Iodine budget in forest soils: Influence of environmental conditions and soil physicochemical properties

International audienceDue to its longevity, radioisotope 129I is a health concern following potential releases in the environment which raises questions about residence and exposure times relevant for risk assessments. We deter¬mined 127I concentrations (as a surrogate for 129I) in a series of French forest soils (i.e. litters, humus and mineral soils) under different vegetation and climate conditions in order to identify the major processes affecting its accumulation and persistence in the soil column. The input fluxes linked to rainfall, throughfall and litterfall were also characterized. Main results obtained showed that: (i) rainfall iodine concentrations probably influenced those of litterfall through absorption by leaves/needles returning to the ground; (ii) throughfall was the major iodine input to soils (mean = 83%), compared to litterfall (mean = 17%); (iii) humus represented a temporary storage of iodine from atmospheric and biomass deposits; (iv) iodine concentrations in soils depended on both the iodine inputs and the soil's ability to retain iodine due to its organic matter, total iron and aluminium concentrations; (v) these soil properties were the main factors influencing the accumulation of iodine in the soil column, resulting in residence times of 419-1756 years; and (vi) the leaching of iodine-containing organic matter dissolved in soil solution may be an important source of labile organic iodine for groundwater and streams

Radiological dose reconstruction for birds reconciles outcomes of Fukushima with knowledge of dose-effect relationships

International audienceWe reconstructed the radiological dose for birds observed at 300 census sites in the 50-km northwest area affected by the accident at the Fukushima Daiichi nuclear power plant over 2011-2014. Substituting the ambient dose rate measured at the census points (from 0.16 to 31μGy h-1) with the dose rate reconstructed for adult birds of each species (from 0.3 to 97μGy h-1), we confirmed that the overall bird abundance at Fukushima decreased with increasing total doses. This relationship was directly consistent with exposure levels found in the literature to induce physiological disturbances in birds. Among the 57 species constituting the observed bird community, we found that 90% were likely chronically exposed at a dose rate that could potentially affect their reproductive success. We quantified a loss of 22.6% of the total number of individuals per increment of one unit log10-tansformed total dose (in Gy), over the four-year post-accident period in the explored area. We estimated that a total dose of 0.55 Gy reduced by 50% the total number of birds in the study area over 2011-2014. The data also suggest a significant positive relationship between total dose and species diversity. © 2015, Nature Publishing Group. All rights reserved

Effects of radionuclide contamination on leaf litter decomposition in the Chernobyl exclusion zone

The effects of radioactive contamination on ecosystem processes such as litter decomposition remain largely un- known. Because radionuclides accumulated in soil and plant biomass can be harmful for organisms, the function- ing of ecosystems may be altered by radioactive contamination. Here, we tested the hypothesis that decomposition is impaired by increasing levels of radioactivity in the environment by exposing uncontaminated leaf litter from silver birch and black alder at (i) eleven distant forest sites differing in ambient radiation levels (0.22–15 μGy h−1) and (ii) along a short distance gradient of radioactive contamination (1.2–29 μGy h−1) within a single forest in the Chernobyl exclusion zone. In addition to measuring ambient external dose rates, we estimat- ed the average total dose rates (ATDRs) absorbed by decomposers for an accurate estimate of dose-induced eco- logical consequences of radioactive pollution. Taking into account potential confounding factors (soil pH, moisture, texture, and organic carbon content), the results from the eleven distant forest sites, and from the single forest, showed increased litter mass loss with increasing ATDRs from 0.3 to 150 μGy h−1. This unexpected result may be due to (i) overcompensation of decomposer organisms exposed to radionuclides leading to a higher decomposer abundance (hormetic effect), and/or (ii) from preferred feeding by decomposers on the un- contaminated leaf litter used for our experiment compared to locally produced, contaminated leaf litter. Our data indicate that radio-contamination of forest ecosystems over more than two decades does not necessarily have detrimental effects on organic matter decay. However, further studies are needed to unravel the underlying mechanisms of the results reported here, in order to draw firmer conclusions on how radio-contamination affects decomposition and associated ecosystem processes

