MiR-277/4989 regulate transcriptional landscape during juvenile to adult transition in the parasitic helminth Schistosoma mansoni.

Schistosomes are parasitic helminths that cause schistosomiasis, a disease affecting circa 200 million people, primarily in underprivileged regions of the world. Schistosoma mansoni is the most experimentally tractable schistosome species due to its ease of propagation in the laboratory and the high quality of its genome assembly and annotation. Although there is growing interest in microRNAs (miRNAs) in trematodes, little is known about the role these molecules play in the context of developmental processes. We use the completely unaware "miRNA-blind" bioinformatics tool Sylamer to analyse the 3'-UTRs of transcripts differentially expressed between the juvenile and adult stages. We show that the miR-277/4989 family target sequence is the only one significantly enriched in the transition from juvenile to adult worms. Further, we describe a novel miRNA, sma-miR-4989 showing that its proximal genomic location to sma-miR-277 suggests that they form a miRNA cluster, and we propose hairpin folds for both miRNAs compatible with the miRNA pathway. In addition, we found that expression of sma-miR-277/4989 miRNAs are up-regulated in adults while their predicted targets are characterised by significant down-regulation in paired adult worms but remain largely undisturbed in immature "virgin" females. Finally, we show that sma-miR-4989 is expressed in tegumental cells located proximal to the oesophagus gland and also distributed throughout the male worms' body. Our results indicate that sma-miR-277/4989 might play a dominant role in post-transcriptional regulation during development of juvenile worms and suggest an important role in the sexual development of female schistosomes

Inventário habilidades do cuidador: estrutura fatorial numa amostra de participantes portugueses

Introdução: O Inventário de Habilidades do Cuidador traduzido do original Caring Ability Inventory (CAI) de Ngozi Nkongho (1999) foi projetado para medir as habilidades autopercecionadas pelos cuidadores informais. Considerando que alguns cuidadores poderão não estar capacitados com habilidades para cuidar de pessoas dependentes e que o conhecimento acerca desta problemática é ainda deficitário, justifica-se desenvolver investigação neste domínio. Objetivos: Avaliar as propriedades psicométricas, nomeadamente a estrutura fatorial e a consistência interna; classificar as habilidades autopercecionadas pelos cuidadores informais. Métodos: Estudo transversal de natureza observacional com foco metodológico, realizado em contexto comunitário, numa amostra de 214 participantes (86,9% mulheres), com uma média de 51,07 anos. Residem em meio rural 63,6% dos participantes; 66,8% possuem companheiro(a); 57,5% possuem até ao 3.º ciclo do ensino básico, 65,9% com família altamente funcional, 51,9% estão inseridos numa família nuclear ou simples. Foi estudada a consistência interna e realizada uma análise fatorial confirmatória do Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999). Resultados: O estudo da consistência interna do Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999), versão espanhola Inventário de Habilidades do Cuidador de Berdejo & Parra (2008), confirmou a estrutura original, apresentando três (3) fatores relativos a: fator 1- Conhecimento (α= 0.78); fator 2 – Coragem (α=0. 65); fator 3 - Paciência (α= 0.78). O valor de Alfa de Cronbach para o global do CAI foi de 0,84. No global, 45,3 % dos participantes detêm adequadas habilidades para cuidar, 27,6% têm habilidades de cuidados muito adequadas, sendo que em 27,1% as habilidades são inadequadas. Conclusões: Esta investigação aporta o estudo das propriedades psicométricas do Caring Ability Inventory , numa amostra da população portuguesa. A análise comparativa dos achados da presente investigação com os resultados obtidos por Ngozi Nkongho (1999) revelou que, no presente estudo, a estrutura fatorial se mantém e que os valores de consistência interna na Nota Global são coincidentes (α=0.84), porém nos fatores Conhecimento e Coragem são mais baixos e no factor Paciência mais altos. A aferição de um instrumento de medida das habilidades dos cuidadores potencia que as/os enfermeiras/os implementem na prática clínica a sua avaliação e mensuração, de modo a identificar os clusters mais vulneráveis, ou seja, os grupos de cuidadores com menos habilidades e elaborar uma proposta de intervenção em termos de ajuda/intervenção formal

