst the control group (31 patients) received standard therapy. Results. The parameters studied showed a significant worsening in patients of both groups by the 7 th day after surgery, with no statistically significant difference between the groups. 30 days after CPE, the values of the Schirmer I test in the main group increased from 7.4 ± 2.3 mm (7 days after surgery) to 12.6 ± 1.7 mm, which significantly exceeded the respective values in patients of the control group: from 7.2 ± 2.1 mm (7 days after surgery) to 8.7 ± 2.0 mm (p < 0.001). Norn test scores also increased from 4.3 ± 1.9 s (7 days after surgery) to 7.9 ± 1.3 s in the main group and from 4.1 ± 2.1 s (7 days after the operation) to 5.3 ± 1.2 s in the control group with a statistically significant difference between the groups (p < 0.001). Conclusions. The use of a non-preservative drug based on sodium hyaluronate 0.3 % (Gilan) as part of combined therapy after CPE helps to effectively reduce the main manifestations of dry eye syndrome and improves postoperative rehabilitation

Екологічна стабільність та пластичність сортів ячменю ярого

Purpose and onjectives. To distinguish stable and plastic varieties under contrast weather conditions of the eastern forest-steppe of Ukraine, to evaluate the weather conditions of the study years as environments with informative and differentiative capacity.Material and methods. The yields of spring barley cultivars harvested in 2008–2015 with contrast conditions were compared to determine the strength and direction of a cultivar response to weather conditions. Cultivars bred at the Plant Production named after V.Ya. Yuriev of NAAS were taken as the test material: Parnas, Ahrarii, Modern, Alehro, Dyvohliad, Schedryi (Experiment 1) – in 2008–2011; Avhur, Balzam, Grin, Modern (Experiment 2) – in 2013–2015. The standard was cultivar Vzirets.The study was conducted in the research crop rotation fields of the Plant Production Institute named after V.Ya. Yuriev of NAAS, in the competitive trial nurseries in four replicates, with the plot area of 10 m2. The yield data were statistically processed by ANOVA. The informative and differentiating capacity of the environments (years), as well as the breeding value of the cultivars, were determined by GGE biplot.Results and discussion. 2008 and 2014 were favorable; 2010 and 2013 – unfavorable. The precipitation was uneven and showery, and, therefore, could not meet the barley plants’ need for water, especially at high temperatures. All the cultivars lowered their yields under the unfavorable conditions (drought), and the yield drop depended on the genotype.The study found that barley varieties Parnas and Avhur fully utilized their potential under favorable growing conditions, as their yields reached 4.92 t/ha and 5.12 t/ha, respectively. They are intense varieties. The most stable yields were given by varieties Alehro, Parnas, Avhur, and Balzam. The decrease in the yields of these varieties under unfavorable weather conditions was 55–65%. The yields of varieties Vzitets, Hrin and awnless variety Modern were the most variable, with a decrease in their yields of 66–72%, i.e. these varieties are plastic. At the same time, Vzirets can reach its potential even in arid conditions.Conclusions. Thus, the Plant Production Institute named after V.Ya. Yuriev of NAAS created barley cultivars for different growing conditions: both for regions with optimal conditions and for arid and risky farming regions. This is relevant, given possible climate changes towards warming.Цель исследования. Выделить стабильные и пластичные сорта в контрастных погодных условиях восточной части Лесостепи Украины, оценить погодные условия годов исследования как среды с информационной и дифференцирующей способностью.Материалы и методы. Урожай ярового ячменя, собранный в 2008–2015 годах с контрастными условиями, сравнивали для определения силы и направленности реакции сорта на погодные условия. Сорта селекции Института растениеводства им. В.Я. Юрьева НААН были взяты в качестве тестового материала: Парнас, Аграрій, Модерн, Алегро, Дивогляд, Щедрий (эксперимент 1) – в 2008–2011 годах; новые сорта Авгур, Бальзам, Грін, (эксперимент 2) – в 2013–2015 годах. Стандартом был сорт Взірець.Исследования проводили на опытных полях Института растениеводства им. В.Я. Юрьева НААН в питомниках конкурсного сортоиспытания в четырех повторениях, с площадью делянки 10 м2. Данные об урожайности были статистически обработаны с помощью ANOVA. Информативная и дифференцирующая способность среды (годов), а также селекционная ценность сортов определены GGE-biplot анализом.Обсуждение результатов. В результате сравнения уровня урожайности сортов установлено, что 2008 и 2014 годы были благоприятными; 2010 и 2013 годы – неблагоприятными. Выпадение осадков было неравномерным, носило ливневый характер, то есть не могло удовлетворить потребность растений ячменя в обеспечении влагой, особенно при высокой температуре воздуха. Все сорта снизили урожайность при неблагоприятных условиях (засуха), а уровень снижения урожайности зависел от генотипа.