Initiation au Logiciel de statistiques R : Initiation à Rmarkdown

Editor’s note: The main purpose of the RDPLF (French Language Peritoneal Dialysis and Home Hemodialysis Registry) is to help physicians and nurses, caring for patients treated by home dialysis, to evaluate their clinical practices and also to conduct studies based on anonymous exports of the data base . To this end, since June 2019, a series of training articles on the use of free R-software is published quarterly with each issue of the Bulleti, de la Dialyse à Domicile. The goal is to allow all teams to perform basic statistics and quickly visualize their data. The first article in this tutorial was devoted to downloading and installing R software on Macintosh and PC computers: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513. The second article was devoted to graphical visualization of statistical data with the Esquisse package, easy to use and requiring little learning: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 The third article was devoted to ggplot2 package and required a learning effort, but it allows the realization of many types of visualizations, with renderings that can be of very high quality, and thus directly usable in publications : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i4.52303 This fourth article is devoted to Rmarkdown package As in the previous issues, an example file, taken from the RDPLF database will be used. The main text is only available in FrenchNDLR : Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. A cette fin, depuis juin 2019, un article de formation à l’utilisation du logiciel Libre R est publié trimestriellement à chaque parution du Bulletin de la Dialyse à Domicile. Le but est de permettre à toutes les équipes de réaliser des statistiques de bases et visualiser rapidement leur données. Le premier article de cette série d’initiation était consacré au téléchargment et à l’installation du logiciel R sur les ordinateurs Macintosh et PC : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513 . Le second article était consacré à la visualisation graphiques des données statistiques avec le package Esquisse, simple d’utilisation et nécessitant peu d’apprentissage : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 Le troisième article était consacré à la visualisation graphiques avec le Package ggplot2 : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i4.52303 Ce quatrième article explique comment générer un rapport d’analyse automatiquement, et de façon dynamique, en utilisant “Rmarkdown”. Il est expliqué ce qu’est Rmarkdown, son fonctionnement, et surtout, comment faire un rapport d’analyses statistiques automatisé, en pas à pas. Comme dans les numéros précédent un fichier exemple, tiré de la base de données du RDPLF sera utlisé. &nbsp

Initiation à la manipulation de données avec le package dplyr

Editor’s note: The main purpose of the RDPLF (French Language Peritoneal Dialysis and Home Hemodialysis Registry) is to help physicians and nurses, caring for patients treated by home dialysis, to evaluate their clinical practices and also to conduct studies based on anonymous exports of the data base . To this end, since June 2019, a series of training articles on the use of free R-software is published quarterly with each issue of the Bulleti, de la Dialyse à Domicile. The goal is to allow all teams to perform basic statistics and quickly visualize their data. The first article in this tutorial was devoted to downloading and installing R software on Macintosh and PC computers: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513. The second article was devoted to graphical visualization of statistical data with the Esquisse package, easy to use and requiring little learning: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 The third article was devoted to ggplot2 package and required a learning effort, but it allows the realization of many types of visualizations, with renderings that can be of very high quality, and thus directly usable in publications : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i4.52303 The fourth article was devoted to Rmarkdown package https://doi.org/10.25796/bdd.v3i1.54523 This fift article is devoted to the dpylr package, used for data manipulation. As in the previous issues, an example file, taken from the RDPLF database will be used.Résumé NDLR : Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. A cette fin, depuis juin 2019, un article de formation à l’utilisation du logiciel Libre R est publié trimestriellement à chaque parution du Bulletin de la Dialyse à Domicile. Le but est de permettre à toutes les équipes de réaliser des statistiques de bases et visualiser rapidement leur données. Le premier article de cette série d’initiation était consacré au téléchargment et à l’installation du logiciel R sur les ordinateurs Macintosh et PC : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513 . Le second article était consacré à la visualisation graphiques des données statistiques avec le package Esquisse, simple d’utilisation et nécessitant peu d’apprentissage : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 Le troisième article était consacré à la visualisation graphiques avec le Package ggplot2 : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i4.52303 Le quatrième article expliquait comment générer un rapport d’analyse automatiquement, et de façon dynamique, en utilisant “Rmarkdown” : https://doi.org/10.25796/bdd.v3i1.54523 Ce cinquième article est consacré à la manipulation des données avec le package dplyr : https://doi.org/10.25796/bdd.v3i1.54523 Comme dans les numéros précédent un fichier exemple, tiré de la base de données du RDPLF sera utlisé

Introduction à la data visualisation sous R, avec l’add in Esquisse

The main purpose of the RDPLF is to help home-based dialysis teams to evaluate their clinical practices and also to conduct studies based on anonymized data exports they can obtain from the RDPLF. To this end, since June 2019, a training articles on the use of free R software is published quarterly with each issue of the Bulletin de la Dialyse à Domicile.  The goal is to allow all teams to perform basic statistics and quickly visualize their data.The first article in this tutorial was devoted to downloading and installing R software on Macintosh and PC computers: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513. This second article is devoted to graphic visualization of statistical data.  Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. A cette fin, depuis juin 2019, un article de formation à l'utilisation du logiciel Libre R est publié trimestriellement à chaque parution du Bulletin de la Dialyse à Domicile. Le but est de permettre à toutes les équipes de réaliser des statistiques de  bases  et visualiser rapidement leur données. Le premier article de cette série d'initiation était consacré au téléchargment et à l'installation du logiciel R sur les ordinateurs Macintosh et PC : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513 . Ce second article est consacré à la visualisation graphiques des données statistiques

