Automatic Recognition of Mammal Genera on Camera-Trap Images using Multi-Layer Robust Principal Component Analysis and Mixture Neural Networks

The segmentation and classification of animals from camera-trap images is due to the conditions under which the images are taken, a difficult task. This work presents a method for classifying and segmenting mammal genera from camera-trap images. Our method uses Multi-Layer Robust Principal Component Analysis (RPCA) for segmenting, Convolutional Neural Networks (CNNs) for extracting features, Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO) for selecting features, and Artificial Neural Networks (ANNs) or Support Vector Machines (SVM) for classifying mammal genera present in the Colombian forest. We evaluated our method with the camera-trap images from the Alexander von Humboldt Biological Resources Research Institute. We obtained an accuracy of 92.65% classifying 8 mammal genera and a False Positive (FP) class, using automatic-segmented images. On the other hand, we reached 90.32% of accuracy classifying 10 mammal genera, using ground-truth images only. Unlike almost all previous works, we confront the animal segmentation and genera classification in the camera-trap recognition. This method shows a new approach toward a fully-automatic detection of animals from camera-trap images

Monitoreo participativo de la biodiversidad en la Ciénaga de San Silvestre, Barrancabermeja (Santander-Colombia)

Between March 2021 and April 2022, researchers from the Humboldt Institute, together with the community of the Campo Gala village and three fishermen's associations from the municipality of Barrancabermeja (Santander-Colombia), within the framework of the Fibras Agreement, designed and implemented a participatory monitoring promoted under the local interest to know what is the quality status of the swamp and the San Silvestre stream? This interest arose considering that this swampy complex is one of the most important for the municipality of Barrancabermeja and its surroundings, since it is home to the greatest amount of biodiversity and species of economic and ecological importance such as the bocachico and the manatee, and from there supplies water for the aqueduct of the entire area. For the methodological development of the participatory monitoring scheme, nine participatory meetings were held to strengthen capacities in the identification of environmental problems, formulation of research questions, registration, systematization and analysis of data, and information dissemination processes for decision-making. . In the monitoring exercise, simple observation and measurement techniques of different physicochemical parameters were used. The results obtained from the registration events carried out during seven months, showed that of twelve sampling points at least eight are of great concern due to low environmental quality, especially due to the presence of heavy metals in fishing areas for consumption and sale, these results They may be associated with the effects of certain economic activities such as the exploitation of hydrocarbons, unsustainable tourism and agro-industry that to date is generating water quality problems and damage to public health.Entre marzo de 2021 y abril de 2022, investigadoras del Instituto Humboldt de manera conjunta con la comunidad de la vereda Campo Gala y tres asociaciones de pescadores y pescadoras del municipio de Barrancabermeja (Santander-Colombia) en el marco del Convenio Fibras diseñaron e implementaron un esquema de monitoreo participativo impulsado bajo el interés local de conocer ¿cuál es el estado de calidad de la ciénaga y el caño San Silvestre? Este interés surgió considerando que este complejo cenagoso es uno de los más importantes para el municipio de Barrancabermeja y sus alrededores pues en él se alberga la mayor cantidad de biodiversidad y especies de importancia económica y ecológica como el bocachico y el manatí, y de allí se surte el agua para el acueducto de toda la zona. Para el desarrollo metodológico del esquema de monitoreo participativo se realizaron nueve encuentros participativos de fortalecimiento de capacidades en identificación de problemáticas ambientales, formulación de preguntas de investigación, registro, sistematización y análisis de datos, y procesos de divulgación de la información para la toma de decisiones. En el ejercicio de monitoreo se utilizaron técnicas sencillas de observación y medición de diferentes parámetros fisicoquímicos.  Los resultados obtenidos a partir de los  eventos de registro realizados durante siete meses, mostraron que de doce puntos de muestreo al menos ocho son de gran preocupación por baja calidad ambiental especialmente por presencia de metales pesados en zonas de pesca para consumo y venta, estos resultados pueden estar asociados a efectos de ciertas actividades económicas como la explotación de hidrocarburos, turismo no sostenible y agroindustria que a la fecha está generando problemas de calidad de agua y daños en la salud pública

Expediciones Humboldt: San Francisco, Cundinamarca

Este informe presenta los resultados de la caracterización biológica de uno de los últimos grandes corredores ecológicos del territorio CAR, ubicado en el margen occidental del altiplano cundiboyacense. Este corredor, también conocido como el Espcarpe, incluye áreas prioritarias para la conservación de bosques alto andinos y páramos de la provincia de Gualivá y hace parte del Corredor de Conservación Bogotá-Región. Esperamos que esta información producto de la capacidad científica del Instituto Humboldt, sea relevante y útil en las decisiones de planificación estratégica tanto en el ordenamiento territorial de los municipios de San Francisco, Subachoque y Supatá, como para las decisiones de conservación de la Corporación Autónoma Regional.BogotáCiencias Básicas de la Biodiversida

Expedición Colombia BIO. Biodiversidad y conservación de los sistemas subterráneos y ambientes exocársticos asociados en El Peñón, Santander, Colombia

La primera Expedición de Biodiversidad Colombia BIO - Instituto Humboldt se llevó a cabo en el municipio del Peñón en Santander, con el objetivo de abordar la diversidad de fauna y flora en los ecosistemas subterráneos (endocársticos) y los ambientes superficiales (exocársticos) asociados a las cuevas.BogotáSubdirección de Investigacione

