Ribosomal DNA status inferred from DNA cloud assays and mass spectrometry identification of agarose-squeezed proteins interacting with chromatin (ASPIC-MS)

Ribosomal RNA-encoding genes (rDNA) are the most abundant genes in eukaryotic genomes. To meet the high demand for rRNA, rDNA genes are present in multiple tandem repeats clustered on a single or several chromosomes and are vastly transcribed. To facilitate intensive transcription and prevent rDNA destabilization, the rDNA-encoding portion of the chromosome is confined in the nucleolus. However, the rDNA region is susceptible to recombination and DNA damage, accumulating mutations, rearrangements and atypical DNA structures. Various sophisticated techniques have been applied to detect these abnormalities. Here, we present a simple method for the evaluation of the activity and integrity of an rDNA region called a “DNA cloud assay”. We verified the efficacy of this method using yeast mutants lacking genes important for nucleolus function and maintenance (RAD52, SGS1, RRM3, PIF1, FOB1 and RPA12). The DNA cloud assay permits the evaluation of nucleolus status and is compatible with downstream analyses, such as the chromosome comet assay to identify DNA structures present in the cloud and mass spectrometry of agarose squeezed proteins (ASPIC-MS) to detect nucleolar DNA-bound proteins, including Las17, the homolog of human Wiskott-Aldrich Syndrome Protein (WASP

A Strong Neutrophil Elastase Proteolytic Fingerprint Marks the Carcinoma Tumor Proteome

Proteolytic cascades are deeply involved in critical stages of cancer progression. During the course of peptide-wise analysis of shotgun proteomic data sets representative of colon adenocarcinoma (AC) and ulcerative colitis (UC), we detected a cancer-specific proteolytic fingerprint com- posed of a set of numerous protein fragments cleaved C-terminally to V, I, A, T, or C residues, significantly over-represented in AC. A peptide set linked by a common VIATC cleavage consensus was the only prominent can- cer-specific proteolytic fingerprint detected. This se- quence consensus indicated neutrophil elastase as a source of the fingerprint. We also found that a large frac- tion of affected proteins are RNA processing proteins associated with the nuclear fraction and mostly cleaved within their functionally important RNA-binding domains. Thus, we detected a new class of cancer-specific pep- tides that are possible markers of tumor-infiltrating neu- trophil activity, which often correlates with the clinical outcome. Data are available via ProteomeXchange with identifiers: PXD005274 (Data set 1) and PXD004249 (Data set 2). Our results indicate the value of peptide-wise anal- ysis of large global proteomic analysis data sets as op- posed to protein-wise analysis, in which outlier differen- tial peptides are usually neglected

Evaluation of Anti-cancer Activity of Stilbene and Methoxydibenzo[b,f] oxepin Derivatives

Background: Stilbenes, 1,2-diphenylethen derivatives, including resveratrol and combretastatins, show anticancer features especially against tumor angiogenesis. Fosbretabulin, CA-4, in combination with carboplatin, is in the last stages of clinical tests as an inhibitor of thyroid cancer. The mode of action of these compounds involves suppression of angiogenesis through interfering with tubulin (de)polymerization. Objective: We have previously synthesized five E-2-hydroxystilbenes and seven dibenzo[b,f]oxepins in Z configuration, with methyl or nitro groups at varied positions. The aim of the present work was to evaluate the anticancer activity and molecular mechanism(s) of action of these compounds. Results: Two healthy, EUFA30 and HEK293, and two cancerous, HeLa and U87, cell lines were treated with four newly synthetized stilbenes and seven oxepins. Two of these compounds, JJR5 and JJR6, showed the strongest cytotoxic effect against cancerous cells tested and these two were selected for further investigations. They induced apoptosis with sub-G1 or S cell cycle arrest and PARP cleavage, with no visible activation of caspases 3 and 7. Proteomic differential analysis of stilbene-treated cells led to the identification of proteins involved almost exclusively in cell cycle management, apoptosis, DNA repair, and stress response, e. g. oxidative stress. Conclusions: Among newly synthesized stilbene derivatives we selected two as potent anticancer compounds triggering late apoptosis/necrosis in cancerous cells through sub-G1 phase cell cycle arrest. They changed cyclin expression, induced DNA repair mechanisms, enzymes involved in apoptosis, and oxidative stress response. Compounds JJR5 and JJR6 can be a base for structure modification(s) to obtain even more active derivatives