Réaliser des tableaux de bord avec le logiciel R

Résumé NDLR : Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. A cette fin, depuis juin 2019, un article de formation à l’utilisation du logiciel Libre R est publié trimestriellement à chaque parution du Bulletin de la Dialyse à Domicile. Le but est de permettre à toutes les équipes de réaliser des statistiques de bases et visualiser rapidement leur données. Le premier article de cette série d’initiation était consacré au téléchargment et à l’installation du logiciel R sur les ordinateurs Macintosh et PC : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513 . Le second article était consacré à la visualisation graphiques des données statistiques avec le package Esquisse, simple d’utilisation et nécessitant peu d’apprentissage : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 Le troisième article était consacré à la visualisation graphiques avec le Package ggplot2 : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i4.52303 Le quatrième article expliquait comment générer un rapport d’analyse automatiquement, et de façon dynamique, en utilisant “Rmarkdown” : https://doi.org/10.25796/bdd.v3i1.54523 Ce cinquième article est consacré à la manipulation des données avec le package dplyr : https://doi.org/10.25796/bdd.v3i1.54523 Comme dans les numéros précédent un fichier exemple, tiré de la base de données du RDPLF sera utlisé. Biographie de l'auteur Claire Della Vedova, 1087 chemin de Sainte Roustagne, 04100 MANOSQUE, France Claire Della Vedova est Ingénieure en biostatistique / data analyste, Elle utilise quotidiennement le logiciel R pour analyser des données. Elle a travaillé pendant plus de 15 ans dans les domaines de l’environnement et de la santé, et a formé de nombreux étudiants et chercheurs à l’utilisation de R. Elle anime depuis novembre 2017 le blog Statistique et Logiciel R dont le but est d’aider les débutants à mieux appréhender les méthodes statistiques classiques et à utiliser le logiciel R plus efficacement, notamment au travers de tutoriels : https://statistique-et-logiciel-r.com/

Initiation au Logiciel de statistiques R : réalisez vos premières visualisations avec le package ggplot2

Editor’s note: The main purpose of the RDPLF (French Language Peritoneal Dialysis and Home Hemodialysis Registry) is to help physicians and nurses, caring for patients treated by home dialysis, to evaluate their clinical practices and also to conduct studies based on anonymous exports of the data base . To this end, since June 2019, a series of training articles on the use of free R-software is published quarterly with each issue of the Bulleti, de la Dialyse à Domicile. The goal is to allow all teams to perform basic statistics and quickly visualize their data. The first article in this tutorial was devoted to downloading and installing R software on Macintosh and PC computers: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513. The second article was devoted to graphical visualization of statistical data with the Esquisse package, easy to use and requiring little learning: https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 This third article is devoted to this ggplot2 package and requires a learning effort, but it allows the realization of many types of visualizations, with renderings that can be of very high quality, and thus directly usable in publications. As in the previous issues, an example file, taken from the RDPLF database will be used. Claire Della Vedova is an engineer in biostatistics / data analyst, she daily uses the software R to analyze data. She has worked for more than 15 years in the fields of environment and health, and has trained many students and researchers in the use of R. She runs since November 2017 the blog Statistics and Software R whose goal is to help beginners to better understand the standard statistical methods and to use the R software more effectively, especially through tutorials: https://statistique-et-logiciel-r.com/.NDLR : Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. A cette fin, depuis juin 2019, un article de formation à l’utilisation du logiciel Libre R est publié trimestriellement à chaque parution du Bulletin de la Dialyse à Domicile. Le but est de permettre à toutes les équipes de réaliser des statistiques de bases et visualiser rapidement leur données. Le premier article de cette série d’initiation était consacré au téléchargment et à l’installation du logiciel R sur les ordinateurs Macintosh et PC : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i2.20513 . Le second article était consacré à la visualisation graphiques des données statistiques avec le package Esquisse, simple d’utilisation et nécessitant peu d’apprentissage : https://doi.org/10.25796/bdd.v2i3.21313 Ce troisième article est consacré au package ggplot2 et nécessite un effort d’apprentissage, mais il permet la réalisation de nombreux types de visualisations, avec des rendus qui peuvent être de très haute qualité, et ainsi directement utilisables dans des publications. Comme dans les numéros précédent un fichier exemple, tiré de la base de données du RDPLF sera utlisé. Claire Della Vedova est Ingénieure en biostatistique / data analyste, Elle utilise quotidiennement le logiciel R pour analyser des données. Elle a travaillé pendant plus de 15 ans dans les domaines de l’environnement et de la santé, et a formé de nombreux étudiants et chercheurs à l’utilisation de R. Elle anime depuis novembre 2017 le blog Statistique et Logiciel R dont le but est d’aider les débutants à mieux appréhender les méthodes statistiques classiques et à utiliser le logiciel R plus efficacement, notamment au travers de tutoriels : https://statistique-et-logiciel-r.com/. &nbsp