Inventario habilidades del cuidador:: estructura factorial en una muestra de participantes portugueses

Introduction: The Caregiver Skills Inventory translated from the original Caring Ability Inventory (CAI) by Ngozi Nkongho (1999) was designed to measure skills that are self-perceived by informal caregivers. Considering that some caregivers may not be able to care for dependants and that knowledge about this problem is still lacking, it is justified to develop research in this area. Objectives: To evaluate the psychometric properties, namely the factorial structure and internal consistency; Self-perceived skills by informal caregivers. Methods: A cross-sectional observational study with a methodological focus was carried out in a community context, in a sample of 214 participants (86.9% women), with a mean age of 51.07 years. 63.6% of the participants live in rural areas; 66.8% have a partner; 57.5% studied up to the 3rd cycle of basic education, 65.9% have a highly functional family, 51.9% are in a nuclear or simple family. The internal consistency was studied and a confirmatory factorial analysis of the Caring Ability Inventory of Ngozi Nkongho (1999) was performed. Results: The internal consistency study of the Caring Ability Inventory by Ngozi Nkongho (1999), Spanish version of the Skills Inventory of the Caretaker of Berdejo & Parra (2008), confirmed the original structure, presenting three factors: Factor 1 - Knowledge (α=0.78); Factor 2 - Courage (α=0.65); Factor 3 - Patience (α=0.78). The Cronbach's alpha value for the CAI global was 0.84. Overall, 45.3% of the participants had acceptable skills to care for, 27.6% had very adequate care skills, and in 27.1% the skills were inadequate. Conclusions: This research contributes to the study of the psychometric properties of the Caring Ability Inventory, in a sample of the Portuguese population. The comparative analysis of the findings of the present investigation with the results obtained by Ngozi Nkongho (1999) revealed that, in the present study, the factorial structure is maintained and that the internal consistency values in the Global Note coincide (α=0.84), but in Knowledge and Courage factors are lower and in the Patience factor higher. The assessment of an instrument to measure the abilities of caregivers empowers nurses to implement their assessment and measurement in clinical practice in order to identify the most vulnerable clusters, that is, the groups of caregivers with less skill and to elaborate a proposal for intervention in terms of aid/formal intervention.Introdução: O Inventário de Habilidades do Cuidador traduzido do original Caring Ability Inventory (CAI) de Ngozi Nkongho (1999) foi projetado para medir as habilidades autopercecionadas pelos cuidadores informais. Considerando que alguns cuidadores poderão não estar capacitados com habilidades para cuidar de pessoas dependentes e que o conhecimento acerca desta problemática é ainda deficitário, justifica-se desenvolver investigação neste domínio. Objetivos: Avaliar as propriedades psicométricas, nomeadamente a estrutura fatorial e a consistência interna; classificar as habilidades autopercecionadas pelos cuidadores informais. Métodos: Estudo transversal de natureza observacional com foco metodológico, realizado em contexto comunitário, numa amostra de 214 participantes (86,9% mulheres), com uma média de 51,07 anos. Residem em meio rural 63,6% dos participantes; 66,8% possuem companheiro(a); 57,5% possuem até ao 3.º ciclo do ensino básico, 65,9% com família altamente funcional, 51,9% estão inseridos numa família nuclear ou simples. Foi estudada a consistência interna e realizada uma análise fatorial confirmatória do Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999). Resultados: O estudo da consistência interna do Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999), versão espanhola Inventário de Habilidades do Cuidador de Berdejo & Parra (2008), confirmou a estrutura original, apresentando três (3) fatores relativos a: fator 1- Conhecimento (α= 0.78); fator 2 – Coragem (α=0. 