Determination of physical parameters of the eclipsing binary V729 Cyg

We report new BVRI photometric observations of an eclipsing, massive binary V729 Cyg taken between 2008 and 2011. We performed light curve modeling of the new data and those available in the literature using the Wilson-Devinney code. The best fit was obtained for a contact configuration, similarly to results derived previously by other investigators. However, a huge temperature difference of about 10 000K - 12 000K was derived, inconsistent with theoretical calculations. Ruling out a possibility of V729 Cyg being a semi-detached system harbouring an accretion disk, we determined physical parameters of components

Molecular signatures associated with the treatment of triple-negative MDA-MB231 breast cancer cells with the histone deacetylase inhibitors JAHA and SAHA

Jay Amin Hydroxamic Acid (JAHA; N8-ferrocenylN1-hydroxy-octanediamide) is a ferrocene-containing analogue of the histone deacetylase inhibitor (HDACi) suberoylanilide hydroxamic acid (SAHA). JAHA’s cytotoxic activity on MDA-MB231 triple negative breast cancer (TNBC) cells at 72 h has been previously demonstrated with an IC50 of 8.45 M. JAHA’s lethal effect was found linked to perturbations of cell cycle, mitochondrial activity, signal transduction and autophagy mechanisms. In order to glean novel insights on how MDA-MB231 breast cancer cells respond to the cytotoxic effect induced by JAHA, and to compare the biological effect with the related compound SAHA, we have employed a combination of differential display-PCR, proteome analysis and COMET assay techniques and shown some differences in the molecular signature profiles induced by exposure to either HDACis. In particular, in contrast to the more numerous and diversified changes induced by SAHA, JAHA has shown a more selective impact on expression of molecular signatures involved in anti-oxidant activity and DNA repair. Besides expanding the biological knowledge of the effect exerted by the modifications in compound structures on cell phenotype, the molecular elements put in evidence in our study may provide promising targets for therapeutic interventions on TNBCs

0019（冊封関係）

PreambułaSzanowni Państwo,W większości krajów na świecie lekarskie decyzje terapeutyczne są podejmowane na podstawie aktualnych wytycznych poszczególnych towarzystw naukowych lub konsensusów. Wspomniane dokumenty zawierają informacje dotyczące terapii całego spektrum sytuacji klinicznych — w tym także rzadkich chorób oraz ciąży. W najnowszej „ustawie refundacyjnej”, która aktualnie obowiązuje w Polsce, przyjęto zasadę opierania lekarskich decyzji terapeu-tycznych i zasadności uzyskania refundacji na danych zawartych w charakterystyce produktu leczniczego (ChPL). Należy podkreślić, że poszczególne rejestracje dostępnych preparatów farmakologicznych są oparte na zazwyczaj obszernych badaniach klinicznych, które zwykle jednak nie dotyczą ciąży, rzadkich chorób i sytuacji klinicznych, w jakich wykonanie studiów klinicznych jest niemożliwe ze względów organizacyjnych lub etycznych. Jest to powód, dla którego olbrzymie spektrum wskazań do zastosowania środków farmakologicznych nie znalazło się i nie znajdzie się w ChPL. Postępowanie w niemal wszystkich sytuacjach klinicznych, jakie są udziałem lekarza praktyka, przedstawione jest natomiast w aktualnych konsensusach czy wytycznych. Wprowadzona nowelizacja ustawy dopuszcza możliwość rozszerzenia przez Ministra Zdrowia zasad refundacji na inne wskazania. Niestety, w praktyce dnia codziennego, obecnie zatwierdzone wskazania do refundacji nie nadążają za aktualną wiedzą medyczną, jak również aktualnie obowiązującymi wytycznymi, czego przykładem są sytuacje kliniczne opisane w niniejszym artykule. Warto zauważyć, że zarówno studenci medycyny, jak i specjalizujący się lekarze uzyskują wiedzę z podręczników akademickich opartych na wytycznych i konsensusach oraz wynikach dotychczas wykonanych badań, czyli elementarnych składowych tak zwanej aktualnej wiedzy medycznej. Z drugiej strony, w programach specjalizacyjnych i programie studiów medycznych nie ma przedmiotu nauczania medycyny według ChPL. Pragniemy szczególnie podkreślić, że jest dziełem przypadku, czy osoba opłacająca składki zdrowotne (innymi słowy — pacjent ubezpieczony) zachoruje na chorobę objętą wskazaniami zgodnymi z zapisami ChPL, czy też znajdzie się w sytuacji, w której nie przeprowadzono zazwyczaj bardzo drogich randomizowanych badań klinicznych, a zasady terapii, choć jednoznacznie zdefiniowane w aktualnych wytycznych tworzonych na poziomie krajowym i międzynarodowym, nie znalazły się w ChPL. Przykładem powyższej sytuacji może być profilaktyka i leczenie żylnej choroby zakrzepowo-zatorowej (ŻChZZ) u kobiet w ciąży. Najprawdopodobniej nigdy nie będą dostępne badania uwzględniające randomizację tego rodzaju pacjentek. Z drugiej strony, powszechnie wiadomo, że zator tętnicy płucnej pozostaje zasadniczą przyczyną zgonów u chorych ciężarnych, a zasady profilaktyki przeciwzakrzepowej i leczenia przeciwzakrzepowego w tej sytuacji klinicznej definiuje wiele konsensusów i wytycznych.Uważamy, że fakt opłacenia składki zdrowotnej oraz istnienie wskazań do zastosowania danego środka farmakologicznego, zgodnych z aktualnymi wytycznymi lub konsensusami oraz aktualną wiedzą medyczną, stanowi powód do uzyskania refundacji leku, jednakowej we wszystkich wspomnianych wskazaniach opisanych i przedstawionych w aktualnych i obowiązujących zaleceniach. Proponując wspólne działania Ministerstwa Zdrowia i środowiska medycznego w aspekcie zapewnienia bezpieczeństwa oraz dostępu do klinicznie uzasadnionego i refundowanego leczenia, autorzy i sygnatariusze poniższego dokumentu zwracają uwagę Ministerstwa Zdrowia na wybrane sytuacje kliniczne, w których w chwili obecnej zdrowie naszych pacjentów stało się zagrożone. Powodem powyższej sytuacji jest oparcie się nie na aktualnej wiedzy medycznej, ale na charakterystyce produktu leczniczego w ustalaniu listy wskazań objętych refundacją. Autorzy dokumentu wnoszą o wpisanie powyższych wskazań na listę wskazań podlegających refundacji.Katowice, 1 listopada 2012 rok