Исследование выявило, что сорта ячменя Парнас и Авгур полностью использовали свой потенциал при благоприятных условиях выращивания, их урожайность достигала 4,92 т/га и 5,12 т/га соответственно. Они являются интенсивными сортами. Наиболее стабильную урожайность дали сорта Алегро, Парнас, Авгур и Бальзам. Снижение урожайности у этих сортов при неблагоприятных условиях составляло 55–65 %. Урожайность сортов Взірець, Грін и безостый Модерн была наиболее изменчивой, снижение урожайности – 66–72 %, то есть эти сорта являются пластичными. В то же время Взірець может реализовать свой потенциал даже в засушливых условиях.Выводы. Таким образом, в Институте растениеводства им. В.Я. Юрьева НААН созданы сорта ячменя для разных условий выращивания: как для регионов с оптимальными условиями, так и для засушливых и рискованных районов ведения сельского хозяйства. Это является актуальным, учитывая возможные изменения климата в сторону потепления.Мета дослідження. Виділити стабільні та пластичні сорти в контрастних погодних умовах східної частини Лісостепу України, оцінити погодні умови років дослідження як середовища з інформаційною та диференціюючою здатністю.Матеріали та методи. Урожай ярого ячменю, зібраний в 2008–2015 роках з контрастними умовами, порівнювали для визначення сили та спрямованості реакції сорту на погодні умови. Сорти селекції Інституту рослинництва ім. В.Я. Юр’єва НААН було взято в якості тестового матеріалу: Парнас, Аграрій, Модерн, Алегро, Дивогляд, Щедрий (експеримент 1) – у 2008–2011 роках; нові сорти Авгур, Бальзам, Грін, (експеримент 2) – у 2013–2015 роках. Стандартом був сорт Взірець.Дослідження проводили на дослідних полях Інституту рослинництва ім. В.Я. Юр'єва НААН у розсадниках конкурсного сортовипробування у чотирьох повтореннях, з площею ділянки 10 м2. Дані про врожайність були статистично оброблено за допомогою ANOVA. Інформаційна та диференціююча здатність середовищ (років), а також селекційна цінність сортів визначалися GGE-biplot аналізом.Обговорення результатів. У результаті порівняння рівня врожайності сортів установлено, що 2008 та 2014 роки були сприятливими; 2010 та 2013 роки – несприятливими. Випадання опадів було нерівномірним, носило зливовий характер, а отже, не могло задовольнити потребу рослин ячменю у зволоженні, особливо при високій температурі повітря. Всі сорти знизили врожайність при несприятливих умовах (посуха), а рівень зниження врожайності залежав від генотипу.Дослідження виявило, що сорти ячменю Парнас та Авгур повністю використовували свій потенціал за сприятливих умов вирощування, їх урожайність досягала 4,92 т/га та 5,12 т/га відповідно. Вони є інтенсивними сортами. Найбільш стабільну врожайність дали сорти Алегро, Парнас, Авгур та Бальзам. Зниження врожайності в цих сортів при несприятливих погодних умовах складало 55–65 %. Урожайність сортів Взірець, Грін та безостий Модерн була найбільш мінливою, зниження врожайності – 66–72 %, тобто ці сорти є пластичними. У той же час Взірець може реалізувати свій потенціал навіть у посушливих умовах.Висновки. Таким чином, в Інституті рослинництва ім. В.Я. Юр'єва НААН створено сорти ячменю для різних умов вирощування: як для регіонів з оптимальними умовами, так і для посушливих та ризикованих районів ведення сільського господарства. Це є актуальним, враховуючи можливі зміни клімату в напрямку потепління

Рівень і варіабельність цінних господарських ознак ячменю ярого в залежності від генотипу та гідротермічних умов

Purpose and Objectives. The purpose was to evaluate the yield, the growing period length, resistance to diseases and lodging of spring barley, depending on genotype and hydrothermal conditions, and to select starting material for combining breeding.Materials and Methods. One six-row cultivar and two-row chaffy and naked cultivars and lines of spring barley were studied. The experiments were conducted in accordance with methods qualifying examination of plant varieties at the Plant Production Institute named after V.Ya. Yuriev of NAAS in 2018–2020. The plot area was 10 m2, in four replications. Data were statistically processed by analysis of variance in the STATISTICA 10 software; posteriori comparison was performed by homogenous groups (Fisher LSD).Results and Discussion. It was found that naked accessions gave lower yields compared to the check cultivar Vzirets under any growing conditions. The sample of chaffy accessions was homogeneous in terms of yield, hence, no significant excess was noted, and cultivar Grace was the only one which consistently exceeded the the check cultivar. As to the growing period length, all the accessions under investigation were mid-ripening.Resistance to lodging was strongly dependent on genotype and weather. In 2020, severe waterlogging combined with low temperatures favored the vegetative mass development and severe