Histological analysis and transcription profiles on somatic embryogenesis in interspecific hybrids of Elaeis guineensis × E. oleifera.

Elaeis guineensis (African oil palm) and E. oleife- ra (American oil palm) are bred to attain high oil yields, disease resistances, and decelerated shoot elongation. We cultivated immature zy- gotic embryos from backcrossed and F1 inter- specific progenies on media containing 110, 150, or 200 mg·l?1 2,4-diclorophenoxyacetic acid (2,4- D) to obtain embryogenic cultures

Morfo-anatomia e expressão gênica na clonagem de embriões de Elaeis guineensis x E. oleifera.

Hibridação interespecífica de Elaeis guineensis(tipo tenera, oriundo de cruzamento entre os tipos pisiferae dura) e E. oleiferae retrocruzamentos são utilizados com o intuito de obter plantas altamente produtivas, com crescimento lento do estipe, e resistência a doenças como o amarelecimento fatal. Contudo, as progênies obtidas podem apresentar variabilidadeo que dificulta a análise do progressodo melhoramento. A clonagem in vitrode embriões zigóticos pode contribuir para a redução destes efeitos. Resultados experimentais mostraram queduas linhagens decalossubmetidas a diferentes condições apresentaram morfologia “tipicamente embriogênica” e“de exaustão de capacidade embriogênica”. O presente trabalho teve como objetivo analisar anatomia e expressão gênica nestas linhagens e correlacioná-las com a morfologia. Calosdas duas linhagens foram induzidos emembriões zigóticos da progênie RC585, utilizando o meio de cultura Murashige & Skoog(MS), suplementado com 2,4-D a 150 mg.L-1. Após a indução, setores embriogênicos foram transferidos para meio MS suplementado com 8,8 mg.L-1de 2,4-D (meio de multiplicação/maturação). A linhagem 509 foi mantida assim até estocagem a -80oC. A linhagem 511B foi obtida após cultivo emmeio MS suplementado com1 mg.L-1 de 2,4-D e a posterior transferência de estruturas (“ear-like”) embriogênicas isoladas para MS com 10 M de Picloramousem reguladores de crescimento. A morfologia foi examinada em microscópio estereoscópicoea anatomia foi estudadaporinclusão em historesina e cortes seriados em micrótomo. A expressão dos genes SERK(SOMATIC EMBRYOGENESIS RELATED KINASE), DEHYDRINe DEFENSINfoi avaliada nas duas linhagens por reverse transcription-PCR. A identidade dos ampliconsfoi confirmada por sequenciamento.O aspecto morfológico da linhagem 509 levou à sua classificação como tipicamente embriogênica, com presençadecomplexos poli-embrionários. Observou-seembriões maduros, com diferenciação completa da periderme e do pró-câmbio e outros em fase de organização da protoderme. Na linhagem 511B,oscalos eram compactos, com presença de tricomas e raízes. Os tricomas tinham estrutura simples, havia vasos totalmente diferenciados e inclusões de fenol. Esta linhagem, embora inicialmente tenha sido similar à 509,sofria exaustão da capacidade embriogênica,após tentativas de multiplicação e de indução da embriogênese secundária em meio de cultura com concentrações reduzidas de auxina. Foram observados, porém, resquícios de áreas meristemáticas, o que pode ser parte da explicação para a surpreendente semelhança verificada quanto à expressão da SERK: a aquisição da totipotência. Também não foram observadas diferenças quanto à expressão dos genes DEHYDRINe DEFENSIN, resultado interpretado como consequência do estresse imposto pela presença do 2,4-D

Arabinogalactan-protein and pectin epitopes in relation to an extracellular matrix surface network and somatic embryogenesis and callogenesis in Trifolium nigrescens Viv

The formation of an extracellular matrix surface network (ECMSN), and associated changes in the distribution of arabinogalactan-protein and pectin epitopes, have been studied during somatic embryogenesis (SE) and callogenesis of Trifolium nigrescens Viv. Scanning electron microscopy observations revealed the occurrence of an ECMSN on the surface of cotyledonary-staged somatic embryos as well as on the peripheral, non-regenerating callus cells. The occurrence of six AGP (JIM4, JIM8, JIM13, JIM16, LM2, MAC207) and four pectin (JIM5, JIM7, LM5, LM6) epitopes was analysed during early stages of SE, in cotyledonary-staged somatic embryos and in non-embryogenic callus using monoclonal antibodies. The JIM5 low methyl-esterified homogalacturonan (HG) epitope localized to ECMSN on the callus surface but none of the epitopes studied were found to localize to ECMSN over mature somatic embryos. The LM2 AGP epitope was detected during the development of somatic embryos and was also observed in the cell walls of meristematic cells from which SE was initiated. The pectic epitopes JIM5, JIM7, LM5 and LM6 were temporally regulated during SE. The LM6 arabinan epitope, carried by side chains of rhamnogalacturonan-I (RG-I), was detected predominantly in cells of embryogenic swellings, whilst the LM5 galactan epitope of RG-I was uniformly distributed throughout the ground tissue of cotyledonary-staged embryoids but not detected at the early stages of SE. Differences in the distribution patterns of low and high methyl-esterified HG were detected: low ester HG (JIM5 epitope) was most abundant during the early steps of embryo formation and highly methyl-esterified form of HG (JIM7 epitope) became prevalent during embryoid maturation

Who is who in the mailing list? Comparing six disambiguation heuristics to identify multiple addresses of a participant

Many software projects adopt mailing lists for the communication of developers and users. Researchers have been mining the history of such lists to study communities' behavior, organization, and evolution. A potential threat of this kind of study is that users often use multiple email addresses to interact in a single mailing list. This can affect the results and tools, when, for example, extracting social networks. This issue is particularly relevant for popular and long-term Open Source Software (OSS) projects, which attract participation of thousands of people. Researchers have proposed heuristics to identify multiple email addresses from the same participant, however there are few studies analyzing the effectiveness of these heuristics. In addition, many studies still do not use any heuristics for authors' disambiguation, which can compromise the results. In this paper, we compare six heuristics from the literature using data from 150 mailing lists from Apache Software Foundation projects. We found that the heuristics proposed by Oliva et al. and a Naïve heuristic outperformed the others in most cases, when considering the F-measure metric. We also found that the time window and the size of the dataset influence the effectiveness of each heuristic. These results may help researchers and tool developers to choose the most appropriate heuristic to use, besides highlighting the necessity of dealing with identity disambiguation, mainly in open source software communities with a large number of participants.Igor Scaliante Wiese, José Teodoro da Silva, Igor Steinmacher, Christoph Treude, Marco Aurélio Geros

Histological analysis and transcription profiles on somatic embryogenesis in interspecific hybrids of Elaeis guineensis × E. oleifera.

Elaeis guineensis (African oil palm) and E. oleife- ra (American oil palm) are bred to attain high oil yields, disease resistances, and decelerated shoot elongation. We cultivated immature zy- gotic embryos from backcrossed and F1 inter- specific progenies on media containing 110, 150, or 200 mg·l?1 2,4-diclorophenoxyacetic acid (2,4- D) to obtain embryogenic cultures.Made available in DSpace on 2013-11-29T22:24:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AS2013112813380519.pdf: 1639543 bytes, checksum: ffddcf7c11cd3c0131ea3c8befb3d473 (MD5) Previous issue date: 2013-11-29201