Introduction à l’analyse de données avec le logiciel R

Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. Toute évaluation ou étude à partir de données biologiques ou cliniques nécessite le recours à des calculs statistiques. Si les modèles complexes relèvent du spécialiste, nombre de calculs de base, tels que moyenne, médiane, etc.. sont à la portée de tous moyennant un minimum effort. Il existe un logiciel gratuit, «R», extrèmement puissant, qu’il est facile d’installer sur tout ordinateur et qui permet les calculs les plus simples comme les plus compliqués en fonction de ses compétences. Nous avons pensé que les lecteurs du BDD, infirmiers et infirmières comme médecins seraient intéressés à suivre une formation de base qui leur donnera l’autonomie pour des études simples ou compliquées qu’ils ou elles souhaiteraient mener. Le RDPLF se tient par ailleurs à leur disposition pour leur adresser tout fichier d’export anonymisé. Nous débutons avec ce numéro une série d’articles rédigée par Claire Della Vedova que nous remercions vivement pour l’aide apportée. Claire est Ingénieure en biostatistique / data analyste, Elle utilise quotidiennement le logiciel R pour analyser des données. Elle a travaillé pendant plus de 15 ans dans les domaines de l’environnement et de la santé, et a formé de nombreux étudiants et chercheurs à l’utilisation de R. Elle anime depuis novembre 2017 le blog Statistique et Logiciel R dont le but est d’aider les débutants à mieux appréhender les méthodes statistiques classiques et à utiliser le logiciel R plus efficacement, notamment au travers de tutoriels : https://statistique-et-logiciel-r.com/. Ce premier article est réservé à l’instatallation du logiciel gratuit R.Le RDPLF a pour but principal d’être une aide pour permettre aux équipes de dialyse à domicile d’évaluer leurs pratiques cliniques et également conduire des études à partir d’exports anonymisés des données qu’elles saisissent. Toute évaluation ou étude à partir de données biologiques ou cliniques nécessite le recours à des calculs statistiques. Si les modèles complexes relèvent du spécialiste, nombre de calculs de base, tels que moyenne, médiane, etc.. sont à la portée de tous moyennant un minimum effort. Il existe un logiciel gratuit, «R», extrèmement puissant, qu’il est facile d’installer sur tout ordinateur et qui permet les calculs les plus simples comme les plus compliqués en fonction de ses compétences. Nous avons pensé que les lecteurs du BDD, infirmiers et infirmières comme médecins seraient intéressés à suivre une formation de base qui leur donnera l’autonomie pour des études simples ou compliquées qu’ils ou elles souhaiteraient mener. Le RDPLF se tient par ailleurs à leur disposition pour leur adresser tout fichier d’export anonymisé. Nous débutons avec ce numéro une série d’articles rédigée par Claire Della Vedova que nous remercions vivement pour l’aide apportée. Claire est Ingénieure en biostatistique / data analyste, Elle utilise quotidiennement le logiciel R pour analyser des données. Elle a travaillé pendant plus de 15 ans dans les domaines de l’environnement et de la santé, et a formé de nombreux étudiants et chercheurs à l’utilisation de R. Elle anime depuis novembre 2017 le blog Statistique et Logiciel R dont le but est d’aider les débutants à mieux appréhender les méthodes statistiques classiques et à utiliser le logiciel R plus efficacement, notamment au travers de tutoriels : https://statistique-et-logiciel-r.com/. Ce premier article est réservé à l’instatallation du logiciel gratuit R

Transforming Acute Ecotoxicity Data into Chronic Data: A Statistical Method to Better Inform the Radiological Risk for Nonhuman Species

International audienceEcotoxicity data are required to support the derivation of ecological protection criteria, whatever the stressor involved. However their availability is reduced, especially with regard to chronic exposure conditions. As it is much easier to acquire acute toxicity data, these ones are more common. In line with the methods intended to make the best use of the available knowledge, we investigated how one of the methods proposed for chemicals to extract chronic information from acute toxicity data could be transposed to radiotoxicity. We proposed the ACTR (Acute to Chronic Transformation for Radiotoxicity data) method. Once the methodological aspect of the ACTR approach fully developed, we introduce the concept of Endpoint Sensitivity Distribution (ESD), and then compare purely chronic and ACTR-built ESDs for a set of taxa