65); fator 3 - Paciência (α= 0.78). O valor de Alfa de Cronbach para o global do CAI foi de 0,84. No global, 45,3 % dos participantes detêm adequadas habilidades para cuidar, 27,6% têm habilidades de cuidados muito adequadas, sendo que em 27,1% as habilidades são inadequadas. Conclusões: Esta investigação aporta o estudo das propriedades psicométricas do Caring Ability Inventory , numa amostra da população portuguesa. A análise comparativa dos achados da presente investigação com os resultados obtidos por Ngozi Nkongho (1999) revelou que, no presente estudo, a estrutura fatorial se mantém e que os valores de consistência interna na Nota Global são coincidentes (α=0.84), porém nos fatores Conhecimento e Coragem são mais baixos e no factor Paciência mais altos. A aferição de um instrumento de medida das habilidades dos cuidadores potencia que as/os enfermeiras/os implementem na prática clínica a sua avaliação e mensuração, de modo a identificar os clusters mais vulneráveis, ou seja, os grupos de cuidadores com menos habilidades e elaborar uma proposta de intervenção em termos de ajuda/intervenção formal.Introducción: El Inventario de Habilidades del Cuidador traducido del original Caring Ability Inventory (CAI) de Ngozi Nkongho (1999) fue diseñado para medir las habilidades autoperceciadas por los cuidadores informales. Considerando que algunos cuidadores pueden no estar capacitados con habilidades para cuidar de las personas dependientes y que el conocimiento sobre esta problemática es todavía deficitario, se justifica desarrollar investigación en este ámbito. Objetivos: Evaluar las propiedades psicométricas, en particular la estructura factorial y la consistencia interna; clasificar las habilidades autopercezadas por los cuidadores informales. Métodos: Estudio transversal de naturaleza observacional con enfoque metodológico, realizado en contexto comunitario, en una muestra de 214 participantes (86,9% mujeres), con una media de 51,07 años. Residen en medio rural el 63,6% de los participantes; El 66,8% tiene compañero (a); El 57,5% posee hasta el 3º ciclo de la enseñanza básica, el 65,9% con familia altamente funcional, el 51,9% está insertado en una familia nuclear o simple. Se estudió la consistencia interna y se realizó un análisis factorial confirmatorio del Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999). Resultados: El estudio de la consistencia interna del Caring Ability Inventory de Ngozi Nkongho (1999), versión española Inventario de Habilidades del Cuidador de Berdejo & Parra (2008), confirmó la estructura original, presentando tres (3) factores: factor 1- Conocimiento α = 0.78); factor 2 - Coraje (α = 0 65); factor 3 - Paciencia (α = 0.78). El valor de Alfa de Cronbach para el global del CAI fue de 0,84. En total, el 45,3% de los participantes tiene adecuadas habilidades para cuidar, el 27,6% tiene habilidades de cuidado muy adecuadas, siendo que en el 27,1% las habilidades son inadecuadas. Conclusiones: Esta investigación aporta el estudio de las propiedades psicométricas del Caring Ability Inventory, en una muestra de la población portuguesa. El análisis comparativo de los hallazgos de la presente investigación con los resultados obtenidos por Ngozi Nkongho (1999) reveló que, en el presente estudio, la estructura factorial se mantiene y que los valores de consistencia interna en la Nota Global son coincidentes (α = 0.84), pero en los casos Los factores de conocimiento y coraje son más bajos y en el factor de paciencia más altos. La medición de un instrumento de medida de las habilidades de los cuidadores potencia que las / las enfermeras / os implementen en la práctica clínica su evaluación y medición, para identificar los clusters más vulnerables, o sea, los grupos de cuidadores con menos habilidades y elaborar una propuesta de intervención en términos de ayuda / intervención formal

Correction: MiR-277/4989 regulate transcriptional landscape during juvenile to adult transition in the parasitic helminth Schistosoma mansoni.