lodging. Therefore, in 2020, none of the accessions of the studied sample was completely resistant to lodging. Cultivars Merlin and Krasen can be distinguished by very high or high group resistance to head smut, net blotch and powdery mildew.Conclusions. The study singled out six cultivars as breeding-valuable ones with a set of economic characteristics (high low-variable yield [11.06–18.59%], resistance to lodging [8.3–8.8 points], high resistance to the pathogens of head smut [7–9 points] and brown spot [6–9 points]): Grace, Khors, Vzirets, Gladys, Krasen, and Herkules. Awnless accessions were identified as sources of resistance to head smut. Line 14-561 called Herkules was submitted to the qualifying examination of plant varieties.Цель и задачи исследования. Цель – установление уровня урожайности, продолжительности вегетационного периода, устойчивости к болезням и полеганию ячменя ярового в зависимости от генотипа и гидротермических условий и выделение исходного материала для комбинационной селекции.Материалы и методы. Исходным материалом были один шестирядный и 24 двурядные пленчатые и голозерные сорта и линии ячменя ярового. Опыты проведены в Институте растениеводства им. В.Я. Юрьева НААН в 2018–2020 гг. по методике квалификационной экспертизы сортов растений. Площадь делянки – 10 м2, повторение – четырехкратное. Статистическую обработку данных делали по дисперсионному анализу по программе STATISTICA 10, апостериорное сравнение – по Homogenous groups (Fisher LSD).Обсуждение результатов. Установлено, что при любых условиях выращивания голозерные образцы более низкоурожайные в сравнении со стандартом Взірець. Выборка пленчатых образцов является однородной по уровню урожайности, поэтому достоверного превышения не обнаружено, стабильно превышал стандарт только сорт Grace. По продолжительности вегетации все исследуемые образцы были среднеспелыми.Устойчивость к полеганию очень сильно зависела от генотипа и погодных условий. В 2020 г. сильное переувлажнение на фоне пониженных температур вызвало усиленное развитие вегетативной массы и сильное полегание. Потому в 2020 г. ни один из образцов исследуемой выборки не был абсолютно устойчив к полеганию. По очень высокой и высокой групповой устойчивости к каменной головне, гельминтоспориозу и мучнистой росе можно выделить сорта Merlin и Красень.Выводы. В результате исследования выделены шесть сортов как селекционно ценные с комплексом хозяйственных признаков: высокой урожайностью с низкой вариабельностью (11,06–18,59 %), устойчивостью к полеганию (8,3–8,8 баллов), высокой устойчивостью к поражению возбудителями каменной головни (7–9 баллов) и темно-бурого гельминтоспориоза (6–9 баллов) – Grace, Хорс, Взірець, Gladys, Красень, Геркулес. Установлено, что безостые образцы являются источниками устойчивости к каменной головне. Линия 14-561 передана на квалификационную экспертизу сортов растений под названием ГеркулесМета і задачі дослідження. Мета – встановлення рівня врожайності, тривалості вегетаційного періоду, стійкості проти хвороб і вилягання ячменю ярого в залежності від генотипу та гідротермічних умов та виділення вихідного матеріалу для комбінаційної селекції.Матеріали та методи. Вихідним матеріалом були один шестирядний та 24 двохрядні плівчасті та голозерні сорти та лінії ячменю ярого. Досліди проведено в Інституті рослинництва ім. В.Я. Юр’єва НААН у 2018–2020 рр. за методикою кваліфікаційної експертизи сортів рослин. Площа ділянки – 10 м2, повторення – чотирьохкратне. Статистичну обробку даних робили за дисперсійним аналізом за програмою STATISTICA 10, апостеріорне порівняння – за Homogenous groups (Fisher LSD).Обговорення результатів. Установлено, що за будь-яких умов вирощування голозерні зразки є більш низьковрожайними в порівнянні з стандартом Взірець. Вибірка плівчастих зразків є однорідною за рівнем урожайності, тому достовірного перевищення не виявлено, стабільно перевищував стандарт лише сорт Grace. За тривалістю вегетації всі досліджені зразки є середньостиглими.Стійкість проти вилягання дуже залежала від генотипу та погодних умов. У 2020 р. сильне перезволоження на фоні понижених температур викликало посилений розвиток вегетативної маси та сильне вилягання. Тому в 2020 р. жоден із зразків досліджуваної вибірки не був абсолютно стійким до вилягання. За дуже високою та високою груповою стійкістю до кам’яної сажки, гельмінтоспоріозу та борошнистої роси можна виділити сорти Merlin та Красень.Висновки. В результаті дослідження виділено шість сортів як селекційно цінні з комплексом господарських ознак: високою врожайністю з низькою варіабельністю (11,06–18,59 %), стійкістю до вилягання (8,3–8,8 балів), високою стійкістю до ураження збудниками кам’яної сажки (7–9 балів) та темно-бурого гельмінтоспоріозу (6–9 балів) – Grace, Хорс, Взірець, Gladys, Красень, Геркулес. Установлено, що безості зразки є джерелами стійкості до кам’яної сажки. Лінію 14-561 передано на кваліфікаційну експертизу сортів рослин під назвою Геркулес