Natural Single-Nucleosome Epi-Polymorphisms in Yeast

Epigenomes commonly refer to the sequence of presence/absence of specific epigenetic marks along eukaryotic chromatin. Complete histone-borne epigenomes have now been described at single-nucleosome resolution from various organisms, tissues, developmental stages, or diseases, yet their intra-species natural variation has never been investigated. We describe here that the epigenomic sequence of histone H3 acetylation at Lysine 14 (H3K14ac) differs greatly between two unrelated strains of the yeast Saccharomyces cerevisiae. Using single-nucleosome chromatin immunoprecipitation and mapping, we interrogated 58,694 nucleosomes and found that 5,442 of them differed in their level of H3K14 acetylation, at a false discovery rate (FDR) of 0.0001. These Single Nucleosome Epi-Polymorphisms (SNEPs) were enriched at regulatory sites and conserved non-coding DNA sequences. Surprisingly, higher acetylation in one strain did not imply higher expression of the relevant gene. However, SNEPs were enriched in genes of high transcriptional variability and one SNEP was associated with the strength of gene activation upon stimulation. Our observations suggest a high level of inter-individual epigenomic variation in natural populations, with essential questions on the origin of this diversity and its relevance to gene x environment interactions

Recherche d un effet protecteur de HLA-G membranaire et soluble vis-à-vis de la toxicité des anticorps anti-HLA dirigés contre le donneur en transplantation rénale

L allo-immunisation post-greffe rénale représente un facteur important de la dysfonction chronique d allogreffe. Le développement de technologies sensibles pour la détection des anticorps soulève la question de la toxicité de ces anticorps. En effet, ceux-ci ne s accompagnent pas toujours d épisodes de rejet, traduisant alors un état d accommodation dont la physiopathologie reste incomprise. Connaissant les propriétés immuno-modulatrices de HLA-G, l objectif de notre étude est de rechercher un effet protecteur de cette molécule vis à vis de la toxicité sur le greffon des anticorps. Notre étude rétrospective a été menée sur les patients non immunisés en pré-greffe receveurs d une allogreffe rénale au CHU de Grenoble entre le 01/01/2005 et le 31/12/2009, divisés en 2 groupes : un groupe immunisé (n=28) regroupant les patients ayant développé des anticorps anti-HLA dirigés contre leur donneur ( donor specific antibodies , DSA) en post-greffe, divisés en 2 sous-groupes : DSA + rejet (n=16) se caractérisant par la survenue d un rejet et DSA + accommodation (n=12) comprenant les patients sans signes de toxicité des DSA ; un groupe non immunisé (n=22) comprenant les patients n ayant pas développé de DSA en post-greffe. Une comparaison de l expression de HLA-G membranaire et soluble a été effectuée à différents temps post-greffe. Notre étude confirme une association positive entre l expression de HLA-G membranaire et la survenue d un état d accommodation en présence de DSA (p=0.042) ainsi qu une tendance à une moindre incidence de (p=NS). Aucun effet protecteur de l isoforme soluble de la molécule n a été mis en évidence.GRENOBLE1-BU Médecine pharm. (385162101) / SudocSudocFranceF

Determined about sex: Sex-testing in 45 primate species using a 2Y/1X sex-typing assay

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