[This corrects the article DOI: 10.1371/journal.pntd.0005559.]

Sma-miR-277 family predicted targets downregulated in developing female parasites.

<p>Fold change expression (Log₂) of high confidence targets of sma-miR-277 family during the development of male and female worms in two conditions: paired (solid line red) and unpaired (dashed green). Black lines represent the mean expression of genes in paired (solid black line) and unpaired (dashed black line) worms.</p

High confidence targets of the sma-miR-277 family identified with a combined approach (Sylamer, miRanda and TargetScan with conservation).

<p>F = female; M = male.</p

MiRNA target prediction based on both miRNA-unaware and miRNA-guided approaches.

<p>(A) Sylamer enrichment landscape plots for 7mers in male (top) and female (bottom) expression data. The x-axis represents a list of transcripts, ranked from more expressed in juveniles to more expressed in adults. The y-axis represents the significance values acquired for each 7mer at each position in the ranked list of transcripts. Coloured boxes represent the fraction of transcripts significantly (adjusted p-value < 0.01) differentially expressed between juvenile and adult worm as found using DESeq2. These transcripts were subsequently filtered based on the presence of the 7mers TGCATTT or GCATTTA as found by Sylamer. The resulting sets are referred to as Male and Female Sylamer genes. (B) Venn Diagram showing the intersection of Male and Female Sylamer genes with schistosome-conserved miRNA targets as found using TargetScan with conservation + miRanda. The overlap represents transcripts with highly conserved sma-miR-277 target sites across the three <i>Schistosome</i> spp (S. <i>mansoni</i>, <i>S</i>. <i>haematobium</i> and S. <i>japonicum</i>) that are also significantly down regulated during worm development.</p

Sma-miR-277 and sma-miR-4989 belong to a gene cluster.

<p>(A) The genomic locus in Chromosome 4 of sma-miR-277 and sma-miR-4989 suggests they belong to a gene cluster. The average distance between genes (represented by coloured boxes) is 109 bases. Here the mature miRNAs (sma-miR2-277 and sma-miR-4989) and passenger miRNAs are represented with coverage plot and aligned reads from one of the small RNA libraries. (B) Predicted stem-loop structures for sma-miR-277 and sma-miR-4989 –individual cases. Mature miRNAs are located in the 3’-end of the hairpin. (C) Due to the cluster organisation of sma-miR-277/sma-miR-4989, it is likely that they are transcribed as one precursor RNA molecule. This figure represents the predicted stem-loop structure for sma-miR-277/sma-miR-4989 when arising from a larger transcript.</p

Sma-miR-4989 is expressed in the cells surrounding the oesophagus and cells of the tegument in adult worms.

<p>Whole mount <i>in situ</i> hybridisation for (A) <i>cathepsin B</i>, (B) sma-miR-124a-3p (<i>124a</i>), and (C) sma-miR-4989. (D) Fluorescence <i>in situ</i> hybridisation showing the colocalization of sma-miR-4989 with four co-expressed tegument-specific mRNAs (<i>calpain</i>, <i>npp-5</i>, <i>annexin</i> and <i>gtp-4</i>). Nuclei are stained with DAPI and shown in blue. Anterior of worms is to the left in A-C. Scale Bars: A-C 100 μm; D 10 μm.</p

Sma-miR-4989 is significantly up-regulated during male and female maturation.

<p>Fold change expression of sma-miR-4989 during development of juvenile to adult worms in male (blue bars) and females (red bars) as measured by RT-qPCR. Samples were collected at the time points (days post infection) indicated in the x-axis from murine hosts infected with pooled (mixed sex) cercariae. Each barplot represents the mean of three biological replicates. T-tests were performed between 49 d.p.i. and 28 d.p.i. and were both significant with p-value ≤ 0.01. Error bars show the standard error of the mean, based on three biological replicates.</p