Expediciones Humboldt: Honda-Méndez, Tolima

Este informe presenta los resultados de la caracterización biológica de uno de los bosques secos con mejor estado de conservación en el departamento del Tolima, ubicado entre los municipio de Honda, Méndez y Armero-Guayabal. Estos bosques se encuentran en una matriz de ganadería y producción agropecuaria, donde las coberturas boscosas son conservadas por los propietarios, conscientes de la importancia de este ecosistema para la provisión de bienes y servicios ecosistémicos. Esperamos que esta información producto de la capacidad científica del Instituto Humboldt, sea relevante y útil en las decisiones de planificación estratégica tanto en el ordenamiento territorial de los municipios de Honda, Méndez y Armero-Guayabal, como para las decisiones de conservación que se tomen en la regiónBogotáCiencias Básicas de la Biodiversida

Diversidad, abundancia relativa y patrones de actividad de los mamíferos medianos y grandes, asociados a los bosques riparios del río Bita, Vichada, Colombia

La diversidad de mamíferos en la cuenca del Orinoco es derivada de la mezcla de especies de diferentes regiones biogeográficas y es poco conocida. Por lo tanto se emplearon técnicas de fototrampeo para el registro de los mamíferos medianos y grandes asociados al bosque ribereño en la cuenca alta y media del río Bita, Vichada, Colombia. Se estimó la diversidad, el índice de abundancia relativa y los patrones de actividad. Se instalaron 77 cámaras trampa a lo largo de 200 km del río en dos periodos hidroclimáticos (baja y alta precipitación). Se obtuvieron en total 16439 imágenes, con un esfuerzo de muestreo de 7700 días-trampa. Se registraron 24 especies de mamíferos, agrupados en 17 familias y 9 órdenes. El índice de diversidad de Shannon-Wiener obtenido a través de este método fue H ́= 1,995, las especies mejor representadas a través del índice de abundancia relativa fueron Tayassu pecari (IAR = 0,176, n = 1360), Cuniculus paca (IAR = 0,174, n = 1346), Tapirus terrestris (IAR = 0,144, n = 1114) y Dasyprocta fuliginosa(IAR = 0,116, n=900). En términos de patrones de actividad Dasyprocta fuliginosa presentó patrones de actividad diurnos, Leopardus pardalis catemeral, Tayassu pecari crepuscular matutino, Cuniculus paca y Didelphis marsupialis nocturna y Tapirus terrestris crepuscular vespertino. Esta información puede ser de utilidad para la generación de programas para el manejo y conservación de la mastofauna en la cuenca del río Bita.Bogotá, Colombi

Differential reporting of biodiversity in two citizen science platforms during COVID-19 lockdown in Colombia

The COVID-19 pandemic highlighted the potential of using data from long-term citizen science projects to answer questions about the impacts of unexpected events on biodiversity. We evaluate the suitability of data from the citizen science platforms iNaturalist and eBird to describe the effects of the "anthropause" on biodiversity observation in Colombia. We compared record distribution according to human footprint, sampling behaviors, overall and conservation priority species composition during the strictest phase of the COVID-19 lockdown in 2020 to the same periods in 2015-2019. Overall participation in both platforms during the lockdown was high when compared to previous years, but records were concentrated on highly-transformed regions, had lower sampling efforts, and fewer species were recorded. For eBird, species composition was similar to that observed in previous years, and records of species of conservation concern declined in proportion to the decrease in overall species richness across samples. For iNaturalist, the species pool sampled each year remained too dissimilar for comparisons. Once differences in observer behaviors are accounted for, data from these platforms can be used in unplanned comparisons of relatively common species, in regions with high levels of human transformation, and at narrowly defined geographical contexts. To increase the potential of citizen science to monitor rarer species, more natural areas, or be used in large-scale analyses, we need to build and strengthen more diverse networks of observers that can further promote decentralization, democratization, and cost-effectiveness in biodiversity research

Monitoreo a procesos de restauración ecológica aplicado a ecosistemas terrestres

Esta guía materializa mas de dos años de trabajo, pretende ser una herramienta sencilla y muy gráfica a aquellos que están implementando, redactando y evaluando proyectos de restauración ecológica y que quieran estructurar un buen plan de monitoreo a diversos componentes del ecosistema a intervenir (e.g. flora, fauna, suelos). Por esto, en sus dos capítulos y trece secciones, el libro ha querido abarcar desde los aspectos conceptuales del monitoreo hasta las técnicas para diversos grupos, seleccionando indicadores simples pero a la vez robustos. Esperamos que esta guía se convierta en una herramienta de referencia para la comunidad científica y sobre todo para los practicantes de la restauración ecológica.Bogotá, D. C., ColombiaInstituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humbold

Biodiversidad en la cuenca del Orinoco II. Áreas prioritarias para la conservación y uso sostenible

El presente libro avanza notablemente en la búsqueda de respuestas que nos lleven a una mejor comprensión no solo de la Orinoquia, sino de nuestra responsabilidad institucional y social con este territorio de importancia global, responsabilidad que debe partir del reconocimiento general de que la Orinoquia no es un recurso ilimitado, sino un hábitat rico y complejo, y que toda intervención debe tener como objetivo que lo siga siendo para beneficio de todos, hoy y siempre