The Ability of Lytic Staphylococcal Podovirus vB_SauP_phiAGO1.3 to Coexist in Equilibrium With Its Host Facilitates the Selection of Host Mutants of Attenuated Virulence but Does Not Preclude the Phage Antistaphylococcal Activity in a Nematode Infection Model

Phage vB_SauP_phiAGO1.3 (phiAGO1.3) is a polyvalent Staphylococcus lytic podovirus with a 17.6-kb genome (Gozdek et al., 2018). It can infect most of the Staphylococcus aureus human isolates of dominant clonal complexes. We show that a major factor contributing to the wide host range of phiAGO1.3 is a lack or sparcity of target sites for certain restriction-modification systems of types I and II in its genome. Phage phiAGO1.3 requires for adsorption β-O-GlcNAcylated cell wall teichoic acid, which is also essential for the expression of methicillin resistance. Under certain conditions an exposure of S. aureus to phiAGO1.3 can lead to the establishment of a mixed population in which the bacteria and phages remain in equilibrium over multiple generations. This is reminiscent of the so called phage carrier state enabling the co-existence of phage-resistant and phage-sensitive cells supporting a continuous growth of the bacterial and phage populations. The stable co-existence of bacteria and phage favors the emergence of phage-resistant variants of the bacterium. All phiAGO1.3-resistant cells isolated from the phage-carrier-state cultures contained a mutation inactivating the two-component regulatory system ArlRS, essential for efficient expression of numerous S. aureus virulence-associated traits. Moreover, the mutants were unaffected in their susceptibility to infection with an unrelated, polyvalent S. aureus phage of the genus Kayvirus. The ability of phiAGO1.3 to establish phage-carrier-state cultures did not preclude its antistaphylococcal activity in vivo in an S. aureus nematode infection model. Taken together our results suggest that phiAGO1.3 could be suitable for the therapeutic application in humans and animals, alone or in cocktails with Kayvirus phages. It might be especially useful in the treatment of infections with the majority of methicillin-resistant S. aureus strains

Novel perspectives of target-binding by the evolutionarily conserved PP4 phosphatase

Protein phosphatase 4 (PP4) is an evolutionarily conserved and essential Ser/Thr phosphatase that regulates cell division, development and DNA repair in eukaryotes. The major form of PP4, present from yeast to human, is the PP4c-R2-R3 heterotrimeric complex. The R3 subunit is responsible for substrate-recognition via its EVH1 domain. In typical EVH1 domains, conserved phenylalanine, tyrosine and tryptophan residues form the specific recognition site for their target's proline-rich sequences. Here, we identify novel binding partners of the EVH1 domain of the Drosophila R3 subunit, Falafel, and demonstrate that instead of binding to proline-rich sequences this EVH1 variant specifically recognizes atypical ligands, namely the FxxP and MxPP short linear consensus motifs. This interaction is dependent on an exclusively conserved leucine that replaces the phenylalanine invariant of all canonical EVH1 domains. We propose that the EVH1 domain of PP4 represents a new class of the EVH1 family that can accommodate low proline content sequences, such as the FxxP motif. Finally, our data implicate the conserved Smk-1 domain of Falafel in target-binding. These findings greatly enhance our understanding of the substrate-recognition mechanisms and function of PP4

