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Design of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit gene
Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis and the ozena infections caused by K. pneumoniae ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the symptoms are unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot reach effective results and patients must be following up for several years since the infection became chronic
Dise帽o de un m茅todo molecular para la identificaci贸n espec铆fica de Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie, usando el gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S
Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis and the ozena infections caused by
K. pneumoniae ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the symptoms are
unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot reach effective
results and patients must be following up for several years since the infection became chronic.
Objective: To identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on amplicons restriction of a gene which
encodes 16S subunit ribosomal (rDNA16S).
Methodology: Specific restriction patterns were generated; using reported sequences from rDNA16S gene and bioinformatics
programs MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction assays were standardized.
Results: Predictions in silico allowed to propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies identification. Two
reference strains were included and two clinical isolates which were biotyped and identified by the proposed method. rDNA16S
gene restriction patterns showed differences regarding the initially identified species for conventional methods. Additionally
two patterns of bands were observed for K. pneumoniae rhinoscleromatis, indicating the polymorphisms presence in the
rDNA16S gene.
Conclusions: It was confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae subspecies by conventional methods. Implementation
of this technique could allow an accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae ozaenae and K. pneumoniae
rhinoscleromatis aetiological agents of two frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually could be
ineffective, especially in chronic patients. Finally it is considered very important to enlarge the study by using more clinical
and reference strains. Introducci贸n: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis y la ocena por Klebsiella
pneumoniae ozaenae respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior y tienen
una sintomatolog铆a inespec铆fica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro com煤n. Las dificultades
de establecer un diagn贸stico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, porque puede no ser
efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase cr贸nica cuyo seguimiento puede implicar muchos a帽os.
Objetivo: Dise帽ar un ensayo molecular para la identificaci贸n a nivel de subespecie de bacterias del g茅nero Klebsiella
basado en restricci贸n de amplicones del gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S).
Metodolog铆a: Se generaron patrones de restricci贸n espec铆ficos, utilizando secuencias informadas del gen ADNr 16S y
los programas bioinform谩ticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para la amplificaci贸n y restricci贸n para el ensayo experimental.
Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer
un algoritmo para la identificaci贸n a nivel de especie y
subespecie de las especies del g茅nero Klebsiella. Se incluyeron
dos cepas de referencia y dos aislados cl铆nicos, que se
biotipificaron e identificaron por el m茅todo propuesto; los
patrones de restricci贸n obtenidos del gen ADNr 16S evidenciaron
diferencias con respecto a la especie inicialmente
identificada por m茅todos convencionales. Adem谩s se encontraron
dos patrones de bandas en Klebsiella pneumoniae
rhinoscleromatis, indicando la presencia de polimorfismos
en el gen ADNr 16S para esta subespecie.
Conclusiones: Se confirm贸 la dificultad para identificar
Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie por m茅todos
convencionales. La implementaci贸n de esta t茅cnica podr铆a
permitir la diferenciaci贸n temprana entre Klebsiella
pneumoniae ozaenae y Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis
que causan dos infecciones tratadas por lo general
de forma emp铆rica y como consecuencia de esto, la terapia
antimicrobiana suele no ser efectiva, en especial en pacientes
cr贸nicos. Se requiere ampliar los estudios con un n煤mero
mayor de cepas de referencia y aislados cl铆nicos
Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis; Klebsiella pneumoniae subsp. ozaenae; Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae; Diagnosis
Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis and the ozena infections
caused by K. pneumoniae subsp. ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the
symptoms are unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot
reach effective results and patients must be following up for several years since the infection became chronic.
Objective: To identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on amplicons restriction of a gene which
encodes 16S subunit ribosomal (rDNA16S).
Methodology: Specific restriction patterns were generated; using reported sequences from rDNA16S gene and
bioinformatics programs MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction assays were
standardized.
Results: Predictions in silico allowed us to propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies identification.
Two reference strains were included and two clinical isolates which were biotyped and identified by the proposed method.
rDNA16S gene restriction patterns showed differences regarding the initially identified species for conventional methods.
Additionally two patterns of bands were observed for K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis, indicating the polymorphisms
presence in the rDNA16S gene.
Conclusions: We confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae subspecies by conventional methods. Implementation
of this technique could allow accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae subsp. ozaenae and K. pneumoniae
subsp. rhinoscleromatis the aetiological agents of two frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually
could be ineffective, especially in chronic patients. Finally we consider very important to enlarge the study by using more
clinical and reference strains. Introducci贸n: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis y la ocena por K.
pneumoniae subsp. ozaenae, respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior
y originan una sintomatolog铆a inespec铆fica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro com煤n. Las
dificultades para establecer un diagn贸stico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, que puede
no ser efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase cr贸nica cuyo seguimiento en el paciente puede necesitar
muchos a帽os. Objetivo: Dise帽ar un ensayo molecular para la identificaci贸n
a nivel de subespecie de bacterias del g茅nero Klebsiella
basado en restricci贸n de amplicones del gen que codifica
para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S).
Metodolog铆a: Se generaron patrones de restricci贸n espec铆ficos,
con secuencias informadas del gen ADNr 16S y
los programas bioinform谩ticos MACAW, PFE, GENEDOC
y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para
la amplificaci贸n y restricci贸n del ensayo experimental.
Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer
un algoritmo para identificar a nivel de especie y
subespecie los miembros del g茅nero Klebsiella. Se incluyeron
dos cepas de referencia y dos aislamientos cl铆nicos, que
fueron biotipificados e identificados por el m茅todo propuesto;
los patrones de restricci贸n obtenidos del gen ADNr 16S
evidenciaron diferencias respecto a la especie inicialmente
identificada por m茅todos convencionales. Adem谩s, se encontraron
dos patrones de bandas en K. pneumoniae.
rhinoscleromatis, que indican la presencia de polimorfismos
en el gen ADNr 16S para esta subespecie.
Conclusiones: Se confirm贸 la dificultad para identificar
K. pneumoniae a nivel de subespecie por m茅todos convencionales.
La implementaci贸n de esta t茅cnica podr铆a permitir
la diferenciaci贸n temprana entre K. pneumoniae. ozaenae y
K. pneumoniae. rhinoscleromatis que causan dos infecciones
tratadas por lo general de forma emp铆rica y como
consecuencia de lo anterior, la terapia antimicrobiana suele
no ser efectiva, especialmente en enfermos cr贸nicos. Se
requiere ampliar los estudios con un n煤mero mayor de cepas
de referencia y aislamientos cl铆nicos
Caracterizaci贸n de la actividad hemol铆tica producida por cepas de Mycobacterium tuberculosis y micobacterias no tuberculosas
La capacidad l铆tica de prote铆nas t贸xicas asociadas a microorganismos pat贸genos como M. tuberculosis ha sido evidenciada a partir de la Actividad Hemol铆tica.PregradoQu铆mic
Dise帽o de un M茅todo Molecular Para la Identificaci贸n Espec铆fica de Klebsiella Pneumoniae a Nivel de Subespecie, Usando el gen que Codifica Para la Subunidad Ribosomal 16S
Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae
rhinoscleromatis and the ozena infections caused by K. pneumoniae
ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the
first clinical phases the symptoms are unspecific, and the disease can
be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy
cannot reach effective results and patients must be following up for
several years since the infection became chronic. Objective: To
identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on am
plicons restriction of a gene which encodes 16S subunit ribosomal
(rDNA16S). Methodology: Specific restriction patterns were generated;
using reported sequences from rDNA16S gene and bioinformatics programs
MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction
assays were standardized. Results: Predictions in silico allowed to
propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies
identification. Two reference strains were included and two clinical
isolates which were biotyped and identified by the proposed method.
rDNA16S gene restriction patterns showed differences regarding the
initially identified species for conventional methods. Additionally two
patterns of bands were observed for K. pneumoniae rhinoscleromatis,
indicating the polymorphisms presence in the rDNA16S gene.
Conclusions: It was confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae
subspecies by conventional methods. Implementation of this technique
could allow an accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae
ozaenae and K. pneumoniae rhinoscleromatis aetiological agents of two
frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually could
be ineffective, especially in chronic patients. Finally it is
considered very important to enlarge the study by using more clinical
and reference strains.Introducci贸n: El rinoescleroma es causado por Klebsiella
pneumoniae rhinoscleromatis y la ocena por Klebsiella pneumoniae
ozaenae respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en
el tracto respiratorio superior y tienen una sintomatolog铆a
inespec铆fica en sus fases iniciales por lo cual se pueden
confundir con el catarro com煤n. Las dificultades de establecer un
diagn贸stico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia
antimicrobiana, porque puede no ser efectiva y hacer que la enfermedad
evolucione a una fase cr贸nica cuyo seguimiento puede implicar
muchos a帽os. Objetivo: Dise帽ar un ensayo molecular para la
identificaci贸n a nivel de subespecie de bacterias del g茅nero
Klebsiella basado en restricci贸n de amplicones del gen que
codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S). Metodolog铆a:
Se generaron patrones de restricci贸n espec铆ficos, utilizando
secuencias informadas del gen ADNr 16S y los programas
bioinform谩ticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se
estandarizaron las condiciones para la amplificaci贸n y
restricci贸n para el ensayo experimental. Resultados: Las
predicciones in silico permitieron proponer un algoritmo para la
identificaci贸n a nivel de especie y subespecie de las especies del
g茅nero Klebsiella. Se incluyeron dos cepas de referencia y dos
aislados cl铆nicos, que se biotipificaron e identificaron por el
m茅todo propuesto; los patrones de restricci贸n obtenidos del
gen ADNr 16S evidenciaron diferencias con respecto a la especie
inicialmente identificada por m茅todos convencionales. Adem谩s
se encontraron dos patrones de bandas en Klebsiella pneumoniae
rhinoscleromatis, indicando la presencia de polimorfismos en el gen
ADNr 16S para esta subespecie. Conclusiones: Se confirm贸 la
dificultad para identificar Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie
por m茅todos convencionales. La implementaci贸n de esta
t茅cnica podr铆a permitir la diferenciaci贸n temprana entre
Klebsiella pneumoniae ozaenae y Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis
que causan dos infecciones tratadas por lo general de forma
emp铆rica y como consecuencia de esto, la terapia antimicrobiana
suele no ser efectiva, en especial en pacientes cr贸nicos. Se
requiere ampliar los estudios con un n煤mero mayor de cepas de
referencia y aislados cl铆nicos