8 research outputs found

    Genetic diversity among `candidatus liberibacter asiaticus' isolates based on single nucleotide polymorphisms in 16s rrna and ribosomal protein genes

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    Citrus Huanglongbing (HLB) is one of the most destructive and widespread diseases of citrus, caused by `Candidatus Liberibacter', a non-cultured, phloem-restricted alpha-proteobacterium. In the present study, `Ca. Liberibacter' was detected in symptomatic citrus plants growing in the Karnataka state (South India) by amplification of 16S rRNA and P-operon ribosomal protein (beta-rp) genes, using PCR primers specific for African and Asian `Ca. Liberibacter'. Sequencing of the 16S rRNA amplified fragment revealed that `Ca. Liberibacter', here identified belongs to the species `Ca. Liberibacter asiaticus'. The alignments of 16S rRNA and ribosomal protein gene sequences of all known `Ca. Liberibacter asiaticus'-related, allowed to recognize Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs). Basing on SNP analysis, the strains were grouped in fourteen 16SrRNA SNP genetic lineages (16Sr-I to 16Sr-XIV) and three beta-rp SNP genetic lineages (rp-I to rp-III). Only the strains of `Ca. Liberibacter asiaticus' from the Karnataka state belonged to the genetic lineages 16Sr-I and rp-I. RFLP diagnostic tests on the discriminative 16S rRNA SNPs were set up to identify this lineage. These results revealed the presence of a new `Ca. Liberibacter asiaticus' genetic lineage in the Indian sub-continent, where at least four genetically diverse SNP lineages were found. These findings could open new opportunities for in-depth studies on biological niches and traits of `Ca. Liberibacter asiaticus'

    Caracterização química e mineralogia de solos antrópicos (terras pretas de índio) na amazônia central

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    Na Amazônia brasileira é comum a ocorrência de sítios arqueológicos. Frequentemente, observa-se que as ações humanas nesses sítios promoveram modificações significativas em muitas das características físicas, morfológicas e químicas dos solos desses ambientes, tornando-os muito diferentes dos solos adjacentes, especialmente nas áreas de terra firme da região. Embora muitos estudos tenham sido conduzidos visando compreender a magnitude dessas modificações e seus reflexos na gênese dos solos influenciados, muitas questões precisam ser mais bem compreendidas, sobretudo as relacionadas com a mineralogia desses solos. Este estudo teve como objetivo avaliar as características químicas, a composição mineralógica das frações argila e areia e o grau de pedogênese de cinco perfis de solos com horizonte A antrópico (Au), em ambientes de terra firme e várzea, localizados na Bacia Sedimentar do Amazonas, entre Coari e Manaus-AM. Amostras de solos foram coletadas, preparadas e submetidas às análises químicas de rotina e caracterizadas quanto aos teores de carbono oxidável e aos teores de Si, Fe, Al e P; adicionalmente, efetuou-se a identificação dos minerais presentes nas frações argila e areia, por meio de difratometria de raios X. Os resultados mostraram que as modificações promovidas pela atividade humana levaram à melhoria da fertilidade do solo, resultando em solos com acidez moderada, elevados teores de Ca2+ e de P disponíveis e baixos teores de Al3+ trocável. Esses resultados também revelaram teores muito elevados de P-total nos horizontes antrópicos, variando entre 1.630 e 8.840 mg kg-1 de P2O5. A mineralogia da fração argila dos solos antrópicos de terra firme revelou dominância de caulinita, além da ocorrência de gibbsita, de goethita e de óxidos de titânio (anatásio). O perfil de várzea, além de caulinita e goethita, apresentou também minerais do tipo 2:1 na fração argila. A mineralogia da fração areia dos solos estudados revelou dominância de quartzo, independentemente do ambiente. A fração magnética é composta por maghemita e hematita. Constatou-se, portanto, significativa riqueza química nos horizontes antrópicos, bem como diferenças na composição mineralógica desses horizontes
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