Practical guidelines for the supplementation of vitamin D and the treatment of deficits in Central Europe — recommended vitamin D intakes in the general population and groups at risk of vitamin D deficiency

Wstęp: Wyniki badań z ostatnich lat dokumentują wiele korzyści wynikających z działania witaminy D na organizm człowieka na wszystkichetapach jego życia. Większość badań epidemiologicznych sugeruje, że niedobór witaminy D jest powszechny wśród mieszkańców EuropyŚrodkowej. Naturalną konsekwencją tej sytuacji jest konieczność ciągłego uświadamiania społeczeństwu oraz środowisku medycznemu,jaką rolę odgrywa witamina D w rozwoju i funkcjonowaniu organizmu ludzkiego.Metody: Na podstawie przeglądu danych literaturowych Polski Zespół Wielodyscyplinarny opracował tezy dotyczące zasad suplementacjiwitaminą D, które przesłano do członków Komitetu Naukowego konferencji „Witamina D — minimum, maksimum, optimum”,19–20 Październik, 2012, Warszawa. W trakcie powyższej konferencji z udziałem 550 delegatów oraz Ekspertów różnych dziedzin medycynyomówiono i przedyskutowano propozycje wytycznych suplementacji witaminą D populacji Europy Środkowej.Wyniki: W efekcie przeprowadzonych dyskusji Zespół Ekspertów opracował wytyczne suplementacji witaminą D dla wszystkich grupwiekowych populacji Europy Środkowej. Określono również kryteria diagnostyczne charakteryzujące stan zaopatrzenia organizmu w witaminę D: deficyt witaminy D ustalono jako stężenie 25(OH)D < 20 ng/mL (< 50 nmol/L)], suboptymalne zaopatrzenie jako stężenie25(OH)D wynoszące 20–30 ng/mL (50–75 nmol/L), a stężenie 30–50 ng/mL (75–125 nmol/L) uznano za docelowe dla zapewnienia efektuplejotropowego witaminy D.Wnioski: Poprawa obecnego stanu zaopatrzenia witaminy D w grupach dzieci, młodzieży, osób aktywnych zawodowo i seniorówpowinna zostać włączona do priorytetów polityki zdrowotnej społeczeństw Europy Środkowej.Introduction: Adequate Vitamin D intake and its concentration in serum are important for bone health and calcium–phosphate metabolismas well as for optimal function of many organs and tissues. Documented trends in lifestyle, nutritional habits and physical activityappear to be associated with moderate or severe Vitamin D deficits resulting in health problems. Most epidemiological studies suggest thatVitamin D deficiency is prevalent among Central European populations. Concern about this problem led to the organising of a conferencefocused on overcoming Vitamin D deficiency.Methods: After reviewing the epidemiological evidence and relevant literature, a Polish multidisciplinary group formulated theses onrecommendations for Vitamin D screening and supplementation in the general population. These theses were subsequently sent to ScientificCommittee members of the ‘Vitamin D — minimum, maximum, optimum’ conference for evaluation based on a ten-point scale.With 550 international attendees, the meeting ‘Vitamin D — minimum, maximum, optimum’ was held on October 19–20, 2012 in Warsaw(Poland). Most recent scientific evidence of both skeletal and non-skeletal effects of Vitamin D as well as the results of panellists’ votingwere reviewed and discussed during eight plenary sessions and two workshops.Results: Based on many polemical discussions, including post-conference networking, the key opinion leaders established ranges ofserum 25-hydroxyVitamin D concentration indicating Vitamin D deficiency [< 20 ng/mL (< 50 nmol/L)], suboptimal status [20–30 ng/mL(50–75 nmol/L)], and target concentration for optimal Vitamin D effects [30–50 ng/mL (75–125 nmol/L)]. General practical guidelines regardingsupplementation and updated recommendations for prophylactic Vitamin D intakes in Central European neonates, infants, childrenand adolescents as well as in adults (including recommendations for pregnant and breastfeeding women and the elderly) were developed.Conclusions: Improving the Vitamin D status of children, adolescents, adults and the elderly must be included in the priorities of physicians,healthcare professionals and healthcare regulating bodies. The present paper offers elaborated consensus on supplementationguidance and population strategies for Vitamin D in Central Europe